基于数据库挖掘探究JAK3在头颈鳞状细胞癌中的预后评估价值

目的通过生物信息学方法分析Janus激酶3(JAK3)在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达及预后的评估价值。方法从TCGA数据库获取正常组织及HNSCC组织中JAK3的表达数据,分析JAK3在HNSCC中的共表达基因,利用GSEA算法,分析确定JAK3参与的生物学过程及功能采用Survival和Survminer R软件包进行Kaplan-Meier分析,评估预后价值。通过CIBERSORT对免疫细胞浸润进行量化,分析免疫细胞浸润与JAK3表达的关系,JAK3基因与免疫检查点基因表达量的相关性,使用Estimate包对肿瘤样品免疫微环境打分。分别运用TCIA数据库和pRRophetic包评估PD-1、CTLA4免疫治疗的反应和4种化疗药物的疗效。结果JAK3在HNSCC中存在高表达现象,与JAK3的共表达基因主要涉及免疫系统中淋巴细胞CD6、LCK等相关基因,GO富集提示JAK3分布于核糖体,与细胞因子受体相互作用,富集的KEGG信号通路主要与B细胞受体通路、抗原受体介导的信号等通路相关,患者的生存时间与JAK3表达量呈正相关。免疫治疗PD-1对于JAK3高表达组更敏感。结论JAK3在HNSCC中高表达,与HNSCC预后密切相关,并与免疫治疗的疗效相关,可作为HNSCC预后预测的标志物之一,并指导个体化治疗。     

FAM72D与肺腺癌筛查、预后及生物学机制分析

目的 探讨FAM72D在肺腺癌(LUAD)中的表达变化及其与预后的关系,并进行生物学机制的预测.方法 从TCGA获取原始数据,采用Kaplan-Meier生存分析、单变量Cox分析、多变量Cox分析、表达差异分析、临床相关性分析FAM72D在评估LUAD患者预后中的作用;采用基因集富集分析预测FAM72D的潜在作用机制,并利用TIMER数据库分析FAM72D与LUAD免疫浸润之间的相关性.结果 FAM72D的高表达与LUAD患者的预后不良有关(P＜0.05),是LUAD患者的独立预后指标.与正常肺组织比较,FAM72D表达在LUAD组织中明显上调,FAM72D高表达与高龄呈负相关,与男性、临床分期、T分期呈正相关,差异有统计学意义(P＜0.05).GSEA结果显示细胞周期、同源重组、剪接体、RNA降解、DNA复制、P53通路等相关基因集明显富集于FAM72D高表达.TIMER数据库分析显示,LUAD患者FAM72D表达水平与B细胞、巨噬细胞渗透水平呈负相关,与中性粒细胞的渗透水平呈正相关,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 FAM72D可作为LUAD早期诊断和预测预后的生物标志物.     

基于多数据库分析APOBEC3B在肺鳞癌组织中的表达及意义

目的 APOBEC3B的异常激活与多种癌症的发生发展密切相关,本研究利用生物信息学技术分析APOBEC3B在肺鳞癌中的表达情况及功能。方法 利用TCGA比较不同分组间APOBEC3B的表达水平。通过Kaplan-Meier评估APOBEC3B表达对肺鳞癌预后的意义。使用GSEA对APOBEC3B高、低表达组样本进行功能富集分析。使用“CIBERSORT”评估分析组间免疫细胞浸润比例的差异。分析组间免疫相关功能的差异。分析组间TIDE评分的差异。计算APOB3C3B高、低表达组基因突变情况,分析肿瘤突变负荷(TMB)的差异。结果 与正常组织相比,肺鳞癌组织中APOBEC3B的表达明显上调。其表达水平与年龄、性别、临床分期、TNM分期均无显著相关性,UALCAN数据库的分析结果显示吸烟患者组、TP53突变组中APOBEC3B的表达显著上调。Kaplan-Meier生存分析显示,APOBEC3B高、低表达组间生存时间无显著差异。GSEA结果显示,APOBEC3B高表达组主要富集在DNA复制等过程。免疫相关功能的分析结果表明,APOBEC3B高、低表达组间在APC共抑制和嵌合共刺激受体功能存在...     

