一株mcr-1阳性韦太夫雷登沙门菌的鉴定和药物敏感性特征分析

  目的  鉴定1 株 mcr-1 阳性韦太夫雷登沙门菌并对其耐药特征及机制进行分析。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2015年的沙门菌株使用生化检测试验和血清凝集试验进行病原体鉴定和血清型分型,并用聚合酶链式反应方法检测mcr-1基因;使用微量肉汤稀释法进行药敏试验;使用质粒图谱和Southern-blot试验对菌株耐药基因mcr-1进行定位;用质粒接合转移试验验证mcr-1质粒的水平转移能力;提取细菌的质粒进行质粒测序,并对质粒序列进行注释分析及图谱的绘制。  结果  鉴定出1株mcr-1阳性的韦太夫雷登沙门菌,该菌株对多粘菌素耐药。 质粒图谱和Southern-blot结果显示mcr-1基因定位在约30 kb质粒上,质粒接合转移实验结果显示该质粒可以在肠道菌株之间水平转移。 质粒测序分析结果表明携带mcr-1基因的质粒pS68大小为32914 bp,类型为IncX4,该质粒同时携带有5个毒力基因。  结论  加强食源性病原菌监测和mcr-1耐药基因转移的分子流行病学研究,为更好的遏制耐药菌株的流行扩散提供坚实的基础。     

2007-2017年四川省宋内志贺菌分离株脉冲场凝胶电泳分型及耐药性分析

目的了解2007 — 2017年四川省腹泻病例样本宋内志贺菌分离株耐药状况及脉冲场凝胶电泳（PFGE）型别分布。方法将腹泻病例监测中经过生化和血清学鉴定的30株宋内志贺菌进行PFGE分型分析，采用微量肉汤稀释法测定菌株对14种药物的最低抑菌浓度。结果宋内志贺菌分离株仅对头孢西丁敏感，多重耐药菌株占总数的96.67%。 对环丙沙星、阿奇霉素的耐药率超过10%，对包括头孢噻肟在内的7种常见药物耐药率达到50%以上。 分离株可分为16个PFGE型，有2个优势簇占总分离数的80%，其他型别占20%。 在优势簇I中的SCSN-1和SCSN-3中各检测到一起疑似暴发事件。结论2007 — 2017年四川省腹泻病例宋内志贺菌分离株PFGE优势带型明显，且部分带型存在聚集。 菌株耐药情况严重，部分菌株对细菌性腹泻常用抗生素环丙沙星、阿奇霉素和三代头孢中的头孢噻肟耐受。     

山东省滨州市某社区来源产ESBLs大肠埃希菌及mcr-1阳性菌株耐药基因分析

目的 分析城市社区居民肠道来源产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）大肠埃希菌和多黏菌素耐药基因mcr-1阳性菌株的分子流行病学特征。方法 本研究对山东省滨州市某城市社区居民粪便样本中分离的16株产ESBL大肠埃希菌进行药物敏感性试验、全基因组测序（WGS）分析和单核苷酸多态性分析（SNPS）。对多黏菌素耐药的产ESBL大肠埃希菌进行S1-PFGE和Southern杂交确定耐药基因的位置,并用接合试验判断基因的可转移性。结果 某城市社区居民肠道来源产ESBL大肠埃希菌的检出率为40.00%,多重耐药菌占75.00%。WGS分析显示,16株ESBL大肠埃希菌携带多种耐药基因、毒力基因。SNPS分析显示16株产ESBL大肠埃希菌聚集成4个簇。mcr-1阳性产ESBL大肠埃希菌携带的耐药基因mcr-1和blaCTX-M均位于质粒上,且均可随质粒发生水平转移。结论 城市社区居民中可检出多黏菌素耐药ESBL大肠埃希菌,基因mcr-1存在水平传播的可能性。     

浙江省丽水地区碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌多黏菌素耐药性及mcr-1基因背景分析

