原癌基因BMI-1的研究进展

BMI-1(B-cell specific moloneyleukemia virusinsertion site 1,BMI-1)是PcG(Polycomb group,PcG)家族的一员,同时也是一种原癌基因,与c-myc一起参与小鼠T、B细胞淋巴瘤的发生。选择性敲除BMI-1可导致出生后进行性发育迟缓、神经系统异常和严重的造血缺陷等。本文就原癌基因BMI-1的研究进展作一综述。1 PcG家族的概述PcG基因家族最初是在果蝇体内作为HOX的抑制因子被鉴定出,迄今为止已发现30~40种PcG基因,它们协同作用以维持机体内细胞的转录抑制状态。PcG家族调节许多生命过程中的基因表达,包括造血、前后轴形成以及调控靶基…     

不同新型冠状病毒核酸检测试剂的临床性能评价

目的评价同一厂家新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测扩增时间长的试剂(试剂A)与扩增时间短的试剂(试剂B)的临床性能,分析试剂更换的可行性。方法用2019-nCoV阴性混合样本将商品化2019-nCoV RNA液体室内质控品(以ORF1ab浓度赋值17 300 copies/mL)梯度稀释成1 730、865、567.7、432.5、216.3、108.2 copies/mL 6个浓度,在连续3 d内每个浓度每天做7~8个复孔,共计23个复孔,进行磁珠法提取核酸和实时荧光RT-PCR扩增,以评价试剂A和B的分析灵敏度。用试剂A和B分别检测来自华中科技大学同济医学院附属协和医院2020年2月9日发热门诊的130例患者咽拭子样本核酸,进行临床检测性能评价,并将其中5例2019-nCoV强阳性核酸连续10倍梯度稀释作2种试剂的相对灵敏度评价。结果试剂A和B检测1 730、865、567.7、432.5、216.3和108.2 copies/mL的质控品稀释液中ORF1ab基因的阳性率分别为100%和100%、95.65%和82.61%、95.65%和78.26%、91.30%和78.26%、65.22%和43.48%、34.78%和17.39%;试剂A和B的最低检测限分别为615.9(95%CI:446.0~1 098.5)copies/mL和1 249.1(95%CI:863.4~2 378.8)copies/mL。5例2019-nCoV强阳性的临床样本核酸在1∶10和1∶100稀释时,试剂A和B对ORF1ab和N基因检出率均为100%;而1∶1 000稀释时,对于ORF1ab和N基因,试剂A的检出率均为100%,试剂B的检出率分别为73.3%和80.0%。130例咽拭子样本中,试剂A 2019-nCoV RNA检测阳性率为43.85%,试剂B为33.08%,差异有统计学意义(P0.05);2种试剂的检测结果一致性较好(kappa=0.775 3),阳性符合率为75.44%(43/57),阴性符合率为100%(73/73),阳性预测值为100%(43/43),阴性预测值为83.91%(73/87),总符合率为89.23%(116/130)。结论 2种2019-nCoV核酸检测试剂的临床性能之间存在差异。为保证2019-nCoV核酸的检测质量,不宜将该厂家扩增时间长的试剂更换为扩增时间短的试剂。     

pEGFP-BMI-1真核表达载体的构建、鉴定及其表达

本研究构建真核表达载体pEGFP-BMI-1并观察其在HeLa细胞中的表达。将BMI-1逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)产物克隆入pEGFP-N1,经酶切、PCR鉴定及测序分析,构建pEGFP-BMI-1真核表达载体;采用脂质体转染法,将融合基因pEGFP-BMI-1转入HeLa细胞,用荧光显微镜和Western blot检测其表达,SYBR Green I实时定量RT-PCR方法检测转染前后HeLa细胞中P16INK4a mRNA的表达变化。结果表明:重组后的pEGFP-N1质粒已成功载入BMI-1的全长编码基因,序列测定的结果与预期设计完全一致。荧光显微镜下可见在转染pEGFP-BMI-1的HeLa细胞中存在荧光分布;Western blot检测发现存在外源性融合蛋白BMI-1-EGFP的表达。在HeLa细胞中过表达BMI-1显著下调P16INK4a mRNA的表达为对照组的9.2%(P<0.01)。结论:成功构建了真核表达质粒pEGFPBMI-1,转染HeLa细胞后可表达融合蛋白BMI-1-EGFP。这为今后研究BMI-1在肿瘤发生发展中的机制奠定了基础。     

实时荧光定量PCR检测人类EZH2基因方法的建立

目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类EZH2基因的方法.方法:将EZH2 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测EZH2,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为10,线性范围为101～108拷贝,相关系数r为-1.00,104copies/μl标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.0%和2.7%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(Tm)为(83.42±0.13)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测EZH2基因,具有高敏感性、高特异性和高精确性等优点,可作为进一步研究EZH2的方法.     