基于TCGA和GEO数据挖掘分析PRC1在肺腺癌中的表达及预后意义

目的探讨肺腺癌（LUAD）组织中胞质分裂蛋白调节因子1（PRC1）的表达及其对LUAD患者预后的影响。方法通过肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析PRC1mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱（HPA）数据库的免疫组化结果验证PRC1蛋白在LUAD中的表达。通过肿瘤基因图谱（TCGA）和基因表达综合（GEO）数据库获得PRC1在LUAD中的表达数据及相关临床特征参数,分析PRC1mRNA表达水平与LUAD患者的临床特征、总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）的关系。采用基因集富集分析（GSEA）预测PRC1相关的基因通路。结果TIMER数据库分析结果显示,17种肿瘤组织中PRC1mRNA表达水平均高于正常对照组织。TCGA数据库、GSE31210和GSE75037数据集结果提示,LUAD组织中PRC1mRNA表达水平均明显高于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义（均P＜0.01）。HPA数据库的免疫组化结果提示,PRC1蛋白在LUAD组织中呈高表达。TCGA数据库分析结果提示,PRC1mRNA表达水平与LUAD患者的性别、吸烟、T分期、N分期和TNM分期均有关（均P＜0.01）。TCGA数据库、GSE31210和GSE68465数据集结果提示,除GSE68465数据集中的PFS外,其余PRC1高表达组患者PFS和OS均差于低表达组（均P＜0.05）。单因素和多因素Cox分析表明,PRC1mRNA表达水平是影响LUAD患者OS和PFS的独立危险因素（均P＜0.05）。GSEA结果提示,PRC1高表达样本富集在有丝分裂纺锤体、G2M检查点、E2F信号通路、DNA修复等基因集中。结论LUAD中PRC1mRNA表达水平上调,PRC1高表达提示LUAD患者的预后差,可作为LUAD患者治疗的潜在靶点。     

USP39在肝细胞癌中的表达及其与预后、免疫浸润的相关性分析

目的探究去泛素化酶USP39在肝细胞癌(Liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及其与预后、免疫浸润的关系,并预测其生物学功能。方法从癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas, TCGA)数据库和国际癌症基因组协会(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)数据库获取原始数据,采用表达差异分析、临床相关性分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析USP39在评估肝细胞癌患者预后中的作用。采用ICGC对USP39在TCGA-LIHC中的表达及生存分析进行验证。应用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis, GSEA)软件预测USP39可能参与的分子通路,并分析USP39与潜在靶基因的相关性。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource, TIMER)数据库分析USP39与肝细胞癌免疫浸润的关系。结果 USP39在肝细胞癌组织中显著高表达(均FDR<0.05),USP39表达...     

TRIM21与胰腺癌临床病理特征及免疫浸润的相关性分析

目的：探讨三结构域蛋白家族成员21(tripartite motif 21,TRIM21)在胰腺癌中的表达及其与临床病理特征、预后及免疫浸润的关系。方法：应用Oncomine与GEPIA数据库分析TRIM21在胰腺癌中的mRNA表达水平;利用基因富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）预测TRIM21可能参与的信号通路;TIMER数据库分析TRIM21在胰腺癌中的表达水平与免疫细胞浸润丰度的相关性,并通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行验证;免疫组织化学染色（immunohistochemistry,IHC）检测TRIM21在87例胰腺癌组织及36例癌旁组织中的蛋白水平,并分析其与临床病理特征、预后的关系。结果：TRIM21在胰腺癌组织中明显高表达,且与患者无复发生存时间负相关（P=0.041）;GSEA分析证实TRIM21参与胰腺癌患者免疫相关信号通路;TIMER数据库分析显示胰腺癌中TRIM21表达水平与B细胞（P=7.87e-06）、CD8+T细胞（P=1.18e-04）、巨噬细胞（P=1.43e-02）、中性粒细胞（P=2...     