目的 了解丽水地区碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(CRE)的多黏菌素耐药情况及其耐药机制,为临床CRE抗感染治疗和防控提供实验依据。方法 收集丽水市中心医院2010—2018年临床分离的CRE菌株,采用多位点序列分型(MLST)技术分析菌株的克隆群,采用微量肉汤稀释法检测菌株对碳青霉烯类和多黏菌素的最低抑菌浓度(MIC),利用PCR法检测碳青霉烯耐药基因和多黏菌素耐药基因mcr-1及其周围基因结构,并测序确认。以转化或接合试验分离纯化耐药质粒,利用复制起始子分析法鉴定质粒类型,纯化提取质粒并以二代测序(NGS)验证。结果 共分离CRE菌株223株,其中多黏菌素MIC≥4μg/mL的耐药菌11株,且均为bla_NDM基因阳性。多黏菌素耐药菌中8株为mcr-1阳性且均呈低水平耐药(4μg/mL≤MIC≤8μg/mL)。4株菌获得mcr-1基因阳性的接合/转化子,其中IncⅠ2、IncⅩ4型质粒各2例,mcr-1基因分别位于ISApl1-mcr-1-PAP2和ParA-hyp-hyp-mcr-1-PAP2结构。结论 丽水地区CRE菌株对多黏菌素耐药主要呈mcr-1阳性并呈低水...     

氟喹诺酮耐药志贺菌中质粒介导qnr基因的检测

目的检测志贺菌对氟喹诺酮抗菌药物的耐药情况,探讨氟喹诺酮耐药与志贺菌携带质粒介导qnr基因的关系。方法用纸片扩散法对100株志贺菌（福氏志贺菌50株,宋内志贺菌50株）进行耐药性检测,聚合酶链反应（PCR）检测志贺菌质粒介导qnr基因并进行DNA测序,分析qnr基因的存在与药敏结果的关系。结果 100株志贺菌中有9株检出qnr基因,检出率为9%（9/100）,福氏志贺菌为4%（2/50）,宋内志贺菌为14%（7/50）;qnr基因阳性菌株对氧氟沙星的耐药率（11.1%）高于阴性菌株（5.5%）,但差异无统计学意义。qnr基因阳性菌株对5种氟喹诺酮药物的抑菌圈中位数比较均缩小。结论宋内志贺菌质粒介导氟喹诺酮耐药qnr基因的携带率明显高于福氏志贺菌;志贺菌若携带质粒介导qnr基因则会导致对氟喹诺酮药物的敏感性下降。     

一起基于国家致病菌识别网的志贺菌病暴发事件实验室分析

目的对基于国家致病菌识别网监测体系的志贺菌病暴发事件进行实验室分析。方法对2019年北京市通州区志贺菌病暴发疫情菌株进行分离和鉴定,结合2015 — 2019年北京市通州区监测和暴发疫情菌株进行脉冲场凝胶电泳分子分型和药敏试验比对分析。结果28株志贺菌中27株带型相似度≥92.0%,疫情相关菌株带型相似度≥97.1%,说明本地区存在一组亲缘关系接近的志贺菌并以低流行态势存在。 所有菌株均为多重耐药菌,2019年宋内志贺菌分离株对庆大霉素耐药与2015 — 2018年比较差异有统计学意义（χ2=49.907,P<0.001）,提示庆大霉素在志贺菌病治疗中应慎重使用。 全部菌株对环丙沙星、氯霉素、头孢西丁和亚胺培南均敏感,提示该类药物对志贺菌感染具有较好的治疗效果。结论近年来,通州区流行的痢疾菌株主要为宋内志贺菌,菌株同源性较高,多重耐药情况严重,应利用国家致病菌识别网监测体系加强志贺菌的日常监测和耐药监测。     

