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摘要:目的 通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternativepolyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternativepolyadenylationquantitativetraitlocus,apaQTL),并研究这些重要位点相关
的下游靶基因及上游 RNA 结合蛋白(RNA-bindingprotein,RBP)。方法 从 SNP2APA 数据库下载泛癌顺式和反式
apaQTL数据,用 R语言分析肝细胞癌apaQTL的分布特征。根据位置提取apaQTL上下游50bp范围内的序列,使用
STREME进行特征基序富集,进一步结合肝细胞癌临床信息,筛选改变基序和临床预后相关的apaQTL。利用 Tomtom
挖掘潜在调控 APA 的上游 RBP,并通过 ENCODE以及 TCGA 预后数据分别验证 RBP在 APA 调控和肝细胞癌发生发
展中的重要性。将apaQTL和表达数量性状位点(expressionquantitativetraitlocus,eQTL)进行共定位,并结合差异表
达和预后分析,筛选影响表达和预后的apaQTL和下游靶基因。结果 通过对肝细胞癌apaQTL进行特征分析,发现肝
细胞癌顺式apaQTL在其他癌症中广泛出现,而反式apaQTL在肝细胞癌中具有特异性。通过对apaQTL进行基序分
析,筛选出20个可以改变多聚腺苷酸化基序的apaQTL。其中rs16742可以生成新的多聚腺苷酸化基序,从而导致赖氨
酰-tRNA 合成酶(leucyl-tRNAsynthetase,LARS)基因的转录本增长。进一步分析表明,rs16742与肝细胞癌的预后相
关。通过预测新的apaQTL基序和上游靶基因,并结合外部数据验证,发现 RBP聚(RC)结合蛋白2[poly(RC)binding
protein2,PCBP2]参与肝细胞癌 APA 事件的调控,并与预后相关。进一步分析表明,预后显著的apaQTLrs115865883
和rs150628203可能影响 PCBP2与转录本的结合。通过apaQTL和eQTL共定位分析,筛选出30个潜在的影响表达和
肝细胞癌发生发展的apaQTL和下游靶基因。结论 研究发现了一系列功能性肝细胞癌apaQTL及下游靶基因,基于
apaQTL相关分析,发现 RBPPCBP2可调控肝细胞癌的 APA 事件及预后。 相似文献
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鄢锦丽陈大鹏 《中华妇幼临床医学杂志(电子版)》2022,(5):517-522
新生儿呼吸系统疾病是新生儿常见疾病,也是导致新生儿死亡的常见原因。益生菌是通过定植在人体内,改变宿主某一部位菌群组成的一类对宿主有益的活性微生物。近年关于益生菌与新生儿呼吸系统疾病关系的研究,成为本领域研究热点。益生菌可增强肠道免疫功能,提高新生儿全身免疫力,从而对其呼吸系统疾病的各病理及病理生理功能产生阻遏作用,达到治疗该类疾病的目的。笔者拟就益生菌的定义及种类,新生儿临床应用的安全性及不良反应、治疗机制,以及对新生儿呼吸系统疾病治疗等最新研究现状进行阐述,旨在促进广大儿科医师更好地了解益生菌在治疗该类疾病中的作用。 相似文献
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目的 观察结肠癌HCT116细胞健脾消癌方的条件培养液对HUVEC细胞管腔形成的影响,从PI3K/Akt生物轴调控角度探讨其作用机制。方法 培养HCT116细胞,细胞设3组:对照组,健脾消癌方组(加入15%健脾消癌方含药血清)及人参皂苷Rg3组;制备HCT116细胞健脾消癌方条件培养液(分组及制备方法见实验方法),用条件培养液干预HUVEC(脐静脉内皮细胞,Human Umbilical Vein Endothelial Cells),Matrigel基质胶法检测HCT116细胞健脾消癌方条件培养液对HUVEC小管形成的影响。随后采用蛋白免疫印迹法(Western blot)检测各组HCT116细胞磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)、蛋白激酶B(Akt)、p-Akt、VEGF(血管内皮生长因子,Vascular endothelial growth factor)蛋白表达。最后在结肠癌HCT116荷瘤小鼠中验证健脾消癌方对肿瘤生长速度的影响,并经瘤组织VEGF蛋白表达、CD31免疫组化染色检测肿瘤内血管生成情况。