BUB1基因在胃癌组织中高表达： 基于Oncomine数据库及生物信息学方法

目的 探讨细胞周期有丝分裂纺锤体检测点丝/苏氨酸激酶（BUB1）基因在胃癌（STAD）中的表达及临床价值。方法 分别运用Oncomine、GEPIA、BioGPS和Kaplan-Meier Plotter等数据库分析BUB1基因在胃癌组织和正常胃组织的表达差异,并且分析BUB1表达水平与胃癌患者生存预后之间的关系;利用癌症细胞系全科百科全书（CCLE）分析BUB1分别在胃癌组织T细胞和B细胞中的表达,利用String数据库绘制BUB1相关蛋白网络图及基因本体（GO）功能注释,并对京都基因和基因组百科全书（KEGG）相关通路进行分析。采用肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析BUB1在免疫浸润物中的表达及对胃癌患者生存预后的影响。为进一步验证Oncomine数据库基因芯片的结果,我们选择成都医学院第一附属医院2018年3月~2019年7月收治的胃癌患者30例,经外科手术获得胃腺癌组织30份,同时获取的癌旁正常组织30份作为对照组,通过PCR和免疫组化技术对Oncomine数据库中BUB1基因表达的数据进行验证。结果 Oncomine、GEPIA、BioGPS分析显示：与正常胃组织相比,BUB1在胃癌组织中呈现高表达（P<0.05）。通过Kaplan-Meier生存分析发现,BUB1基因高表达的胃癌患者无进展生存期（HR=0.52,95%CI=0.41~0.67,P<0.05）、总生存期（HR=0.67,95%CI=0.55~0.82,P<0.05）均有所延长。通过string数据收集到与BUB1相关 蛋白主要富集于13类细胞学组分、4类分子功能和12类生物学过程,并参与了4条信号通路。TIMER数据库分析显示在免疫微环境中高表达BUB1 mRNA的CD4+T细胞和巨噬细胞对胃癌患者5年生存预后较好。实时定量PCR结果提示胃癌组织样本 BUB1的表达水平（4.345±0.421）明显高于配对的癌旁正常胃粘膜组织（1.583±0.122）（t=34.63,P<0.05）;免疫组化结果提示胃癌组织BUB1染色成阳性。结论 胃癌组织中BUB1基因呈现高表达,BUB1可能具有减少肿瘤免疫抑制作用可协助评估胃癌患者的预后情况。     

基于生物信息学研究性别决定区Y框4在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的 研究性别决定区Y框4(SOX4)在肝细胞癌组织中的表达及其与肝细胞癌临床病理特征和预后的关系.方法 采用生物信息学方法分析、挖掘肿瘤基因公共数据库,研究SOX4基因在肝细胞癌中的差异表达,分析SOX4基因表达与肝细胞癌临床病理特征的关系;采用Kaplan-Meier法分析SOX4基因表达与肝细胞癌患者预后的关系;通过基因集富集分析(GSEA)探索肝细胞癌中SOX4基因相关的生物学过程和信号通路.结果 SOX4 mRNA在肝细胞癌组织中的表达水平高于癌旁组织(P<0.01),且与肝细胞癌的肿瘤分期和肿瘤大小有关(P<0.01,P<0.05).SOX4低表达组肝细胞癌患者的总生存期和无复发生存期均长于SOX4高表达组患者(P均<0.01),且在不同的肝细胞癌分期亚组中均呈现相同的预后趋势.多因素Cox回归分析结果表明SOX4基因表达水平是肝细胞癌患者的独立预后因素(P<0.01).SOX4基因主要通过调控DNA复制、肌醇需求酶1介导的未折叠蛋白反应、有丝分裂细胞周期阻滞、肿瘤蛋白p53活性和Wnt信号通路等在肝细胞癌中发挥致癌基因作用.结论 SOX4基因在肝细胞癌组织中表达增加,与肝细胞癌患者的不良预后有关.     