临床分离肠杆菌科细菌中mcr-1的筛查及其阳性菌株的药敏结果

目的了解mcr-1基因在临床分离肠杆菌科细菌中的分布及其阳性菌株对临床常用抗菌药物的敏感性。方法 PCR法对1 617株临床分离肠杆菌科细菌进行mcr-1基因的筛查,并对阳性扩增产物进行测序分析。微量肉汤稀释法测定mcr-1基因阳性菌株对于临床常见抗菌药物的MIC。脉冲场凝胶电泳(PFGE)对mcr-1基因阳性菌株进行同源性分析。结果 1 617株临床分离肠杆菌科细菌中,仅9株(0.6%)细菌mcr-1基因检测阳性,其中包括8株大肠埃希菌和1株肺炎克雷伯菌。PFGE分析显示8株mcr-1阳性大肠埃希菌分属8个不同型别;9株mcr-1阳性菌株对多黏菌素E均耐药,MIC为4~8 mg/L;9株细菌对头孢美唑、碳青霉烯类药物及替加环素均敏感,对庆大霉素、环丙沙星和左氧氟沙星均耐药,仅1株大肠埃希菌对头孢他啶、头孢噻肟敏感;1株肺炎克雷伯菌和1株大肠埃希菌对哌拉西林-他唑巴坦耐药;1株肺炎克雷伯菌和2株大肠埃希菌对阿米卡星耐药。结论 mcr-1基因在受试临床分离肠杆菌科细菌中检出率很低,mcr-1基因阳性菌中以大肠埃希菌多见,未发现克隆传播,其介导的多黏菌素耐药水平也较低。mcr-1阳性菌株对第三代头孢菌素、氨曲南及喹诺酮类等药物耐率高,但对头霉素、碳青霉烯类、替加环素敏感,提示mcr-1阳性菌株感染仍有多种抗菌药物可供选择。     

浙江省丽水地区碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌多黏菌素耐药性及mcr-l基因背景分析

摘要:目的了解丽水地区碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(CRE)的多黏菌素耐药情况及其耐药机制,为临床CRE抗感染治疗和防控提供实验依据。方法收集丽水市中心医院 2010- 2018 年临床分离的CRE菌株,采用多位点序列分型(MLST)技术 分析菌株的克隆群,采用微量肉汤稀释法检测菌株对碳青霉烯类和多黏菌素的最低抑菌浓度(MIC) ,利用PCR法检测碳青霉烯耐药基因和多黏菌素耐药基因mcr-I及其周围基因结构,并测序确认。以转化或接合试验分离纯化耐药质粒,利用复制起 始子分析法鉴定质粒类型,纯化提取质粒并以二代测序(NGS)验证。结果共分 离CRE菌株223株,其中多黏茵素MIC≥4μg/mL的耐药菌11 株,且均为blaNpm基因阳性。多黏菌素耐药菌中8株为mcr-I阳性且均呈低水平耐药(4 μg/mL≤MIC≤ 8 μg/mL)。4株菌获得mcr-1基因阳性的接合/转化子,其中Inc[2 .IncX4型质粒各2例,mcr-1 基因分别位于ISApl1-mcr-1-PAP2和ParA-hyp-hyp-mcr-I-PAP2结构。结论丽水地区 CRE茵株对多黏茵素耐药主要呈mcr-l阳性并呈低水平耐药,首次发现blaNpy和mcr-l双阳性的多黏菌素耐药性CRE菌株,需加强对其监测。     

上海地区志贺菌耐药性及超广谱β内酰胺酶基因型分析

目的 了解上海地区志贺菌的耐药特征,明确其所携带ESBLs的基因型.方法 用K-B纸片扩散法对收集到的216株临床分离的志贺菌进行耐药性检测和ESBLs确证试验;采用接合试验了解耐药性是否由质粒介导;用CTX-M通用引物对产ESBLs的菌株的耐药基因进行PCR扩增.结果 药敏结果显示志贺菌对萘啶酸、氨苄西林、氨苄西林-舒巴坦和复方磺胺甲口恶唑的敏感率均低于50%,对头孢噻肟的敏感率为81.5%,ESBLs的检出率为18.5%(40/216),其中87.5%(35/40)的ESBLs接合试验阳性.PCR扩增显示CTX-M基因阳性率为90%(36/40),序列分析证实其型别主要为CTX-M-14(20/40)、CTX-M-15(13/40)和CTX-M-3(3/40).结论 上海地区志贺菌呈多重耐药,对第三代头孢菌素耐药性有增高趋势.上海地区志贺菌所携带ESBLs的基因型主要为CTX-M-14、CTX-M-15和CTX-M-3.     

