乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的关键基因筛选及临床意义

目的 应用生物信息学筛选出乙型肝炎病毒（HBV）相关肝细胞癌的关键基因及潜在药物。 方法 从GEO数据库下载HBV相关肝癌高通量芯片数据集GSE121248和GSE49713，通过GEO2R法分析获得差异表达基因（DEGs）。通过DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG分析。String数据库建立蛋白-蛋白互作网络（PPI），利用Cytoscape软件构建hub基因及可视化网络。通过Kaplan-Meier Plotter和UALCAN数据库确认有临床预后价值的关键基因。通过cBioPortal数据库分析关键基因在肝癌组织中的表达相关性、突变和生存预后，通过CTD数据库获取对关键基因有潜在作用的化合物并进行比较。 结果 共获得93个DEGs，这些基因主要富集在氧化还原、蛋白质水解和有丝分裂核分裂等生物学过程；主要富集在细胞外小体、细胞外区域和细胞外隙等细胞成分；主要与血红素结合、铁离子结合和染色质结合等功能；主要集中在代谢途径，丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢以及色氨酸代谢3条通路。筛选分析hub基因并从中得到10个关键基因，在突变、表达相关性及预后上均有统计学意义（P＜0.05）。基于以上靶点筛选出白藜芦醇、雷公藤甲素、穿心莲内酯、黄芩提取物、水飞蓟宾、姜黄素、槲皮素、隐丹参酮等候选药物。 结论 本研究通过数据挖掘与生物信息学分析，找到多个关键基因与潜在药物，为临床HBV相关肝癌治疗靶点的选择及药物方案的优化提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨桂枝汤治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究桂枝汤治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的分子机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获取桂枝汤组方中药的活性成分及相关靶点，通过Cytoscape 3.9.1构建“桂枝汤-活性成分-作用靶点”网络并进行拓扑分析，筛选桂枝汤治疗AS的关键活性成分。借助GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库筛选AS疾病靶点；将中药活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1.0软件，获取交集靶点，即为桂枝汤治疗AS的潜在靶点。将潜在靶点导入到STRING 11.0数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络并进行拓扑分析筛选核心靶点。使用R软件对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes ...     

基于生物信息学的糖尿病脑病关键基因与通路筛选及中药预测的研究

目的：基于生物信息学方法对糖尿病脑病（DE）的关键基因进行初步筛选，探索与其相关的潜在靶点、生物过程及通路，进而预测治疗DE的潜在中药。方法：运用GEO数据库筛选出基因芯片原始数据集GSE161355作为样本进行研究。基于R Studio软件的质量评估和差异分析筛选差异基因，应用DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析，利用Cytoscape软件进行关键靶点筛选及关键功能模块构建、可视化。通过将关键靶点与Coremine Medical数据库相互映射，筛选治疗DE的潜在中药。结果：通过对GSE161355基因原始数据集的预处理，从DE患者中筛选出326个显著性差异基因，差异基因主要参与学习、记忆、神经元突触传递、细胞分裂、蛋白质分泌、血管生成调节等生物过程，与神经活性配体-受体信号通路、细胞周期通路等存在关联。蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络显示MCHR2、CXCR2、GNAI1、P2RY13、NPY1R、C3、LPAR4、OXTR、CHRM5、CDC7、ORC5、ORC4、CCNA1可作为治疗DE的潜在靶点，多方位、多维度、多层面参与炎症反应、细胞凋亡、内质网应激、血管生成等生物过程。通过中药预测筛选发现人参、熟地黄、西红花、银杏叶、黄连、郁金等可作为潜在来源。结论：通过对显著性差异基因和潜在核心靶点的分析促进了对DE发病机制的进一步理解和探索，为今后治疗和评估提供了新的方向和临床依据。     

