HCV 3b亚型全长序列测定及基线耐药相关置换的分析

目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS。结果NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M。经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结果为3b亚型。病毒氨基酸序列里含有12个RAS,分别是NS3区域的Y56H、Q80K、Q80R、A156G,NS5A区域的M28G、Q/A30G、Q/A30K、L31F、L31M、Y93H,以及NS5B区域的S282T和V321A,其中位于NS5A区域的Q/A30K和L31M属于高丰度RAS(99.16%和98.37%),其余10个RAS丰度较低(<0.5%)。结论NGS用于HCV 3b亚型的全长序列检测和基因分型,最终鉴定出基线RAS,对于HCV 3b的流行病学研究和DAA治疗方案的制订有重要意义。     

高通量测序在肝硬化患者腹水、血清及粪便微生物群检测中的应用

肝硬化是慢性进展性肝病,且肝硬化患者极易发生感染,尤其腹水、血清、粪便的菌群变化与肝硬化的进展及并发症有关。但是,大多数患者因腹水、血液中的细菌丰度低无法进行有效的细菌培养,因此难以进行全面分析。二代测序技术的高通量和高速度优势可以用于病原体生物学及临床诊断,包括病原体检测和鉴定、菌株分型、微生物组学研究,从而帮助临床医师优化抗菌药物的使用。目前,二代测序技术不断成熟,临床上对微生物群的全基因组进行分析成为可能。     

两种方法对Ⅰ型Sabin株脊髓灰质炎病毒神经毒力的共同评价

目的 研究PCR和限制性内切酶分析突变（mutant analysis by PCR and restriction enzyme cleavage,MAPREC）技术和猴体神经毒力试验（monkey neurovirulence test,MNVT）评价同一批Ⅰ型Sabin株脊灰病毒神经毒力的结果差异。方法 采用MAPREC技术,检测Ⅰ型Sabin株脊灰病毒神经毒力关键位点480和525位点突变率;采用MNVT病理切片分析,评价Ⅰ型Sabin株脊灰病毒神经毒力。结果 MAPREC检测待测样品核酸480和525位点突变率均值为0.460%,低于高突变参考品的1.288%。MNVT切片结果分析表明,有效猴病变分值差合格。结论 对同一批样品,MAPREC与MNVT分析结果一致。     

一种新西兰兔颈椎椎间融合模型的建立及评价

目的 利用兔颈椎骨性结构测量数据建立兔颈椎椎间植骨融合内固定动物模型,观察不同时间点椎间融合情况。 方法 选取雄性健康新西兰大白兔36只（2.0~2.5 kg）,随机分为A、B、C、D 4组,每组9只。A组用于解剖测量兔颈椎椎体结构;B、C、D组造模行颈椎椎间植骨融合内固定,植骨材料选用兔自体髂骨。术后4、8、12周对实验动物或标本分别进行大体观察、X线检查、手触检查及微型计算机断层扫描（micro computed tomography,Micro-CT）。 结果 自颈2（C2）~颈6（C6）椎体长度、椎体下端矢状径、椎体下端斜径差异有统计学意义（P＜0.01）。X线检查显示B、C、D组植骨充分,钢板螺钉置入情况良好,仅1例术后发生螺钉松动退钉。B、C、D组手触检查颈椎融合率分别为22.2%（2/9）、55.6%（5/9）、88.9%（8/9）。C组新生骨体积与植入材料总体积比值和X线评分高于B组,D组BV/TV和X线评分高于B组和C组,差异有统计学意义（P＜0.01）。 结论 颈椎椎间植骨融合内固定模型建立方法简便,为颈椎椎间融合的基础研究提供了一种可靠的动物模型。     

ECHO20病毒株KM/EV20/2010的分离鉴定及其VP1基因序列特征分析

目的分离并鉴定2010年云南省昆明市甲型肝炎患儿粪便标本中混存的ECHO20(Echovirus 20,ECHO20)KM/EV20/2010病毒株,分析其VP1基因遗传特征。方法采用KMB17细胞对大便标本进行病毒分离;采用微量细胞病变法,经WHO肠道病毒组合血清及单价血清对该分离株进行鉴定;采用RT-PCR法扩增病毒VP1基因并进行序列测定,并运用Mega 4.0等软件进行分析处理。结果分离毒株经微量中和试验鉴定为ECHO20血清型,编号为KM/EV20/2010;经RT-PCR法扩增获得为867bp的VP1基因,与国内分离株核苷酸和氨基酸的同源性分别为79.5%~91.7%和98.9%~99.6%,与国外分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.2%~83.2%和96.4%~99.6%;在进化树上云南分离株与GenBank中登录的中国国内2001年山东分离株01352和1998年法国分离株94CF1666形成一个进化分支。结论 KM/EV20/2010分离株为肠道病毒ECHO20型病毒,可用KMB17人二倍体胚肺成纤维细胞分离增殖。     

