新疆结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因型的初步研究

目的研究新疆结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型,初步了解其基因型多态性状况及主要流行株。方法在新疆维吾尔自治区胸科医院收集一个连续时间段的结核分枝杆菌临床分离菌株,采用比例法检测进行耐药性检测、间隔寡核苷酸分型(Spoligotyp ing)方法进行分型研究。基因聚类分析采用B ioNum erics 5.0数据库软件,统计学分析采用χ2检验,P0.05为差异有统计学意义。结果共收集到结核分枝杆菌临床分离菌株175株,其中对利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇全敏感115株,耐药60株(包括单耐药31株和耐多药29株)。经Spoligotyp ing分型,这些菌株可分为4个基因群49种基因型,最大的1个基因群为北京家族,占68.57%(120/175)。北京家族中,敏感菌株63.87%(76/119),耐药菌株占36.13%(43/119);非北京家族中,敏感菌株68.52%(37/54),耐药菌株占31.48%(17/54),北京家族与非北京家族的耐药率之间差异无统计学意义(P=0.551)。结论新疆结核分枝杆菌临床菌株存在明显的基因多态性,主要流行菌株为北京基因型。北京基因型与耐药性无明显相关性。     

骨结核临床分离菌株基因分型的特点

目的对小样本量骨结核临床分离菌株基因型的特点进行初步研究,以了解引起骨结核与肺结核的病原菌在基因型方面有无差异,为探讨两者之间的关系提供相关依据。方法利用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)和数目可变串联重复序列分析(VNTR)分型法对骨结核与肺结核的临床分离菌株进行分型,从而确定每株结核分枝杆菌的基因型。结果 Spoligotyping分型方法确定了在14株肺结核临床分离菌株中有9株为Beijing基因型,2株为T2基因型,另外3株分别为MANU2型、Haaslem3型以及未知型,VNTR可将14株肺结核临床分离菌株完全区分为14个基因型。而对于14株骨结核临床分离菌株来说,Spoligotyping和VNTR两种分型方法的结果均显示其具有完全相同的基因型。结论骨结核与肺结核临床分离菌株基因型差异巨大。特定型别(Spoligotyping:777777777777771,VNTR:013582202252)的结核分枝杆菌在骨结核流行菌株中占据主要地位,较之其他型别更易引起骨组织的病变。     

河南省结核分枝杆菌基因分型与耐药性分析

摘要:目的：研究河南省结核分枝杆菌基因型别与耐药性和地区分布关系。 方法：用间隔区寡核苷酸序列（Spoligotyping）基因分型技术对344株结核分枝杆菌进行分型。 结果：344株结核分枝杆菌分为4个基因群［Beijing和Beijing近似群(简称北京群)、T群、Manu2群、S和LAM3群］,共24个基因型,北京基因型有299株,占87.7%,但北京型与非北京型之间耐多药（MDR）株所占比例差异无统计学意义（χ²=1.46,P>0.05）;北京基因型在≤60岁感染者中分离率占83.6%;除个别地区外,不同地区间的分布无显著性差异。 结论：河南省结核分枝杆菌以北京基因型为主要流行型,与MDR和任意耐药无相关性,以≤60岁感染者居多,嵩县分离率略低。     

中国部分地区159株结核分枝杆菌临床分离株MLVA-19分型分析

目的初步了解中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株数目可变串联重复序列（variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征。 方法采用多位点VNTRs分析（multiple loci VNTRS analysis, MLVA）技术,随机选取159株中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株,PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对结核分枝杆菌的19个VNTRs位点进行检测,用BioNumerics (Version 5.0) 软件进行结果分析,数据结果与国际MLVA数据库（http://minisatellites.u-psud.fr）比对,初步分析结核分枝杆菌DNA 多态性特征。结果159株菌株大致被分成4个主要的簇,其中73.8%的菌株为北京家族菌株,其次为H37Rv相似菌株及在数据库中没有比对结果的一簇,这一簇的MLVA特点是ETRD3,MIRU10、MIRU27、MIRU39、MIRU40及Mtub21位点结果为22221,与其他簇的菌株结果有比较明显的区别。可能是中国特有的菌株。另外发现与BCG相似的一簇。结论本次研究中的中国结核分枝杆菌具有明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为北京家族菌株,可能存在中国特异的VNTR基因型。BCG临床分离株的发现,提示BCG疫苗相关病例可能成为值得关注的卫生问题。     

