焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性的性能验证

目的对实验室自建焦磷酸测序法检测乙醛脱氢酶2(ALDH2)*2和亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677基因多态性的方法进行性能评价。方法对不同浓度(10.0、2.0、0.4、0.0ng/μL)的杂合型DNA标本进行检测,评价方法的检出限;采用经焦磷酸测序法验证的DNA标本的PCR产物各20例,与Sanger测序法进行比较,评价方法的准确度;对3种(野生、杂合和突变型)基因型标本重复检测4次,评价方法的重复性。结果焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677多态性的检出限为2ng/μL基因组DNA;焦磷酸测序法的分型结果与Sanger测序法一致,准确度为100%;批内重复4次检测结果完全一致。结论焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性稳定可靠,满足江苏省临床检验中心的要求,可用于临床检测。     

焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关SNP位点分型

阿司匹林的抗血小板作用在临床存在显著的个体差异,而rs5918、rs12041331和rs730012 3个单核苷酸多态性位点与阿司匹林的药效和不良反应有着密切的联系。本文基于PCR结合焦磷酸测序技术,建立了阿司匹林相关SNP位点的基因分型方法。自主设计扩增引物和测序引物;优化PCR扩增条件,使3个位点能够在相同的条件下扩增并通过梯度稀释基因组DNA检测方法的灵敏度;最后,分别基于本文建立的新方法和Sanger测序技术对20例临床样本进行3个位点的基因分型,验证该方法的准确性。结果显示,本文成功建立了阿司匹林个体化用药相关SNP位点的基因分型方法,检测下限低至0.4 ng 基因组DNA,用两种方法对20例临床样本进行3个位点的基因分型,结果完全一致,说明该方法有较高的准确性。     

CYP2C9、VKORC1基因多态性对华法令抗凝治疗维持剂量的影响

目的：研究细胞色素P4502C9基因（CYP2C9）和维生素K环氧化物还原酶复合物1基因（VKORC1）在华法令抗凝治疗患者的多态性分布,并探讨其对抗凝剂量的影响。方法：收集74例服用华法令抗凝治疗病人的外周血,测定其凝血酶原时间国际标准化比值（INR）和CYP2C9、VKORC1基因类型,探讨基因多态性的分布特点,以及华法令维持剂量与基因多态性的关系。结果：CYP2C9基因分布主要为野生型,突变型较少,抗凝治疗的维持剂量野生型组与突变组无明显差别。 VKORC1基因型的分布AA型为主,AG型较少,GG型未见,抗凝治疗的维持剂量AG组明显高于AA组。结论：CYP2C9、VKORC1基因在中国汉族人群中具有遗传多态性, VKORC1基因的多态性在华法令抗凝治疗中具有显著意义。     

基因多态性与药物不良反应发生风险的相关性及其临床证据

药物不良反应(ADR)是临床用药中常常出现的难题,不但影响药效,还严重威胁患者的生命安全。随着药物基因组学的快速发展,个体间的基因序列差异与ADR之间的相关性不断被证实,但是缺乏全面的归纳和总结。基于遗传药理学和药物基因组学知识库(PharmGKB)和临床药物遗传学实施联盟(CPIC)、美国食品和药品管理局(FDA)等权威组织发布的药物基因组学相关指南,综述近年来高证据等级的基因多态性在预测和避免ADR中的最新进展和重要意义,以期为基因导向的个体化给药提供参考。     

UGT1A1基因多态性与伊立替康所致不良反应的相关性分析

目的：研究本院肿瘤患者UGT1A1基因多态性分布,探讨UGT1A1基因多态性与伊立替康所致不良反应的相关性。方法：回顾性分析2016~2018年就诊于本院并接受伊立替康治疗的肿瘤患者UGT1A1基因多态性分布,分析用药后不良反应发生情况,比较不同基因型之间的差异。结果：共计76例肿瘤患者被纳入分析。76例患者均行UGT1A1*28基因检测（突变比率23.68%）,其中有45例患者同时行UGT1A1*6基因检测（突变比率24.44%）。UGT1A1*28基因突变患者发生Ⅲ~Ⅳ度白细胞减少的风险显著高于野生型（OR=10.79,95% CI：1.24~93.86, P=0.016）。伊立替康化疗引起的其他不良反应,包括血小板减少、中性粒细胞减少、腹泻、肝损伤在本研究中未显示出与UGT1A1基因型的显著相关性（P>0.05）。结论：UGT1A1*28基因多态性与伊立替康引起的严重白细胞减少相关。     