临床常见细菌的耐药性监测

目的探讨临床常见细菌对各种抗菌药物的耐药性。 方法采用纸片扩散法进行药物敏感性实验;采用WHONET5软件对细菌耐药性数据进行分析。回顾性分析我院2014年临床分离细菌耐药数据。 结果粪肠球菌对万古霉素、利奈唑胺和替考拉宁的耐药率分别为1.2%、1.5%、0.8%;屎肠球菌对万古霉素、利奈唑胺和替考拉宁的耐药率分别为2.3%、0.8%、0.7%;肺炎克雷伯菌的ESBLs检出率为36.5%,大肠埃希菌的ESBLs检出率高达54.7%;流感嗜血菌对阿奇霉素、氨苄西林和左氧氟沙星的耐药率分别为4.2%、35.1%、2.9%;副流感嗜血菌对阿奇霉素、氨苄西林的耐药率分别为25.6%、36.8%。 结论我院近1年来监测的常见细菌耐药性与前期监测结果相似,其中不动杆菌属在碳氢霉烯类药物的耐药性较高,必须采取相应措施对流行株的传播进行严格控制,并在合理运用临床抗生素的基础上,加强耐药性监测。      

河南省细菌性痢疾病原学特征研究

目的探讨河南省2008年志贺菌的病原学特征,了解掌握其血清型别、耐药谱及携带毒力基因情况,为临床用药及流行病学研究提供合理依据。方法从形态特征、生化反应、血清分型、药物敏感试验及毒力基因检测等方面分别对河南省各细菌性腹泻监测点分离到的272株志贺菌株进行了系统鉴定和病原学研究。结果 272株志贺菌包括福氏志贺菌250株(91.91%)、宋内志贺菌22株(8.09%);选择其中100株志贺菌进行了针对14种抗生素的药物敏感试验(AST),对氨苄西林、萘啶酸、四环素、氯霉素耐药率分别为99.1%、99.1%、100%、85.7%;对头孢噻吩/头孢噻肟、环丙沙星、复方新诺明及妥布霉素的耐药率为20%~70%之间(KF/CTX 21.6%/20.6%、C IP40.2%、SXT 66.7%、TOB 15.7%);选取120株志贺菌进行毒力基因set2、ipaH、ial、set1B的检测,82.50%的志贺菌含有这4种毒力基因。结论河南省2008年分离的志贺菌包括福氏和宋内2种血清型,以福氏志贺菌为主;菌株普遍携带有4种毒力因子,绝大多数菌株对3种以上抗生素不敏感,表明临床分离志贺菌的耐药问题日益严重,给腹泻疾病的治疗带来较大影响。     

Occurrence of integrons and resistance genes among sulphonamide-resistant Shigella spp. from Brazil

OBJECTIVES: To determine the occurrence of class 1 and 2 integrons and antimicrobial resistance genes among sulphonamide-resistant Shigella strains isolated in Brazil during 1999-2003. METHODS: Sixty-two Shigella (Shigella flexneri, n = 47 and Shigella sonnei, n = 15) were tested against 21 antimicrobial agents. The presence of integrons classes 1 and 2 and antimicrobial resistance genes was investigated by PCR using specific primers. RESULTS: A total of eight antimicrobial resistance profiles were identified, with the profile of resistance to sulfamethoxazole, trimethoprim, spectinomycin, streptomycin and tetracycline being the most common among S. sonnei, and additionally to ampicillin and chloramphenicol among S. flexneri. Class 1 integrons were found in only two strains, whereas class 2 integrons were found in 56 (90.3%) of the strains. All class 2-positive strains had a similar fragment of 2214 bp harbouring a gene cassette array conferring resistance to trimethoprim, streptothricin and spectinomycin/streptomycin. The genes coding for resistance to chloramphenicol (catA1), tetracycline [tet(A) and tet(B)] and ampicillin (bla(OXA) and bla(TEM)), were detected in resistant strains. CONCLUSIONS: The detection of class 1 and 2 integrons and additional antimicrobial resistance genes allowed us to identify the most frequent antimicrobial resistance patterns of Shigella spp. isolated in Brazil.     