慢加急性肝衰竭关键基因的生物信息学探究及潜在中药预测验证

目的：应用生物信息学方法探究慢加急性肝衰竭（ACLF）的关键基因，预测潜在治疗中药并实验验证其作用机制。方法：利用Perl和R软件分析GSE142255数据集获取差异表达基因（DEGs），基于CytoHubba插件的5种算法鉴定DEGs蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中的关键基因，并借助受试者工作特征（ROC）曲线和GSE168048数据集对关键基因进行验证分析；Coremine Medical数据库映射关键基因对应中药并分析其四气、五味、归经；中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和DEGs获取高频中药治疗ACLF的交集靶点，Cytoscape软件绘制关键基因-高频中药-活性成分-交集靶点网络图，并进行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析及体外实验。结果：共获取388个DEGs,7个关键基因分别为CD4、整合素亚基αM(ITGAM)、CD2、淋巴细胞特异蛋白酪氨酸激酶（LCK）原癌基因，CC基序趋化因子配体5(CCL5)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、Fc ε受体IG(FCER1G)。潜在治疗中药多为寒性、苦味、归肝经的药物，其中高频中药如白花...     

非特异性间质性肺炎关键基因与免疫细胞浸润分析及中药预测

目的 探寻非特异性间质性肺炎相关的关键基因、发病机制、免疫细胞浸润水平和潜在治疗中药。方法 从GEO数据库获取基因芯片GSE110147，利用R语言“limma”等相关拓展包筛选差异表达基因，通过STRING和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络图，并筛选出关键基因。关键基因通过基因芯片GSE101286进行验证后，利用R语言“clusterProfiler”等拓展包及Cytoscape软件中的GlueGO插件进基因本体（gene ontology，GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路富集分析，再基于CIBERSORT反卷积算法分析免疫细胞浸润模式。最后将关键基因导入Coremine Medical数据库中进行相关中药预测。结果 共筛选出407个差异基因和15个关键基因。GO分析显示，非特异性间质性肺炎与剪切体、翻译过程高度相关；KEGG富集结果显示非特异性间质性肺炎与RNA剪接体通路、内质网蛋白质加工通路联系最为密切。免疫细胞浸润分析显示非特异性间质性肺炎患者组织内静息的CD4⁺记忆T细胞、嗜酸性粒细胞等浸润水平较高，而CD8⁺T细胞、浆细胞、活化NK细胞和M1巨噬细胞浸润水平较低。通过关键基因筛选到18味中药，其中雷公藤和茯苓有较大治疗潜力。结论 通过生物信息学方法，筛选非特异性间质性肺炎的关键基因，明确了潜在治疗中药，为非特异性间质性肺炎发病机制、治疗新靶点研究及新药研发提供新的方向。     

巴瑞特食管差异表达基因及中药预测的生物信息学分析＊

目的 本研究通过生物信息学技术分析Barrett食管（BE）患者与健康对照的基因芯片数据，筛选BE的差异表达基因，探寻BE的发病机制及生物标记物，预测BE治疗的潜在中药。方法 从基因表达数据库（GEO）提取GSE34619，GSE13083，GSE1420，GSE13898，GSE26886基因芯片原始数据，使用GEO2R筛选差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库对DEGs进行功能和信号通路的富集分析，String数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape软件及其插件筛选核心基因，并在TCGA数据库中检测核心基因的表达。使用Kaplan Meier-plotter算法分析关键基因对食管腺癌患者整体生存率的影响。将核心基因与中药预测工具相互映射，筛选治疗BE可能的靶向中药。结果 筛选出下调DEGs109个，上调DEGs24个。上调DEGs的KEGG通路主要富集在自噬和mTOR信号通路，下调DEGs主要富集在胰腺分泌，胃酸分泌，胆汁分泌，酪胺酸代谢等通路。RRAGD，APP，KRT20，EPCAM，CFTR和AGR2筛选为关键基因。AGR2和EPCAM的异常表达与食管腺癌患者整体生存率有关。筛选治疗BE的潜在中药有三七、丹参、牛膝、姜黄、人参、白果、黄芪、甘草等。结论 RRAGD，APP，KRT20，EPCAM，CFTR和AGR2可能与BE发生发展相关，APP、EPCAM、CFTR、ACR2可作为BE患者风险分级指标。以丹参、三七为代表的活血祛瘀药和以人参、黄芪为代表的补气药可能为BE治疗的潜在靶向中药。本研究将差异基因表达与中药治疗靶点相结合，以期阐明BE的发病机制，寻找BE高危预警标记物，为中药新药研发提供了理论依据和技术支持，为BE诊断治疗的中西医结合之路做出了初步探索。     

