青藏高原藏原羚携带海氏肠球菌的特征研究

目的研究青藏高原野生动物藏原羚携带的海氏肠球菌特征。方法分离细菌,采用16S rRNA、rpoA基因序列比对方法鉴定藏原羚携带的海氏肠球菌。采用K-B纸片法进行药敏试验;使用COGs、SwissProt、CARD和VFDB等数据库对基因组进行分析;采用MUMmer和TreeBest软件构建单核苷酸多态性系统进化树图。结果从15份藏原羚粪便样品分离到2株海氏肠球菌。生化分析、16S rRNA和rpoA基因序列分析支持其为海氏肠球菌的鉴定。基因组分析发现其携带荚膜多糖基因簇。系统进化树分析提示2株藏原羚源海氏肠球菌分别属于不同的进化分支,且都与动物源性菌株进化关系更近。2株菌对多种常用抗生素敏感。结论青藏高原藏原羚携带的病原菌海氏肠球菌基因组中存在荚膜多糖基因簇,利于其抵抗不利环境因素,提示YL69可能具备在人群中传播的潜力。     

利用实时荧光定量聚合酶链式反应快速检测人及动物粪便中的沙门菌

目的为了快速检测、鉴定沙门菌属细菌,提高食源性疾病暴发应对能力,本研究建立了针对沙门菌属的实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)检测方法,并对其特异性、敏感性和检测下限进行评价。方法筛选针对沙门菌的属特异基因,并建立该基因的qPCR检测体系,利用肠道不同种属细菌、不同亚种及血清型沙门菌属细菌、动物及人粪便样本评价该体系的特异度、灵敏度及检测下限。结果获得沙门菌的属特异基因ttrA,建立基于该基因的qPCR检测方法。发现该方法对纯DNA的最低检测下限为2拷贝/反应。对沙门菌属以外的肠道致病菌无扩增,对1 100株不同亚种及血清型的沙门菌的扩增结果均为阳性,对150份沙门菌致腹泻患者的粪便增菌液和210份动物带菌粪便增菌液均检测阳性。结论本研究建立的基于单一基因的沙门菌属快速分子检测方法具有特异度高、灵敏度高的特点,可用于快速筛查、鉴定沙门菌及由其引起的感染性腹泻。     

基于CRISPR/Cas蛋白的副溶血弧菌检测方法的研究

目的利用规律间隔性成簇短回文重复序列（CRISPR）免疫原理及Cas12a酶的特点构建一种快速检测副溶血弧菌（VP）的方法,实现对病原菌准确快速的检测和识别。方法本研究通过制备纯化Cas12a蛋白,筛选构建VP的gRNA,建立CRISPR-VP荧光检测系统,根据最终荧光扩增曲线判定CRISPR-VP检测方法的有效性。结果在CRISPR-VP检测方法中只在VP的序列存在时才会产生明显的荧光信号。结论本实验初步建立了基于CRISPR/Cas蛋白的VP的检测方法,为后续简易检测试剂的研制提供理论依据。     

季节性流感与气象因素相关性的系统评价

  目的  对季节性流感活动水平与气象因素之间的相关关系进行探讨。  方法  计算机检索PubMed、Cochrane图书馆、OVID、EBSCO、Web of Science等英文电子数据库中有关流感与气象因素相关性的文献,检索文献截至2019年5月,语种限定为英文。 共纳入45篇有效文献,包括实验室和流行病学研究,并将流行病学研究的研究地点按不同气候区进行分层,提取和整理分析纳入文献的基本信息、研究的气象因素、统计方法等。  结果  大多数流行病学研究使用了某种类型的回归分析,温带地区流感活动与低温低湿关系显著;亚热带和热带地区流感活动与气温和湿度之间的关联较为复杂且不一致,而降雨似乎会造成热带地区流感活动水平的升高。  结论  温带地区寒冷干燥和热带地区潮湿多雨的环境因素与流感流行关系密切,但关于太阳辐射、风速、大气压等气象因素对流感活动影响的信息仍然有限。     

