骨碎补治疗骨质疏松性骨折的网络药理学研究

目的运用网络药理学探索骨碎补治疗骨质疏松性骨折的作用机制。方法首先采用TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、中药靶标及疾病靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,得出中药-疾病靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松性骨折的14个有效成分和51个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括类固醇激素受体活性、核受体活性、转录因子活性、类固醇结合、参与凋亡过程的半胱氨酸型内肽酶活性、泛素样蛋白连接酶结合、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡信号通路、丙肝信号通路、乙肝信号通路等。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松性骨折的作用机制,为中药现代化研究提供了思路。     

基于网络药理学探析复方菝葜治疗非小细胞肺癌的机制

目的：通过网络药理学探究复方菝葜（FFBQ）治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的潜在作用机制。方法：从《中华人民共和国药典》、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中国知网、PubChem中收集归纳FFBQ中8味药材的成分、归经及靶标信息;以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为条件筛选FFBQ的潜在活性成分及靶标;通过OMIM、GeneCards、DisGeNET疾病数据库查询NSCLC相关靶标。利用STRING平台构建成分-疾病靶标的蛋白-蛋白互作网络;采用Cytoscape 3.7.1软件实现归经、药材-活性成分-靶标等多层次复杂网络关系的可视化。对经网络筛选获得的关键靶标,在DAVID平台进行基因本体（GO）注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并通过分子对接模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况。结果：肺经和肝经为FFBQ治疗NSCLC的主要病位。筛选到FFBQ的99个潜在活性成分,可作用于63个与NSCLC共享的交集靶标,并通过MAPK、PI3K-Akt和JAK-STAT等信号通路参与细胞周期调控、信号转导、细胞增殖调控等,发挥治疗NS...     

基于网络药理学探讨黄柏治疗湿疹的作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在GeneCards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络...     

基于网络药理学探讨《温疫论》中药防治新型冠状病毒肺炎分子机制

目的:收集《温疫论》中复方的药物组成、活性成分、潜在靶标,探讨其靶标与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)之间的联系以及多成分、多靶标的治疗机制.方法:录入《温疫论》中33首处方,并对用药频次、性味归经进行统计分析.从TCMSP、ETCM数据库检索活性化合物,用TCMIP预测靶点后构建网络,并在Metascape对靶标...     

基于网络药理学探寻β-谷甾醇的作用机制

目的:通过网络药理学分析探寻β-谷甾醇的潜在作用机制.方法:首先,利用PubChem数据库下载β-谷甾醇的2D结构,利用PharmMapper数据库预测靶标信息,再将结果中输入UniProt数据库提取靶标的基因名,然后利用TTD数据库查询到靶标对应的疾病信息,STRING数据库构建基因功能关联网络,利用DAVID数据库...     

网络药理学方法探讨活血化瘀中药治疗冠心病作用机理

目的:采用网络药理学方法研究活血化瘀中药,探索其治疗冠心病有别于西药的独特作用机理。方法:选择活血化瘀中药丹参、红花、川芎、灯盏花、桃仁、三七、赤芍为研究对象,依据TCMD2009数据库得到其对应的322个化学成分,进而在STITCH数据库中搜集得到与化学成分对应的218个靶标;选取治疗冠心病的临床常用西药的作用靶标;通过文献查找与冠心病密切相关的靶标;利用Reac-tome数据库找到靶标所在的通路;采用Cytoscape软件分别构建出活血化瘀中药作用网络、西药作用网络及冠心病疾病网络模型。结果:网络拓扑结果分析表明,所建立3个网络模型是服从幂律分布的无标度网络,无标度特性值按冠心病、西药和中药分别为γ1=1.741,γ2=1.719,γ3=1.808,网络模型具有稳定性和鲁棒性。3个网络对比计算筛选得到中药与西药治疗冠心病相同的作用节点138个,中药独特作用节点397个。结论:中药治疗冠心病确存在有别于西药治疗的独特作用途径,有待深入分析和挖掘。     

