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目的探讨江苏省新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)非结构蛋白1(nonstructural protein 1, NSPl)变异情况及其与临床分型的关系。方法收集2020—2022年间江苏省SARS-CoV-2感染病例的样本及基本临床信息。对样本进行高通量测序, 测序后的数据以Wuhan-Hu-1(GenBank:MN908947.3)为参考基因分析NSP1序列变异情况及其与临床分型的关系。使用DynaMut在线服务器分析突变氨基酸对蛋白质稳定性及分子柔韧性的影响。结果共收集病例样本1 241例, NSP1基因同义突变61例, 错义突变及缺失共487例, 存在氨基酸变异的患者以无症状感染者(75.4%)为主, 且病例临床分型严重程度更轻(Z=-24.8, P<0.01)。共发现NSP1蛋白出现11个非同义突变和1个缺失。N端中出现了8个稳定突变及1个失稳突变, 2个突变增加了分子柔韧性;Linker区S135R的突变使蛋白质失稳但增加了柔韧性;C端R171C突变使蛋白质稳定但降低了柔... 相似文献
2.
目的 分析不同临床严重程度的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)病例咽拭子中的病毒载量,及与患者年龄、性别和发病间隔的关系,为深入了解SARS-CoV-2的传染性和致病性提供依据。方法 采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR),对2020年江苏省306例入院前未经抗病毒治疗的新冠肺炎(COVID-19)病例咽拭子中SARS-CoV-2病毒载量进行检测,并对不同病情患者的病毒载量进行分析。结果 306例新冠肺炎病例中,男性占56.9%,30~59岁占68.0%;普通肺炎型占66.7%,轻症无肺炎型占24.8%,重症肺炎型占8.5%;病例发病和首次SARS-CoV-2核酸阳性的发病间隔为-4~15 d,主要集中在0~8 d(256例,占83.7%)。不同年龄组病情分布差异有统计学意义(P<0.01):轻症以2~29岁组占比高(36.2%),普通肺炎型以30~59岁组占比高(70.2%),重症肺炎型以60~97岁组占比高(21.6%);不同年龄组重症占比、不同发病间隔组病情分布差异均有统计学意义(P值均<0.01)。普通肺炎组、重症肺炎组和轻症非肺炎组病例平均病毒载... 相似文献
3.
目的 研究肠道病毒71型(EV71)感染神经细胞的miRNA表达谱,探讨miRNA在病毒感染神经细胞中的可能作用.方法 建立EV71感染人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)模型,收集感染后48 h细胞.以Taqman低密度芯片检测miRNA表达谱,使用实时RT-PCR对芯片结果进行验证并在TargetScan和miRanda网站预测靶基因,采用GO和KEGG分析靶基因功能.结果 成功建立EV71感染SH-SY5Y细胞模型,通过低密度芯片筛选出215种显著升高的miRNA和25种显著下调的miRNA.经过RT-PCR验证,3种miRNA(MiR-10a*、miR-15b*和miR-195)显著下调,7种miRNA(miR-10a、miR-342-5p、miR-483-5p、Let-7b、miR-99a、miR-140-5p和miR-21)显著上调,与芯片结果相符.GO分析显示发展进程和信号调节条目最富集靶基因.KEGG路径分析显示靶基因在肿瘤路径、蛋白水解、Wnt信号传导、黑素形成、粘附连接、MAPK信号通道最富集.结论 EV71感染神经细胞48 h后miRNA表达谱发生改变,10种变化的miRNA靶基因预测在发展进程、信号传导及凋亡中起着重要的作用,可为后期机制研究提供参考. 相似文献
4.
[目的]构建耐RNase酶的内含甲型H1N1流感病毒HA基因序列的病毒样颗粒。[方法]构建中间载体pET32a-MS2,将甲型H1N1流感病毒的HA基因片段连接中间载体上,构建原核表达载体pET32a-MS2-HA,转化宿主菌,诱导表达制备病毒样颗粒,对病毒样颗粒进行荧光定量RT-PCR检测和稳定性实验。[结果]表达载体经PCR、酶切鉴定分析后证实构建成功,荧光定量RT-PCR实验表明该病毒颗粒含有HA基因片段并且颗粒稳定性良好。[结论]成功构建了含甲型H1N1流感病毒HA基因序列的病毒样颗粒且稳定性良好,有望作为甲型H1N1流感病毒RNA检测的标准品和质控品。 相似文献
5.
微小核糖核酸(microRNA,miRNA)在生物体的生长、发育及疾病的发生发展等过程中起着十分重要的作用.目前,人们关注的主要是miRNA在组织细胞内的功能.然而,最近的研究发现血清/血浆中存在一些循环的miRNA,血清/血浆miRNA在肿瘤、糖尿病等多种疾病中呈特异性表达,提示血清miRNA可作为潜在的生物标记物用于疾病的诊断和治疗. 相似文献
6.
