外周血液中miRNA表达与老年性黄斑变性相关性研究

目的　检测微小核糖核酸（microribonucleicacids，miRNA）在老年性黄斑变性（age-related macular degeneration，AMD）患者中的表达，并探讨miRNA的表达量与AMD病程之间的关系。方法　选取2014年1月至2016年11月于同济大学附属第十人民医院眼科门诊就诊的AMD患者6例为试验组，并选取同期6名正常人为对照组，通过基因芯片技术检测两组血液中miRNA的表达量。扩大样本的病例对照研究中共纳入126例AMD患者和140名正常人，检测其血液样本中miRNA的表达，比较两组人群间miRNA的表达量差异。结果　通过基因芯片技术，在试验组与对照组间共检测出216个miRNA存在表达差异（均为P<0.05），与对照组相比，试验组中111个miRNA表达量上升，105个miRNA表达量下降，差异均有统计学意义（均为P<0.05）。扩大样本的病例对照研究结果表明，在AMD患者中，miR-27a-3p、miR-29b-3p、miR-195-5p的表达量显著上升，同时，湿性AMD患者血液中miR-27a-3p的表达量高于干性AMD患者，差异均有统计学意义（均为P<0.05）。结论　AMD患者外周血中miRNA表达量水平有明显变化，miR-27a-3p、miR-29b-3p、miR-195-5p可能成为AMD血清学诊断和预后的标志物。     

组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA对食管癌细胞ncRNA/mRNA表达谱的影响

目的:分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA处理前后,食管癌细胞株EC109中差异表达的非编码RNA(ncRNA)和mRNA表达谱,初步预测与TSA作用相关的ncRNA和mRNA。方法:采用MTT、细胞周期等方法检测TSA的效应;运用应用芯片技术分别检测TSA处理前后EC109细胞中ncRNA和mRNA表达谱变化,并对差异ncRNA和mRNA表达谱进行整合分析。结果:TSA以剂量时间依赖方式抑制细胞增殖,细胞周期阻滞和凋亡的发生。芯片检测共发现461个ncRNA和758个mRNA显著性差异表达,生物信息学分析显示差异涉及红比霉素、阿霉素代谢过程、氧化还原、核小体的装配、染色质结构组织和端粒的结构组织等。通过数据库分析预测及整合分析,得到了361个ncRNA-mRNA靶基因对。结论:差异表达的ncRNA和mRNA对TSA的生物学效应密切关联,为进一步研究基因功能及其在肿瘤中的生物学意义奠定基础。     

基因芯片在宫颈癌中的研究进展

基因芯片是分子生物学领域的技术之一,是20世纪90年代以来发展的一种基因筛选技术,具有高通量、快速等优点。近年来,随着相关技术和设备的进步,基因芯片的应用更为广泛,尤其在医学领域有较快发展。应用基因芯片技术,可对肿瘤的发生、发展进行研究,并从基因水平上探究相关机制,给临床治疗等提供帮助。宫颈癌是女性常见的生殖系统肿瘤之一,宫颈癌的发生与人乳头瘤病毒(HPV)的感染密切相关。应用基因芯片技术不仅可以绘制宫颈癌的表达谱,进行HPV感染情况的分析,还可以对宫颈癌的病理分型、浸润及治疗机制进行基因水平的分析,以指导临床决策。     

前列腺癌10个显著差异表达基因筛查研究

目的:筛查验证前列腺癌特异性表达基因。方法:运用基因芯片筛查出前列腺癌组织和癌旁组织中差异表达的基因,再通过PCR验证。结果:从芯片结果中发现,总共有1 444个基因(差异倍数≥1.5;P≤0.05)为差异表达基因。其中,前列腺癌与对比配对的良性组织有769个上调(53%)和675个下调(47%)。差异基因中有40%的差异倍数为1.5~2倍,包括396个上调和182个下调基因。另外308个上调基因和334个下调基因的差异倍数为2~5倍;46个上调基因和78个下调基因的差异倍数为5~10倍;19个上调基因和81个下调基因的差异倍数为10倍以上。取其中上调和下调最明显的各15个基因做进一步荧光定量PCR(qRT-PCR)鉴定,结果显示了大多数基因都有芯片结果相似的基因片段,芯片结果和qRT-PCR结果用皮尔森相关性分析结果为0.83,并获得10个差异显著的基因。结论:芯片分析出来的前列腺癌和良性组织间差异基因是可靠的,qRT-PCR验证获得的这10个差异基因可能成为新的肿瘤标记物和特征性肿瘤鉴定分子。     

苯丙芘诱导口腔上皮细胞癌变过程的差异基因表达谱分析

目的：检测并分析苯丙芘诱导的口腔上皮细胞癌变过程中基因表达的变化，寻找在口腔上皮细胞癌变过程中起重要作用的基因。方法：使用课题组前期建立的一株永生化细胞系，以及经过苯丙芘诱导而逐步产生的具有成瘤性的肿瘤细胞系【首代成瘤细胞（HB-56P）及典型鳞状细胞癌细胞（HB-94P）】，通过Affymetrix U133 plus 2．0基因芯片。检测在永生化细胞（HIOEC）向成瘤细胞转化过程中的基因表达变化。使用GenSpring7．0进行标准化及单因素方差分析，通过Venn图分析差异基因在癌变不同阶段的变化，并进一步通过GO术语进行注释。对部分基因使用实时定量PCR在细胞系中进行了验证。结果：在HIOEC向HB-94P转化过程中，共有883条差异基因，大部分集中于肿瘤发生的早期阶段。差异基因主要涉及大分子代谢、信号传导等生物学过程。具有过渡金属离子结合能力、腺核苷酸结合能力及激酶活性。其蛋白产物主要是膜结合蛋白，位于核内或细胞骨架。IGFBP3、S100A8、MAP2K、KRT6B、GDF15和MET的表达基本符合芯片结果。结论：本研究检测了苯丙芘相关口腔上皮细胞癌变过程中基因表达的变化，为苯丙芘相关的口腔癌分子发病机制研究提供了基础。