基因测序技术及其在肺癌中的应用

基因测序技术是描绘基因组特征的有力工具,可有效检测出导致肿瘤发生、发展的基因突变,在肿瘤发病机制研究、药物治疗靶点筛查、临床诊疗及疾病预防等方面发挥重要作用。肺癌是一种发病率和死亡率极高、预后极差的恶性肿瘤,目前临床存在早期诊断困难、治疗效果不佳等问题。随着新一代基因测序技术的发展,测序时间缩短、费用降低,基因测序技术已成为研究肿瘤致病基因的重要方法。利用基因测序技术筛选肺癌的致病基因,研究肺癌的发病机制,进而指导肺癌的诊疗,可有望改进肺癌的诊疗现状。近年来,关于肺癌基因组测序方面的研究取得了巨大进展,本文就基因测序技术及其在肺癌中的应用作一综述。     

人类肿瘤中T-UCR的研究进展

超保守区域是指在人、大鼠和小鼠的基因组的同源区域上完全保守的基因组序列,一致度达100%,没有任何插入或缺失。常位于脆性位点及肿瘤相关基因的基因组区域。转录的超保守区域(T-UCR)由超保守区域转录而来,是一类新的长链非编码RNA。最近的研究发现,在肿瘤的发生发展中T-UCR的表达水平发生了改变并且可以根据它的异常表达谱来区分不同类型的癌症,进而揭示了许多癌症发生发展的新机制。因此本文旨在回顾人类肿瘤中T-UCR的相关研究,以了解肿瘤中的T-UCR,可能为肿瘤的诊治提供新的策略。     

微阵列比较基因组杂交产前诊断8p23.1重复综合征胎儿的实验研究

-CGH结果进行验证.结果 常规G显带核型分析显示胎儿和父母的核型均正常.array-CGH结果显示8p23.1嗅觉受体/防卫素重复(ORDRs)之间存在大约1.43 Mb的重复(位于10 245 882～11 676 699 bp).实时定量PCR证明array-CGH的结果足准确的.结论 与传统的细胞遗传分析方法相比,array-CGH具有高分辨率、高特异性和高准确性等优点.     

微阵列比较基因组杂交分析18等臂双着丝粒染色体胎儿全基因组拷贝数变化

目的 了解18q等臂双着丝粒染色体[idic(18)(p11→qter)]胎儿全基因组拷贝数变化的情况,确定idic(18)(p11→qter)的结构和组成,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性.方法 运用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和荧光原位杂交诊断为idlc(18)(p11→qter)的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析.结果 微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在18p11.21→pter缺失、18p11.21→qter复制,断裂点位于12 104 527～12 145 199(距离18p端粒),确定idic(18)(p11→qter)是idic(18)(p11.21→qter).另外,还检测出了21个亚显微拷贝数变化.结论 与传统的细胞遗传分析方法相比,微阵列比较基因组杂交不仅能准确、高分辨率和高通量地检测出基因组拷贝数变化,还能高分辨率地确定拷贝数变化的断裂点.     

微阵列比较基因组杂交技术及其在遗传性疾病中的应用

拷贝数变化(copy number alterations,CNVs)是指患者与健康对照之间基因组DNA拷贝数的差异,以及导致微缺失或微复制综合征的基因组不平衡,如缺失、重复、扩增和非整倍体等.基因组CNVs通过基因缺失(或)重复、基因断裂、位置效应、后生效应或上位效应等方式可导致各种人类疾病或功能障碍.最近研究发现,CNVs是许多遗传病的细胞遗传基础,根据特征性的CNVs,可对遗传病进行准确诊断.     

microRNA在肺癌诊疗中的临床价值

肺癌是癌症导致死亡的最主要原因，占癌症死亡总数的23％［1］。肺癌主要分两大类，非小细胞肺癌（NSCLC）约占80.4％，小细胞肺癌（SCLC）占16.8％。NSCLC 可进一步分为腺癌、鳞癌、大细胞肺癌、支气管肺泡癌。近10年来，尽管放化疗技术和手术水平有了很大程度的提高，但肺癌的病死率基本保持不变。目前，肺癌的早期诊断存在困难，患者被确诊时多已进入中晚期阶段。早期癌瘤一般有80％～90％的治愈率，而晚期癌的5年生存率一般均极低，早发现、早诊断是肺癌治疗的关键。因此，国内外学者都期待找出具有高敏感性和特异性能够对肺癌进行早期诊断的方法。     

