基于网络药理学-分子对接探究三黄地榆油治疗烧烫伤的作用机制研究

摘要：目的:通过网络药理学方法探讨三黄地榆油治疗烧烫伤的作用机制。方法:从中药系统药理学分析平台（TCMSP）中以口服利用度（OB）≥30%,类药性（DL）≥0.18,Alog P≤5作为化合物分子的筛选条件寻找与三黄地榆油中五味中药相关的所有化学成分和作用靶点,构建化合物靶点相互作用网络图;通过在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）数据库、PharmGkb数据库筛选烧烫伤相关的靶点,进而构建疾病与靶点关系网络图;应用R语言Cluster Profiler包对靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并采用Discovery Studio 4.0软件进行分子对接,并进行生物活性验证。结果:筛选出三黄地榆油5个药物、80个化合物节点和236个靶点节点;通过度、介度中心度、接近中心度等网络拓扑特征评价筛选出与三黄地榆油在烧烫伤方面GO分析共包含803条富集结果。利用KEGG数据库对入选靶标进行相关通路富集,筛选出46条通路在烧烫伤方面具有作用,分子对接结果表明二氢黄芩素、卡文定碱、黄柏苷、儿茶素分别对"成分-疾病-靶点网络"中自由度排名前4个靶点PTGS2、NOS2、PPARG、IL-6分别具有较好的亲和力。结论:通过网络药理学证实了三黄地榆油多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了三黄地榆油治疗烧烫伤的主要可能具有的作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探究川芎-丹参药对治疗心脑血管疾病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学和分子对接探究川芎-丹参药对治疗心脑血管疾病（CCVD）的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）收集到川芎和丹参的成分,并与Gene Cards、OMIM、NCBI Gene数据库搜索CCVD的靶点取交集,用STRING数据库分析关键靶点间蛋白相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件进行可视化,用DAVID数据库对相关潜在作用靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢通路富集分析,对潜在活性成分和关键靶点利用Autodock软件进行分子对接。最后通过检测细胞存活率、乳酸脱氢酶（LDH）释放相对抑制率及肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素6（IL-6）含量对网络药理学和分子对接的结果进行验证。结果:共筛选出川芎-丹参药对有效成分49个和中药-疾病靶标78个,核心靶点涉及肿瘤蛋白P53（TP53）、原癌基因蛋白C-jun（JUN）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、肿瘤坏死因子（TNF）和信号转导与转录激活因子3（STAT3）等。GO功能富集分析得到375个GO条目,KEGG通路富集得到90条与CCVD密切相关的信号通路,其中包括神经活性配体-受体相互作用、缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、TNF信号通路和雌激素信号通路等。分子对接结果显示川芎-丹参药对核心成分与CCVD关键靶点亲和力良好。体外验证实验表明川芎、丹参能有效提高HCM细胞的存活率,减少H/R损伤后LDH释放,并抑制HCM细胞的炎症反应、细胞凋亡等。结论:该研究预测了川芎-丹参药对的药效物质及作用机制,以期为其临床应用研究提供参考。     

网络药理学结合分子对接探讨烧伤酊治疗烧烫伤的机制

目的 以网络药理学为主要研究手段，结合分子对接技术，分析烧伤酊治疗烧烫伤的分子机制。方法 利用中药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine, TCMIP)及中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选烧伤酊(榆树皮、黄柏或关黄柏)的相关靶点及其活性成分，采用UniProt数据库标准化靶点，并利用Cytoscape可视化软件构建活性成分-靶点网络，在数据库Gene Cards中检索与烧烫伤有关的基因，利用数据库STRING构建蛋白质的相互作用网络，并同时进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析，最后采用分子对接技术对接核心的活性成分和靶位置。...     

