肠致病性大肠埃希菌EPEC Deng致病岛基因进化特点

目的分析肠致病性大肠埃希菌（EPEC）致病岛（PAIs）基因进化特点。方法EPEC Deng分离自我国婴幼儿腹泻患者粪便标本,鉴定该菌株血清型并进行药敏试验;采用Illumina 2000仪器对菌株进行全基因序列测序,PHAST软件定位菌株原噬菌体(prophages,PPs)在染色体中的位置,MUMmer软件进行共线性分析,构建系统发育树,了解同源基因进化规律。应用PAI_finder软件对基因组进行PAIs预测,了解PAIs核心区域（LEE）和核心基因同源进化规律,并进行遗传多态性分析。结果EPEC Deng菌株归属O119∶H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星及氨苄西林耐药,对其余的抗菌药物均敏感。基因组（染色体）序列大小为5 025 482 bp（GC含量为50.52%）,质粒序列大小为207 564 bp（GC含量为49.50%）。共找到17个PPs,系统发育树分析发现,EPEC Deng株基因组与O26∶H11、O111∶H同源性较高;EPEC Deng株PAIs和核心基因均与RDEC 1和O26∶H413/89 1株具有高同源性;遗传多样性分析结果显示,紧密素（eae）及其受体（tir）多态性丰富,π值均＞0.10,Ⅲ型分泌系统（TTSS）分泌蛋白相对稳定。结论此研究明确了EPEC Deng株基因组及PAIs的进化特点,有助于了解了本土分离的EPEC基因特点。     

多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突变

 目的  探讨多重PCR靶向富集结合高通量测序技术在结直肠癌 (colorectal cancer,CRC)中检测错配修复 (mismatch repair,MMR)基因种系突变的应用。方法  收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因组DNA;设计和优化寡聚核苷酸探针,使其能对5个基因MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73个外显子序列进行有效的PCR扩增和富集;应用多重PCR技术靶向富集样本MMR基因的外显子序列;扩增产物进行文库构建和高通量测序,检测MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突变情况。结果  31个样本共得到2.7Gb的数据,平均reads数为287 048,测序数据中平均82.18%可与参考序列进行比对,外显子序列平均覆盖度为99.9%,平均测序深度为2 282。在MMR基因的外显子区域共发现13种非同义单核苷酸变异 (single nucleotide variation,SNV)、2种同义 SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R为未见报道SNV。检测结果经Sanger法测序验证,结果一致。结论  多重PCR靶向富集结合高通量测序技术是一套通量高、速度快、费用低、准确性高的MMR基因突变筛查方法。     

基于红花不同组织转录组数据的转录因子分析

目的注释并分类红花Carthamus tinctorius中转录因子家族,分析其在不同组织间的表达水平差异。方法使用红花不同组织转录组测序数据组装Unigene,利用Nr数据库中转录因子信息比对并注释红花转录因子,同时对MYB转录因子家族的基因表达、蛋白保守结构域及系统发育树等内容重点分析。结果红花转录组测序数据中共获得731个转录因子,分属42个转录因子家族。MYB转录因子家族成员的表达及蛋白结构分析显示,MYB转录因子家族在花冠中表达差异显著,氨基酸序列中存在3个保守的蛋白核心结构,系统发育树分析显示聚为2类MYB亚族。结论红花MADs-box、b HLH、MYB、AP2转录因子家族成员最多,在不同组织间表达差异显著,MYB转录因子家族具有一定保守性。     

膜荚黄芪的转录组测序质量评估及其SSR位点信息分析的研究

该实验采用Roche 454 GS FLX测序仪获得黄芪的转录组数据,使用454 Sequencing System Software分析软件进行转录组从头拼接;利用MISA工具筛选了黄芪转录组测序获得的9 893条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析。结果表明,进行测序所得的reads的平均长度为413 bp,约86%的reads参与了拼接,拼接的N50长度为1 205 bp,所测得的unigene数量基本涵盖了全部转录组信息;黄芪转录组搜索到1 729个SSR位点,SSR的发生频率为9.24%,SSR在黄芪整个转录组中出现的频率为13.42%,SSR的平均距离为7.97 kb。一共发现核心重复序列127种,占优势的是二核苷酸型中的TG/AC型,出现的频率占总SSR位点的4.25%。黄芪转录组的测序结果揭示了黄芪转录组的整体表达特征,并得到大量黄芪转录组unigene序列,并且黄芪转录组SSR位点出现频率高,类型多样,多态性潜能高。     