IS6110限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型技术在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用

目的 评价IB6110-限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）和间隔区寡核苷酸分型技术（spoligotyping）两种方法在结核病流行病学上的应用，探讨我国各地区的结核分枝杆菌菌株特点。方法 收集158株结核分枝杆菌临床分离株，分别应用IS6110-RFLP和Spoligotyping两种方法进行鉴定。结果 （1）IS6110-RFLP的分辨力大于spoligotyping分型。（2）将本次试验结果与国际spoligotype数据库进行比较。结果 有14个类型属于共有类型，其中类型1为流行的类型，分布广泛，即所说的北京基因型。（3）广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义（P〈0．05）。广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论 同时应用IS6110-RFLP分型和Spoligotyping两种方法进行结核病流行病学调查研究非常有效，在中国不同地区的菌株具有不同的特点。     

新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征比较研究

目的 比较研究新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征。 方法 2008年3-12月从新疆维吾尔自治区与甘肃省的3个县(区)收集痰涂片阳性的结核病患者的临床分离株。收集患者的性别、民族、病史、菌株耐药谱和菌株来源资料。药物敏感性实验采用比例法。运用实时荧光定量PCR(Realtime PCR)和结核分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU-VNTR)基因分型方法鉴定北京基因型及亚型菌株并绘制系统发育树。 结果 在146份结核分枝杆菌分离株中,北京/W 系结核分枝杆菌84株,占57.5%。其中较现代的W菌/典型北京家族菌株66株,占78.6%。MIRU-VNTR基因分型方法将146株菌株分成140个基因型,其中包括134个独特型,6个成簇的基因型。 结论 在甘肃采样地区,北京/W 系的流行呈现明显优势,其中较为现代的W 菌/典型北京家族菌株的流行又呈较为明显的优势;而在新疆采样地区,以非北京/W 系菌株流行为主,两地结核分枝杆菌分子流行病学特征有明显区别。     

结核分枝杆菌抗原PE35和PPE68基因多态性的初步研究

目的为研究结核分枝杆菌RD1区编码PE/PPE蛋白家族中的PE 35和PPE 68基因的多态性,并评估其基因多态性对免疫识别的影响。方法笔者从本实验室保存的来自国内不同地区的2346株结核分枝杆菌复合群临床分离株中,选取代表不同Spoligotyping类型的161株临床分离结核分枝杆菌菌株,基因扩增后进行序列比对,比较其在T细胞抗原表位的差异。结果在161株菌株中,23株显示有PE 35基因多态性,8株有PPE 68基因多态性。在PE 35基因中,除了菌株JL06018的突变外的其余突变都导致其T细胞抗原表位的改变。PPE 68基因中,62个T细胞表位中有58个(占93.5%)发生了改变。非北京家族PE 35基因的突变率明显高于北京家族(P0.05),而PPE 68基因突变虽是非北京家族高于北京家族,但差异无统计学意义。结论 PE 35和PPE 68的编码基因存在明显的多态性,并很有可能导致蛋白功能的明显改变。此外,这2个蛋白的人类T细胞表位是高度可变的,提示这2种蛋白可能通过参与分化选择来逃避宿主免疫。北京家族可能比非北京家族更容易被宿主T细胞识别,进而更容易传播。     

