基于多元统计分析和网络药理学的五味子醋制前后质量标志物预测分析

目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测五味子醋制前后潜在的质量标志物。方法采用UPLC-Q/TOF-MS解析生、醋五味子饮片中主要的木脂素类成分,并运用多元统计方法筛选出炮制前后潜在的差异化学成分,即化学标记物。进一步通过网络药理学以及生物信息学分析显著差异成分相关的主要作用靶点和通路,构建"成分-靶点-通路"网络关系,预测生、醋五味子潜在的质量标志物。结果筛选了五味子醋制前后差异性成分40个,其中8个为生、醋五味子之间显著性差异成分(即化学标记物)。鉴定并确认了其中的5个化学成分,分别是5-羟甲基糠醛、五味子甲素及其同分异构体、五味子乙素和五味子酯丁。而其余3个化学标记物通过解析一级、二级质谱信息,推测它们很可能也属于木脂素类成分。网络药理学分析结果表明,鉴定并确认的5个潜在质量标志物与五味子的主要药理作用密切相关。最终五味子乙素和5-羟甲基糠醛被确定为最具代表性的潜在质量标志物。结论五味子醋制前后其化学成分发生了一系列复杂的变化,经研究分析确定五味子乙素和5-羟甲基糠醛可作为五味子醋制前后代表性的潜在质量标志物,并推测木脂素类成分可能为五味子醋制保肝的重要效应物质基础。     

PRPS2表达特点及其与乳腺癌预后关系的生物信息学分析

研究磷酸核糖焦磷酸合成酶2（PRPS2）在不同亚型乳腺癌中的表达及其与乳腺癌预后关系。     

基于TCGA数据库挖掘甲状腺乳头状癌淋巴结转移相关的突变基因及其机制探讨北大核心

目的:挖掘并筛选与甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移相关的突变基因及其潜在的机制。方法:从TCGA数据库获得377例PTC患者的测序数据及完整的临床资料,并分为淋巴结转移组(LM,n=212)与无淋巴结转移组(NLM,n=165)。利用R语言(v3.6.2)对转移组特有的突变基因进行富集分析。采用String在线软件绘制蛋白互作网络,Cytoscape软件筛选网络中的核心基因。在UALCAN网站上验证基因表达量与淋巴结转移之间的关系。利用荧光实时定量PCR测定候选基因在细胞系中mRNA的表达量。结果:一共筛选出1197个仅在LM组发生突变的基因,它们主要富集在黏着连接、细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路。CAMs通路的核心基因ITGB1与VCAN的表达量与淋巴结转移相关。与正常甲状腺细胞系相比,VCAN基因在PTC细胞系TPC-1和B-CPAP中mRNA的表达量较高,尤其是B-CPAP细胞系。结论:CAMs通路可能是PTC淋巴结转移相关机制之一,其中VCAN基因可能是潜在的分子标志物。     

小鼠上下颌骨发育差异性表达基因的生物信息学分析

目的:上、下颌骨的发育差异可能是由于两者差异性地表达某些基因而造成的。本文拟对E9.5(胚胎第9.5天)小鼠上、下颌弓差异性表达的基因进行系统的生物信息学分析。方法:从GEO数据库获取E9.5小鼠上、下颌弓差异性表达的基因,应用DAVID和Gene MANIA数据库分析这些基因之间的相互关系。结果:经过DAVID数据分析,这些在E9.5小鼠上、下颌弓差异性表达的基因被富集到不同的生物学过程或分子功能的子集中,如"转录因子活性"、"系统发育"和"骨骼系统发育"等。其中BTB7B、SOX10、TSHZ2、GSC、GLIS2、MEIS1、CITED2、IRF9、BARX1、MSX1、DLX6、CSRNP1、HEYL、MKX、PITX1和NFIB,这16个基因被富集到"转录因子活性"这一分子功能子集。通过Gene MANIA数据库分析,建立了这16个基因及一些预测基因的分子网络图,显示这些基因存在直接或间接的相互作用。结论:上、下颌骨在发育过程中存在许多差异表达的基因,其中对上、下颌骨特异性发育具有重要调控作用的16个转录因子包括BTB7B、SOX10、TSHZ2、GSC、GLIS2、MEIS1、CITED2、IRF9、BARX1、MSX1、DLX6、CSRNP1、HEYL、MKX、PITX1和NFIB,它们彼此密切相关且相互作用形成调控网络。在研究上、下颌骨差异性发育的分子调控机制时,需要关注由这些基因形成的调控网络。     