基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选

目的 利用生物信息学方法筛选湿性年龄相关性黄斑变性（wet age-related macular degeneration,w AMD）的氧化应激相关差异表达基因及靶向中药，以期为wAMD的预防和治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选数据集，利用R软件limma包筛选差异基因，从Genecard数据库筛选氧化应激差异基因，并利用韦恩图得到共有基因。应用Metascape对氧化应激差异基因进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析，并通过String数据库构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络，再通过Cytoscape软件筛选出wAMD中氧化应激的关键（Hub）基因。采用GSE103060数据集验证Hub基因的差异表达。利用Coremine Medical预测靶向中药。结果 经筛选共得到差异表达基因1 874个，其中上调基因747个，下调基因1 127个。KEGG富集分析表明，差异表达基因主要富集于细胞外基...     

基于生信分析的炎症性肠病-结直肠癌转化关键基因及防治中药筛选

目的通过生信分析筛选参与炎症性肠病-结直肠癌转化的关键基因,并预测具有防治作用的中药。 方法从基因表达综合数据库（Gene expression omnibus database,GEO）下载炎症性肠病芯片GSE75214 及结 直肠癌芯片GSE44861, 使用R 软件筛选共同差异表达基因（Differential expressed genes, DEGs）; 通过 STRING 11.0 数据库及Cytoscape 3.7.2 软件分析DEGs 中的关键基因;利用GraphPad Prism 9.0.2 软件分别验证 关键基因在炎症性肠病芯片GSE9452 及Oncomine 数据库结直肠癌数据集中的表达情况,最终获得参与炎症性 肠病-结直肠癌转化的关键基因。将关键基因导入医学本体信息检索数据库（Coremine Medical）,筛选具有防治 作用的中药。结果共筛选出参与炎症性肠病-结直肠癌转化的差异基因173 个,筛选并验证后得到9 个关键 基因,包括CD44、CXCL8、TIMP1、COL1A1、CXCL1、MMP3、PTGS2、MMP7、SERPINE1,其生物作用主 要涉及细胞外基质形成与降解、炎性反应、血栓形成。筛选得到包括黄芩、大黄、山慈菇等在内的具有防治炎 症性肠病-结直肠癌转化作用的中药共58 味。结论基于生信分析初步预测得到参与炎性肠病-结直肠癌转化 的关键基因及具有防治作用的中药,可为相关中药新药开发提供靶标及研究思路。     

中药治疗射血分数保留心衰的核心用药及其作用机制研究

目的 通过数据挖掘总结中药治疗射血分数保留心衰（heart failure with preserved ejection fraction,HFPEF）的核心用药,并使用网络药理学和分子对接的方法对核心中药的作用机制进行探索。方法 检索中国知网（CNKI）、万方数据（Wanfang）、维普网（VIP）、中国生物医学文献数据库（CBM）、PubMed、Cochrane Libarary和Embase数据库,收集治疗HFPEF疗效明确的方剂,使用R语言对方剂进行频次、关联规则和聚类分析,得到核心中药。通过TCMSP、GeneCards、GEO等数据库筛选核心中药有效成分和HFPEF相关靶点并取交集靶点,对交集靶点进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络和蛋白互作网络,并筛选关键成分和靶点。使用vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。结果纳入方剂103首,涉及中药131味,功效以补虚药和活血化瘀...     