福建省长乐市80株结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因分型研究

目的研究福建省长乐市结核分枝杆菌临床分离株的基因型构成、主要流行株及其相关传播流行特征。方法选择15个可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR),对来源于长乐市结核分枝杆菌的临床分离菌株DNA进行检测,检测结果使用Bio Numerics 5.0软件进行聚类分析。结果 80株结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ7大基因群,以Ⅰ群为主,包含59(73.8%)个株菌;流动人口结核分枝杆菌基因群为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅷ,常住人口为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅷ;流动人口与常住人口的结核分枝杆菌VNTR基因型存在一定差异,但均以Ⅰ群为主。Ⅰ群菌株耐药性与其他基因群的耐药性差异无显著统计学意义(P0.05)。结论初步明确长乐市结核分枝杆菌菌株有7大基因群,存在明显的基因多态性,以Ⅰ群流行为主,应加强此群菌株流行的监控。     

2007－2020年上海市布鲁氏菌分离株分型方法研究

  目的  对2007 — 2020年上海市人间布鲁氏菌分离株进行分子特征分析,了解菌株基因分型和聚类,为布鲁氏菌病（布病）的预防和控制提供依据。  方法  收集2007 — 2020年上海市人感染布鲁氏菌临床分离株20株;采用生化方法和AMOS-PCR进行鉴定;运用多位点序列分型（MLST）、多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（SNP）分析3种方法进行分子分型;并与参考株进行聚类分析。  结果  20株布鲁氏菌均为ST8型羊种布鲁氏菌;被MLVA-8分为4个基因型,MLVA-16分为17个基因型,panel 2B具有多态性;SNP分析表明,20株临床分离株亲缘关系较近,与羊种布鲁氏菌聚类。  结论  2007 — 2020年上海市人感染布病分离株主要为ST8型羊种布鲁氏菌,分子分型方法可为上海市布鲁氏菌的溯源研究提供依据。     

浙江5个地区2010~2012年沙门菌流行特征及分子分型研究

摘要：目的：了解浙江部分地区沙门菌感染的流行病学特点,为防治提供科学依据。 方法：收集浙江省杭州、宁波、嘉兴、衢州、绍兴5个地区2010~2012年临床分离的沙门菌94株,对其进行血清分型、K-B纸片法药物敏感性试验。用二重PCR法检测毒力岛基因invA和毒力质粒基因spvB,并进行多位点序列分型;用多位点序列分型软件Dna SP version 5.0对7个管家基因进行核苷酸多态性分析。 结果：94株沙门菌共测出18种血清型,其中肠炎沙门菌29株（30.9%）,鼠伤寒沙门菌27株（28.7%）,甲型副伤寒沙门菌10株（10.6%）,纽波特沙门菌和伊鲁慕沙门菌各5株（5.3%）,猪霍乱沙门菌4株（4.3%）,伤寒沙门菌和婴儿沙门菌各2株（2.1%）,其余10种血清型均各分离到1株。94株沙门菌耐药率最高的为氨苄西林47株（50.0%）,耐药率最低的为头孢吡肟1株（1.1%）;非耐药菌株占所有菌株的46.8%（44/94）。毒力岛基因invA和毒力质粒基因spvB阳性率分别为97.9%（92/94）和45.7%（43/94）。94株沙门菌经MLST分析分为24种ST型,以ST11型菌株最多,占29.8%（28/94）;上报网站http://mlst.ucc.ie/mlst/新ST型5型,分别为ST1746、ST1747、ST1748、ST1749和ST1750。 结论：浙江5个地区临床分离的沙门菌以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,质粒毒力基因spvB在这两种主要血清型中有较多的分布。94株沙门菌的耐药情况尚好,非耐药株数量接近半数。血清分型与多位点序列分型存在一定的联系。     

Comparison between molecular epidemiology, geographical regions and drug resistance in Mycobacterium tuberculosis strains isolated from Iranian and Afghan patients

The aim of this study was to determine the prevalence of drug-resistant tuberculosis (TB) and its associated risk factors. The susceptibilities of Mycobacterium tuberculosis isolates were tested against four first-line antituberculous drugs and were typed by spoligotyping. Spoligotyping of M. tuberculosis strains resulted in 95 different patterns that were divided into three evolutionary groups (1-3). Eighty-six (90%) of the isolates had unique patterns that were reported for the first time. Interestingly, 9.4% of the strains belonged to the Beijing family. Multidrug resistance (MDR) was seen in group 1 of the evolutionary scenario. All M. tuberculosis isolates belonging to the Beijing family were associated with a resistance pattern. MDR was much higher in bacteria isolated from Afghan TB patients residing in Iran.     