系统性红斑狼疮患者外周血单个核细胞组蛋白H3赖氨酸4三甲基化水平的研究

目的 研究系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血单个核细胞(PBMCs)组蛋白H3赖氨酸4(H3K4)三甲基化(Me3)水平.方法 梯度密度离心法分离10例SLE活动期患者、7例SLE稳定期患者和8名健康者的PBMCs,采用染色质免疫共沉淀联合芯片技术(CHIP-chip)在全基因组范围内对SLE患者及健康者的PBMCs组蛋白H3K4me3进行高通量的筛选.染色质免疫共沉淀一实时定量聚合酶链反应(ChlP-qPCR)验证芯片结果.定量反转录一聚合酶链反应(qRT-PCR)检测H3K4me3显著差异基因的mRNA表达水平.结果 10例SLE活动期患者与健康对照相比较,鉴定出413个基因存在H3K4me3显著差异,其中137个基因显示H3K4me3程度增高,276个基因H3K4me3程度降低;7例SLE稳定期患者与健康对照相比较,发现393个基因存在H3K4me3表达差异,其中有112个基因H3K4me3程度增高,281个基因H3K4me3程度降低.ChIP-qPCR验证结果与CpG岛芯片的结果相一致.结论 SLE患者与健康者之间的PBMCs存在组蛋白H3K4me3显著改变.ChIP-chip技术有利于进一步揭示SLE分子机制,发现新的治疗靶点.     

颅面畸形家系的胎儿产前诊断与分析

目的 探讨先天性颅面畸形胎儿的产前诊断技术.方法 选择产前检查B超显示胎儿具有颅面畸形的孕妇1例,采集孕妇羊水、外周血和其丈夫外周血样本,进行常规G显带核型分析.再采用比较基因组杂交技术(aaray comparative genomic hybridization,array-CGH)进行全基因组高分辨扫描和分析,逆转录荧光定量PCR方法对array-CGH结果进行验证.并在患儿出生后再进行重复检测确认.结果 G显带核型分析未见异常,array-CGH显示胎儿1p36.33区域有重复,长度约为722 kb,该片段中VWA1和PYGO2基因与软骨发育有关,定量PCR实验证实了比较基因组杂交的结果,拟诊为颅面畸形,胎儿出生后得到进一步确认.结论 应用比较基因组杂交技术,成功对1例先天性颅面畸形胎儿进行了产前诊断,并确定了两个与颅面骨发育有关的候选基因VWA1和PYGO2.     

46,XY,-18,+idic(18)(p11→qter)胎儿畸形一例

孕妇 女,28岁,孕3产0.此次孕26周,超声检查发现胎儿双侧桡骨缺失并双手畸形,双侧肱骨较短,右侧足内翻,Taussing-Bing综合征(室间隔缺损,肺动脉骑跨),双侧脉络膜囊肿,颈项软组织增厚.否认近亲结婚,否认高血压、糖尿病、肾病、肝炎、结核病等病史,否认家族遗传病史.     

一4q部分三体10q部分单体患儿的分子细胞遗传分析

目的 确定一生长迟缓、智力低下患儿的核型,分析其染色体变异与表型的相关性,同时探讨微阵列比较基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,array-CGH)在临床分子细胞遗传诊断中的应用及其优越性.方法 应用G显带染色体分析、array-CGH、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)和实时定量PCR(real-time quantitative PCR,RQ-PCR)对患儿及其亲属进行核型分析.结果 G显带染色体分析显示患儿存在1条来源于父亲的10号衍生染色体der(10)t(4;10)(q25;q26),其父亲和祖母均是t(4;10)(q25;q26)平衡易位携带者.Array-CGH显示患儿存在4q26-q35.2三体,并将断裂点定位于4q26,此外,还发现患儿10号染色体存在一约0.54 Mb的微缺失del(10)(q26.3).FISH和RQ-PCR证实父亲和祖母也存在del(10)(q26.3).结论 del(10)(q26.3)并不导致表型异常,患儿的异常表型可归因于4q26-q35.2三体.与传统的细胞遗传分析方法 相比,array-CGH具有高分辨率和高准确性等优点.