吉林省常见的几种委陵菜ITS序列比对

目的:用PCR扩增吉林省常见委陵菜ITS序列,对其PCR产物进行序列分析,找出其序列的差异,为委陵菜种间鉴别及鉴定提供科学依据。方法:分别从几种吉林省常见委陵菜的叶片中提取总DNA,以被子植物ITS通用引物进行扩增,扩增产物经纯化后直接测序。结果:几种委陵菜中除所采集委陵菜属杂交植物而种属内ITS序列有一定差异外,其他...     

吉林省常见的5种委陵菜trnL-F序列比对

目的 用PCR扩增5种吉林省常见委陵菜trnL-F序列,对其PCR产物进行序列分析,找出其序列的差异,为委陵菜种间鉴别及鉴定提供科学依据.方法 分别从5种吉林省常见委陵菜的叶片中提取总DNA,以trnL-F特异性引物进行扩增,扩增产物经纯化后直接测序.结果 5种委陵菜内trnL-F序列完全一致.而不同种委陵菜间ITS序列差异明显.结论 不同种委陵菜间trnL-F序列有明显差异,因此trnL-F序列分析及其衍生的方法可用于不同委陵菜的种属鉴别.     

天麻ITS序列的聚合酶链反应扩增

目的:为天麻核糖体DNA中的内转录间隔区(internal transcribed spacer ,ITS)序列分析提供可靠、特异的聚合酶链反应(PCR)条件.方法:选择ITS序列通用引物对天麻ITS序列进行PCR扩增,对一系列PCR条件参数进行摸索,同时对PCR产物进行纯化后直接测序.结果:天麻ITS序列PCR扩增产物约为750 bp,不同来源样本存在有一定的差异.经测序后与Genebank中相关序列比对,天麻ITS序列总长度为598 bp,其中ITS1为235 bp,ITS2为209 bp,5.8S为154 bp,G C(%)为52%.结论:扩增天麻ITS序列的PCR反应条件可以得到可靠、特异的结果.     

阳春砂的ITS序列分析

目的：用ITS全序列鉴别各地产阳春砂及常见伪品。方法：从各地产阳春砂及常见伪品绿壳砂和海南砂中提取总DNA，以核基因组通用引物ITS为引物进行扩增，扩增产物经纯化后，用PCR产物直接法进行测序。结果：各样品的ITS序列总长度均为626bp，其中ITS－1序列长度为248bp,5.8S序列长度为155bp，ITS－2序列长度为223bp；6个阳春砂和绿壳砂的ITS－2序列完全一致，各样品的5．8S序列完全一致，在ITS-1可各样品却有不同的碱基位点。结论：ITS－1序列可对阳春砂的道地性作出鉴别，明显区分其伪品。     

冬虫夏草与其混伪品北虫草的ITS测序鉴别

目的:从分子水平鉴别冬虫夏草与其混淆品北虫草。方法:从冬虫夏草及其常见混淆品北虫草中提取DNA,以核基因组通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果:测得各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和28S rDNA部分序列,分别为冬虫夏草459bp、北虫草548bp;二者ITS具显著差异,其中ITS1差异性达33.31%、ITS2差异性达26.67%。结论:ITS序列可有效地鉴别冬虫夏草及其混淆品北虫草。     

韩茵陈等3种药材基源rDNA内转录间隔区的序列分析鉴定

目的:建立一种简便、实用的亲缘关系相近的茵陈类药材DNA分子鉴定方法;找出中韩两国茵陈药材在遗传学上的差异.方法:采用聚合酶链反应产物直接测序法对3种茵陈(茵陈蒿、韩茵陈和白莲蒿)进行鉴别.从3种茵陈的组织材料中提取DNA,扩增rDNA的内转录间隔区(internal transcribed spacers, ITS)和5.8 s的序列.对扩增产物进行了DNA序列分析.结果:韩茵陈、白莲蒿在PCR产物凝胶电泳图谱上有明显差异,且DNA序列分析结果差异为3.96%,韩茵陈和茵陈蒿在遗传学上存在差异.结论:用rDNA的ITS序列分析法鉴别茵陈类药材,方法简便、准确.     