从铁死亡探讨溃疡性结肠炎不同时期的发病机制及相关天然药物筛选

目的 通过生物信息学从铁死亡角度探讨溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）活动期和缓解期的异同发病机制,并筛选可能干预UC的天然药物,为UC的治疗开辟新途径。方法 在GEO数据库中检索与UC相关并符合筛选条件的数据集,进行limma差异分析,分别获得UC活动期、UC缓解期的差异表达靶点。在FerrDb平台收集与铁死亡相关的靶点。构建铁死亡与UC差异表达共同靶点的蛋白互作（protein-protein interaction network,PPI）网络。通过R软件对与铁死亡相关的UC活动期和缓解期的靶点分别进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。利用CMap平台筛选干预不同时期UC的天然活性成分,并通过TCMSP找到天然活性成分所来源的中药。结果 GEO数据库筛选出GSE53306、GSE38713、GSE11223数据集,从UC活动期和缓解期样本分别筛选出差异表达靶点3985个和659个。将收集得到的388个铁死亡相关靶点分别与...     

基于生物信息学探讨SARS-CoV-2介导免疫炎症反应诱发动脉粥样硬化进展的潜在机制与防治中药筛选

目的 应用生物信息学技术,从免疫炎症角度探索严重急性呼吸综合征冠状病毒-2(severe acute respiratory syndrome coronavirus-2,SARS-CoV-2)感染诱导动脉粥样硬化（atherosclerosis,AS）进展的核心靶点及重要通路,进而预测潜在防治中药。方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中获取新型冠状病毒肺炎患者和动脉粥样硬化患者芯片数据,利用“limmar”包及“Venn”包筛选2种疾病的共同差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,对共同DEGs进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析,注释其功能及重要通路。对2组基因集进行免疫细胞和免疫功能打分,评估免疫细胞浸润水平。利用STRING数据库,构建蛋白-蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络;通过Cytoscape的CytoH...     

基于网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制研究※

目的 运用网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选丹参饮中药有效化学成分与对应靶点蛋白,利用GeneCards、PharmGKB、Therapeutic Target Database（TTD）以及DrugBank数据库收集慢性心力衰竭疾病相关靶点,通过R软件获取疾病与药物交集靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建“丹参饮-成分-慢性心力衰竭-靶点”网络关系图,通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络关系,绘制可视化图形。基于R软件基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析语言包对交集靶点进行富集分析;通过Autodock Vina软件对关键化学成分与关键靶点进行对接分析,利用Pymol软件实现分子对接可视化。结果 筛选后获得药物有效化学成分78种,对应靶点134个,疾病靶点2096个,取两者交集获得92个潜在治疗靶点;丹参饮治疗慢性心力衰竭的核心化学成分为木犀草素、丹参酮ⅡA、β-谷甾醇,核心靶点为STAT3、AKT1和TP53蛋白;KEGG富集分析显示主要信号通路是PI3K-Akt信号通路,分子对接结果表明核心成分与关键靶点均能结合稳定。结论 丹参饮通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性心力衰竭。     

生物信息学方法下缺血性脑卒中关键基因与通路的筛选及中药预测研究

应用生物信息学方法初步筛选缺血性脑卒中(ischemic stroke, IS)的关键基因并探索发病机制,进而预测治疗IS的潜在中药。基于美国国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information, NCBI)下的基因芯片原始数据集GSE22255,纳入对象为20例缺血性脑卒中患者及20例性别和年龄匹配的对照者。基于R语言软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),应用DAVID工具和R语言软件进行基因本体论(gene ontology, GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and gnomes, KEGG)通路分析,将DEGs导入STRING软件构建蛋白-蛋白互作网络,利用Cytoscape软件MCODE插件对关键功能模块进行可视化。通过将关键基因与医学本体信息检索平台(Coremine Medical)相互映射,筛选治疗IS的中药,并构建药物-活性成分-作用靶点网络。与对照组相比,IS患者中筛选出14个DEGs,其中12个基因上调,2个基因下调。DEGs主要参与免疫反应、炎症过程、信号转导、细胞增殖调控等生物过程。KEGG通路分析显示DEGs主要富集于白细胞介素17(interleukin-17, IL-17)、核因子κB(nuclear factor kappaB, NF-κB)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、核苷酸结合寡聚化结构域(nucleotide binding oligomerization domain, NOD)样受体等信号通路。DEGs编码蛋白互作网络的关键模块主要集中于TNF、JUN、早期应答基因3(recombinant immediate early response 3, IER3)、早期生长应答因子1(recombinant early growth response protein 1, EGR1)、前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2, PTGS2)、趋化因子配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8, CXCL8)、趋化因子配体2(C-X-C motif chemokine ligand 2, CXCL2)7个基因,参与神经炎症、免疫反应等生物过程。其中TNF和JUN作为该模块下的关键节点,可能成为IS诊断和预后评估的潜在生物学标志物。筛选得到治疗IS的潜在中药为丹参、西红花、黄芩、火麻仁。IS的发生是多因素共同作用的结果,免疫和炎症相关基因和通路调控网络失衡可能是IS发生发展中的关键环节,该研究为进一步探索中药治疗IS的作用机制,寻找潜在药物靶标提供了研发方向和理论依据。     