CDCA8对肝细胞癌患者预后的影响

目的：肝细胞癌预后相关的分子标志物对提高患者生存质量和改善疗效至关重要,本研究旨在探究细胞分裂周期相关基因8(cell division cycle associated 8,CDCA8)对肝细胞癌预后的影响及潜在分子机制。方法：432例肝细胞癌样本的转录组数据及对应患者的临床信息下载自肿瘤基因表达图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库。分析肿瘤组织和正常组织中CDCA8 mRNA差异;根据CDCA8 mRNA中位数将肝细胞癌患者分为高表达组和低表达组,绘制生存曲线。采用Kruskal检验分析CDCA8与肿瘤分期、分级和T分期的相关性。采用单因素和多因素Cox回归分析探究CDCA8能否作为肝细胞癌患者的独立预后因子。采用基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）探究CDCA8在肝细胞癌中的潜在作用机制。结果：CDCA8在肿瘤组织中的mRNA水平明显高于正常对照组织（P<0.001）,CDCA8高表达患者的生存率明显低于低表达组（P<0.001）。随着肿瘤分期（P<0.001）、分级（P<0...     

基于数据库探讨NEDD8在头颈鳞癌中的表达及其预后价值

目的通过数据库探讨神经前体细胞表达下调因子8（NEDD8）在头颈鳞癌中的表达及其预后价值。方法利用Oncomine和UALCAN数据库分析NEDD8在头颈鳞癌组织和正常组织中的表达差异;运用GEPIA数据库和Kaplan-MeierPlotter在线分析NEDD8表达与头颈鳞癌患者生存率的关系;采用cBioPortal数据库分析头颈鳞癌患者中NEDD8基因改变情况。进一步通过LinkedOmics数据库寻找NEDD8共表达基因,并进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果NEDD8mRNA在头颈鳞癌中表达水平显著高于正常组织,且与患者临床肿瘤分期、病理肿瘤分级、淋巴转移分期等显著相关（均P＜0.05）。生存曲线分析显示,NEDD8高表达组头颈鳞癌患者总生存率显著低于低表达组（P＜0.05）。NEDD8突变与HNSCC患者生存率无明显关系。NEDD8基因可能参与翻译延伸和蛋白折叠等生物学过程,并在核糖体、蛋白运输和嘧啶代谢通路等方面富集。结论NEDD8基因在头颈鳞癌患者中高表达且提示患者预后较差。NEDD8基因可能是潜在的头颈鳞癌生物标志物和治疗新靶点。     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

基于TCGA数据库分析PODNL1基因在肾透明细胞癌中的表达及临床价值

目的探讨Podocan样1(PODNL1)基因在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达和临床价值。方法从TCGA数据库下载KIRC患者的PODNL1基因转录本测序数据和临床资料;利用WilCox检验分析比较PODNL1基因在KIRC组织和正常组织样本中的表达;Kaplan-Meier方法分析PODNL1的表达与KIRC患者总体生存率的关系;通过WilCoxon符号秩检验和逻辑回归分析PODNL1基因表达与患者临床病理参数的关系;使用Cox回归分析PODNL1的表达对KIRC患者预后评估的价值;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测PODNL1 mRNA在各细胞系中的表达水平;使用基因富集分析(GSEA)分析PODNL1在KIRC中的作用机制。结果与正常组织相比,PODNL1在KIRC组织中显著上调(P<0.001);Kaplan-Meier分析显示KIRC患者中PODNL1高表达组的总体生存率低于低表达组(P<0.001);PODNL1的表达与KIRC患者的临床病理参数包括肿瘤分级(P<0.001)、临床分期(P<0.001)、肿瘤浸润深度(P<0.001)、淋巴结浸润(P=0.001)、远处转移(P=0.001)呈显著相关。Cox回归分析提示PODNL1是KIRC的独立预后分子。RT-qPCR结果显示PODNL1在KIRC细胞系中高表达(P<0.05);GSEA分析结果显示高表达PODNL1中几条肿瘤相关的信号通路呈富集。结论 PODNL1在KIRC组织中高表达,并与KIRC的恶性进展相关,可能是预测患者预后的分子标记物。     