不同实时荧光定量PCR仪对外周血中EB病毒DNA检测结果的影响

目的:应用同一种商品化EB病毒核酸定量检测试剂盒在2款实时荧光定量PCR仪同时检测外周血标本中EB病毒载量,探讨不同类型的实时荧光PCR仪对EBV DNA定性和定量检测结果的影响.方法:提取179例外周血标本(包括102例全血和77例血浆)的DNA后,应用EB病毒核酸定量检测试剂盒(PCR-荧光探针法)分别在2款实时荧...     

湖北汉族人群T淋巴细胞免疫球蛋白黏蛋白-3基因单体型与变应性支气管哮喘的相关性

目的 分析湖北汉族人群T淋巴细胞免疫球蛋白黏蛋白-3(TIM-3)启动子区-1516G/T和外显子3区4259G/T单核苷酸多态性及其连锁不平衡关系,探讨其构成的单体型与支气管哮喘(简称哮喘)易感性之间的关系.方法 2004年6月至2007年10月采用等位基因特异性聚合酶链反应检测湖北汉族175例哮喘患者(哮喘组)和202名健康者(健康对照组)TIM-3-1516G/T和4259G/T的单核苷酸多态性,计算基因型和等位基因频率、两位点间的连锁不平衡系数(D')值及单体型频率.结果 TIM-3基因-1516G/T基因型GG、GT和TT在健康对照组中分布频率分别为82.7%(167/202)、17.3%(35/202)、0(0/202),哮喘组分布频率分别为82.9%(145/175)、17.1%(30/175)、0(0/175);TIM-3基因4259G/T基因型GG、GT和,TT在健康对照组中分布频率分别为0.5%(1/202)、2.5%(5/202)、97.0%(196/202),哮喘组分布频率分别为0.6%(1/175)、5.7%(10/175)、93.7%(164/175).对照组D'值为1.0,哮喘组D'值为0.9.湖北汉族人群中存在3种单体型(G-G、G-T、T-T),这3种单体型频率在健康对照组分别为1.7%(7/404)、89.6%(362/404)、8.7%(35/404),哮喘组分别为3.4%(12/350)、88.0%(308/350)、8.6%(30/350);3种单体型(G-G、G-T、T-T)与哮喘易感性无相关性(x2值分别为2.15、0.47、0.003,P均＞0.05).结论 TIM-3基因-1516G/T与4259G/T之间存在紧密连锁不平衡关系,G-G、G-T、T-T与哮喘易感性无相关性.但不排除是否与其他种族人群中哮喘易感性相关或与其他过敏性疾病和自身免疫性疾病的易感性相关.     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法.方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果 该法检测的线性范围为6.4×101～6.4×107拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×103拷贝/反应的标本批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.6%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为(80.40±0.18)℃.结论 SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-Ⅰ的进一步研究奠定基础.     

人T细胞免疫球蛋白黏蛋白-3基因及其融合蛋白真核表达载体的构建和生物信息学分析

目的：构建T细胞免疫球蛋白黏蛋白-3基因及其融合蛋白真核表达载体,并对TIM-3基因进行生物信息学分析。方法：采用Trizol法从人外周血单个核细胞提取总mRNA,利用两步法RT-PCR技术扩增TIM-3及其胞外（结构）域基因片段和人IgG1Fc基因片段。并将他们分别克隆到真核表达载体pcDNA3.1（＋）中,通过PCR及测序进行鉴定。序列分析后将TIM-3胞外（结构）域基因片段亚克隆到已经克隆了人IgG1Fc基因片段真核表达载体pcDAN3.1（＋）上;并通过PCR及双酶切进行鉴定。应用生物信息学初步分析TIM-3基因的物理化学性质、蛋白质结构域、功能。结果：成功从PBMC中提取并逆转录的cDNA扩增出TIM-3及其胞外（结构）域基因和人IgG1Fc基因;经PCR、酶切鉴定、测序分析表明它们与GenBank提供的序列信息完全相同。生物信息学分析结果表明TIM-3蛋白为稳定亲水性蛋白,有1个跨膜螺旋结构,相对分子量是33.4KD,等电点pI为5.54。该蛋白含约32.56%的α-螺旋,8.27%的延伸链,49.17%的不规则卷曲,1段21个氨基酸组成的信号肽。TIM-3蛋白亚细胞定位于内质网、高尔基体、液泡、细胞膜上。功能分析预测TIM-3蛋白具有受体和信号转导功能。结论：成功构建TIM-3基因及其融合蛋白真核表达载体,并利用生物分析软件对其进行生物信息学分析。了解TIM-3基因的性质特征,为进一步研究该基因奠定基础。