胚胎干细胞核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征分析

背景：外源性核心转录因子导入终末分化细胞能产生具有与胚胎干细胞特性相似的诱导多潜能干细胞,其复杂机制目前尚未完全阐明。 目的：分析核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征,获得其影响“干性”特征的调控机制。 方法：去除BioGRID数据库中的冗余数据,获得非冗余蛋白互作数据库。perl程序搜索靶基因集组成的蛋白互作对,广度优先算法搜索非冗余蛋白互作数据库,获得靶基因集组成的最大连续蛋白互作网络,同时进行1 000次随机抽样网络分析。通过Cytoscape软件对网络进行可视化分析。复杂无标度网络Barabasi-Albert模型分析网络特征。 结果与结论：核心转录因子靶基因集形成更多的蛋白互作对,最大连续蛋白网络与随机蛋白网络相比具有明显的统计学差异,且核心转录因子靶基因集形成更大的互作网络。网络具有复杂网络无标度特性。该研究通过蛋白互作网络分析证明：靶基因集通过紧密相互作用,形成网络模块方式协调调控胚胎干细胞分子特性。     

以ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体

目的：构建ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体，以克服原核生物表达系统生产人生长激素存在的缺陷。 方法：实验于2002．08在解放军广州军区广州总医院医学实验科进行。①先把人生长激素基因片段克隆到ECHO系统的供载体中，构建供载体pUni／Lox-HGH。②让该供载体与具Lox位点的受载体在Cre重组酶的作用下融合，构建出人生长激素的哺乳动物表达载体pcDNA4．1／pUni-HGH，使人生长激素基因处于CMV启动子的调控下，EcoRl单酶切及BarnHI／EcoRI双酶切鉴定重组质粒。 结果：由琼脂糖凝胶电泳和序列测定证实，用ECHO克隆系统构建的融合质粒中，确实含有人生长激素带内含子的基因序列。 结论：用ECHO克隆系统可以构建人生长激素的哺乳动物表达载体，且方便、快捷，为取代原核生物表达系统生产人生长激素，提供了依据。     

以ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体

目的:构建ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体,以克服原核生物表达系统生产人生长激素存在的缺陷。方法:实验于2002-08在解放军广州军区广州总医院医学实验科进行。①先把人生长激素基因片段克隆到ECHO系统的供载体中,构建供载体pUni/Lox-HGH。②让该供载体与具Lox位点的受载体在Cre重组酶的作用下融合,构建出人生长激素的哺乳动物表达载体pcDNA4.1/pUni-HGH,使人生长激素基因处于CMV启动子的调控下,EcoRI单酶切及BamHI/EcoRI双酶切鉴定重组质粒。结果:由琼脂糖凝胶电泳和序列测定证实,用ECHO克隆系统构建的融合质粒中,确实含有人生长激素带内含子的基因序列。结论:用ECHO克隆系统可以构建人生长激素的哺乳动物表达载体,且方便、快捷,为取代原核生物表达系统生产人生长激素,提供了依据。     

重组人 BMP-2 诱导 C3H10T1/2 间质干细胞定向成骨分化早期基因表达谱分析简

目的 研究间质干细胞早期定向成骨分化基因表达谱,为研究基因对早期成骨定向分化调控机制提供实验基础.方法 分别提取重组人骨形成蛋白2（rhBMP-2）诱导组和对照组C3H10T1/2细胞总RNA,进行扩增标记后,与ArraySTAR小鼠基因芯片杂交,应用生物信息学软件GeneSpring和GATHER对基因芯片数据进行分析.应用STRING在线软件对差异表达基因构建蛋白互作网络并进行网络分析.结果 C3H10T1/2早期成骨分化中,主要富集发育、器官形成等分子功能本体以及细胞因子-细胞因子受体作用信号通路.成骨分化1d和4d均上调表达基因42个,下调表达基因45个.网络分析研究表明：Egfr、Cxcl 12等信号分子参与调控rhBMP-2诱导成骨分化.结论 筛选的差异表达基因和信号分子对早期成骨分化调控具有重要作用,为进一步全面解析早期成骨定向分化提供实验基础.     

人生长激素的酵母/哺乳动物穿梭载体的构建

目的酿酒酵母已被证实可作为载体应用于口服基因治疗及免疫中。为研究人生长激素(HGH)以酿酒酵母作为运送载体的口服基因药物,需要构建一种能够在酵母中复制而在哺乳动物细胞表达的HGH穿梭载体。方法利用ECHO克隆系统先构建出HGH的哺乳动物表达载体,使HGH处于CMV启动子的调控下;然后设计引物扩增CMV-HGH片段,连接到酿酒酵母表达载体pESC-URA中,构建HGH的酵母/哺乳动物穿梭载体。结果经EcoRI单酶切、EcoRI/SpeI双酶切、菌落PCR以及序列测定鉴定,确认所构建的确为酵母/哺乳动物穿梭载体pESC-CMV-HGH。结论成功构建的穿梭载体可在酿酒酵母中复制,在哺乳动物中受CMV启动子的调控进行表达,为HGH的口服基因药物研制打下了基础。     