生物信息学

正生物信息学是以计算机为工具,储存、检索和分析生物信息的科学。研究目标是揭示基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律,解释生命的遗传语言。它己成为整个生命科学发展的重要组成部分及研究前沿。2001年2月人类基因组工程测序的完成,使生物信息学走向一个高潮。由于DNA测序技木的快速发展,DNA数据库中的核酸序列公共数据库以每天106 bp速度增长,生物信息迅速膨胀为数据的海洋。毫无疑问地使我们从一个积累数据向解     

化脓链球菌金属结合蛋白Dpr的相互作用蛋白筛选

目的 Dpr蛋白是与细菌毒力密切相关的铁离子结合蛋白,从Dpr蛋白潜在的相互作用蛋白网络出发,通过生物信息学手段分析这些蛋白发挥的功能以及参与的生物过程,揭示Dpr 蛋白在化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)中发挥作用的新机制。方法 表达和纯化融合蛋白(GST-Dpr);通过 GST-Pull down 和质谱联用的方式,筛选化脓链球菌中与 Dpr 蛋白相互作用的蛋白。结果 三次独立重复实验共同鉴定到 26 个相互作用蛋白;基于String分析构建各蛋白间的相互作用网络发现,这些相互作用蛋白中有 15 个蛋白与 Dpr 存在直接或间接的联系;利用生物信息学手段分析这些相互作用蛋白的分子功能以及可能参与的生物学途径,发现它们大多能够结合金属离子,主要参与碳代谢、丙酮酸代谢、糖代谢以及糖异生等生物过程。结论 Dpr蛋白可能通过与本研究中鉴定的GAPDH、AccD、Eno、RpsB 和 Fus等蛋白相互作用来共同完成相关的生物学功能。通过建立的Dpr蛋白相互作用蛋白网络,为全面阐述 Dpr 蛋白在细菌定植和毒力方面的功能提供了重要的理论基础和新思路。     

金银花中绿原酸及其异构体三维结构的生物信息学研究

本研究应用SYSBL软件优化得到绿原酸及其异构体的三维结构,并采用三维结构叠合分析法研究绿原酸及其异构体立体结构差异。通过对比分析绿原酸及其异构体的三维结构,确定绿原酸及其异构体在立体结构上的主要差异。     

Chinese 1基因型弓形虫棒状体蛋白 ROP16的基因克隆表达及生物信息学分析

目的：构建弓形虫Chinese 1基因型TgCtWh3（以后均简称Wh3）株棒状体蛋白（ rhoptry protein ,ROPs）16的原核和真核重组表达质粒及其3D结构。方法参照ROP16序列分别设计引物,采用PCR从弓形虫Chinese 1基因型Wh3株基因组DNA中扩增出编码ROP16的基因片段,克隆至pMD18-T载体;经PCR及测序分析鉴定;阳性克隆的质粒分别亚克隆至原核表达载体pET-28a和真核表达载体pEGFP-C2,分别转化大肠杆菌BL21和DH5α,PCR和酶切鉴定转化菌落插入的序列;将构建的原核表达菌株经IPTG诱导,SDS-PAGE和免疫印迹分析融合蛋白的表达;将构建的真核重组质粒经脂质体转染293T细胞,观察其在细胞中表达;采用生物信息学方法分析构建了蛋白的3 D结构。结果各组均PCR扩增出约2．1 kb ROP16基因的特异片段,序列检测结果均正确;分别亚克隆到原核表达载体pET-28a和真核表达载体pEGFP-C2中,成功构建了Chinese 1基因型弓形虫棒状体蛋白ROP16的原核表达质粒和真核表达质粒;原核表达质粒在大肠杆菌中表达了ROP16的融合蛋白;真核表达质粒在293T细胞中成功表达,成功构建出ROP16基因的3D结构图。结论以pET-28a和pEGFP-C2为载体,分别成功构建并表达了ROP16的原核和真核重组质粒,并构建出其3D结构图。