乙型肝炎病毒基因分型方法学比较分析

目的为临床检验提供更为合适的乙型肝炎病毒(HBV)基因分型方法。方法首先建立用于HBV分型的基因直接测序法和聚合酶链反应(PCR)法,前者包括S基因测序法和P基因片段测序法,后者包括扩增阻碍实变系统(ARMS)PCR法和不对称PCR法。然后将同等浓度的B型和C型标本按照不同比例混合,以评估不同方法灵敏度。最后利用100例临床血清标本对不同方法的临床应用价值进行验证。结果 ARMS PCR法灵敏度最高(1%),其次为不对称PCR法(5%),S基因测序法和P基因片段测序法最低(20%)。ARMS PCR法对临床标本均成功分型,但仅能鉴别B型和C型,不能鉴别A型和D型。测序法可以区分所有型别,但8例标本S基因测序失败,2例P基因测序失败。同时,基因测序法灵敏度低,不能有效区分混合感染型。不对称PCR法也有3例标本检测失败,且不能鉴别A型和D型。另外,P基因片段序列不仅可以用于HBV基因分型,还可以用于核苷类药物相关耐药突变分析。结论 P基因片段测序法和ARMS PCR法联合使用可为临床HBV诊断及研究提供更好的分型结果。     

雄激素受体基因CAG多态性与卵巢早衰的关系

目的:探讨雄激素受体(AR)基因CAG重复序列与特发性卵巢早衰(POF)发病的关系.方法:选择特发性POF患者85例为研究组,健康女性80例为对照组.提取两组患者的外周血DNA,PCR扩增并采用琼脂糖凝胶电泳获取目的基因,进行基因测序,检测每例AR基因CAG重复序列的重复次数.结果:POF组与对照组的最大频率等位基因分别为n=23及n=22;(CAG)n重复次数分别为22.73±3.24、22.03±3.06,差异具有显著性(P＜0.05);POF组(CAG)n长片段(n≥23)的发生频率显著高于对照组(P＜0.05).结论:POF患者AR基因CAG重复次数增多,CAG长片段的发生频率增高.AR基因CAG重复序列次数多态性可能与中国汉族女性的POF发病有关.     

伴NPM1突变急性髓系白血病二代测序突变基因谱与MICM分型特征关联性分析

目的:分析伴NPM1突变(NPM1mut)急性髓系白血病(AML)患者二代测序(NGS)法检测的突变基因谱与MICM特征间的关系,解释NPM1mutAML的临床生物学异质性.方法:收集苏州大学附属第三医院、南京医科大学附属常州第二人民医院和浙江医院收治的成人初诊AML患者,选取NGS资料完整的NPM1mut患者238例...     

PI3K-Akt/mTOR/AMPK通路基因突变与鼻咽癌疗效及预后的关系

目的:基因突变是导致肿瘤发生、发展的重要原因之一.本研究探讨磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B,PI3K-Akt)、雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、AMP依赖的蛋白激酶[ade...     

神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA-DRB1位点等位基因的测序分型

目的　进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法　应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等位基因分型。结果　神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA DRB1 0 40 6位点等位基因以较高频率出现 ,与对照组比较差异有显著性。结论　HLA DRB1位点等位基因频率在神经纤维瘤病Ⅰ型患者和正常人之间分布不同。     

高通量测序技术在新生儿疾病筛查中的应用进展

新生儿疾病筛查(NBS)是世界范围内降低新生儿致残率和死亡率的重要措施。随着基因组学和分子技术的发展,高通量测序成为近几年迅速发展的DNA测序技术,其通过一次性检测可以发现上百种遗传病,并可对疾病进行准确诊断及分型,其为NBS提供了新途径。该文对近年关于高通量测序技术(NGS)在NBS中的应用进行综述。