TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较北大核心CSCD

目的:探索4种消化系统癌症(DSCs)分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系。方法:基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌(ESCA)、胃癌(STAD)、直肠癌(READ)、结肠癌(COAD)4种DSCs的分子特征,包括基因突变、拷贝数变异、基因表达以及甲基化,结合MIF算法、差异分析筛选出癌症驱动基因、差异甲基化基因(DMGs)以及差异表达基因(DEGs),并利用富集分析、生存分析、相关性分析比较4种癌症类型中分子特征的异同,进一步探索分子特征同临床基本特征的关系。结果:4种癌症类型具有相似的分子特征,包括:突变频率与基因表达、甲基化水平相关性很低,线性关系均不明显;MaxMIF软件获得的30个癌症驱动基因中均仅有少数几个基因具有预后效果,包括ESCA 2个、STAD 2个、READ 1个、COAD 1个;拷贝数变化数据在癌症组织样本和正常组织样本中的分布并不均匀;DEGs中仅有少部分基因具有预后效果,包括食管癌(29/829)、胃癌(0/394)、直肠癌(71/606)、结肠癌(50/591),并且KEGG通路均富集于“神经活性的配体-受体相互作用”。另外,4种癌症类型之间具有不同的癌症驱动基因、具有预后效果的DEGs,以及DMGs。结论:经分析得到4种DSCs分子特征的异同点有助于了解整个DSCs,并有望为深入理解DSCs的分子特征及相应的分子靶向治疗方案的设计提供有效的依据。     

基于转录组测序方法研究加替沙星对小鼠的肝损伤作用

目的： 探讨加替沙星（GAT）对小鼠肝脏的损伤作用及其机制。方法： 选取32只SPF级雄性昆明小鼠作为研究对象，随机分为4组：低、中、高剂量（分别为25、50、100 mg/kg） GAT组和对照组。给药体积按10 mL/kg，连续灌胃给药7 d，对照组给予对应体积的生理盐水。通过检测各组小鼠血清中的谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）、碱性磷酸酶（AKP）、肌酐（CRE）和甘油三酯（TG）浓度，初步评价加替沙星导致的小鼠肝组织损伤。进一步利用转录组测序技术检测各组小鼠肝脏的基因表达谱，筛选差异表达基因，对差异基因进行基因本体论（GO）功能分类，并采用京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库进行信号通路富集分析。结果： 与对照组比较，高剂量GAT组小鼠肝脏质量显著降低（P<0.01）；低、中剂量GAT组肝脏系数显著降低（P<0.01）；低、中剂量GAT组小鼠血清ALT浓度显著降低（P<0.05或0.01）；低剂量GAT组小鼠血清AST浓度显著降低（P<0.01）。与对照组比较，中剂量GAT组共筛选出27个差异表达基因（包括20个上调基因，7个下调基因）。GO功能分类提示这些基因主要富集在免疫系统、多细胞生物、多生物及生殖过程等17个生物过程中。KEGG通路分析提示差异基因主要富集于脂质代谢、萜类化合物和聚酮化合物的代谢等22条通路中。结论： GAT可导致小鼠肝功能发生变化，并通过影响小鼠肝脏内胆汁酸和胆固醇等内分泌系统和脂质代谢等的平衡，造成肝组织损伤。     

晚期EGFR突变肺腺癌Ki-67表达与EGFR-TKIs治疗疗效的相关性北大核心

目的:分析晚期EGFR突变型肺腺癌(LADC)组织中Ki-67表达和其他临床病理特征与EGFR-TKIs客观疗效和生存预后的相关性。方法:回顾性分析2017年05月至2020年05月我院102例晚期EGFR突变型LADC中Ki-67表达情况与其他临床特征,所有患者均接受第一代EGFR-TKIs 6周后进行客观疗效评价,无进展生存期(progression-free survival,PFS)为主要研究终点。结果:Ki-67表达可较为准确地预测EGFR-TKIs的客观缓解率(object response rate,ORR)[AUC=0.7690(0.6705~0.8675),P<0.0001],Ki-67表达与EGFR-TKIs客观疗效呈负性相关(P=0.000),分期(P=0.170)、EGFR-TKIs(P=0.112)、ECOG PS(P=0.551)、EGFR突变(P=0.163)与ORR无明显相关。Ki-67高表达相对低表达,可显著缩短PFS(P<0.0001);单因素分析发现ECOG PS(HR 1.740,P=0.001)、EGFR突变(HR 1.656,P=0.023)、分期(HR 1.487,P=0.005)、Ki-67表达(HR 1.027,P=0.000)为影响PFS的相关因素;多因素分析发现,Ki-67表达(HR 1.040,P=0.000)为影响PFS的独立预后因素。结论:晚期EGFR突变型LADC组织中Ki-67高表达可降低EGFR-TKIs的ORR,缩短PFS,Ki-67表达在晚期EGFR突变LADC中的意义值得进一步探索。     