清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在物质基础研究

目的:探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在物质基础。方法:在TCMSP数据库检索获取清肺达原颗粒所有中药的性味归经、成分、作用靶标,分析组成中药的共有成分信息,下载分子结构文件;在GeneCard与OMIM数据库检索新型冠状病毒肺炎相关疾病靶标,获取与清肺达原颗粒的共同靶标,利用Cytoscape3.7.0统计软件构建"成分-靶标"网络;将作用靶标导入STRING11.0平台进行蛋白互作分析;通过DAVID平台对靶标进行基因本体及信号通路分析;在PDB数据库检索获取血管紧张素转换酶2及新冠病毒3CL水解酶的晶体结构,借助AutoDockTool、Vina软件与主要活性成分进行分子对接。结果:清肺达原颗粒所含中药的性味归经以"苦""寒"归肺、脾二经为主;筛选获得中药活性成分182个,作用靶标247个,疾病靶标253个,药物-疾病共有靶标48个;通过蛋白相互作用分析与聚类分析获得蛋白互作网络及3个核心网络;通过基因本体富集获得生物过程338条,靶标数量排列前5的分别是:RNA聚合酶II启动子转录的正调控、药物反应、炎性反应、凋亡过程、凋亡过程的负调控;获得细胞定位33条,靶标数量排列前5的分别是:胞质、细胞核、细胞质、细胞外空间、核质;涉及分子功能56条,靶标数量排列前5的分别是:蛋白质结合、相同蛋白结合、酶结合、蛋白质均聚活性、细胞因子活性;通过KEGG富集获得P≦0.05的信号通路115条,主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等;分子对接结果显示清肺达原颗粒所含主要活性成分与受体具有很好的结合性。结论:清肺达原颗粒的多种主要活性成分可通过多种生物学途径对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络...     

基于整合药理学平台探究半夏白术天麻汤治疗高血压的分子机制

目的:探讨半夏白术天麻汤治疗高血压的分子机制。方法:综合利用中药整合药理学平台(TCM-IP)的中药方剂数据库、中药材数据库、中药成分数据库和疾病/症状靶标数据库的信息和分析功能,检索方中中药所含的化学成分信息,构建半夏白术天麻汤作用的潜在靶标和疾病靶标之间的相互作用网络,然后富集计算核心靶标,进行基因功能分析和通路分析,再进一步构建"中药材-化学成分-核心靶标-关键通路"多维关系网络。结果:对半夏白术天麻汤预测共得到90个活性成分,包括生物碱、核苷、黄酮、皂苷、有机酸等;涉及287个核心靶标,其中包括13个直接靶标,如腺苷酸环化酶,G蛋白偶联β1受体,葡萄糖激酶等;涉及神经系统、内分泌系统、循环系统、雌激素信号通路、趋化因子信号通路、促性腺激素释放激素信号通路等相关生物过程和信号通路。结论:半夏白术天麻汤通过调节神经递质浓度和活性异常、改善胰岛素抵抗、调节炎症因子的产生、抑制炎症反应等过程来发挥保护血管内皮细胞的药理作用,进而达到治疗高血压的临床疗效,为全面阐释该方的作用机制提供了参考。     

基于网络药理学研究甘草-石榴皮复配抗紫外线致皮肤光损伤的保护作用机制

目的:应用网络药理学的方法及工具研究甘草-石榴皮复配的潜在协同保护皮肤光损伤作用机制,为中药复方现代化及新药创新发现提供依据。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库结合所查文献,获得甘草-石榴皮复配后的活性成分及所对应的靶标;将所得靶标输入蛋白质数据库(UniProt)中,查询靶标对应的基因名称。通过检索疾病相关网站CTD数据库,GeneCards数据库以及OMIM数据库,获取防晒相关靶标;通过在线String数据库分析作用靶标之间的相互作用关系,筛选出预测的核心作用靶标。利用DAVID数据库,进行预测靶标的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件做网络图;利用在线网站Draw Venn Diagram将疾病靶标与药物预测靶标之间的关系用Venn图呈现;利用R Studio软件绘制GO富集和KEGG通路富集分析图。通过GOLD软件进行活性成分与核心靶标之间的分子对接。结果:收集到甘草-石榴皮复配活性成分16个,包括甘草素、甘草苷、山柰酚、槲皮素等。主要涉及蛋白激酶B1(AKT1),白细胞介素(IL)-6,血管内皮生长因子A(VEGFA),肿瘤坏死因子(TNF),抑癌基因(TP53)这5个核心靶点,涉及乙型肝炎,癌症信号通路,弓形虫病,美国锥虫病,肿瘤坏死因子信号通路等通路发挥防晒作用。结论:该研究基于网络药理学的方法,初步探究了甘草-石榴皮复配后的皮肤光保护作用靶标与通路,进一步印证了中药多成分、多靶点治疗疾病的特点,为中药复方的现代化研究提供一定的科学思路。     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank, GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用DAVID 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。     