中国结核分枝杆菌寡核苷酸基因分型及其耐药性分析

目的 选用间隔区寡核苷酸分型方法对有中国代表性的菌株进行基因分型,研究不同基因型在中国的流行情况,并分析基因型与耐药表型的关系.方法 中国疾病预防控制中心于2007-2008年,按照流行病学抽样的原则从中国31个省收集涂片阳性的结核病患者的临床分离株4 017株,采用比例法进行药物敏感性实验,选用寡核苷酸分型方法对菌株进行基因分型.基因型检出率差异比较采用x2检验.结果 在4017株结核分枝杆菌临床分离株中,北京基因型菌株包括2 500株(62.2％).北方地区来源菌株北京基因型检出率达76.5％(1 913株),高于南方地区检出率(53.2％,1 330株),差异有统计学意义(x2=219.69,P＜0.05).南方地区T1型检出率达13.3％(332株),高于北方地区检出率(4.3％,108株),差异有统计学意义(x2=88.07,P＜0.05).北京基因型在耐利福平(21.7％)、耐氧氟沙星(4.9％)和MDR( 11.3％)的比例都高于非北京基因型的相应菌株比例18.4％、2.4％和7.4％,差异有统计学意义(x2值分别为22.10、14.42和14.83,P均＜0.05).结论 北京基因型目前仍然是中国主要流行基因型,并且比例呈现出地域差别,北方地区显著高于南方地区.北京基因型菌株与耐利福平、耐氧氟沙星和MDR有关.     

结核分枝杆菌对替比培南联用-内酰胺酶抑制剂的敏感性分析

目的 研究替比培南（TBM）及联用-内酰胺酶抑制剂对结核分枝杆菌体外抑菌效果,分析菌株抗结核药物耐药表型和基因型与TBM药物敏感性的关联性。方法 选取128株抗结核药物敏感（DS）和耐多药/广泛耐药（M/XDR）结核分枝杆菌临床分离株,其中96株（75.0%）属于北京家族,32株（25.0%）属于非北京家族。采用96孔微孔板显色法检测菌株药物敏感性（最小抑菌浓度）。采用2检验分析菌株对TBM及联用不同抑制剂组合物的耐药率差异。结果 TBM/克拉维酸（CLA）的抑菌活性最高（MIC90,2 g/ml）,其次为TBM/阿维巴坦（AVI）（MIC90,4 g/ml）,分别有2株和5株耐药。不同耐药类型菌株中,DS菌株的TBM,TBM/AVI和TBM/CLA耐药率均高于M/XDR菌株,但差异均无统计学意义（P0.05）。不同基因型菌株中,北京基因型菌株TBM耐药率（60.4%）显著高于非北京基因型菌株（37.5%）（2=5.09,P=0.024）,差异有统计学意义（P0.05）,而二者对TBM/AVI的耐药率差异无统计学意义（P0.05）。结论 TBM联用CLA或AVI具有良好的体外抑制结核分枝杆菌效果,北京基因型与TBM耐药表型之间存在关联性,尚不能确定抗结核药物多重耐药表型与TBM耐药是否有相关性。     