基于TCGA数据库探索POLA2基因在肝癌中的表达及其与预后的相关性

目的 探索DNA聚合酶α亚基B（POLA2）在肝癌中的表达,分析POLA2表达与肝癌患者临床病理特征和预后的关系。方法 利用肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库和qRT-PCR技术分析POLA2在肝癌组织及肝癌细胞中的表达水平,利用人类蛋白表达图谱（HPA）数据库评估POLA2蛋白在肝癌组织中的表达水平;应用ROC曲线评估POLA2对肝癌诊断的敏感性,采用Logistic回归分析POLA2表达与肝癌临床病理特征的相关性,通过Kaplan-Meier法、单及多因素Cox回归模型分析POLA2的表达与肝癌患者预后的关系。并进一步寻找TCGA数据库中POLA2共表达基因,进行基因本体（GO）生物功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。同时通过肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析POLA2与肝癌免疫浸润的相关性。结果 POLA2在肝癌组织和肝癌细胞中呈显著高表达（均P<0.05）,ROC曲线下面积为0.954。POLA2表达与肝癌TNM分期、组织学分级和临床分期均密切相关（均P<0.01）,单及多变量Cox分析表明高表达的POLA2可作为肝细胞癌（HCC）的独立生物学标志物。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,POLA2基因可能参与保持解旋酶活性和DNA依赖的ATP酶活性,主要富集于细胞周期、DNA复制和范可尼贫血通路。TIMER数据库分析显示POLA2与免疫浸润细胞（Th2细胞、B细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞）具有显著正相关（均P<0.01）。结论 POLA2表达与肝癌患者预后及免疫浸润具有相关性,可作为肝癌诊断及预后评估的重要生物学靶标。     

凋亡诱导因子2在乳腺癌中的表达及其相关作用

目的 利用生物信息学方法分析凋亡诱导因子2(apoptosis-inducing factor 2,AIFM2)在乳腺癌患者肿瘤组织中的表达及作用机制。方法 检索GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、UALCAN数据库中AIFM2的研究信息,分析该基因在乳腺癌中的表达。利用Kaplan-Meier方法分析AIFM2的表达与乳腺癌患者生存及临床病理因素间的关系。同时应用LinkedOmic数据库筛选与AIFM2共同表达的基因,并对靶标基因进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析,并通过肿瘤免疫评估资源(tumor immune estimate resource, TIMER)数据库探究AIFM2表达与肿瘤组织中免疫细胞浸润的相关性。结果 GEPIA数据库分析发现AIFM2基因在乳腺癌组织中的表达显著低于癌旁组织(P<0.05);Kaplan-Meier Plotter数据库生存分析显示AIFM2基因高表达患者组的无复发生存期、总...     

HYAL1表达与头颈鳞状细胞癌进展和预后的关系

  目的  本文旨在检查透明质酸酶1(HYAL1)在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达水平及其与头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的生存关系。  方法  收集2008—2015年浙江省人民医院行根治性切除的HNSCC患者资料构建组织芯片，通过免疫组织化学检测了258例患者切除的肿瘤标本和附近组织中HYAL1的表达。  结果  HYAL1在HNSCC组织中的表达明显低于正常邻近组织(P < 0.001)。HYAL1的低表达与肿瘤大小(P=0.011)、淋巴结转移(P=0.025)和TMN分期(P=0.038)显著相关。此外，与高HYAL1表达者相比，低HYAL1表达者与短生存期显著相关(P=0.007)。HYAL1低表达患者的总生存期中位数为36个月，而HYAL1高表达患者的总生存期仍未达到中位数(超过74个月)。在本研究有限的病例中，未发现高表达或低表达HYAL1的患者在年龄、性别、病变部位、HPV感染、吸烟、饮酒、组织学分期有任何差异。  结论  HYAL1低表达与HNSCC患者的预后不良有关。HYAL1可能是临床上有价值的预后指标，并且是HNSCC治疗的潜在靶标。      