目的建立一种快速特异敏感的肠道病毒检测方法。方法针对肠道病毒保守区基因序列,设计6条逆转录-环介导等温扩增技术(RT-LAMP)特异性引物,经过优化,用毛细管电泳及横向流动试纸条(LFD)检测扩增产物,建立RT-LAMPLFD检测方法,并与荧光定量PCR法进行比较。结果 LFD与毛细管电泳法检测特异的RT-LAMP扩增产物具有同样的敏感度,RT-LAMP-LFD法检测肠道病毒与其他病毒无交叉反应,最低检出限为10拷贝RNA分子,与荧光定量PCR法检测结果一致性为99.2%。结论建立的RT-LAMP-LFD方法,具有较高的特异性及灵敏度,操作简单、快速且不需要昂贵的仪器设备,适合应用于基层实验室肠道病毒的快速检测。 相似文献
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目的建立H7N9禽流感病毒一步法逆转录重组酶介导的等温扩增的检测方法(RT-RAA)。方法根据H7N9禽流感病毒HA片段和NA片段的保守区序列分别设计引物、探针,建立RT-RAA方法,研究其特异性、敏感性,并与Realtime RT-PCR方法进行比较。结果成功建立了H7N9禽流感病毒RT-RAA检测方法,H7反应体系和N9反应体系的最低检出限分别为10copy/μL和100copy/μL,且与其他呼吸道病原无交叉反应。H7N9RT-RAA体系检测结果与Real-time RT-PCR一致性较高,Kappa检验u系数为0.933。结论建立的RT-RAA检测方法具有快速、特异及灵敏的特点,为H7N9禽流感病毒的快速检测提供了新的分子工具。 相似文献
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赵康辰葛以跃崔仑标陈银史智扬朱凤才周明浩 《中华实验和临床病毒学杂志》2017,(4):357-361
目的 建立一种快速、敏感的人腺病毒等温核酸扩增检测方法.方法 针对人腺病毒hexon基因保守区序列设计特异性重组酶聚合酶扩增(RPA)引物及探针、优化反应时间和温度、用横向流体试纸条(LFD)和毛细管电泳检测扩增产物,建立人腺病毒RPA-LFD快速检测方法,评价该方法的敏感度和特异性并与Real-time PCR法比较.结果 RPA-LFD方法检测人腺病毒的最低检出限为2拷贝DNA分子/反应,且与其他呼吸道病原无交叉反应,临床样本检测结果与Real-time PCR法一致性为100%.结论 建立的RPA-LFD方法具有敏感性、特异性高、快速且不需要昂贵的仪器设备等优点,为人腺病毒快速检测提供了新工具. 相似文献
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目的调查2012年春季江苏省某县羊及其体表蜱中发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)感染情况,并对分离到的毒株进行全基因序列分析。方法采用荧光定量RT-PCR法对标本进行SFTSV核酸检测,所有阳性标本进行病毒分离并测序,序列结果用Lasergene和MEGA4软件进行拼接和分析。结果 7只羊和从羊体上采集的93只长角血蜱中,1只羊的血清和淋巴结SFTSV核酸检测呈阳性,附着于该羊体表的1只长角血蜱病毒核酸也呈阳性,通过病毒分离获得2株SFTSV毒株,JS2012-yang01(羊)和JS2012-pi01(蜱)。序列分析结果显示,JS2012-yang01和JS2012-pi01的L、M和S基因片段的核苷酸同源性分别为99.8%、99.8%、100.0%,氨基酸同源性分别为99.6%、99.6%、100.0%,进化树分析显示两株病毒处于同一亚分支。2株毒株与中国其他地区流行的SFTSV毒株核苷酸序列同源性介于95.9%99.6%(L基因),94.7%99.6%(L基因),94.7%99.5%(M基因)和95.0%99.5%(M基因)和95.0%99.5%(S基因),与布尼亚病毒科白蛉病毒属其他毒株序列差异较大。结论该调查中分离自羊和蜱的SFTSV高度同源。蜱虫通过叮咬吸血,可能在SFTSV从动物到人的传播过程中起媒介作用。 相似文献
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目的:了解甲型H1N1(2009)流感流行后的流感样病例(ILI)中,除流感病毒外的相关病原分布,为ILI患者临床治疗、流行病学调查提供参考。方法:收集流感监测哨点医院393份ILI咽拭子标本提取核酸,应用实时荧光PCR方法进行20种相关病原比对检测,分析各病原的阳性率与构成比。结果:检测出阳性咽拭子标本51例,分属13种共计64株病原体,其中阳性率较高的为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、冠状病毒。另有13例为两种病原体混合感染,占阳性标本数的25.49%。结论:ILI的病原构成比较复杂,且存在混合感染,临床治疗与流行病学调查均应引起重视。 相似文献