中药抗凝血作用的网络药理学

目的:运用计算机网络药理学技术对抗凝血中药所含化学成分的分子作用机制进行预测。方法:从数据库中收集抗凝血中药小分子、靶标数据;使用计算机虚拟筛选软件进行分子-靶标的相互作用研究;利用网络构建软件建立中药-分子-靶标之间的网络,并分析其意义。结果:筛选出一批抗凝血中药活性分子,并对其作用机制进行了初步探讨。结论:计算结果预示抗凝血中药的作用机制可能包括抗凝血、抗血栓和抑制血小板3个方面;部分抗凝血中药分子同时作用多个靶标,调节多种抗凝血效果;抗凝血中药分子不仅对单个靶标因子表现出强的活性,而且可以同时调节多个靶标,药物分子间相互调节、相互补充,共同发挥活血化瘀的功效。     

基于网络药理学探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎的分子作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的潜在分子作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索新伤丸中16个药味中含有的活性成分,筛选有效活性成分及其潜在作用靶点;运用GeneCards数据库获取与KOA相关的靶标基因,采用Cyt...     

基于网络药理学及分子对接研究黄连温胆汤治疗Z综合征作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨黄连温胆汤治疗Z综合征的可能作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中药成分数据库(TCMID)筛选并收集黄连温胆汤的活性成分及其对应靶标。利用Uniprot数据库获取药物活性成分对应靶标的基因,并与通过人类基因组注释数据库(GeneCards)和《人类孟德尔遗传》数据库(OMIM)所获得的人Z综合征(OSAS合并MS)相关基因进行比较,获得黄连温胆汤与Z综合征重合的潜在作用靶标基因。使用Cytoscape3.7.2软件绘制黄连温胆汤的"疾病-药物-成分-靶标-通路"网络图。通过String数据库获取潜在作用靶标之间的相互作用数据表,然后导入Cytoscape3.7.2软件构建靶蛋白质相互作用网络图。然后基于bioconductor提供的人类基因注释数据库org.Hs.eg.db,利用R语言的clusterfiler程序包对黄连温胆汤治疗Z综合征的潜在作用靶标进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。结果:得到黄连温胆汤治疗Z综合征有134个候选活性成分,包括木犀草素、槲皮素、黄芩素、小檗碱、黄芩苷等;65个潜在作用靶标,包括AKT1、IL6、VEGFA和MMP-9等;116条通路,包括MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路。分子对接表明,木犀草素、槲皮素、黄芩素可与3个关键候选靶蛋白(IL-6、AKT1、MMP-9)有较好的结合性。结论:黄连温胆汤可能通过作用于IL6、VEGFA和MMP-9等靶标及MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路干预Z综合征的发生发展。     

基于整合药理学的安子调冲方改善复发性流产合并抗磷脂综合征的分子机制研究

目的 探究安子调冲方（ATF）治疗复发性流产合并抗磷脂综合征（RSA/APS）的分子作用机制。方法 在中医药整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)收集ATF组方的化学成分及作用靶标,同时收集RSA/APS疾病靶标,应用GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库完善RSA/APS靶标,预测ATF治疗RSA/APS的潜在靶标;在STRING平台对潜在靶标进行蛋白互作网络（PPI）的构建;对潜在靶标进行生物过程（GO）分析和通路富集（KEGG）分析,构建“中药复方-成分-潜在靶标-关键功能及通路”的网络,对网络中核心化学成分进行ADMET水平分析。结果 共收集到ATF中的化学成分256种、靶标847个和疾病靶标500个,ATF和RSA/APS靶标进行互作关系分析获得潜在靶标45个。靶标主要富集于核因子-κB(NF-κB)进入细胞核的正调节、炎症应答、生成白介素-6(IL-6)的正调节和趋化因子产生的正调控等功能;主要富集于NF-κB信号通路和Toll样受体信号通路等通路。结论 ATF中化学成分可能通过NF-κB进入细胞核的正调节、炎症应答、IL-6的正调节及T...     

基于网络药理学探讨补骨丸治疗绝经后骨质疏松症的分子作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨补骨丸治疗绝经后骨质疏松症(Postmenopausal Osteoporosis,PMOP)的潜在分子作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索补骨丸中14味药中含有的活性成分,筛选有效活性成分及其潜在作用靶点;运用GeneCards数据库获取与PMOP相关的靶标...     