基于网络药理学和分子对接技术的金卷升板胶囊治疗血小板减少症作用机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测金卷升板胶囊治疗血小板减少症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及GeneCards数据库筛选金卷升板胶囊治疗血小板减少症的相关化合物及其靶点。利用Cytoscape 3.9. 1软件构建活性成分-靶点网络;利用String数据库构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;利用Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果 共获得88个活性成分及159个共有靶点;关键通路包括癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物的多配体受体（AGE-RAGE）信号通路及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇3个重要化合物,以及TP53,AKT1,JUN 3个核心靶点;分子对接最小结合能均小于-5.0 kcal/mol。结论 金卷升板胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等关键活性成分,作用于TP53,AKT1,JUN等潜在核心靶点,调控癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路...     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接探究山茱萸-虎杖抗三阴性乳腺癌的作用机制

目的 利用网络药理学方法结合分子对接探究山茱萸-虎杖药对治疗三阴性乳腺癌的作用机制。方法采用TCMSP数据库获取药物的化学成分及其相关靶点;选择Gene Cards和OMIM数据库收集疾病的相关靶点,筛选出二者的共同靶点后可绘制蛋白质互作（PPI）网络;对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因组与基因组百科全书通路（KEGG）通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果 筛选得到药物有效成分共20个;疾病相关靶点1512个,与药物共同靶点47个。通过PPI网络得出ESR1、EGFR和PTGS2为关键靶点。GO通路和KEGG富集分析显示,山茱萸-虎杖药对通过参与多种生物学过程抗三阴性乳腺癌;通过PI3K-Akt等信号通路调控病理进程。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。结论 山茱萸-虎杖可以通过多成分、多靶点、多途径发挥抗三阴性乳腺癌的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供理论依据。     

基于网络药理学的急支糖浆治疗咳嗽的作用机制研究及实验验证

目的 运用网络药理学的方法挖掘中药复方急支糖浆治疗咳嗽的有效成分、关键靶点以及潜在作用通路。方法 分别利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Genecards数据库筛选急支糖浆的活性成分作用靶点和咳嗽的疾病靶点,两者靶点取交集后利用Cytoscape软件构建成分-靶点网络,String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,拓扑分析获取关键靶点和成分。通过David数据库进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。通过分子对接技术进一步佐证网络药理学结果的可靠性,通过小鼠咳嗽模型进行实验验证。结果 急支糖浆中共筛选出活性成分163种,可干预咳嗽相关靶点154个,GO富集586个,KEGG通路119条。其中,槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等可能为急支糖浆治疗咳嗽的关键成分,CXCL8、MAPK8、STAT3、TNF等为潜在靶点,GO富集分析的生物功能涉及到细胞增殖、血管生成、炎症反应等,KEGG通路富集分析涉及到TNF、PI3K-Akt、FoxO、HIF-1等信号通路。超过90%的分子对接结果均具有一定的结合活性。使用流式细胞术、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、酶联免疫吸附（ELISA）的方法验证了急支糖浆对咳嗽小鼠淋巴细胞分化、炎症因子和部分关键靶点表达的影响。结论 急支糖浆治疗咳嗽的作用机制是通过多种活性成分作用于多靶点、多通路产生了调控炎症过程、调节免疫功能、促进细胞增殖、修复受损机体等综合效果,该结果为进一步研究急支糖浆有效成分和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨柴胡注射液退热的分子机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液（CI）退热作用的潜在机制。方法 使用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库（OMMI）数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果 柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论 CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨加味六安煎治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨加味六安煎（JWLAD）治疗咳嗽变异性哮喘（CVA）潜在的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选JWLAD的活性成分及其潜在靶点,利用Genecards、Drugbank、OMIM、Disgenet、TTD数据库检索CVA相关靶点。运用Cytoscape及STRING平台构建活性成分-靶点、蛋白质互作（PPI）网络,借助Metascape对共同靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,最后由Autodock Vina实现主要活性成分及核心靶点的分子对接。结果:最终得到中药活性成分64种涉及348个潜在靶点,CVA相关靶点1 290个,两者共同靶点167个。GO分析过程涉及2 336条生物过程、112条细胞组分和118条分子功能。KEGG共富集169条主要涉及各种癌症通路,白细胞介素17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、神经活性配体和受体相互作用、细胞凋亡,Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路等。分子对接结果提示主要活性成分与核心靶点均有较强的亲和能力。结论:JWLAD通过多成分-多靶点-多通路综合调控网络发挥治疗CVA的作用,为后期临床和实验研究提供理论基础。     