巨噬细胞移动抑制因子和结缔组织生长因子在食管癌中的表达及其与预后的关系

目的研究食管癌组织中巨噬细胞移动抑制因子(macrophage migration inhibitory factor,MIF)和结缔组织生长因子(connective tissue growth factor,CTGF)的表达情况及其对预后的影响。方法应用免疫组织化学染色法检测MIF和CTGF在84例食管癌组织中的表达水平,应用Cox回归模型和Kaplan-Meier生存曲线分析其与患者预后的关系。结果本组病例3年生存率为59.5%(50/84)。MIF和CTGF的表达与肿瘤浸润深度(P=0.006,P=0.011)和肿瘤的临床分期(P=0.023,P=0.006)密切相关。单因素生存分析表明,MIF和CTGF低表达组较高表达组均有生存优势,差异均有统计学意义(P<0.05)。Cox模型多因素分析表明,食管癌组织中CTGF表达水平、临床分期和肿瘤分化程度是影响食管癌患者生存的独立预后因素(P<0.05)。结论食管癌组织中CTGF高表达、肿瘤低分化和临床分期较晚与患者预后不良显著相关。     

基于公共数据库分析TNFAIP2在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的 探讨肿瘤坏死因子α诱导蛋白2 (TNFAIP2)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达情况及其临床意义。方法 通过TIMER2.0、癌症基因组图谱(TCGA)、ONCOMINE和UALCAN数据库,分析TNFAIP2 mRNA在正常肾脏和ccRCC组织中的表达差异,及其与临床指标和免疫细胞丰度的相关性;利用Kaplan-Meier曲线数据库分析预后情况。采用Western blotting检测人肾脏正常细胞系HK-2和人肾癌细胞系786-O、ACHN中TNFAIP2的表达,并应用实时PCR在24个配对的肾癌组织与癌旁肾脏正常组织样本中检测TNFAIP2的表达量。结果 公共数据库分析结果显示,TNFAIP2在ccRCC组织中异常高表达(P <0.001),且TNFAIP2的高表达与肿瘤的分期、分级、淋巴结转移、免疫细胞Th1和Treg丰度密切相关(P <0.001); Kaplan-Meier曲线分析表明TNFAIP2表达与患者的预后有关,其高表达提示病情恶化及总生存期缩短(P <0.001);受试者操作特征曲线显示TNFAIP2表达可用于评估患者的诊断预测效率(曲...     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

 目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白（matrix gamma linolenic acid protein,MGP）基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法 通过The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Genotype-Tissue Expression（GTEx）数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource（TIMER）网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果 与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+ T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关（P < 0.05）。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关（P < 0.05）。结论 在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。     

基于TCGA数据库分析CANX在急性髓系白血病中的表达及其临床意义

目的：探索CANX与急性髓系白血病（AML）患者预后及免疫细胞浸润的关系。方法：通过TIMER数据库探索CANX在TCGA肿瘤及正常组织样本中的表达情况。通过R语言发现AML及健康样本间CANX的表达差异。通过Kaplan-Meier法和Log-Rank检验评估CANX表达与AML患者生存的关系。使用R语言分析CANX表达与患者临床性状、药物敏感性及免疫细胞浸润的相关性。结果：CANX在13种肿瘤及正常组织样本间的差异表达具有统计学意义（P<0.05）。CANX高表达与AML患者预后良好相关（P<0.05）。这在GSE37642数据集中得到验证。CANX表达与患者年龄、生存状态、FAB分期及核型均相关（P<0.05）。CANX高表达、低龄及良好染色体核型均是AML预后良好的独立预测因素（P<0.05）。CANX表达可能影响AML患者对多种药物的敏感性（P<0.05）。且CANX表达与M1巨噬细胞及CD8 T细胞表达正相关。结论：CANX可能作为一种新的潜在生物标志物，未来用于预测患者预后并指导患者精准诊疗。