浙江省宁波地区耐多药结核分枝杆菌北京基因型的流行及与喹诺酮耐药关系的研究

目的 初步探讨北京基因型耐多药结核分枝杆菌在宁波地区的流行现况及与喹诺酮类药物耐药相关性,为本地区耐多药结核病的有效防控及分子流行病学研究提供科学依据。方法 应用RD105缺失基因检测法对宁波市疾病预防控制中心收集的106例耐多药结核分枝杆菌临床分离株（MDR-TB）进行北京基因型鉴定,并采用1%比例法对106例MDR-TB菌株进行3种喹诺酮类药物左氧氟沙星（LFX）、氧氟沙星（OFX）、莫西沙星（MXF）耐药性检测。结果 106株MDR-TB菌株中,北京基因型83株（78.3%,83/106）,非北京基因型23株（21.7%,23/106）。北京基因型耐喹诺酮类药物28株（33.7%,28/83）,非北京基因型耐喹诺酮类药物6株（26.1%,6/23）,差异无统计学意义（2=0.483,P0.05）。结论 宁波地区MDR-TB流行以北京基因型为主,MDR-TB对喹诺酮类药物的耐药与北京基因型无关。     

北京市某中学结核病聚集性疫情的实验室鉴定结果分析

目的 采用实验室检测技术,分析2018年10月至2019年1月在北京市某中学结核病聚集性疫情中分离获得的菌株,为疫情的溯源和学校结核病防控提供一定的科学依据.方法 依据首发患者线索,对其及203名密切接触者实施实验室检测,包括结核抗体检测、γ-干扰素检测、痰涂片和痰培养,以及阳性菌株菌种鉴定、分子分型和成簇性分析等实验...     

浙江省杭州市结核分枝杆菌氧氟沙星耐药研究

目的 了解杭州市结核分枝杆菌对氧氟沙星的耐药情况及耐药菌株gyrA基因的突变特点。 方法 收集2010年4月至2012年6月杭州市各结核病定点医院分离培养的临床菌株,进行一线抗结核药物、氧氟沙星和卡那霉素敏感性检测,测定氧氟沙星耐药菌株gyrA基因的喹诺酮类药物耐药决定区(QRDR)序列。 结果 收集的1242株临床菌株中, 67株(5.39%)对氧氟沙星耐药,其中32株(47.76%)对氧氟沙星单耐药,23株为耐多药结核病(MDR-TB)菌株,占MDR-TB菌株的22.77%。选取55株耐药株进行gyrA序列分析,其中33株(60%)携带gyrA基因突变位点。突变位点包括第90和94位密码子,突变率分别为27.27%和32.73%。 结论 杭州市氧氟沙星单耐药患者的比例较高,MDR-TB患者中氧氟沙星耐药情况较严重,需加强结核患者的早期发现和用药管理。     

High prevalence of KatG Ser315Thr substitution among isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from northwestern Russia, 1996 to 2001

A total of 204 isoniazid (INH)-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis isolated from different patients in the northwestern region of Russia from 1996 to 2001 were screened by a PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) assay. This assay uses HapII cleavage of an amplified fragment of the katG gene to detect the transversion 315AGC-->ACC (Ser-->Thr), which is associated with INH resistance. This analysis revealed a 93.6% prevalence of the katG S315T mutation in strains from patients with both newly and previously diagnosed cases of tuberculosis (TB). This mutation was not found in any of 57 INH-susceptible isolates included in the study. The specificity of the assay was 100%; all isolates that contained the S315T mutation were classified as resistant by a culture-based susceptibility testing method. The Beijing genotype, defined by IS6110-RFLP analysis and the spacer oligonucleotide typing (spoligotyping) method, was found in 60.3% of the INH-resistant strains studied. The katG S315T shift was more prevalent among Beijing genotype strains than among non-Beijing genotype strains: 97.8 versus 84.6%, respectively, for all isolates, including those from patients with new and previously diagnosed cases, isolated from 1999 to 2001 and 100.0 versus 86.5%, respectively, for isolates from patients with new cases isolated from 1996 to 2001. The design of this PCR-RFLP assay allows the rapid and unambiguous identification of the katG 315ACC mutant allele. The simplicity of the assay permits its implementation into routine practice in clinical microbiology laboratories in regions with a high incidence of TB where this mutation is predominant, including northwestern Russia.