DNA芯片技术在微生物研究中的应用

DNA微点阵 (DNA芯片 )技术已经被广泛应用于基因表达分析、比较基因组学、DNA序列变异分析和基因分型等多方面的研究。随着越来越多的微生物种类完成全基因组测序 ,在微生物生理、致病机制、流行病学、生态学、系统发育学、途径工程、发酵最优化等研究领域中 ,DNA微点阵技术必将成为一个常用的研究手段     

图像识别技术在基因芯片分析系统中的应用及VB实现

在基因芯片应用中 ,由于图像中待分析点的不规则分布 ,使得系统难以有效地对其进行识别 ,本研究用增加对比度、自适应阈值、二值化、稀疏分布模板搜寻等多种图像处理算法对图像进行处理、分析、识别 ,并且通过VB编程实现 ,达到了快速、准确地识别各种基因芯片图像的目的     

生物芯片技术在临床疾病诊断中的应用

生物芯片技术是近几年来发展起来的一种高通量、快速和高度并行性、微量化和自动化等特点的分析技术。目前已成为研究生命本质及疾病发生发展规律的重要手段。本文对生物芯片技术的基本概念、分类、特点、基本原理及其在部分疾病研究中的应用作一综述。     

家族聚集性慢性乙型病毒性肝炎患者PBMC免疫相关的基因表达谱

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术,研究家族聚集性HBV感染者外周血单个核细胞(PBMC)免疫相关基因的表达谱。方法:在一聚集性HBV感染家族中,选取患者5例和患者的正常配偶4例,提取PBMC中的RNA,与涵盖2.2万个EST的寡核苷酸表达谱基因芯片U133A2.0杂交,通过Affymetrix扫描仪和DNT分析软件比较患病组与对照组PBMC免疫相关基因的的表达谱,获得基因的相对表达比值。结果:在2.2万个EST中,初筛出24个免疫相关差异表达基因,7个基因表达上调,17个表达下调。上调的主要是与适应性免疫相关的基因,下调的主要是与固有免疫相关的基因。结论:宿主感染HBV后,可改变其免疫基因表达,固有免疫功能的障碍可能是HBV感染慢性化的主要原因。     

Osteogenic gene regulation and relative acceleration of healing by adenoviral‐mediated transfer of human BMP‐2 or ‐6 in equine osteotomy and ostectomy models

This study evaluated healing of equine metatarsal osteotomies and ostectomies in response to percutaneous injection of adenoviral (Ad) bone morphogenetic protein (BMP)‐2, Ad‐BMP‐6, or beta‐galactosidase protein vector control (Ad‐LacZ) administered 14 days after surgery. Radiographic and quantitative computed tomographic assessment of bone formation indicated greater and earlier mineralized callus in both the osteotomies and ostectomies of the metatarsi injected with Ad‐BMP‐2 or Ad‐BMP‐6. Peak torque to failure and torsional stiffness were greater in osteotomies treated with Ad‐BMP‐2 than Ad‐BMP‐6, and both Ad‐BMP‐2‐ and Ad‐BMP‐6‐treated osteotomies were greater than Ad‐LacZ or untreated osteotomies. Gene expression of ostectomy mineralized callus 8 weeks after surgery indicated upregulation of genes related to osteogenesis compared to intact metatarsal bone. Expression of transforming growth factor beta‐1, cathepsin H, and gelsolin‐like capping protein were greater in Ad‐BMP‐2‐ and Ad‐BMP‐6‐treated callus compared to Ad‐LacZ‐treated or untreated callus. Evidence of tissue biodistribution of adenovirus in distant organs was not identified by quantitative PCR, despite increased serum antiadenoviral vector antibody. This study demonstrated a greater relative potency of Ad‐BMP‐2 over Ad‐BMP‐6 in accelerating osteotomy healing when administered in this regimen, although both genes were effective at increasing bone at both osteotomy and ostectomy sites. © 2008 Orthopaedic Society. Published by Wiley Periodicals, Inc. J Orthop Res 26:764–771, 2008     