金银花nrDNA ITS区聚合酶链反应条件的研究

目的:金银花nrDNA ITS区序列G C含量为68%,用常规的PCR方法扩增效果差.本研究通过改变扩增程序及使用改性剂的方法显著提高了金银花nrDNA ITS区的扩增效率.方法:分别从金银花叶及药材中提取总DNA,通过优化扩增条件,对nrDNA ITS区进行扩增,并比较了两种优化方法的差别及适应性.方法1:提高变性温度至97℃;方法2:添加混合改性剂(DMSO 4%-甘油10%).结果:与方法1相比,方法2可降低变性温度5 ℃,升高退火温度9 ℃,降低镁离子浓度至0.5 mmol/L,降低Taq DNA聚合酶用量至0.1 U(30 μl体系),PCR产物量显著提高,且可消除植物DNA粗提物中杂质的干扰.结论:通过提高退火温度及添加改性剂可克服高G C含量金银花nrDNA ITS区序列扩增的困难,该方法的建立有助于解决植物来源DNA模板的PCR扩增问题.     

常见曲霉菌的反向斑点杂交技术的研究

目的 建立常见曲霉菌的反向斑点杂交诊断技术.方法 针对曲霉菌内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)保守基因设计引物和杂交探针,对探针标记、固定在尼龙膜,形成一种杂交膜与PCR产物进行斑点杂交,显色.结果 真菌通用引物扩增常见曲霉菌ITS2基因DNA片段,大小为350bp左右.构建了常见曲霉菌的反向斑点杂交膜,与其PCR产物反应特异性好,灵敏度高.结论 利用PCR技术和反向斑点杂交技术鉴定常见的曲霉菌,方法特异性好、灵敏度高,符合临床需要,能为侵袭性真菌感染提供新的选择.     

ITS结合RPS0两步PCR快速鉴定临床5种假丝酵母菌

目的:建立快速准确鉴定常见假丝酵母菌种类的基因检测技术。方法:提取假丝酵母菌基因组DNA;第一步PCR用通用引物扩增ITS基因;第二步三重PCR用种特异性引物扩增RPS0基因;分别对已知及未知样本检测、验证。结果:ITS基因扩增,光滑假丝酵母菌(Cg)和克柔假丝酵母菌(Ck)分别得到与预期结果吻合的881bp和419bp的PCR产物;白假丝酵母菌(Ca)、热带假丝酵母菌(Ct)和近平滑假丝酵母菌(Cp)的ITS扩增片段均略大于500bp;RPS0三重PCR对Ca、Ct和Cp DNA扩增,分别得到约310bp、147bp及110bp的片段,与预期结果相符;30株已知假丝酵母菌两步PCR检测结果,种类符合率为100%;43株未知样本两步PCR鉴定结果,经RPS0扩增产物序列测定,符合率亦为100%。结论:建立了ITS通用基因结合RPS0种特异基因鉴定5种常见假丝酵母菌种类的两步PCR技术,该技术简单、快速、准确及廉价;对双重感染患者更有鉴别优势,有临床应用价值。     

战备消毒包内细菌来源分析

[目的]探讨高原地区自然环境中战备消毒包内细菌来源.[方法]根据战备消毒包内金黄色葡萄球菌、木糖葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌和人葡萄球菌筛选战备仓库空气同种细菌不同菌株,提取基因组DNA,以其为模板,对16SrRNA和23SrRNA的转录间隔区(internal transcribled spacer,ITS)序列进行PCR扩增,将扩增产物回收测序,结果用Blast进行比对.[结果]金黄色葡萄球菌、木糖葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌和人葡萄球菌DNA PCR扩增产物分别在1000 bp、1100bp、850 bp、1000 bp左右显现单一特异性条带;ITS序列相似性约为99％～100％.[结论]战备消毒包内细菌来源于空气细菌.