胚胎干细胞核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征分析

背景：外源性核心转录因子导入终末分化细胞能产生具有与胚胎干细胞特性相似的诱导多潜能干细胞,其复杂机制目前尚未完全阐明。目的：分析核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征,获得其影响＂干性＂特征的调控机制。方法：去除BioGRID数据库中的冗余数据,获得非冗余蛋白互作数据库。perl程序搜索靶基因集组成的蛋白互作对,广度优先算法搜索非冗余蛋白互作数据库,获得靶基因集组成的最大连续蛋白互作网络,同时进行1000次随机抽样网络分析。通过Cytoscape软件对网络进行可视化分析。复杂无标度网络Barabasi-Albert模型分析网络特征。结果与结论：核心转录因子靶基因集形成更多的蛋白互作对,最大连续蛋白网络与随机蛋白网络相比具有明显的统计学差异,且核心转录因子靶基因集形成更大的互作网络。网络具有复杂网络无标度特性。该研究通过蛋白互作网络分析证明：靶基因集通过紧密相互作用,形成网络模块方式协调调控胚胎干细胞分子特性。     

长链非编码RNA AK089560在间质干细胞成骨与成脂分化中的表达

背景：最近研究发现众多长链非编码RNA调控干细胞多潜能性和分化。长链非编码RNA AK089560在干细胞多向分化中的表达变化及作用,目前尚不清楚。目的：观察间质干细胞C3H10T1/2成骨分化与成脂分化过程中AK089560的表达。方法：重组人骨形态发生蛋白2诱导间质干细胞C3H10T1/2成骨分化,碱性磷酸酶染色鉴定早期成骨分化。地塞米松、吲哚美辛和胰岛素三因子联合诱导C3H10T1/2成脂分化,油红O染色鉴定成脂分化结果。采用qRT-PCR检测诱导前后不同时间点AK089560表达的变化。采用RNAfold软件预测AK089560二级结构,UCSC基因组浏览器分析AK089560邻近编码蛋白基因,fancyGENE在线软件构件长链非编码RNA与编码基因关系图。结果与结论：C3H10T1/2经成骨诱导后,70%以上细胞碱性磷酸酶染色阳性;成脂分化诱导后,80%以上细胞油红O染色阳性。qRT-PCR结果显示,长链非编码RNA AK089560在成骨分化与成脂分化第2,4,6天表达均明显下降,成骨分化与成脂分化第2,4,6天与相应时间未分化组相比均差异有显著性意义(P < 0.05)。生物信息学分析表明,LncRNA AK089560具有复杂茎环结构,与编码基因Sema3a形成sense overlap关系。结果表明AK089560在间质干细胞成骨与成脂分化中下调表达,提示其可能参与调控间质干细胞多向分化。中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞;骨髓干细胞;造血干细胞;脂肪干细胞;肿瘤干细胞;胚胎干细胞;脐带脐血干细胞;干细胞诱导;干细胞分化;组织工程全文链接：     

白藜芦醇对C3H10T1/2间质干细胞成骨分化及CXCL12、EGFR和CCL2基因表达的影响

目的 探讨白藜芦醇对C3H10T1/2细胞成骨分化的作用及CXCL12、EGFR和CCL2基因表达的影响。方法采用CCK-8法检测不同浓度白藜芦醇对C3H10T1/2细胞增殖影响,碱性磷酸酶染色鉴定早期成骨分化,实时荧光定量PCR法检测CXCL12、EGFR和CCL2基因的表达。结果 白藜芦醇在20μmol/L浓度对C3H10T1/2细胞增殖没有影响(P>0.05),随着浓度增加,40、80、100μmol/L的白藜芦醇明显抑制细胞增殖(P<0.05)。20μmol/L白藜芦醇能增强重组人骨形成蛋白2(rhBMP-2)诱导C3H10T1/2的碱性磷酸酶染色。白藜芦醇对C3H10T1/2细胞CXCL12、EGFR、CCL2基因表达没有明显影响(P>0.05)。结论 白藜芦醇能促进rhBMP-2诱导成骨分化。促成骨分化作用可能不是通过调控CXCL12、EGFR和CCL2基因的表达来实现。     

人生长激素的酿酒酵母表达质粒构建的新方法

目的：利用ECHO克隆系统建立一种更加快速、方便、通用的DNA重组技术。方法：用常规重组法构建出ECHO系统中的携带外源基因HGH的供载体，再利用ECHO系统快速构建人生长激素的酿酒酵母表达载体，使HGH能在酿酒酵母启动子GAL的调控下进行转录。结果：基因测序表明，在所构建的融合质粒裁体上确实含有HGH的基因序列。结论：本方法为研究HGH的消化道基因治疗打下基础。     

C11orf17蛋白的原核表达及功能预测

目的 利用基因工程技术获取原核表达的C11orf17蛋白,结合生物信息学初步预测其功能. 方法 以K562细胞的cDNA为模板,PCR扩增C11orf17的基因序列;双酶切后将目的基因亚克隆至原核表达载体pET-32a上,将测序正确的重组表达质粒pET-32a-C 11 orf17转化到E.coli BL21,经诱导后SDS-PAGE及Western blot 检测融合蛋白表达,并分析其可溶性.采用UGET软件预测C11orf17共表达基因,蛋白质互作数据库挖掘C11orf17基因已知互作蛋白,在线软件Gather富集共表达基因生物功能. 结果 成功构建重组表达质粒pET-32a-C11orf17,此重组体经诱导后能在E.coli BL21高效表达C11orf17的融合蛋白,UGET分析C11orf17前300共表达探针中,包含267个已知基因,共表达基因主要富集细胞交流、信号传导、细胞周期基因功能本体.蛋白互作数据库表明,C11orf17与PRKACA蛋白互作,后者为细胞周期调控重要分子. 结论 在原核细胞中成功表达出C11orf17蛋白,生物信息预测其可能是细胞周期调控重要新分子,为后续研究提供了方向和线索.