内蒙古地区结核分枝杆菌串联重复序列基因多态性分析

目的 了解内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)基因多态性和VNTR基因型构成,及不同VNTR位点在该地区结核分枝杆菌基因分型中的应用。 方法 从内蒙古自治区结核病防治研究所收集临床分离的结核分枝杆菌菌株及其病例背景资料,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)对收集的菌株进行22个VNTR 位点分析,计算Hunter-Gaston 指数(HGDI),分析各个位点的分辨率, 同时用BioNumerics 软件对VNTR结果进行聚类分析。且统计学分析民族与主要基因型间的关系。 结果 372株菌共分为308个基因型,47簇,261个独特基因型,成簇率为17.20%。22个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点VNTR3820(HGDI 0.838)的分型分辨能力最高,MIRU23(HGDI 0.068)和MIRU27(HGDI 0.083)分型分辨能力较差。随着VNTR 位点的增加,分型的分辨能力也有所提高。Ⅰ群基因型菌株与民族易感性的分析表明,汉族与蒙古族间Ⅰ群基因型菌株分布差异无统计学意义(χ2=0.337, P=0.561>0.05)。 结论 内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,不同VNTR位点在内蒙古地区结核分枝杆菌中具有不同的分辨能力。且Ⅰ群基因型为该地区主要流行株,而Ⅰ群基因型菌株与民族易感性间无关联。     

可变数目串联重复序列在宁波地区结核分枝杆菌基因分型研究中的应用

目的 应用可变数目串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对宁波地区138株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨宁波地区结核菌株DNA多态性和基因型特征。 方法 根据文献选取7个分型效果较好的VNTR基因位点,应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,分析结核分枝杆菌DNA多态性。 结果 共对138株结核分枝杆菌的7个VNTR位点进行了检测,共产生7个基因簇和123个独立基因型,成簇率为5.8%,VNTR-7位点基因分型技术分辨率指数(HGI)为0.9991,VNTR-3820位点的多态性最高。 结论 宁波地区的结核分枝杆菌存在较高的基因多态性,且VNTR-7位点基因分型技术有较高的分辨力,适用于宁波地区结核病分子流行病学研究。     

新疆结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因型的初步研究

目的研究新疆结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型,初步了解其基因型多态性状况及主要流行株。方法在新疆维吾尔自治区胸科医院收集一个连续时间段的结核分枝杆菌临床分离菌株,采用比例法检测进行耐药性检测、间隔寡核苷酸分型(Spoligotyp ing)方法进行分型研究。基因聚类分析采用B ioNum erics 5.0数据库软件,统计学分析采用χ2检验,P0.05为差异有统计学意义。结果共收集到结核分枝杆菌临床分离菌株175株,其中对利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇全敏感115株,耐药60株(包括单耐药31株和耐多药29株)。经Spoligotyp ing分型,这些菌株可分为4个基因群49种基因型,最大的1个基因群为北京家族,占68.57%(120/175)。北京家族中,敏感菌株63.87%(76/119),耐药菌株占36.13%(43/119);非北京家族中,敏感菌株68.52%(37/54),耐药菌株占31.48%(17/54),北京家族与非北京家族的耐药率之间差异无统计学意义(P=0.551)。结论新疆结核分枝杆菌临床菌株存在明显的基因多态性,主要流行菌株为北京基因型。北京基因型与耐药性无明显相关性。     

间隔区寡核苷酸分型法用于99株结核分枝杆菌杭州临床分离株的基因分型研究

目的　用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）鉴定杭州结核分枝杆菌临床分离株的基因分型种类和特征，为结核病防治研究提供基础科学依据。方法　收集结核分枝杆菌杭州临床分离株，应用Spoligotyping进行基因分型检测。基因聚类分析采用BioNumerics（Version 5.0）软件。结果　共在杭州市收集到99株结核分枝杆菌临床分离株，可分为2个基因群，即北京家族（Beijing family）和非北京家族（Non?鄄Beijing family），分别占64.65%（64/99）和35.35%（35/99），20种基因型，其中9株为独特类型，剩余90株分为11簇。北京家族菌株中，89.06%（57/64）为典型北京家族（Typical Beijing family），35株非北京家族菌株可分为16个基因型，10株为独特的基因型。结论　杭州结核分枝杆菌存在明显的基因多态性，北京家族菌株占优势，但非北京家族菌株基因多态性更显著。     

河南省结核分枝杆菌基因分型与耐药性分析

摘要:目的：研究河南省结核分枝杆菌基因型别与耐药性和地区分布关系。 方法：用间隔区寡核苷酸序列（Spoligotyping）基因分型技术对344株结核分枝杆菌进行分型。 结果：344株结核分枝杆菌分为4个基因群［Beijing和Beijing近似群(简称北京群)、T群、Manu2群、S和LAM3群］,共24个基因型,北京基因型有299株,占87.7%,但北京型与非北京型之间耐多药（MDR）株所占比例差异无统计学意义（χ²=1.46,P>0.05）;北京基因型在≤60岁感染者中分离率占83.6%;除个别地区外,不同地区间的分布无显著性差异。 结论：河南省结核分枝杆菌以北京基因型为主要流行型,与MDR和任意耐药无相关性,以≤60岁感染者居多,嵩县分离率略低。     