黄花蒿Dof基因家族鉴定及在GA-UV处理下对青蒿素生物合成的影响＊

目的 Dof（DNA binding with one finger）家族是高等植物中特有的一类转录因子家族，参与植物中光、激素、非生物胁迫等多种胁迫响应调控。本研究基于全基因组数据对黄花蒿Dof（AaDof）转录因子家族进行鉴定及表达模式分析，探究Dof家族基因在青蒿素合成调控中的作用。方法 经PFAM数据库鉴定获得AaDof序列，通过生物信息学软件分析其理化性质、亚细胞定位、基因结构、蛋白保守结构以及启动子序列结合元件等，并基于赤霉素（Gibberellic acid， GA）、紫外线B（UV-B）及二者协同胁迫下黄花蒿转录组数据对其表达模式进行分析。结果 本研究从全基因组水平共鉴定出51个AaDof基因，均含有保守的C₂-C₂单锌指结构，依据系统发育分析分为8个亚族，同一亚族内基因结构与蛋白保守结构域相对保守。亚细胞定位预测显示12个AaDof蛋白定位在细胞外，其余均定位在细胞核。启动子元件分析发现AaDof家族基因启动子区富含光、激素等多种响应元件。对AaDof在GA、UV-B和GA+UV-B处理下的表达模式分析发现，AaDof基因对GA胁迫处理响应较弱，仅有少量基因敏感，其表达主要受到UV-B胁迫影响。C1及C2.1亚族大部分基因在UV-B胁迫下上调表达，而A亚族大部分基因在UV-B胁迫下下调表达。qRT-PCR验证表明AaDof1、AaDof17和AaDof44在GA和UV-B处理下表达量显著上调，推测其可能通过参与GA和UV-B调控网络，正向调控青蒿素生物合成。结论 本研究系统鉴定了黄花蒿AaDof家族基因并筛选了3个可能正向调控青蒿素生物合成的候选AaDof基因，为黄花蒿Dof家族基因功能研究及其在青蒿素生物合成中的调控机制解析奠定基础。     

基于生物信息学筛选早发性乳腺癌差异表达基因

目的筛选并分析与早发性乳腺癌发生、发展相关的靶基因。 方法(1)在美国国立生物技术信息中心的公共基因芯片数据库(GEO)中检索早发性乳腺癌样本及非早发性乳腺癌样本相关基因芯片数据。对上述数据使用GEO2R、R4.1.2及Venn软件筛选出相关差异表达基因(DEGs)，并运用在线分析工具(Web Gestalt)对DEGs，进行相关功能和信号通路富集分析。(2)同时，通过String在线数据库构建DEGs编码的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，并利用Cytohubba插件对该网络中的基因进行评分，筛选出枢纽基因。将枢纽基因导入Kaplan-Meier生存分析工具(Kaplan-Meier Plotter)，评估枢纽基因在早发性乳腺癌的预后价值。(3)将肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的肿瘤组织以年龄为标准进行分组，分析枢纽基因在各年龄组中的表达，并与正常组织中的表达进行比较，对得到的枢纽基因进行验证。DEGs表达量的多组间比较使用Kruskal-Wallis H检验，使用Bonferroni法进行两两比较。 结果(1)筛选出编号为GSE89116、GSE109169、GSE36295的基因芯片数据集，共得到80个差异表达基因，其中上调差异表达基因17个，下调差异表达基因63个。富集分析显示：DEGs主要富集在脂质代谢和氧化还原过程以及PPAR信号通路、AMPK信号通路上。(2)在PPI中发现主要的关键基因为PPARG、ADIPOQ、LIPE、PCK1、PDK4、ACACB、PLIN1、CAV1、CD36、ANGPTL4。ACACB、ADIPOQ、CAV1、LIPE、PLIN1、PPARG基因的低表达与乳腺癌患者的不良OS相关(HR＝0.69、0.84、0.76、0.88、0.78、0.82；95%CI：0.59~0.80、0.76~0.93、0.67~0.83、0.79~0.97、0.70~0.86、0.73~0.90；P均<0.050)。(3)ACACB、ADIPOQ、LIPE、PLIN1、CAV1及PPARG这6个与预后相关的基因在正常组织中的表达量均远高于各年龄组肿瘤组织中的表达量(χ²＝104.03、179.57、161.85、189.87、118.56、103.62，P均<0.001)，早发性乳腺癌组(21~40岁)的LIPE、PLIN1表达量低于41~60岁、61~80岁年龄组，差异具有统计学意义(LIPE: Z＝21.07、23.12, P均<0.050; PLIN1：Z＝16.89、18.76, P均<0.050)。 结论早发性乳腺癌与非早发性乳腺癌存在差异基因表达谱，LIPE、PLIN1可能是早发性乳腺癌发生、发展的关键基因。     

关于统计学检验结论在文章中表达的要求

根据人民卫生出版社出版的全国高等学校教材《卫生统计学》第5版,报告统计学检验的结论时,对Р值小于或等于检验水准(一般为0.O5)的情况,一律描述为“差异有统计学意义”,同时写明P的具体数值或相应的不等式,不再采用将P<0.05描述为“差异有显著意义(或差异有显著性)”将P<0.01描述为“差异有非常显著意义(或差异有非常显著性)”的表达方法。     