基于网络药理学及分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘的作用机制

[摘要]目的：通过网络药理学和分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘（cough variant asthma,CVA）的作用机制。方法：基于文献研究和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库挖掘定喘汤中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,借用Uniprot数据库校正靶点蛋白对应基因;通过GeneCards、OMIM数据库获得咳嗽变异性哮喘的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.7.2软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析,利用String数据库构建蛋白互作网络并筛选出核心靶点。基于DAVID对交集靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析;通过AutoDock Vina和Pymol将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果：收集定喘汤复方中活性成分218个,得到相关潜在靶点452个,CVA相关靶点689个,得到交集靶点131个。核心靶点主要为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）,共有靶点主要富集于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论：定喘汤治疗CVA具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究定喘汤治疗CVA的作用机制奠定了基础。     

水飞蓟黄酮提取物治疗非酒精性脂肪肝病的网络药理学研究

基于网络药理学及分子对接探讨水飞蓟中主要黄酮类活性成分对非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver diseases, NAFLD)的治疗作用及分子机制。通过TCMSP、PubChem数据库及文献调研确定水飞蓟中9种黄酮成分为研究对象,借助SwissTargetPrediction、GeneCards、Venny 2.1.0平台预测这9种成分与NAFLD之间的潜在治疗靶点。利用String平台和Cytoscape软件对潜在靶点进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,基于DAVID 6.8数据库对潜在靶点进行GO和KEGG通路富集分析,使用AutoDock软件模拟分子对接验证。体外实验选取“成分-靶点-通路”网络图中度值较大的组分,以L02细胞为研究对象建立脂质堆积模型并给药处理,根据油红O染色结果来衡量药物分子对脂代谢的积极作用。结果筛选得到水飞蓟主要黄酮成分治疗NAFLD的作用靶点共24个,通过KEGG富集分析筛选得到与NAFLD进程密切相关通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B (PI3K-Akt)通路、2型糖尿病通路、肿瘤坏死因子(TNF)通路及胰岛素...     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨石榴皮治疗腹泻的作用机制

目的 基于网络药理学结合分子对接技术探究石榴皮治疗腹泻的作用机制。方法 通过TCMSP数据库获取石榴皮的活性成分和潜在作用靶点；GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库进行检索获得腹泻的潜在作用靶点，筛选两者交集靶点；应用Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）图并筛选核心靶点。通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，最后采用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 获得7个石榴皮主要化学成分，石榴皮与腹泻共同靶点114个。PPI分析显示，肿瘤抗原p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、胱天蛋白酶33（CASP）等可能为治疗关键靶点。通过KEGG分析表明，石榴皮可能通过癌症通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等起到治疗腹泻的作用。分子对接表明关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 通过网络药理学和分子对接技术揭示石榴皮可以通过多成分、多靶点、多途径治疗腹泻，为后续研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨阿拉坦五味丸治疗慢性胃炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术研究阿拉坦五味丸治疗慢性胃炎的分子机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库和中国知网、维普、万方检索库确定阿拉坦五味丸活性成分,并从Swiss Targer Prediction、SEA、Pharm Mapper平台中预测活性成分相关靶点,在DisGeNET和GeneCard数据库中收集慢性胃炎相关靶点。将活性成分靶点与疾病靶点取交集,并构建“药物–活性成分–核心靶点”相互作用网络,利用STRING数据库构建蛋白相互作用（PPI）网络;应用Metascape数据库进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;使用AutoDock 4.2.6软件对阿拉坦五味丸的关键活性成分和PPI网络中的核心靶点进行分子对接,以评价其结合能力。结果 共获得阿拉坦五味丸活性成分30个,治疗慢性胃炎的核心靶点106个。分析PPI网络获知肿瘤坏死因子（TNF）、白蛋白（ALB）、白细胞介素（IL）-6、蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、表皮生长因子受体（EGFR）起主要作用。GO富集分析主要涉及对无机物的反应、磷酸化的正调控和细胞死亡的正调控等生物过程,蛋白激酶活性、蛋白激酶结合和蛋白酪氨酸激酶活性等分子功能,膜筏、薄膜侧面、囊泡腔及受体复合物等细胞组分。KEGG通路分析主要涉及癌症通路、癌症中的蛋白聚糖、糖尿病并发症中的糖基化终末产物-糖基化终产物受体（AGE-RAGE）信号通路等。分子对接结果显示,阿拉坦五味丸中五灵脂二萜酸、鞣花酸、槲皮素与关键靶点之间具有较好的亲和力。结论 阿拉坦五味丸可能通过五灵脂二萜酸、鞣花酸、槲皮素等主要活性成分作用TNF、ALB、IL-6等靶点,可能通过参与癌症的发病途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、低氧诱导因子-1（HIF-1）、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）等信号通路有效治疗慢性胃炎。     