焦磷酸测序法在幽门螺杆菌克拉霉素耐药基因检测及药物疗效评价中的应用

目的本研究建立了幽门螺杆菌(Hp)克拉霉素耐药基因检测的焦磷酸测序方法,在获知耐药情况的同时根据半定量结果初步评估治疗效果。方法通过考察最合适的扩增引物、体系、退火温度建立最优的PCR扩增体系。分别对方法的灵敏度,特异性及一致性进行了评价。通过对44例临床标本的检测,比较本方法与快速尿素酶试验和13 C呼气试验的检出率。结果最优的PCR扩增体系为HiFi体系,最佳退火温度为59.8℃。本方法特异性良好,灵敏度达到100 copies/μL,与Sanger测序结果100.0%一致。36例标本快速尿素酶和焦测序法的检出率分别为48.7%和81.1%,耐药率为10.81%。8例标本13 C呼气试验和焦测序法的检出率分别为75.0%和87.5%,阳性标本检出一致率为100.0%。结论焦测序检测方法具备灵敏度高、快速、半定量的特点,为临床Hp克拉霉素耐药检测及初步疗效评价提供了一种新的方法。     

可视化等温扩增法快速筛查并分型禽流感病毒

目的:建立一种通用筛查禽流感病毒及其3种亚型的快速核酸检测方法.方法:对20例已知样本扩增禽流感病毒共有的M基因上的一段保守序列快速筛查并确定是否为禽流感病毒,扩增禽流感病毒(H5N1,H7N7,H9N2)3种亚型特异性HA基因上一段序列鉴定禽流感病毒的基因型.采用环介导等温扩增法检测核酸,用肉眼观察双链嵌合染料SYBR Green I荧光显色信号强度.结果:3种禽流感病毒亚型的检测灵敏度均为l0拷贝/管,3组引物间无非特异性扩增.18例阴性,2例阳性,准确性及特异性均为100%.结论:建立的核酸检测方法适合现场快速检测禽流感病毒及其3种亚型.     

MTHFR基因多态性对骨肉瘤患者首次应用大剂量甲氨蝶呤后不良反应的影响

目的 探讨MTHFR基因多态性对骨肉瘤患者首次应用大剂量甲氨蝶呤（HD-MTX）后不良反应的影响。方法 采用前瞻性研究方法。选择东部战区总医院53例首次入院进行HD-MTX治疗的骨肉瘤患者,根据其人口学因素及MTHFR基因中rs1801133位点的基因多态性确定HD-MTX给药剂量并进行全程化药学监护,收集第1个化疗周期后该药的肝、肾、血液毒性和胃肠道反应数据。采用单因素分析和二元Logistic回归分析对MTX给药剂量、24 h血药浓度、rs1801133位点基因型与上述4种不良反应之间的相关性进行分析。结果 CC野生型患者的MTX给药剂量显著高于TT突变型患者（7.97 g/m2 vs. 6.98 g/m2,P=0.030）,但这种差异不影响MTX的0 h和24 h血药浓度。上述4种不良反应与MTX的给药剂量无相关性。二元Logistic回归分析结果显示,每携带一个T等位基因,患者发生血液学毒性的风险会升高4.13倍（95%置信区间为1.35～12.62,P=0.013）。当MTX 24 h血药浓度阈值设定为2.65μmol/L时,肝功能损害预测的灵敏度为53.33%,特异性为86...     

HPV流行病学数据对三种HPV疫苗有效性的初步预测

目的 本研究分析了江苏南京地区门诊和宫颈癌患者HPV感染率及亚型分布情况,评估二价、四价、九价3种HPV疫苗对本地区人群的保护作用,为疫苗的选择提供依据。方法 回顾性地分析2014年至2018年该院妇科门诊进行HPV分型检测的36280例患者和首次入院病理确诊为宫颈癌进行HPV分型检测的69例患者的感染情况。结果 门诊患者感染率为30.3%,其中82.3%为高危型感染。感染率排名前3的亚型分别为52(18%)、16(13.9%)、58(9%)型。宫颈癌患者感染率为81.2%,其中91.5%为高危型感染,主要为16、18、58、31型。门诊患者感染率在＜20岁组和＞60岁组呈现双峰分布的趋势。二价、四价、九价疫苗对门诊患者的保护率分别为17%、20%和54%,对宫颈癌患者的保护率分别为67%、67%和85%。结论 二价和四价疫苗对门诊和宫颈癌患者的保护率相近。九价疫苗因为增加了更多的抗原种类,保护率更高,使门诊患者受益更多。     

1例骨肉瘤患者大剂量甲氨蝶呤化疗致肝功能损伤的药学监护

临床药师参与1例骨肉瘤患者大剂量甲氨蝶呤化疗导致严重肝功能损伤治疗,借助治疗药物监测及个体化用药相关基因检测技术,对化疗方案和肝损伤原因进行分析,协助制定护肝治疗方案并对后续化疗方案进行优化。通过临床药师的介入,患者的肝功能逐渐恢复正常,下一周期化疗顺利按时进行。临床药师基于个体化用药技术,积极参与骨肉瘤患者的临床治疗,有助于提高抗肿瘤药物治疗的安全性及有效性。