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1.
目的汇总分析肝癌易感基因研究文献,并通过生物信息学方法筛选关键基因,为进一步的研究提供参考。方法检索Embase、Pubmed和BIOSIS Preview 3大文献数据库2001-01-2014-01相关文献,基于文献挖掘的方法统计肝癌易感基因,使用生物信息学方法对于易感基因进行分析。结果纳入相关文献共708篇,研究显示近3年论文发表增长明显。文献涉及201个基因,其中不同分级的基因本体论(Gene Ontology,GO)分类741种,京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路66种,这些基因主要与细胞损伤修复、免疫反应、细胞周期调节、炎症反应、DNA损伤修复、凋亡和抗原递呈等有关。KEGG通路主要是参与细胞受体信号传导通路、细胞周期调节、毒物降解、氨基酸和脂肪酸代谢等。在线STRING软件构建其中189个可翻译成蛋白的蛋白与蛋白相互作用网络图,提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互作用关系。进一步运用Cytoscape软件将STRING软件所构建的蛋白网络图可视化及量化,筛选出11个关键基因。结论通过对肝癌易感基因相关文献的文献计量学分析,对该研究领域的研究现状及发展趋势有了系统的认识。肝癌易感性相关基因种类繁多,针对关键基因的大样本研究及网络化的基因分析是未来的研究方向。 相似文献
2.
目的对结直肠癌诊断相关基因的临床资料进行分析,为寻找结直肠癌诊断相关关键基因提供参考。方法以Embase、Pubmed为文献检索数据库(2001年1月至2010年12月),对纳入的255篇文献分别对其出版年、国家、期刊、研究机构、作者及所研究基因进行计量学与生物信息学分析。结果结直肠癌诊断相关基因文章在2006年最高;发文量最多的国家、期刊、机构分别为China、Anticancer Res、Zhejiang University,Dimberg,Yang,Zhang 3个人发文量最多;其中KRAS是最为热点的基因(58篇);255篇文献共涉及193个结直肠癌诊断相关基因,其蛋白主要涉及细胞生理过程调节、细胞增殖、细胞周期、细胞周期调控、细胞程序调节等。Cytoscape分析Hub基因共有15个,bottleneck基因有12个。结论结直肠癌诊断相关基因成为研究热点,TP53、CTNNB1、CDH1、AKT1、EGFR、MYC、CCND1、ESR1等基因在结直肠癌诊断中可能起关键作用。 相似文献
3.
目的建立SD大鼠W256细胞皮下移植瘤模型。方法将W256细胞冻融后传代,调整细胞浓度后接种于大鼠腹腔,建立大鼠腹腔积液模型;以浓缩的腹腔积液接种于大鼠右侧后腿皮下,建立大鼠皮下移植瘤模型,定期测量肿瘤大小;接种2周后切取长势良好肿瘤2个,并于试验结束后切取所有肿瘤,行组织病理学检查。结果所有接种SD大鼠全部接种成功,生长良好,肿瘤周围无感染病灶;肿瘤接种后第4天可触及皮下小结节,接种后第3周肿瘤平均体积2.0cm×2.5cm×3.2cm,最大肿瘤长径达5.5cm;2周后切取肿瘤结节,大体观察可见多个灰白色结节,质软;光学显微镜下瘤细胞排列密集,细胞间无间质,瘤细胞呈团状或片状排列,核大,核仁明显,核分裂相多见,肿瘤内可见丰富的小血管;实验结束时肿瘤内均见不同程度片状坏死。结论采用浓缩腹腔积液注射法制作SD大鼠W256皮下移植瘤模型方法简单、成瘤率高,能为实验提供理想的动物模型。 相似文献
4.
目的通过对2001—2010国内外涉及的结直肠癌易感基因的临床研究资料进行生物信息学分析,为寻找结直肠癌预警关键基因提供参考。方法以Embase、Pubmed为文献检索数据库(2001年1月—2010年12月),对纳入的1 453篇文献所涉及的基因进行生物信息学分析。结果 1 453篇文献共涉及185个结直肠癌易感基因,其蛋白主要涉及细胞周期调控、细胞周期、细胞增殖、细胞周期负调控、内源性刺激反应、DNA损伤反应、DNA修复、凋亡调节等。Cytoscape分析Hub基因共有31个,bottleneck基因有15个。结论通过对结直肠癌易感基因的生物信息学分析,寻找其敏感和特异的基因及基因组合是目前的需要和以后的发展趋势。 相似文献
5.