北京市一起由宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发病原学分析

  目的  对北京市一起由宋内志贺菌引起的暴发疫情进行流行病学调查以及病原学分析,为此类疫情处理提供参考。  方法  2019年9月5 — 20日,采集病例及厨师粪便/肛拭子样本,以及水样、外环境等标本进行病原分离鉴定,并将分离到的病原菌进行药物敏感性试验、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型、全基因组测序,利用全基因组数据分析病原菌的耐药、毒力相关基因,并进行多位点序列分型（MLST）,构建全基因组单核苷酸多态性（wgSNP）分型树状图。  结果  共分离到16株宋内志贺菌和1株肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）,志贺菌均对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、阿奇霉素、多西环素耐药,且均为产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）菌株。 均为ST152型,是国内常见型别。 其中1株宋内志贺菌全基因组中存在insA插入序列,而在其他志贺菌全基因组中未发现,与其同时分离到的ETEC全基因组中发现有该插入序列。  结论  本次疫情是由多耐药宋内志贺菌引起。 在病原溯源研究中,全基因组数据分析是PFGE分型的必要补充。     

Molecular characteristics of class 1 and class 2 integrons and their relationships to antibiotic resistance in clinical isolates of Shigella sonnei and Shigella flexneri

OBJECTIVES: To analyse the gene cassettes and determine the roles of class 1 and class 2 integrons in antibiotic-resistant strains of Shigella sonnei (n=31) and Shigella flexneri (n=33). METHODS: Various molecular techniques, including PCR and Southern-blotting analysis, were used to analyse various markers of class 1 and class 2 integrons in these 64 S. sonnei and S. flexneri isolates collected in Hangzhou, China. The gene cassette arrays in integrons were identified by DNA sequencing and/or restriction fragment length polymorphism. Two genomic DNA fragments, one containing intI1 from a S. flexneri isolate that contains intI1 but lacks 3'-conserved region and another containing intI2 from a S. sonnei isolate, were cloned into pUC19 vectors and sequenced. The links between integron gene cassette arrays and antibiotic resistance were analysed. RESULTS: Class 2 integrons were present in 80.6% (25/31) of the S. sonnei isolates and 87.9% (29/33) of the S. flexneri isolates. All of these integron 2-positive isolates contained constant gene cassette arrays of dfrA1+sat1+aadA1 which confer resistance to trimethoprim and streptomycin. It was demonstrated that the class 2 integron was located in the Tn7 region inside the attTn7 locus downstream of glmS in Shigella. Class 1 integrons were found in 9.4% (6/64) of Shigella spp. isolates. An atypical class 1 integron without a 3'-conserved segment on the Shigella chromosome, termed Shigella atypical class 1 integron (SAI), was present in 84.9% (28/33) of S. flexneri isolates. The SAI contained two gene cassettes, bla(OXA30) and aadA1; however, the SAI conferred resistance to ampicillin, but not to streptomycin, in Escherichia coli host. The bla(OXA30) and aadA1 cassettes of the SAI seemed to be always coordinately excised or integrated. CONCLUSIONS: Multiple and complex mechanisms involving mobile genetic elements in class 1 and class 2 integrons and antibiotic resistance have been developed in the evolution of Shigella strains.     

2012－2017年天津市百日咳鲍特菌耐药情况分析

目的 了解2012 — 2017年天津市百日咳鲍特菌菌株对抗生素敏感性的分布情况及耐药位点变异情况,为百日咳防治提供依据。 方法 以2012年2月至2017年7月天津市分离的18株百日咳鲍特菌菌株作为研究对象,采用纸片扩散法对培养的阳性菌株进行红霉素、阿奇霉素、克拉霉素、左氧氟沙星及克林霉素敏感性进行检测,同时采用E-test法检测菌株对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素、左氧氟沙星及复方新诺明的敏感性;对红霉素结合区域23S rRNA domain V基因片段进行扩增、序列测定及分析。 结果 纸片扩散法结果显示,18株菌株中仅1株对5种抗生素均敏感,其余17株对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素及克林霉素均耐药,红霉素耐药率最高,达94.44%（17/18）,18株菌对左氧氟沙星均敏感;E-test法结果显示,仅1株菌对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素的最低抑制浓度（MIC）在敏感范围内,其余17株对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素的MIC均＞256 μg/ml,18株菌对左氧氟沙星的MIC为0.19～0.38 μg/ml,复方新诺明的MIC为0.047～1.500 μg/ml;23S rRNA扩增产物序列分析发现,17株菌发生A2047G位点突变。 结论 纸片扩散法和E-test法对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素和左氧氟沙星的耐药结果完全符合,17株菌对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素同时耐药,耐药株23S rRNA序列均发生A2047G红霉素耐药位点改变。      