基于网络关键节点分析的中药防治冠心病机制研究

该文对冠心病疾病网络、防治冠心病西药作用网络和活血化瘀中药作用网络的交集部分进行分析,计算节点连接度、瓶颈值、中介性等11个网络节点特征参数值,建立了基于支持向量机算法的冠心病-西药交集网络中关键节点特征参数的潜在作用靶标辨识模型,其模型C,γ参数分别为5.14,-1.11,模型对正、负样本的预测正确率达到81.6%,79.2%,对测试集样本的预测敏感性、专一性和准确率分别为81.5%,78.3%,79.6%。并利用模型预测了冠心病-活血化瘀中药交集网络中的潜在作用靶标,共获得180个阳性靶标、42个阴性靶标。本文以钙连蛋白、白介素-1、肿瘤坏死因子等9个阳性靶标为例探讨阐释了中药防治冠心病的作用机制。研究表明网络潜在关键靶标分析方法有助于发掘活血化瘀中药防治冠心病的潜在作用靶点,可为从分子层次和系统层面上揭示中药作用机制提供方法学支持,对中药的作用机制阐释和新药研发具有指导 意义 。     

基于网络药理学的生脉散用于COVID-19恢复期治疗的物质基础与作用机制研究

目的：利用网络药理学方法探索“生脉散（SMS）”用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19）恢复期治疗的物质基础与作用机制。方法：结合中华人民共和国药典并从TCMSP、在线分析平台(ETCM、TCMID、HIT）以及Chemdb数据库搜索SMS复方中每味中药的归经和成分。药物成分潜在靶标通过PharmMapper、DrugBank、E-TCM和Swiss Target Prediction 4个数据库进行预测。然后，运用String数据库进行SMS药物成分靶标与COVID-19之间靶蛋白相互作用关系的分析，接着利用Cytoscape软件进行网络的构建和分析。最后用DAVID和FunRich数据库对候选靶标进行富集分析。结果：生脉散里的3味中药均归属于肺经，从生脉散复方中共筛选出21个符合选择标准的化学成分，主要包括常见的皂苷类化学成分如人参皂苷Rh4、醇类化学成分如β-谷甾醇，木脂素类化学成分如五味子素，另外还有生物碱类、黄酮类和萜类等化学成分。预测得到中药化学成分相关靶标457个，COVID-19靶标51个。通过String分析发现，化学成分中的70个靶标与COVID-19的29个靶标之间存在着紧密的相互作用；通路富集分析表明，候选靶标富集的通路主要包括癌症相关的多条通路、FoxO信号通路、病毒致癌作用信号通路等。结论：SMS中的有效活性成分可能通过作用于CUL2、NUP62、RAE1等多个靶点进而调节多条信号通路来起到抑制新型冠状病毒肺炎作用，研究结果将为进一步研究提供重要信息依据。     

基于网络药理学联合分子对接技术探讨肾疏宁防治肾间质纤维化的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨肾疏宁防治肾间质纤维化的潜在机制.[方法]通过检索TCMSP、Uniprot等数据库获得肾疏宁中药的化学成分,并找出其对应的靶点.通过GeneCards、OMIM、TTD等数据库筛选药物靶点和疾病靶点.运用Cytoscape软件构建"成分-靶标-通路-疾病"网络;进而对靶点进行KEGG信号通路...     

基于整合药理学平台探究三棱抗血栓形成及抗血小板聚集的分子机制

目的:探讨三棱抗血小板聚集及抗血栓形成的分子机制。方法:利用中药整合药理学平台(TCM-IP)的中药材数据库、中药成分数据库和疾病靶标数据库的数据信息和分析功能,检索三棱所含的化学成分信息,构建三棱作用的潜在靶标和疾病靶标之间的相互作用网络,然后富集计算核心靶标,进行基因功能分析和通路分析,再进一步构建"中药材-化学成分-核心靶标-关键通路"多维关系网络。结果:对三棱预测活性成分主要包括黄酮、酚酸等成分,如山柰酚、三棱酸等;抗血栓形成涉及202个核心靶标,包括蛋白激酶Cδ(PRKCD),葡萄糖激酶(GCK),腺嘌呤核糖核苷酸活化蛋白激酶α-2催化亚基等;涉及内分泌系统、循环系统、神经退行性疾病等相关生物过程和信号通路。抗血小板聚集涉及136个核心靶标,包括PRKCD,细胞色素C氧化酶蛋白7C(COX7C),GCK等;涉及帕金森病、循环系统、神经退行性疾病等相关生物过程和信号通路。结论:三棱主要通过调控中枢神经系统的神经递质活性达到调节血管内皮细胞黏附分子表达以及血小板线粒体功能介导血小板的凋亡,从而发挥抗血栓形成及抗血小板聚集的药效作用。