生物信息学在药物不良反应研究中的应用

目的 介绍生物信息学在药物不良反应(ADRs)机制研究中的应用.方法 通过对国内外相关文献的分析,并结合实际研究经验,对生物信息数据库及软件在ADRs事件监测,ADRs机制研究及新药的不良反应预测等方面的应用进行简明而系统论述.同时,对目前Internet上公众可获取的ADRs相关的生物信息学资源进行一定的汇总和归类.结果 事实表明,将生物信息学应用于ADRs机制研究和预测,是一种可行、前瞻和先进的尝试.结论 生物信息学在ADRs研究中的应用可以促进药物毒理学的发展,成为理性新药开发的重要组成,并标志着ADRs的研究进入了后基因组时代.     

生物信息学知识网络的构建

采用信息技术与计量学方法构建了生物信息学知识网络.生物信息学知识网络由知识分类模块、知识检索模块和知识报道模块3大结构组成.它强化了生物信息学的知识挖掘功能,主要表现在引文、相关文献和相关知识元的链接3个方面.     

PubMed收录禽流感相关文献的计量学分析

对1999～2005年PubMed收录的禽流感相关文献的年份、国别、期刊来源、多产作者、主题词和副主题词进行统计,并对有关数据进行分析,以明确禽流感相关文献分布特点和研究现状。     

鼻咽癌EMT相关基因的筛选及生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法 挖掘鼻咽癌上皮间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)发生的潜在分子机制.方法 从公共基因芯片数据库GEO(gene expression omnibus)中寻找并下载鼻咽癌的相关基因芯片数据,并使用Genclip软件对下载的数据进行分析,寻找鼻咽癌公共基因芯片数据中与EMT相关的基因,并用生物信息学方法 对筛选出来的基因作进一步分析.结果 在公共的鼻咽癌芯片数据中找到35个与EMT相关的差异表达基因,这些基因功能大致与细胞组分、细胞粘附、通信、信号转导、分化、运动、迁移以及细胞表面受体相关的信号转导等有关,这些功能往往都被认为与肿瘤的侵袭和转移有关.结论 利用生物信息学的方法 能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息.鼻咽癌EMT是由于多种基因表达改变所致,这为确定鼻咽癌早期转移诊断标志与预后的预示开辟了新的思路.     

PR（＋）／PR（-）乳腺癌差异表达microRNAs潜在作用通路的生物信息学分析

目的通过对乳腺癌中与孕激素受体（PR）状态相关的microRNAs差异表达谱进行生物信息学分析,探讨microRNAs在PR表达状态中可能参与的调控机制,为深入研究乳腺癌不同分子亚型的分化提供新思路。方法利用文献挖掘方法找到与PR状态相关的microRNAs差异表达数据集,然后利用生物信息学方法（Targetscan软件和DAVID数据库）预测microRNAs的靶基因,再对靶基因进行基因本体论（GO）富集和通路分析。结果通过文献挖掘找到3个差异表达microRNAs数据集．生物信息学分析获得3个相应靶基因集和1个靶基因合集。靶基因的GO分类主要涉及细胞内的信号级联、蛋白氨基酸磷酸化、蛋白质甲基转移酶活性及转录因子活性等生物学过程及分子功能。通路分析发现3条KEGG信号通路和3条BIOCARTA代谢通路可能参与不同PR表达状态的调节。结论通过生物信息学方法,初步分析了microRNAs在不同PR表达状态中可能参与调控的信号和代谢通路,为进一步探索microRNAs在乳腺癌不同分子亚型分化的调控机制奠定基础。     

抑郁症相关基因的文献计量分析

利用CBMdisc、Medline和PubMED数据库,通过主题词与自由词结合方式,检索2003—2007年国内外有关抑郁症相关基因研究论文,进行文献计量学分析,寻找国内外抑郁症相关基因方面的研究规律,为其临床诊疗提供参考。结果发现,中英文抑郁症相关基因论文文献呈增长趋势,国内外基因研究的内容大致相同但略有区别,这可能与特殊人群有关。同时确定了与抑郁症相关基因研究的8种中外文核心期刊。     

基于Cytoscape等生物信息学分析软件预测荜茇明碱抗肿瘤靶基因

荜茇明碱是从胡椒科植物中分离出的天然生物碱(酰胺类),具有多种药理作用。通过收集总结近20年来有关荜茇明碱的研究文献,总结其作用靶点,将明确的作用靶点提交到Cytoscape、Bingo等生物信息学分析软件中进行下一步文本挖掘,以预测其可能的生物学功能及相关靶基因。分析结果显示荜茇明碱对多种实体肿瘤及血液病均具有抑制作用,其作用机制主要包括血管生成转移、活性氧簇(ROS)、DNA损伤、诱导细胞凋亡、阻止细胞周期、逆转肿瘤细胞耐药6个方面。通过采用Cytoscape、Bingo等软件进行深入文献挖掘后发现,其抗肿瘤潜能主要涉及78个基因,包含4个主要的分子模块,其潜在靶基因指向可能与核酸变化以及细胞压力处理过程有关。以上分析结果将为荜茇明碱抗肿瘤作用的进一步研究提供新的研究方向。     

梅毒患者血清固定循证医学分析

为给临床治疗提供参考,对国内1995~2005年有关梅毒血清固定的基础研究和临床研究相关文献进行循证医学分析,结果缺少A级文献,B级文献1篇,属基础研究,疗效观察3篇,均为C级文献,由于有关的文献太少且质量不高,未能为临床治疗提供充分的指导、参考。     

国内心理学文献计量分析

利用《中国生物医学文献光盘数据库》(CBMdisc)检索1995～2002年有关心理学文献,从文献计量学角度对心理学文献年代分布、期刊来源进行分析,同时采用一种新的科技文献情报分析方法——相关主题词分析法,对近8年来CBMdisc收录的所有有关心理学主题文献中的主题词进行统计分析,探讨心理学的研究热点,提出心理学研究新动向和新方向及存在的问题,为今后心理学研究工作提供参考。     

2004-2013年国内图书馆电子资源绩效评价研究与展望

检索CAJD得到2004-2013年有关图书馆电子资源绩效评价文献591篇,采用文献计量学和文献回顾方法分析,发现国内相关研究主要集中在国外研究项目介绍、评价方法研究、评价指标建立等方面,指出了国内相关研究存在研究力量薄弱、研究内容偏理论化、研究方法缺乏可操作性、研究成果单一等问题,提出了以后应加强合作、重视实践研究。