某院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌耐药基因分析

目的研究某院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(CRE)在细菌耐药方面的分子流行病学特征,为CRE的防控提供依据。方法收集某院2013—2017年细菌室保存的CRE,对其进行多位点序列分型(MLST)、药敏试验、全基因序列测定,选取部分CRE中携带的碳青霉烯耐药基因进行基因环境分析。结果共收集62株CRE,成功复活51株;其中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)30株,耐碳青霉烯类大肠埃希菌(CREC)9株,耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CRECL)6株,耐碳青霉烯类其他肠杆菌6株。CRKP MLST主要包括3株ST147、2株ST11;CREC MLST主要包括3株ST167;CRECL MLST主要包括3株ST93、2株ST88。51株CRE对氨苄西林、头孢噻肟的耐药率最高,均为100%。耐碳青霉烯类耐药基因分布:1株携带blaKPC-2,14株携带blaIMP-4,18株携带blaNDM-1,22株携带blaNDM-5,2株携带blaNDM-9,10株携带blaOXA-1,10株携带blaOXA-10,2株携带blaOXA-23,2株携带blaOXA-66。分析blaNDM-1、blaNDM-5、blaNDM-9、blaIMP-4不同菌种的基因环境,发现几种耐药基因各自的基因环境都与已报道的基因环境相似,无明显的菌种间差异性。结论耐药基因通过水平传播能稳定存在于不同的CRE菌株中,对医院感染防控造成一定的威胁。     

下一代测序在肿瘤个体化治疗中的应用

目的探讨下一代测序(NGS)技术应用于肿瘤个体化治疗的可行性。方法选取2016年1月至2017年7月间中山大学肿瘤防治中心收治的20例肿瘤患者的临床样本,采用Illumina Next Seq500平台,利用靶向捕获建库技术,检测20例肿瘤样本中295个与肿瘤发生机制及靶向治疗密切相关的基因,采用传统PCR技术如荧光原位杂交(FISH)、飞行质谱(Sequenom MassARRAY)、一代测序(Sanger)或扩增阻滞突变系统(ARMS-PCR)等技术进行验证。结果 NGS检测技术参数稳定,与传统PCR技术检测结果符合率为100. 0%。结论与传统方法相比,NGS技术在临床应用中可同时检测多个可能的药物靶点,推动精准分子诊断及个体化治疗发展。     

基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq~(TM) 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。     

1,8-桉叶油素自微乳给药系统的制备及质量评价和细胞摄取研究

目的优化1,8-桉叶油素(1,8-cineole,1,8-Cin)自微乳给药系统(1,8-cineole self-microemulsion drug delivery system,1,8-Cin-SMEDDS)处方,对其进行表征并进行细胞摄取考察。方法通过绘制伪三元相图,确定1,8-Cin-SMEDDS有效自乳化区域,进行初步处方筛选。以粒径和载药量为指标,采用星点设计-效应面法对1,8-Cin-SMEDDS处方进行优化并验证。荧光显微镜观察高糖损伤的人脐静脉内皮细胞(HUVEC)对1,8-Cin-SMEDDS的摄取情况。结果 1,8-Cin-SMEDDS的最佳处方是大豆油(7.5%)与1,8-Cin(22.5%)为混合油相,HS15(56%)为乳化剂,乙醇(14%)为助乳化剂,滴加纯水至8m L得半透明略带蓝色乳光液体。透射电镜观察其外观呈球形液滴,激光粒度Zeta电位测定仪测得平均粒径为(131.68±1.44)nm,Zeta电位为(-10.03±1.63)m V;HPLC法测得包封率为(99.890±0.012)%,载药量为(224.750±0.028)mg/g。HUVEC细胞摄取实验结果表明,细胞对1,8-Cin-SMEDDS的摄取高于游离1,8-Cin。结论 1,8-Cin-SMEDDS制备方法简便,重复性好,所得1,8-Cin-SMEDDS外观良好,包封率高,理化性质稳定,且能促进细胞摄取。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。