周期性牵张应力对人成骨细胞基因表达谱影响的初步研究

目的:研究周期性牵张力对人成骨细胞基因表达谱的影响,为进一步研究机械应力状态下骨改建机理提供思路和线索。方法:通过体外细胞加载系统对培养的人成骨细胞施加8%形变率、6周/min的周期性牵张力24h,应用基因表达谱芯片技术对人成骨细胞中的mRNA表达水平进行对比杂交分析,检测周期性牵张力加载组成骨细胞基因表达谱的变化。结果:在所分析的21073条人类功能基因中,加载组与未加载组人成骨细胞之间差异表达显著的基因有2498条,其中表达上调的有899条(2.0倍以上),表达下降的有1599条(0.5倍以下)。这些基因表达产物涉及细胞信号转导、细胞周期调节等多个方面。结论:周期性牵张力对成骨细胞多种基因的表达产生了影响,成骨细胞的应力反应是一个复杂的,多基因参与调控的过程。这些变化的基因可能与成骨细胞的机械应力反应有关。     

利用miRNA芯片筛选大鼠颅脑创伤后皮层差异表达的miRNA

目的 筛选大鼠颅脑创伤后皮层差异表达的miRNA,为颅脑创伤治疗中的miRNA干预策略提供可供选择的目标miRNA.方法 利用miRNA芯片检测伤后6 h、24 h、48 h、72 h组各2例创伤大脑皮层组织与2例正常对照的差异表达基因.并随机挑选差异表达基因做PCR验证.结果 创伤后6 h组共有136个miRNA表达,其中2倍以上差异表达上调的13个,2倍以上差异表达下调的14个;24 h组共有118个miRNA表达,其中2倍以上差异表达上调的4个,2倍以上差异表达下调的23个;48 h组共有149个miRNA表达,其中2倍以上差异表达上调的16个,2倍以上差异表达下调的11个;72 h组共有203个miRNA表达,其中2倍以上差异表达上调的19个,2倍以上差异表达下调的5个.其中只有miR-21在4个伤后时间点上均高表达,分别为2.0215、2.0401、2.0702、2.7910.定量PCR验证结果提示芯片结果可信.结论 创伤大脑皮层的差异表达miRNA在以往文献中鲜见报道,对其干预有望成为颅脑创伤基因治疗的新靶向.     

饥饿对大鼠脂肪细胞分化的影响

目的了解饥饿对大鼠脂肪细胞分化的影响。方法应用cDNA芯片以及Northern印迹等方法,了解在饥饿的情况下,大鼠脂肪细胞基因表达谱的变化,进一步分析饥饿对大鼠脂肪细胞分化的影响。结果在饥饿大鼠的基因表达谱中,总共有98个基因或EST发生了变化,其中许多与细胞分化有关的一些基因也发生了明显的变化。结论在饥饿的情况下,大鼠脂肪细胞的分化受到一定程度的抑制。     

癫痫患者脑组织PSD-93 mRNA表达上调

目的研究癫痫患者脑组织中突触后密度-93(PSD-93)mRNA的表达,探讨其在癫痫形成中的作用。方法将56例癫痫患者分成耐药和非耐药两组,首先用基因芯片对其术后标本进行扫描,并与对照组比较,随后对目标基因PSD-93用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行验证。结果基因芯片检测发现与依赖N-甲基-D-天门冬氨酸受体(NMDARs)-一氧化氮(NO)信号有关的基因PSD-93在癫痫患者中表达上调,RT-PCR实验结果与基因芯片一致。RT-PCR电泳图的灰度值均数在对照组为23.577、非难治性癫痫组为56.931、难治性癫痫组为51.607,非难治性、难治性癫痫组与正常对照组灰度的比值中位数分别为2.415、2.189(P<0.05),而非难治性与难治性癫痫组灰度值比值为1.103(P>0.05)。结论脑细胞膜相关鸟苷酸激酶家族(MAGUK)蛋白信号转导复合体的分子接头蛋白基因PSD-93mRNA表达增加,其可能通过信号传导异常及神经元坏死参与了癫痫的形成。     

基因芯片技术及其研究现状和应用前景

基因芯片技术是近几年在国际上迅猛发展起来的一项高新技术，是生物技术与芯片技术相结合产生的。本介绍了基因芯片技术的研究现状与应用前景。