关于计量单位等表示方法的说明

根据有关规定,我们对来稿中有关计量、浓度等表示方法有统一要求,望作者参照执行。1时间表达:正文中时间的表达,凡前面带有具体数据者应采用d、h、min、s,而不用天、小时、分钟、秒。例:3 d、19 h、20 min、5 s,不用3天、19小时、20分钟、5秒。     

痛记忆模型大鼠ACC脑区蛋白质组学研究及电针干预

目的:采用蛋白质组学方法筛选痛记忆模型大鼠ACC脑区差异蛋白,并进一步筛选与电针干预痛记忆可能相关的差异蛋白,为电针干预痛记忆的深入研究提供理论支持。方法:将18只健康雄性SD大鼠随机分为空白组(生理盐水对照组)、模型组和电针组,每组6只。模型组及电针组大鼠通过二次角叉菜胶足跖注射建立痛记忆模型。对照组注射同等剂量的生理盐水。电针组于首次注射后5 h、1～5 d进行电针治疗。模型组与空白组仅作与电针组相同的束缚处理。分别检测3组大鼠造模前,首次注射后4 h、5 d和二次注射后4 h、72 h的机械痛阈。二次注射后第3天,大鼠处死后取ACC脑组织。以双向凝胶电泳分离,双向电泳后经不同波长光激发扫描得到不同样品的蛋白质组图谱,经Image Master2D 6. 0软件进行分析后,筛选相差在1. 5倍以上的蛋白作为差异表达的蛋白质,并进行质谱鉴定。结果:1)与空白组比较,模型组二次未注射角叉菜胶足跖痛阈显著下降(P 0. 05);与模型组比较,电针组二次未注射角叉菜胶足跖痛阈显著上升(P 0. 05)。2)经蛋白质组学分析共筛选出18个差异蛋白质。其中模型组有明显差异者有11个,4个表达呈现下调,分别为微管蛋白α-1A链、DAB2相互作用蛋白、NADH脱氢酶的辅酶黄素蛋白2、转凝蛋白-3; 7个表达呈现上调,分别为微管蛋白β-3链、肌动蛋白1、磷酸甘油酸激酶1、类固醇激素合成急性蛋白、肌动蛋白2、细胞色素c氧化酶6A1亚基、泛素40S核糖体蛋白S27a。与空白组比较,电针组有明显差异者有15个,3个表达呈现下调,分别为微管蛋白α-1C链、Rho GDP解离抑制因子、NADH脱氢酶的辅酶黄素蛋白2; 12个表达呈现上调,分别为微管蛋白β-2A链、微管蛋白β-3链、肌动蛋白1、乌头酸水合酶、丙酮酸激酶同工酶、异柠檬酸脱氢酶、磷酸甘油酸激酶1、Ras相关Rab-19蛋白、类固醇激素合成急性蛋白、肌动蛋白2、细胞色素c氧化酶6A1亚基、泛素40S核糖体蛋白S27a。电针组与模型组比较后呈现明显差异的有8个差异蛋白,2个呈现下调,分别是Rho GDP解离抑制因子、肌动蛋白2。6个呈现上调,分别是微管蛋白α-1A链、微管蛋白β-2A链、DAB2相互作用蛋白、乌头酸水合酶、异柠檬酸脱氢酶、Ras相关Rab-19蛋白。结论:经蛋白质组学分析发现,有11个差异蛋白参与痛记忆的唤醒过程;有8个差异蛋白参与电针干预痛记忆的过程。提示电针对痛记忆的干预可能与稳定神经细胞骨架蛋白,进而抑制神经突触可塑性改变有关。     

虎杖MYB转录因子PcMYB1的表达特性和功能研究

目的对虎杖中1个新的R2R3-MYB转录因子基因PcMYB1进行转录活性鉴定和表达特性分析,并在转基因拟南芥中进行功能研究。方法利用酵母单杂交实验分析PcMYB1的转录活性;荧光定量PCR(RT-PCR)技术检测虎杖中PcMYB1的表达模式;利用Wiesner染色和溴乙酰法检测PcMYB1转基因拟南芥中的木质素含量;RT-PCR技术分析PcMYB1转基因拟南芥木质素合成相关基因的表达。结果酵母单杂实验结果表明,PcMYB1具有转录抑制活性;RT-PCR结果显示PcMYB1在虎杖根、茎、叶中均有表达,在叶中表达量最高,并且紫外照射处理可诱导叶片中PcMYB1的表达;与野生型拟南芥相比,转基因拟南芥的株高降低了24.07%,木质部的细胞染色程度浅,转基因拟南芥木质素含量降低了14.81%,参与木质素合成的AtC4H、AtC3H、AtF5H、AtCOMT、AtCAD基因表达下调。结论 PcMYB1具有转录抑制活性,对植物木质素合成具有负调控作用。