基于网络药理学及分子对接的紫草治疗乳腺癌作用机制研究

目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David6.8数据库进行GO生物功能分析和通路富集,阐述紫草治疗乳腺癌的机制.Autodock软件进行药物分子与蛋白的对接.结果 得到紫草活性成分11个.通过Venn图获得46个与疾病相关的靶点,ESR1、AR、PTGS2、HSP90AA1、NCOA1等可能为其关键靶点.GO功能分析与KEGG通路分析表明紫草对治疗乳腺癌涉及多个生物合成过程与通路.分子对接中以紫草素、谷甾醇与乙酰紫草素为例,表明其与关键蛋白对接较好.结论 通过网络药理学证明紫草治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特性.     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

红禾麻入血成分治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探究红禾麻入血成分治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。方法 在数据库中预测入血成分和疾病相关靶点,获取两者的共有靶点并运用String数据库分析蛋白-蛋白相互作用关系。利用Metascape数据库对共有靶点进行基因功能注释（Gene Ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析;建立红禾麻入血成分-靶点网络和入血成分-靶点-信号通路网络图,综合筛选关键靶点;运用AutoDock vina软件对入血成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 红禾麻入22个血移行成分和代谢产物作用于292个疾病靶点;INS、IL-6、MAPK3及TNF等可能是红禾麻治疗RA的关键靶点,涉及对细胞氮化合物反应、激素刺激反应和有机氮化合物反应等生物过程,主要涉及的传导途径是TNF信号通路与Th17细胞分化等。分子对接结果显示,黄酮类和酚酸类可能是红禾麻治疗RA的主要活性成分,与关键靶点产生较强的亲和力。结论 红禾麻治疗RA具有...     

基于网络药理学探讨川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化的作用机制

目的 采用网络药理学方法预测川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化（AS）的药理作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swisstargettion和STITCH数据库筛选川芎嗪与阿魏酸的靶标基因,利用OMIM、Genecards、Drugbank数据库查找AS的相关靶标蛋白,运用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并通过DAVID数据库对核心靶点基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后使用Autoduck分子对接软件对网络药理学结果进行初步的验证。结果 最终筛选出川芎嗪与阿魏酸作用于AS的靶点47个。GO分析得到生物过程（BP）条目170个,细胞组分（CC）条目29个,分子功能（MF）条目47个。KEGG富集分析结果显示有50条通路与AS相关,主要包括低氧诱导因子信号通路、花生四烯酸新陈代谢、脂肪细胞因子信号通路等。VEGFA、TNF、PTGS2、EGFR、MAPK8、TLR4编码的蛋白作为靶点分别与川芎嗪和阿魏酸进行对接,对接结果良好。结论 川芎嗪和阿魏酸主要通过多靶点协作调控多种信号通路共同参与到抑制炎症反应的过程,从而达到治疗AS的目的。     

基于网络药理学和分子对接探究柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制。方法 利用TCMSP数据库和Uniprot数据库筛选柴胡清肝汤的有效活性成分和作用靶点信息,利用GeneCards数据库获取肉芽肿性乳腺炎的相关靶点,并利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-共同靶点关系网络。通过Venny 2.1.0构建韦恩图获取药物和疾病的共同靶点,利用STRING数据库获取核心蛋白的相互作用网络,运用DAVID数据库对关键靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,运用AutoDock及Pymol对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证,分析柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的潜在作用机制。结果 共获得柴胡清肝汤有效活性成分199个,药物-疾病作用靶点23个,其中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素等关键有效活性成分与IL-6、TNF、ALB、IL-1β、CXCL8、STAT3、CCL2、IL-4等靶点相互作用,调控IL-17、Toll样受体、细胞因子受体相互作用、NF-κB、TNF等信号通路,分子对接结果显示筛选的主要活性成分与其对应靶蛋白具有较好的结合活性。结论 柴胡清肝...