基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的：探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理变化中的应用价值。方法：应用含有４０９６条人类全长基因的ｃＮＤＡ表达谱芯片,对３例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。结果：在３例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因３９８条,其中新基因２８９条,老基因１０９条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因３７条,其中在胰腺癌组织中上调基因２０条,下调基因１７条。结     

人胰腺癌血小板活化生长因子及其受体基因表达

目的：观察胰腺和癌变标本中血小板活化生长因子ＰＤＧＦ及其受体ＰＤＧＦＲ基因表达的变化关系，探讨ＰＤＧＦ及其ＰＤＧＦＲ在肿瘤袭和转移过程中的作用。方法：用Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交方法，采用ｃＤＮＡ探针（ＰＤＧＦ Ａ、Ｂ，ＰＤＧＦＲ－α、－β）对两株胰腺癌细胞（ＰａＴｕ８９８８、ＰａＴｕ８９０２）、１５例胰腺癌手术切除标本和８例正常胰腺组织标本进行了分子杂交检测。结果：正常胰腺组织中，在ＲＮＡ水平，ＰＤＧ     

利用基因芯片技术研究人胰腺癌相关基因

目的:观察人胰腺癌基因表达谱的变化,研究胰腺癌发生、发展过程中的相关基因,并探讨基因表达谱芯片技术在筛查肿瘤相关基因中的应用价值.方法:应用含有4 096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对9例临床切除的胰头导管腺癌标本组织抽提及纯化的mRNA进行芯片杂交,并对基因表达谱进行分析研究.结果:按差异显著阳性标准,从4 096个基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因184条,其中87条表达上调,97条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期、信号转导、细胞外基质、细胞骨架和运动蛋白、转录因子、DNA损伤修复基因、凋亡相关蛋白以及核糖体蛋白等相关编码基因.其中有11条为尚未在GenBank登录的人类新基因.结论:运用cDNA表达谱芯片分析基因表达谱,能够快速筛查出新的肿瘤相关基因,并高效率地对基因功能进行研究.     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的：制备人胎盘基因表达谱芯片，并用于基因差异表达分析。方法：用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探讨打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组与三氧化二砷处理的K562细胞总RNA，纯化mRNA后反转录成cDNA，再以限制性显示技术进行荧光标记，将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交，杂交后清洗芯片，干燥后对芯片进行扫描，分析杂交结果。结果：建立了较可靠的制备与检测基因表达谱芯片的方法，并筛选出45个差异表达基因片段，结论：制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

乙酰化转移酶抑制剂对人肝癌细胞SMMC-7721基因表达的影响

目的通过研究乙酰化转移酶抑制剂（TSA）对人肝癌细胞SMMC-7721基因表达谱的影响，初步探讨TSA对肝癌细胞抑制作用的机制。方法用含有3072个样点，覆盖2748个肿瘤相关的基因的XproTMHC-Ⅲplus基因表达谱芯片来研究TSA对肝癌细胞基因表达的影响。分离纯化采作任何处理的肝癌细胞和用TSA处理过的肝癌细胞的mRNA。制备荧光标记的cRNA靶物（Cy3或Cy5标记）。靶物与基因芯片杂交。用Axon4000B型扫描仪进行芯片荧光信号扫描。利用计算机分析用TSA处理过的肝癌细胞和未处理的肝癌细胞基因表达的差异。结果在2748个基因中，有显著性差异的基因共191个，其中TSA处理组相对于未处理组基因上调2倍以上的有173个，TSA处理组相对于未处理组基因下调0．5倍以下的基因18个。结论TSA通过调控多个基因共同作用采抑制肝癌细胞的生长。这些基因在肝癌的发病中可能起着非常重要的作用。     

乙型肝炎病毒相关性肝癌与p53基因变化的关系

目的：探讨与ＨＢＶ感染相关的肝癌其ｐ５３基因变化及意义，方法：收集１６例西安地区的肝癌及其旁肝组织，应用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交检测了组织中ＨＢＶＤＮＡ的状态，免疫组化确定ＨＢＶ的ＨＢｓＡｇ，ＨＢｘＡｇ和肿瘤抑制基因Ｐ５３蛋白的分布，采用ＰＣＲ扩增后直接ＤＮＡ序列分析，检测了ｐ５３基因第５～８外显子的基因序列。结果：１６例中１３例ＨＢＶＤＮＡＳｏｕｔｈｅｒｎ杂交阳性，１０例癌组织和１３例癌旁组织ＨＢｘ     

Gene expression profile differences in high and low metastatic human ovarian c ancer cell lines by gene chip