基于生物信息学分析肝癌组织中关键基因及MicroRNA

目的:探讨肝细胞癌中关键基因、miRNA及相关的信号通路。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中下载4个芯片数据(GSE62232、GSE84598及GSE452673个基因数据及GSE98269miRNA数据)进行分析。将筛选出的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)输入DAVID数据库进行Gene ontology(GO)及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析,用Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作分析图。将筛选出的差异miRNA(differentially expressed miRNAs,DEMs)用在线软件miRDB进行靶基因预测。结果:通过筛选后发现152个DEGs(103个下调基因及49个上调基因)及34个DEMs(26个DEMs高表达,8个DEMs低表达)。经过DAVID分析后发现P53信号通路、卵母细胞减数分裂等生物过程参与肝癌的发生发展。结论:在152个DEGs中TOP2A、AURKA、HMMR、ANLN、CCNB1、CCNB2、CDK1、CDK3、CENPF、NDC80等10个过表达靶基因可作为肝癌的潜在生物学标记物,miR-424-5p为肝癌的重要miRNA,P53信号通路可能是肝癌的关键作用分子机制。     

基于网络药理学和药效实验探究当归贝母苦参丸加味治疗慢性前列腺炎作用机理

目的:基于网络药理学及分子对接技术加以药效实验探究当归贝母苦参丸加味治疗慢性前列腺炎(CP)的作用机制。方法:通过中药系统药理分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和文献挖掘获得当归贝母苦参丸加味活性成分；运用SwissTargetPrediction数据库进行活性成分靶点预测，同时对TCMSP数据库成分已有靶点加以补充；运用在线孟德尔人类遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库、美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库收集CP相关靶点；运用Cytoscape软件构建中药-活性成分-靶点-通路网络图；运用STRING数据库进行生信分析，构建靶点蛋白-靶点蛋白互作(PPI)网络图，运用CytoNCA筛选核心靶点，并用Cytoscape进行可视化网络展示；运用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；Autodock-Tools、Vina对当归贝母苦参丸加味活性成分和关键靶点蛋白进行分子对接；通过Western Blot法验证活性成分与关键靶蛋白的相互作用。结果:筛选出当归贝母苦参丸加味活性成分67个，包括槲...     

基于网络药理学对虎杖作用于非小细胞肺癌机制研究

目的：基于网络药理学的方法探索虎杖中对非小细胞肺癌（NSCLC）有治疗作用的有效成分及其可能的机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中筛选虎杖的有效成分、预测药物靶点；在在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、药物靶标数据库（TTD）、GeneCards和DrugBank等数据库中检索NSCLC的相关靶点；对虎杖药物靶点和NSCLC疾病靶点取交集，利用String蛋白数据库平台绘制蛋白互作（PPI）网络图，导入至Cytoscape 3.8.0软件中进行分析获得潜在核心靶点，AutoDockTools软件对有效成分和核心潜在靶点进行分子对接验证；在Metascape基因功能分析网站中对潜在核心靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：获得虎杖有效成分18个，药物靶点296个，虎杖对NSCLC的潜在核心靶点179个。网络分析显示虎杖作用于NSCLC的关键有效成分包括白藜芦醇、槲皮素、芹菜素、木犀草素和大黄素，关键靶点包括p53肿瘤蛋白（TP53）、v-AKT鼠胸腺瘤病毒癌基因同源物1 (AKT1)、胱天蛋白酶3 (CASP3)、血管内皮...     

