新型冠状病毒Alpha变异株实验室检测研究

目的 对一例新冠肺炎境外输入病例进行实验室检测,并对新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS - CoV - 2）变异株进行鉴定,了解不同样本类型中新冠病毒的检出情况。方法 采集咽拭子、痰液、粪便、尿液和血液多种类型样本共13份,分别提取核酸,用荧光RT - PCR法检测SARS - CoV - 2。使用纳米孔MinION Mk1C测序仪,对阳性咽拭子样本进行实时SARS - CoV - 2靶向扩增全基因组测序,运用artic - ncov2019、DNAstar和Mega等软件对测定序列进行处理和分析。结果 咽拭子、痰液、粪便、血浆和尿沉渣样本中均检出SARS - CoV - 2核酸,咽拭子和血浆样本在发病的前四天均能检出,尿沉渣样本在发病当天能检出。基于纳米孔测序技术,7 h即获得SARS - CoV - 2全基因组数据,经分析显示为新冠病毒Alpha变异株。结论 本例境外输入新冠肺炎确诊病例的病原为SARS - CoV - 2 Alpha变异株,咽拭子、血浆样本和尿沉渣样本在发病早期均能检出SARS - CoV - 2核酸。     

新余市甲型H1N1流感病毒H275Y突变监测

目的分析2013年-2014年新余市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)第275位氨基酸变异情况,掌握甲型H1N1流感病毒耐药特性。方法收集新余市流感监测哨点医院的流感样病例的咽拭子标本,采用狗肾传代细胞(MDCK)对标本进行病毒分离,随机选择15株甲型H1N1流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒NA基因部分片段,应用限制性内切酶片段长度多态性分析(RFLP)方法进行酶切分析。结果新余市15株甲型H1N1流感病毒中,仅有A/江西渝水/SWL1220/2014(H1)发生了H275Y突变,它具有Oseltamivir耐药性。结论新余市绝大多数甲型H1N1流感毒株对Oseltamivir敏感,但仍有必要持续监测和防范Oseltamivir耐药毒株的出现。     

2007年江西省甲3亚型流感毒株HA1基因特性的分析

目的了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO2007～2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit（Version5.0）、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%。2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007～2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换。结论2007年根据WHO2007～2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想。     

2012年江西省儿童急性出血性结膜炎病原学特征分析

目的：了解2012年江西省儿童急性出血性结膜炎(AHC)病原学特征,为其防治提供科学依据。方法采集2012年江西省急性出血性结膜炎患儿44例结膜拭子标本,并运用PCR和RT-PCR方法对这44份结膜拭子标本同时进行肠道病毒70型、柯萨奇病毒24型变异株和腺病毒三种病毒检测。结果2012年江西省儿童流行性出血性结膜炎流行高峰在5-7月份;PCR和RT-PCR检测结果为腺病毒阳性31份。结论2012年江西省儿童急性出血性结膜炎病原体主要为腺病毒。     

江西省2010年-2014年呼吸道感染腺病毒基因特征分析

目的 了解2010年至2014年江西省儿科呼吸道感染患儿中腺病毒的感染状况及其基因特征.方法 2010年至2014年,共采集呼吸道感染患儿的标本2645份,分别进行了7种常见呼吸道病毒的核酸检测,核酸阳性标本进行病毒分离培养获得毒株.设计可以扩增所有腺病毒基因组Hexon基因片段、feiber基因片段的引物,毒株进行扩增,PCR的产物直接进行测序,测序结果与GenBank的已知型别的序列进行比对,确定腺病毒的型别.结果 在2645份呼吸道标本中,核酸检测腺病毒的阳性标本数为259份,阳性率9.79%,对259份核酸阳性标本进行病毒分离,得到46份毒株,病毒分离率为17.76%.46份标本进行PCR、测序、序列比对分析得知:1型ADV为7例,占15.22%,2型ADV为14例,占30.43%,3型ADV为8例,占17.39%,5型ADV为7例,占15.22%,6型ADV为1例,占2.17%,7型ADV为9例,占19.57%.结论 2010年至2014年,南昌地区的腺病毒感染以2型、3型、7型为主,1型、5型、6型比较少见,暂时未发现新的型别引起的感染.     

高安市2006～2007年肾综合症出血热监测结果分析

[目的]探索江西省高安市肾综合症出血热(HFRS)流行特征,为制定防治对策提供科学依据.[方法]采用描述流行病学、现场调查、免疫学检测方法.[结果]2006～2007年江西省高安市HFRS年均发病率为9.55/10万,发病呈冬、春双峰型;免疫学监测结果:临床病人和疑似病人IgM抗体检测平均诊断符合率为77.97%,健康人群隐性感染率13.41%.鼠问疫情监测结果:总的鼠密度为3.63%,室外黄毛鼠为优势的鼠种,室内褐家鼠为优势鼠种.鼠血肾综合症出血热总抗体阳性率为25.00%,褐家鼠鼠血肾综合症出血热总抗体阳性率显著高于黄毛鼠(P＜0.005).[结论]2006～2007年高安市为以家鼠型为主的混合型肾综合症出血热疫区,应加强监测和采取灭鼠及预防接种等预防措施.     