目的：用基因芯片技术研究高低转移人卵巢癌细胞系（HO-8910PM和HO-8910）基因表达谱差异,筛选与转移相关的基因。方法：按一步法分别抽提高低转移人卵巢癌细胞和对照正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA;分别将等量的高低转移人卵巢癌细胞及对照组织的mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在2张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。经洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用ImaGene3.0软件对扫描图像进行数字化处理,计算机分析高低转移人卵巢癌细胞系之间及与正常卵巢上皮基因表达谱差异。结果：人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因。高转移人卵巢癌细胞系HO-8910PM细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有323个基因。高转移人卵巢癌细胞系HO-8910PM与母系HO-8910比较差异2倍以上共有165个基因,其中两株细胞系比较差异3倍以上共有21个基因。结论：两株人卵巢癌细胞系与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异,提示这些基因与卵巢癌的发生和发展及高转移特性有关。本实验说明利用基因芯片对基因表达谱的检测可以为人体卵巢癌的基因诊断、治疗和预防提供新的方向。     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

用肿瘤转移基因芯片筛查乳腺癌转移相关基因表达谱

目的：研究人乳腺癌组织转移相关基因表达谱，观察乳腺癌转移过程中有关基因的功能。方法：挑选399个与肿瘤转移相关的基因克隆，经PCR纯化后，点布于多聚赖氨酸包备的玻片上。提取正常乳腺组织及乳腺癌组织的总RNA，反转录后标记cDNA探针，与cDNA微阵列杂交。使用ScanArray4000共聚焦激光扫描仪扫描芯片。结果：81个基因与乳腺癌组织转移相关，包括癌基因、抑癌基因、运动因子、粘附因子、细胞凋亡调节因子、基质金属蛋白酶、血管形成因子等。结论：多个基因参与乳腺癌转移过程，它们共同作用，调节肿瘤细胞的生物学特性，促使乳腺癌转移和进展。     

不同遗传背景及增龄对大鼠高血压胰岛素抵抗相关基因表达谱的影响

目的：探讨不同遗传背景以及增龄对大鼠高血压胰岛素抵抗相关基因表达谱的影响,筛选高血压胰岛素抵抗相关基因.方法：以自发性高血压（SHR）大鼠和Wistar-Kyoto（WKY）大鼠为动物模型,用S4000点基因表达谱芯片分别检测不同遗传背景（14wk SHR大鼠和14wk WKY大鼠）的大鼠肾组织差异表达基因、增龄（SHR大鼠从5wk增龄至14wk）对SHR大鼠肾组织基因表达谱的影响,并从中随机选取2个差异表达基因,用RT-PCR方法进行验证.结果：①SHR大鼠增龄后肾组织中差异表达基因209个;14wk SHR大鼠与14wk WKY大鼠相比较肾组织差异表达基因有166个;②根据SHR大鼠增龄及不同遗传背景大鼠肾组织2种基因表达谱芯片检测结果显示,两者共同差异表达基因11个,其中免疫相关基因2个、代谢相关基因4个、其他类型基因5个.结论：代谢、免疫相关基因表达差异可能在高血压胰岛素抵抗发病中起重要作用.     

人PTN基因在脑胶质瘤、肝细胞癌、喉鳞癌中的表达研究

目的：运用基因表达谱芯片和原位杂交技术观察人PTN（pleiotrophin) 基因在某些恶性肿瘤中的表达,并探讨其在肿瘤发生发展中的作用。方法：用BioDoor 4096型cDNA基因表达谱芯片和原位杂交技术检测PTN基因在5例脑胶质瘤、10例喉鳞癌、6例肝细胞癌及正常对照组织中的表达水平。结果：在上述肿瘤的基因表达谱芯片检测中,PTN基因表达均显著增高,与脑胶质瘤、喉鳞癌、肝细胞癌的原位杂交检测结果相吻合。结论：cDNA基因表达谱芯片能够为恶性肿瘤的相关基因功能分析提供特异和可靠的数据。PTN基因在恶性肿瘤的发生机制中可能起重要作用。     

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的：应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法：按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总ＤＮＡ并纯化ｍＲＮＡ;将４０９６种人类基因ＰＣＲ产物用ＣａｒｔｅｓｉａｎＰｉｘｓｙｓ７５００点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照组织和喉鳞癌组织ｍＲＮＡ分别逆转录合成荧光分子掺入的ｃＮＤＡ－链做探针,混合后杂交上述基因芯片,经严格洗片后用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描仪扫描芯片     

基因表达谱芯片发现36条喉鳞癌相关基因

目的：研究探讨喉鳞癌发生、发展中相关基因群的表达和初步功能。方法：按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成BioDoor4096型微矩阵表达谱芯片;采用条件优化的一步法抽提喉鳞癌及正常组织总RNA,用Qiagen公司Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子（Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和严格洗片后,用SanArray3000荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,利用计算机分析肿瘤及正常组织中差异表达的基因。对所获得的基因进行分子生物信息学分析。结果：在4096种基因中,喉鳞状细胞癌与正常组织间存在差异表达的基因。在所检测的4对临床标本中,发现有差异表达的基因36条（0．88％）。生物信息学分析显示,该36条差异表达基因与肿瘤的发病机制可能存在相关性。结论：喉鳞状细胞癌的发生、发展中存在多因素表达调控的改变,对于相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制。     