2017年深圳市宝安区一起人星状病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情调查

目的探讨2017年深圳市宝安区一起学校急性胃肠炎暴发疫情的病原体和传播危险因素。方法2017年10 — 11月,按照定义搜索深圳市宝安区某学校一起急性胃肠炎暴发疫情病例,采用描述性流行病学方法进行分析,并选择罹患率较高的5个班级作为调查对象,采用回顾性队列研究方法,调查269名学生的病例接触史、就餐、饮水习惯等暴露情况,用logistic回归分析其流行因素。 采集患者的粪便或肛拭子,以及直饮机水、桶装水、厕所洗手水等水样,运用试剂盒检测病毒核酸。结果2017年10月20日至11月17日,共搜集病例98例,总罹患率为3.21%（98/3 052）,男、女性罹患率分别为3.59%（61/1 698）和2.73%（37/1 354）,差异无统计学意义（χ2＝1.782,P＝0.181）。 第三教学楼学生罹患率最高,为3.94%（6/152）,其次是主教学楼学生,罹患率为3.62%（84/2 319）。 各教学楼学生罹患率差异有统计学意义（χ2＝7.837,P＝0.049）,主教学楼不同楼层学生罹患率的差异无统计学意义（χ2＝1.861,P＝0.713）。 回顾性队列研究共调查269人,饮直饮水（RR＝6.975,95% CI:1.871～26.027）和接触病例（RR＝6.514,95% CI:2.314～18.358）是危险因素。 粪便和肛拭子样本星状病毒核酸检测总阳性率为28.00%（7/25）,水样本均阴性。结论结合现场流行病学调查和实验室检测结果,判断为一起主要通过接触传播引起的人星状病毒感染暴发疫情,建议学校早发现、早隔离、早报告,尽可能减少健康学生接触病例。     

鼠疫耶尔森菌基因组重排研究进展

介绍细菌基因组重排现象的发现、特点以及重排后对细菌遗传和进化所产生的影响。经研究发现鼠疫菌基因组中的插入序列和重复序列是造成鼠疫菌基因组频繁重排的重要原因,不同来源鼠疫菌基因组的重排有一定的规律性,它们之间的遗传学距离以及基因之间相应的连接方式是识别和鉴定鼠疫菌的重要指标。     

Determination of relationships among non-toxigenic Vibrio cholerae O1 biotype El Tor strains from housekeeping gene sequences and ribotype patterns

Sequencing of three housekeeping genes, mdh, dnaE and recA, and ribotyping for seven non-toxigenic Vibrio cholerae O1 strains isolated from different geographic sources indicate a phylogenetic relationship among the strains. Results of MLST and ribotyping indicate a clear difference between three toxigenic strains (N16961, O395, and 569B) and three non-toxigenic strains from India (GS1, GS2, and GW87) and one Guam strain (X392), the latter of which were similar in both MLST and ribotyping, while two other non-toxigenic strains from the USA and India (2740-80 and OR69) appeared to be more closely related to toxigenic strains than to non-toxigenic strains, although this was not supported by ribotyping. These results provide clues to the emergence of toxigenic strains from a non-toxigenic progenitor by acquisition of virulence gene clusters. Results of split decomposition analysis suggest that widespread recombination occurs among the three housekeeping genes and that recombination plays an important role in the emergence of toxigenic strains of V. cholerae O1.     

中国八省市食品来源单核细胞增生李斯特菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的 采用国际标准化的脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析方法对单核细胞增生李斯特菌（Lm）进行基因分型,初步建立中国Lm的基因分型数据库。方法 按照标准化的Lm-PFGE方法对来自国内8个省市、多种食品来源的118株Lm进行了PFGE分型。结果 118株Lm分成了39种带型,其中GX6A160004型有37株菌,占分析菌株的31．36%,是主要型别。结论 初步建立了中国单核细胞增生李斯特菌用于网络监测分析（PulseNet China）的基础数据库,发现同型菌株在全国多个地区广泛存在。