目的了解近10年来乳腺癌转移相关基因的研究概况,寻找未来的研究方向。方法文献检索数据库为Embase、Medline/Pubmed及BIOSIS Preview 3个数据库。文献检索年限为2001年1月至2010年12月,对最终纳入的363篇文献的出版年、作者、国家、研究机构、发表期刊及基因进行计量学分析。结果近10年乳腺癌转移基因相关文献在2001~2007年间呈缓慢增长趋势,2008~2010年开始呈现明显上升趋势。发文量最大的国家、期刊、研究机构分别为中国、Breast Cancer Research andTreatment、天津医科大学。论文中涉及的乳腺癌转移相关基因共计567个,研究最多的基因为ERBB2。结论近10年间对乳腺癌转移相关基因的研究逐渐增多,中国在该研究领域也有一定的优势。采用多基因模型评估乳腺癌转移风险将是未来研究的趋势。 相似文献
6.
目的通过对乳腺癌中与孕激素受体(PR)状态相关的microRNAs差异表达谱进行生物信息学分析,探讨microRNAs在PR表达状态中可能参与的调控机制,为深入研究乳腺癌不同分子亚型的分化提供新思路。方法利用文献挖掘方法找到与PR状态相关的microRNAs差异表达数据集,然后利用生物信息学方法(Targetscan软件和DAVID数据库)预测microRNAs的靶基因,再对靶基因进行基因本体论(GO)富集和通路分析。结果通过文献挖掘找到3个差异表达microRNAs数据集.生物信息学分析获得3个相应靶基因集和1个靶基因合集。靶基因的GO分类主要涉及细胞内的信号级联、蛋白氨基酸磷酸化、蛋白质甲基转移酶活性及转录因子活性等生物学过程及分子功能。通路分析发现3条KEGG信号通路和3条BIOCARTA代谢通路可能参与不同PR表达状态的调节。结论通过生物信息学方法,初步分析了microRNAs在不同PR表达状态中可能参与调控的信号和代谢通路,为进一步探索microRNAs在乳腺癌不同分子亚型分化的调控机制奠定基础。 相似文献
7.
目的 通过文献挖掘与生物信息学分析的方法,探讨Her2(+)/Her2(-)乳腺癌之间差异表达的microRNAs可能涉及的生物学功能和信号通路.方法 在NCBI数据库的GEO子数据库及EBI数据库中的ArrayExpress子数据库开展检索,使用关键词“breast cancer”、“microRNA”进行检索,获取Her2(+ )/Her2(-)乳腺癌之间差异表达microRNAs.利用microRNAs靶基因预测软件预测所有差异表达microRNAs的靶基因,进行通路分析.结果 找到2个在Her2表型不同的乳腺癌中差异表达的microRNAs数据集,利用软件TargetScan预测差异表达microRNAs的靶向基因,取其合集进行富集分析,最后将富集得到的基因利用David数据库进行分析,从而得到了上述差异表达的microRNAs可能具有的生物学功能和参与的调节通路.结论 差异表达的microRNAs通过调节靶向基因参与不同信号通路,实现多种生物学功能. 相似文献
8.
9.
目的研究微波消融(MA)对小鼠黑色素瘤动物模型中T淋巴细胞亚群的比例和功能的影响。方法建立C57BL/6J小鼠B16-BL6黑色素瘤皮下移植模型;流式细胞术、免疫荧光法分别检测微波消融后荷瘤小鼠瘤内浸润T淋巴细胞比例变化和主要组织相容性复合体-Ⅰ(MHC-Ⅰ)的表达;ELISA法检测微波消融对肿瘤内T细胞细胞因子干扰素γ(IFN-γ)、白细胞介素-2(IL-2)、肿瘤环死因子-α(TNF-α)分泌的影响。结果微波消融组小鼠肿瘤内辅助性T细胞(Th)、杀伤性T细胞(CTL)比例显著增高,且肿瘤内细胞因子IFN-γ、IL-2、TNF-α、MHC-Ⅰ分泌显著上调。结论微波消融有效增加CTL比例,并增强局部淋巴细胞抗肿瘤效应。 相似文献
10.