颈段椎管内外哑铃形节细胞神经瘤1例报告并文献复习

目的探讨颈段椎管内外哑铃形节细胞神经瘤的临床表现、诊断及治疗。方法报告1例颈段椎管内外哑铃形节细胞神经瘤,结合文献复习,回顾分析其临床表现、诊断及治疗。结果颈段椎管内外节细胞神经瘤影像学表现常为哑铃形,易误诊为神经鞘瘤;可直接起源于椎管内,也可经椎管外长入椎管内,这与脊髓及脊神经根症状出现的早晚有关;病理表现为肿瘤组织中散在分布分化成熟的神经节细胞;主要依靠显微外科手术治疗。结论颈段椎管内外哑铃形节细胞神经瘤易误诊为神经鞘瘤,主要依靠术后病理检查确诊,一期显微外科手术切除效果好。     

表观遗传、环境与疾病

1999年,Wolffe 和 Matzke[1]首次提出了当前广为认可的表观遗传定义,它包含三个要点：DNA 序列不变,表型改变,这种改变是可遗传的。经典遗传学信息提供了各种蛋白（包括表观遗传学修饰蛋白在内）、RNA 的结构信息,而表观遗传学信息则提供何时、何处合成何种蛋白及 RNA 的指令,从而严密地控制着蛋白及 RNA 的功能。表观遗传学赋予生物灵活而又强大的适应环境的能力,与人体的发育和疾病密不可分。     

清胰汤对急性坏死性胰腺炎大鼠基因表达谱的影响

目的 探讨清胰汤(QYD)对牛磺胆酸钠诱导的急性坏死性胰腺炎(ANP)大鼠胰腺基因表达谱的影响.方法 60只SD大鼠按随机数字法分为假手术组(SO组)、ANP组和QYD组,每组20只.4％牛磺胆酸钠胰胆管逆行注射复制ANP模型,SO组注射生理盐水,QYD组3次灌胃治疗(0.75 ml/100 g).观测大鼠存活率、血清淀粉酶和C-反应蛋白(CRP)变化;HE染色观察胰腺、肺组织病理改变;Illumina大鼠全基因组表达谱基因芯片分析胰腺表达谱变化;荧光定量RT-PCR验证部分基因(热休克蛋白A8和热休克蛋白b1).结果 QYD组存活率较ANP组高(80％比65％,P=0.031),而血清淀粉酶、CRP明显下降[(5789±798)比(7256± 1221) U/L,P=0.001;(78.6±18.5)比(126.4±24.3) mg/L,P=0.012],Schmidt胰腺病理评分好转.与ANP组比较,QYD组筛选出575个差异基因,其中上调92个,下调483个.基因本体论(GO)功能分析涉及到转录调节因子活性负调节、氧化还原酶类活性、酶抑制剂活性等.KEGG生物学通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、NOD受体样信号通路、细胞周期、代谢通路、氧化还原酶类活性等.定量RT-PCR(热休克蛋白A8和热休克蛋白b1 mRNA)验证了基因芯片结果.结论 QYD可有效治疗实验性ANP,其机制涉及到MAPK信号通路、NOD受体样信号通路、细胞周期、代谢通路、氧化还原酶类活性等.     

骨性Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类错殆患者自然头位、颅面形态与颈椎姿势的研究

目的：探讨骨性Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类错殆患者自然头位、颅面形态与颈椎姿势的关系。方法：测量86例8～15岁均角错胎患者自然头位头颅侧位片并对测量项目进行统计分析。结果：颅部水平参考线与真垂线之间的夹角及颅颈角在骨性Ⅱ类错骀最大,骨性Ⅲ类错殆最小。结论：骨性Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类错殆畸形间自然头位及颈椎姿势有显著差别。