过氧化物酶体增殖物激活受体-γ2基因Pro12Ala多态性与江西地区汉族人2型糖尿病的关系

近年来,因过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferators-activated receptor,PPAR）-γ2基因与脂肪细胞分化、脂类代谢和胰岛素抵抗关系密切,被认为与2型糖尿病（T2DM）及与其引起的一系列代谢特征（胰岛素敏感、脂质能量代谢等）有密切关系而成为研究热点。目前,国内外众多有关PPAR-γ2基因Prol2Ala多态性与T2DM相关性的研究结果仍存争议。     

江西地区儿童感染的乙型肝炎病毒"a"抗原变异分析

目的:初步分析江西省乙型肝炎疫苗免疫儿童感染的乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)"a"抗原决定簇的变异。方法:收集在江西省儿童医院就医的13 117名乙肝疫苗免疫儿童(7.39±3.66岁)血清标本,酶联免疫吸附方法检测HBV-M,抽提HBV表面抗原(HBsAg)阳性血清标本中的HBV DNA,扩增HBV S基因,PCR产物测序并与标准序列对比,分析"a"抗原决定簇的变异与血清型;利用在线Genotyping软件对儿童感染的HBV进行分型。同时用荧光定量PCR检测血清HBV DNA含量。结果:从13 117份血清样品中,检测出HBsAg阳性标本230份(1.75%),扩增HBV S基因并成功测序118份。检测出24份标本有"a"抗原决定簇变异(变异率20.34%),"a"抗原决定簇两茎环间的变异率和男女儿童感染的HBV"a"抗原决定簇的变异率无显著性差异。Q129H、G145A突变后,血清HBV DNA水平较未变异株降低(P<0.05)其他各组则无显著变化。118份测序标本利用Genotyping比对后,112份属于B型,其中adw血清型105份,ayw血清型7份;6份属于C型,均为adr血清型。结论:在江西省乙肝疫苗免疫儿童人群检测出"a"抗原决定簇变异的HBV感染,未发现有明显优势的变异株类型。HBV"a"抗原决定簇区突变对血清HBV DNA含量有一定的影响。     

儿童感染的乙型肝炎病毒S基因的分子特征

目的初步调查儿童感染的乙型肝炎病毒表面抗原的基因特征。方法收集10名HBV感染的儿童血清标本,抽提血清中的HBV DNA,采用PCR扩增HBV S基因并测序,利用Genotyping软件对PCR产物序列进行分型,并分析HBV S基因的突变情况。结果 10份血清标本中,扩增出HBV S基因并成功测序6份,其余4份扩增阴性不满足测序要求。6份PCR产物所测序列标本经Genotyping比对后,均属于B型,与NCBI收录的参考序列AF100309同源性最高;5例是adw,1例是ayw。HBV S基因中编码a抗原决定簇的核苷酸序列突变点分别为G529A、T531C、C534A、T562A、T581A、A589C。编码a抗原决定簇的氨基酸序列突变点分别为I126T、P127T、S143T、G145A。核苷酸突变点G529A、T562A不引起编码a抗原决定簇的氨基酸序列突变,为无义突变。而其他4点突变均可引起编码a抗原决定簇相应氨基酸序列发生改变。结论所调查儿童主要感染B基因型HBV;其感染的HBV S抗原a决定簇的氨基酸序列出现I126T、P127T、S143T、G145A的突变,可能是逃避乙肝疫苗诱导的免疫保护的一种...     

江西省一起腺病毒感染的出血性结膜炎疫情的分子流行病学溯源

目的 对江西省某地一起暴发出血性结膜炎人腺病毒进行Hexon基因特征分析,在基因层面对该疫情进行病原溯源,为防控策略提供技术支撑。方法 采集出血性结膜炎患者结膜拭子和咽拭子标本,采集排水口和浮板涂抹拭子标本。采用Real - time RT - PCR方法对所有标本进行人腺病毒（HAdV）和人肠道病毒（HEV）核酸检测,对核酸阳性的标本进行Hexon基因部分片段序列测定,运用Bioedit 7.0和MAGE 6.0等生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 共采集出血性结膜炎5名患者结膜拭子标本4份,咽拭子标本1份,共检出人腺病毒核酸阳性标本4份,阳性率为80%,标本采集时间最长为发病后10 d。采集排水口和浮板涂抹拭子各1份,均为HAdV的核酸阳性。所有标本HEV核酸检测阴性。共获得4条病例标本Hexon基因部分片段序列,经Hexon基因测序鉴定均为HAdV - E4基因亚型。结论 该起出血性结膜炎疫情可能由HAdV - E4基因亚型污染游泳池水引起。