结果 模型组HUVEC细胞管腔形成较空白血清组显著增加(P<0.05);健脾消癌方组及人参皂苷Rg3组较模型组HUVEC细胞管腔形成显著减少(P<0.01)。p-Akt和VEGF蛋白表达水平模型组高于空白血清组(P<0.05),健脾消癌方组及人参皂苷Rg3组显著低于模型组(P<0.01);PI3K、Akt蛋白表达量组间差异无统计学意义。与对照组比较,模型组荷瘤小鼠肿瘤体积显著性增大,瘤组织内VEGF表达、CD31阳性面积显著性增加,差异有统计学意义(P<0.05);与模型组比较,健脾消癌方组及人参皂苷Rg3组荷瘤小鼠肿瘤体积显著减小,瘤组织内VEGF表达、CD31阳性面积降低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 健脾消癌方可抑制肿瘤的血管生成和生长,其作用机制可能与PI3K/Akt生物轴调控VEGF表达有关。 相似文献
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目的观察脐带间充质干细胞分泌的外泌体对骨性关节炎模型大鼠疼痛行为、软骨修复及背根神经节(DRG)中转录激活因子3(ATF-3)及生长相关蛋白43(GAP-43)表达的影响, 并探讨外泌体治疗关节炎疼痛的可能机制。方法采用随机数字表法将54只雄性SD大鼠分为假手术组、模型组和外泌体组, 每组18只, 除假手术组外, 其余2组均于左后肢膝关节腔注射4 mg/50 μl单碘乙酸钠(MIA)建立疼痛模型, 假手术组大鼠关节腔注射50 μl生理盐水作为对照。造模14天后, 假手术组和模型组大鼠左后肢膝关节腔注射50 μl生理盐水, 外泌体组大鼠注射50 μl外泌体。于造模前1天、造模后第7、14天及给药后第7、14、28天对各组大鼠机械痛阈和热痛阈进行测定;于测试后取出相应时间点DRG, 采用免疫蛋白印迹法检测ATF-3及GAP-43表达情况;并取出相应时间点各组大鼠膝关节, 采用苏木素伊红(HE)染色检测软骨修复情况。结果与模型组比较, 外泌体组在给药后第7天时, 机械痛阈值及热痛阈值均明显增加, 直到给药后第28天时差异均具有统计学意义(P<0.05);DRG水平ATF-3蛋白表达显著... 相似文献
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目的探讨尿液中肾损伤分子-1(KIM-1)、肝型脂肪酸结合蛋白(L-FABP)、中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)检测对于早期儿童急性肾损伤(AKI)的诊断价值。方法选取2018年1月至2018年12月在我院治疗的200例患儿作为研究对象,根据最终确诊结果分为AKI组74例、非AKI组126例,检测并对比两组患儿的尿KIM-1、L-FABP、NGAL及血肌酐(Scr)水平,采用受试者工作曲线求取最佳临界值及诊断效能。结果诊断前48h、24h、诊断当天,AKI组患儿的尿KIM-1、L-FABP、NGAL检测值均高于非AKI组(P<0.05);诊断当天,AKI组的血Scr水平高于非AKI组患儿(P<0.05)。确诊前48h,KIM-1+L-FABP+NGAL鉴别诊断AKI患儿的灵敏度为72.03%、特异度为78.81%;确诊前24h,KIM-1+L-FABP+NGAL鉴别诊断AKI患儿的灵敏度为89.37%、特异度为95.5%;确诊前当天,KIM-1+L-FABP+NGAL鉴别诊断AKI患儿的灵敏度为96.77%、特异度为98.14%。结论尿KIM-1、L-FABP、NGAL在AKI患儿早期即出现水平升高,密切监测三项指标的变化对于儿童AKI的病情评估及治疗具有一定的价值。 相似文献
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瓦博格效应认为,即便在氧气充足时,肿瘤仍大量利用葡萄糖进行有氧糖酵解,产生乳酸和少量ATP。虽产能效率低,但中间产物有利于改造肿瘤微环境,促进肿瘤恶性进展。近年发现,成纤维细胞作为肿瘤间质的重要组成部分,在肿瘤细胞诱导下具有癌相关成纤维细胞(cancer-associated fibroblast, CAF)表型,通过自身线粒体功能障碍、自噬而持续向肿瘤细胞提供生物大分子合成原料,用以促进肿瘤增殖、侵袭、转移、耐药。相反,肿瘤细胞自身则提高线粒体代谢水平,进行氧化磷酸化,此现象被命名为反瓦博格效应。CAF与酸化的微环境驱动肿瘤细胞自发选择葡萄糖代谢方式、促进肿瘤恶性进展。 相似文献
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