基因芯片检测耐PHT点燃鼠脑突触可塑性基因的表达

目的:探索与鼠同源的人类已知基因在苯妥英钠耐药和非耐药癫痫鼠脑中的差异表达,了解难治性癫痫形成(PHT)机制。方法:建立耐药和非耐药组癫痫大鼠模型,成功后,处死动物,取出脑组织,常规抽提,逆转录生成PHTmRNAcDNA后,应用含有条人类基因的表达谱芯片,检测两者间基因表达谱的差异。4096cDNA结果:发现耐和治疗有效癫痫PHTPHT鼠与神经元突触可塑性有关的基因有条存在差异表达。18结论:突触可塑性增强可能是难治性癫痫形成的重要原因。     

应用基因芯片技术筛查肺癌变相关基因的研究

目的 使用基因芯片技术研究肺鳞癌及化学致癌物诱导入气管上皮细胞恶性转化的癌变相关基因。方法 应用含4096条人类全长基因的cDNA芯片分别检测6例肺鳞癌和6例正常肺组织的基因表达谱;并用上述芯片研究苯并(a)芘代谢产物BPDE[anti-Benzo(a)pyrene diolepoxide,BPDE]和结晶型硫化镍所诱导的人支气管上皮细胞恶性转化与正常的人支气管上皮细胞系(16HBE)在基因表达谱上的差异;将3类标本共同的差异表达基因确定为肺癌变的相关基因。结果 在肺鳞癌／正常肺组织之间、BPDE诱导的恶性转化细胞／正常16HBE细胞之间及硫化镍诱导的恶性转化细胞/正常16HBE细胞之间发现差异表达基因分别为171条、143条和151条。通过比较,发现89条与肺癌变相关的共同基因,其中表达显著增加的基因39条,它们是：癌基因6条;细胞周期相关基因4条;细胞增殖基因6条;肿瘤转移基因8条;神经内分泌基因3条;耐药基因1条;凋亡抑制基因1条;氧化基因1条;其他基因9条。表达显著下降的基因50条,它们是：抑癌基因7条;DNA修复基因11条;抗氧化基因1条;GST基因家族3条;细胞骨架基因3条;凋亡诱导基因2条;信号传导基因5条;细胞因子及其受体基因5条;细胞代谢基因7条,细胞外基质基因1条;其他基因5条。结论 cDNA基因芯片技术能有效地研究基因的表达谱,筛查出肺癌变相关基因。     

基因芯片技术在胰腺癌相关基因研究中的应用

目的　应用基因芯片技术比较胰腺癌组织与正常胰腺组织基因表达谱的差异 ,以寻找新的诊断指标和治疗位点。方法　将 12 80 0 0个人类全长基因的PCR产物点样在特殊处理后的玻片上制备基因芯片。采用逆转录的方法分别将Cy5 dUTP标记胰腺癌组织mRNA、Cy3 dUTP标记正常胰腺组织mRNA以制备探针。将每一标本的混合探针与芯片杂交 ,用ScanArray 30 0 0荧光扫描仪扫描荧光信号。应用ImaGene3.0软件分析、计算每点的Cy5和Cy3信号值。以Cy5 /Cy3比值的自然对数绝对值 >0 .6 9为标准 ,筛选差异表达基因。结果　在所检测的 6例胰腺癌标本中 ,共有 5 4个基因有差异表达 ,其中胰腺癌组织中表达上调基因 32个 (包括基因库中已登录基因 2 4个 ) ,表达下调基因 2 2个 (包括基因库中已登录基因 15个 )。结论　基因芯片技术为阐明胰腺癌特异基因表达谱提供了强有力的工具。     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

一条全长胰腺癌相关新基因的初步研究

目的 对应用cDNA芯片技术筛选出的一条全长胰腺癌相关新基因进行鉴定.方法 对应用cDNA芯片技术筛选出的一条全长胰腺癌相关新基因进行测序和生物信息学分析,应用RT-PCR和Northern blot检测该基因在12例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织以及4种胰腺癌细胞株中的表达情况.结果 生物信息学分析显示新基因定为于染色体4p15,有一包含501 bp的ORF,拟编码由166个氨基酸组成的蛋白质,其理论分子量为18 293.23,等电点为8.57.BLASTp分析发现,该蛋白与一种人类假想蛋白FLJ90013同源性大于90%,可能为该假想蛋白家族新成员.RT-PCR显示新基因在12例胰腺癌组织和4种胰腺癌细胞株中均表达,而在正常胰腺组织中未见表达.Northern blot分析得到相同的结果.结论 新基因与胰腺癌的发生、发展密切相关,可作为胰腺癌诊断和基因治疗的分子靶标.