2006-2011年杭州市萧山区腹泻儿童分离志贺菌血清型分布及耐药性变迁

目的 调查志贺菌在杭州市萧山区儿童腹泻患者中流行的主要血清型分布和耐药变迁,为临床治疗和预防提供参考依据。 方法 对2006年1月至2011年12月浙江萧山医院临床分离自腹泻儿童志贺菌菌株,进行生化鉴定、血清学分型和抗生素敏感性试验,所有数据用WHONET 5.6软件进行回顾性分析。 结果 318株志贺菌中221株(69.5%)为宋内志贺菌, 96株(30.2%)为福氏志贺菌, 鲍氏志贺菌1株(0.3%);200株(62.9%)分离自年龄组为5岁的婴幼儿;志贺菌对氨苄西林的耐药率最高达97.1%,对复方新诺明耐药率达88.8%,头孢噻肟耐药率为44.7%,未检出头孢哌酮/舒巴坦、亚胺培南和美罗培南耐药株,福氏志贺菌对环丙沙星和左旋氧氟沙星耐药率为44.8%和33.3%,而宋内志贺菌未检出氟喹诺酮类耐药株;福氏志贺菌和宋内志贺菌耐药率在哌拉西林、头孢他啶、头孢吡肟、复方新诺明和氟喹诺酮间差异有统计学意义(P0.01)。 结论 杭州市萧山区腹泻儿童志贺菌感染以宋内志贺菌为主,青霉素类和复方新诺明耐药率很高已不适合临床使用,含酶抑制剂抗生素是治疗志贺菌感染的首选药物,哌拉西林、头孢噻肟、环丙沙星和左旋氧氟沙星表现出耐药率上升趋势。     

2007-2011年江苏省南京市细菌性痢疾病原学监测结果分析

目的 对江苏省南京市2007-2011年细菌性痢疾的血清群(型)分布、耐药谱、毒力基因携带情况及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,为江苏省南京市细菌性痢疾的防控提供依据。 方法 对从江苏省南京市2007-2011年各医院腹泻病患者中分离的75株志贺菌进行血清群(型)、耐药性和毒力基因检测,并进行PFGE分子分型。 结果 75株志贺菌包括宋内志贺菌54株(72.0%),福氏志贺菌21株(28.0%),除2010年福氏X型为优势血清型外,其余年份宋内志贺菌为优势血清群;75株菌普遍对氨苄西林、四环素和磺胺甲恶唑耐药,耐药率在61.1%~95.2%之间;三重及以上耐药菌株占所有测试菌株的88.0%;毒力基因ipaH、sen、set1、ial阳性率分别为100%、46.7%、24.0%、48.0%;福氏志贺菌优势毒力基因模式为Ⅰ型(66.7%),宋内志贺菌优势基因模式为Ⅶ型(61.1%)和Ⅳ型(25.9%);宋内志贺菌分为20个PFGE基因型,其中以S7、S8、S10三个带型为主,占宋内志贺菌的 53.7%;相似度>95%,可能来自于同一克隆系;福氏志贺菌分为17种带型,各带型较散在分布。 结论 江苏省南京市志贺菌流行菌群不断变迁,宋内志贺菌有取代福氏志贺菌成为流行菌群的趋势;多重耐药现象严重;福氏志贺菌优势毒力基因模式为Ⅰ型、宋内志贺菌为Ⅶ型和Ⅳ型;PFGE型别呈现多元化流行特点。