当归-川芎药对治疗阿尔茨海默病的生物信息学、网络药理学分析

目的 通过生物信息学、网络药理学探讨当归-川芎药对治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.方法 检索GEO数据库,获得GSE5281基因表达谱,对AD进行差异表达基因筛选分析.应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选出药对中的潜在化学活性物质及相关靶点蛋白.借助Cytoscape(3.7.2)软件构建"药物-疾...     

基于生物信息学探讨非酒精性脂肪性肝炎与铁死亡相关的关键基因及潜在中药预测

目的：利用生物信息学分析来识别非酒精性脂肪性肝炎与铁死亡相关的关键基因，并预测相关作用的中药。方法：从基因芯片数据库（GEO）搜索并下载数据集，通过R语言程序计算差异表达基因，并进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，利用STRING数据库、Cytoscape软件筛选出中心基因；通过FerrDb数据库、基因集富集分析（GSEA）筛选出铁死亡相关的关键基因，最后利用HERB数据库、COREMINE数据库对关键基因进行中药预测，并进行分子对接。结果：分析共得出143个差异基因，GO、KEGG富集主要集中在炎症反应通路；构建PPI网络筛选出Toll样受体4 (TLR4)等10个基因作为中心基因，通过FerrDb数据库筛选关键基因TLR4,GSEA分析提示TLR4高表达在铁死亡基因集中高度富集；以TLR4为靶点预测出柴胡等8种中药和7种成分，7种成分与TLR4均能稳定结合。结论：柴胡等中药的相关成分可能通过调控TLR4的表达，影响肝脏细胞的铁死亡和炎症反应达到治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用。     

基于生物信息技术筛选肝硬化铁死亡相关差异基因与中药预测研究

目的：采用生物信息技术筛选与肝硬化铁死亡相关的差异表达基因，并预测具有潜在治疗作用的 中药及活性成分。方法：利用美国国立生物技术信息中心平台下的基因表达综合数据库（GEO） 收集肝硬化患 者基因表达数据集，应用R 软件对数据集进行差异化分析，获得肝硬化的差异表达基因集（DEGs）；通过 FerrDb 数据库获得铁死亡相关基因（FRGs），采用蛋白质互作（PPI） 网络分析筛选核心基因，并进行基因本 体论（GO） 及京都基因与基因组百科全书（KEGG） 通路富集分析。通过Coremine Medical 数据库查找核心基 因对应的中药，通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 收集中药有效活性成分和筛选核心活性 成分；使用分子对接验证核心基因与核心活性成分的结合能力。结果：共筛选到与肝硬化铁死亡相关差异表达 基因67 个，参与了单体代谢过程、细胞对压力的反应、含磷化合物代谢过程等，涉及p53 信号通路、谷胱甘 肽代谢、FoxO 信号通路等，其中沉默信息调节因子1（SIRT1）、表皮生长因子受体（EGFR）、白细胞介素6（IL-6）、 过氧化物酶体增殖活化受体α（PPARα） 和核因子红细胞2 相关因子2（NFE2L2） 5 个核心基因均在铁死亡通 路中高度富集。TCMSP 预测得到丹参、枸杞子、黄芩和赤芍等17 种中药及β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素、山 柰酚4 种关键活性成分；分子对接显示，核心基因与关键活性成分结合良好。结论：丹参、枸杞子、黄芩和 赤芍等中药含有的β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素、山柰酚成分可以通过调控SIRT1、EGFR、IL-6、PPARα、 NFE2L2 等靶点来调控铁死亡治疗肝硬化。