福建省长乐市80株结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因分型研究

目的研究福建省长乐市结核分枝杆菌临床分离株的基因型构成、主要流行株及其相关传播流行特征。方法选择15个可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR),对来源于长乐市结核分枝杆菌的临床分离菌株DNA进行检测,检测结果使用Bio Numerics 5.0软件进行聚类分析。结果 80株结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ7大基因群,以Ⅰ群为主,包含59(73.8%)个株菌;流动人口结核分枝杆菌基因群为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅷ,常住人口为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅷ;流动人口与常住人口的结核分枝杆菌VNTR基因型存在一定差异,但均以Ⅰ群为主。Ⅰ群菌株耐药性与其他基因群的耐药性差异无显著统计学意义(P0.05)。结论初步明确长乐市结核分枝杆菌菌株有7大基因群,存在明显的基因多态性,以Ⅰ群流行为主,应加强此群菌株流行的监控。     

IS6110限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型技术在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用

目的 评价IB6110-限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）和间隔区寡核苷酸分型技术（spoligotyping）两种方法在结核病流行病学上的应用，探讨我国各地区的结核分枝杆菌菌株特点。方法 收集158株结核分枝杆菌临床分离株，分别应用IS6110-RFLP和Spoligotyping两种方法进行鉴定。结果 （1）IS6110-RFLP的分辨力大于spoligotyping分型。（2）将本次试验结果与国际spoligotype数据库进行比较。结果 有14个类型属于共有类型，其中类型1为流行的类型，分布广泛，即所说的北京基因型。（3）广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义（P〈0．05）。广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论 同时应用IS6110-RFLP分型和Spoligotyping两种方法进行结核病流行病学调查研究非常有效，在中国不同地区的菌株具有不同的特点。     

中国结核分枝杆菌寡核苷酸基因分型及其耐药性分析

目的 选用间隔区寡核苷酸分型方法对有中国代表性的菌株进行基因分型,研究不同基因型在中国的流行情况,并分析基因型与耐药表型的关系.方法 中国疾病预防控制中心于2007-2008年,按照流行病学抽样的原则从中国31个省收集涂片阳性的结核病患者的临床分离株4 017株,采用比例法进行药物敏感性实验,选用寡核苷酸分型方法对菌株进行基因分型.基因型检出率差异比较采用x2检验.结果 在4017株结核分枝杆菌临床分离株中,北京基因型菌株包括2 500株(62.2％).北方地区来源菌株北京基因型检出率达76.5％(1 913株),高于南方地区检出率(53.2％,1 330株),差异有统计学意义(x2=219.69,P＜0.05).南方地区T1型检出率达13.3％(332株),高于北方地区检出率(4.3％,108株),差异有统计学意义(x2=88.07,P＜0.05).北京基因型在耐利福平(21.7％)、耐氧氟沙星(4.9％)和MDR( 11.3％)的比例都高于非北京基因型的相应菌株比例18.4％、2.4％和7.4％,差异有统计学意义(x2值分别为22.10、14.42和14.83,P均＜0.05).结论 北京基因型目前仍然是中国主要流行基因型,并且比例呈现出地域差别,北方地区显著高于南方地区.北京基因型菌株与耐利福平、耐氧氟沙星和MDR有关.     

新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征比较研究

目的 比较研究新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征。 方法 2008年3-12月从新疆维吾尔自治区与甘肃省的3个县(区)收集痰涂片阳性的结核病患者的临床分离株。收集患者的性别、民族、病史、菌株耐药谱和菌株来源资料。药物敏感性实验采用比例法。运用实时荧光定量PCR(Realtime PCR)和结核分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU-VNTR)基因分型方法鉴定北京基因型及亚型菌株并绘制系统发育树。 结果 在146份结核分枝杆菌分离株中,北京/W 系结核分枝杆菌84株,占57.5%。其中较现代的W菌/典型北京家族菌株66株,占78.6%。MIRU-VNTR基因分型方法将146株菌株分成140个基因型,其中包括134个独特型,6个成簇的基因型。 结论 在甘肃采样地区,北京/W 系的流行呈现明显优势,其中较为现代的W 菌/典型北京家族菌株的流行又呈较为明显的优势;而在新疆采样地区,以非北京/W 系菌株流行为主,两地结核分枝杆菌分子流行病学特征有明显区别。     

中国部分地区159株结核分枝杆菌临床分离株MLVA-19分型分析

目的初步了解中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株数目可变串联重复序列（variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征。 方法采用多位点VNTRs分析（multiple loci VNTRS analysis, MLVA）技术,随机选取159株中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株,PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对结核分枝杆菌的19个VNTRs位点进行检测,用BioNumerics (Version 5.0) 软件进行结果分析,数据结果与国际MLVA数据库（http://minisatellites.u-psud.fr）比对,初步分析结核分枝杆菌DNA 多态性特征。结果159株菌株大致被分成4个主要的簇,其中73.8%的菌株为北京家族菌株,其次为H37Rv相似菌株及在数据库中没有比对结果的一簇,这一簇的MLVA特点是ETRD3,MIRU10、MIRU27、MIRU39、MIRU40及Mtub21位点结果为22221,与其他簇的菌株结果有比较明显的区别。可能是中国特有的菌株。另外发现与BCG相似的一簇。结论本次研究中的中国结核分枝杆菌具有明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为北京家族菌株,可能存在中国特异的VNTR基因型。BCG临床分离株的发现,提示BCG疫苗相关病例可能成为值得关注的卫生问题。