基于网络药理学探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制

目的 运用网络药理学方法探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大泻心汤中单味药的活性成分及其靶点。利用疗效药靶数据库(TTD)、DisGeNET数据库查找肺癌相关靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件确定该复方治疗肺癌的关键靶标,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,同时构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络构建图。使用DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并使用Omicshare Tools进行可视化。结果 大泻心汤共筛选获得164个活性成分,与肺癌疾病靶点交集出154个共同靶点,通过筛选共同靶点得到27个关键靶点,主要为信号转导和转录活化因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)及肿瘤抑制基因TP53等。GO功能分析显示与细胞氧化应激反应、核受体、转录因子调节等有关;KEGG信号通路富集分析得到173条信号通路,主要涉及乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、小细胞...     

基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗登革热的分子机制

【目的】基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗登革热的分子机制。【方法】收集文献报道的热毒宁注射液活性成分,并通过瑞士靶点预测(SwissTargetPrediction)数据库预测上述成分的作用靶点;通过人类基因数据库(GeneCards)、人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)、比较毒理学数据库(CTD)收集登革热的主要靶点;取药物-疾病交集靶点,利用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建关键靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,根据关键靶点网络节点度值筛选出关键药效成分;将交集靶点上传至Metascape平台进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,结合文献调研及关键靶点筛选出关键通路。【结果】热毒宁注射液共有31个活性成分作用于154个登革热靶点,依据节点度值筛选出29个关键靶点,并由此筛选出8个关键活性成分;GO和KEGG富集分析分别得到1 501个、142个条目,筛选出5条关键通路。【结论】热毒宁注射液治疗登革热可能通过作用GAPDH、AKT1、TNF、MAPK、CASP-3等关键靶点,调节缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、核因子kappaB(NF-κB)信号通路、白细胞跨内皮迁移、黏附连接和线粒体自噬等关键信号通路,发挥抗病毒、抗炎、调节免疫、调节凝血和纤溶、调节能量代谢、调节脂质代谢等作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨乌梅丸治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

基于网络药理学及分子对接探讨乌梅丸改善腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的作用机制。方法 通过中医药系统药理学平台 (TCMSP 数据库) 检索和预测乌梅丸中各药物活性成分及对应靶点,在 GeneCard、OMIM 等数据库筛选 IBS-D 靶点,利用相关软件分别构建Venn图、“中药-活性成分-靶点”作用网络及 PPI 网络,并进行 GO、KEGG分析和分子对接及相关结果的可视化。结果 乌梅丸治疗 IBS-D 的活性成分129个,治疗靶点191个。 PPI 网络分析得到30个核心靶点,其中包括 HSP90AA1、 JUN、RELA、MAPK1、AKT1、ESR1、IL6、FOS、MAPK8、NCOA1 等。GO分析显示生物过程有2177条,分子功能有169条,细胞成分有77条。 KEGG 分析提示 IL-17 信号通路、TNF 信号通路、Toll-like 受体信号通路和 NF-κB 信号通路在乌梅丸治 IBS-D 过程中起着关键作用。分子对接显示,核心靶点JUN、MAPK1、FOS 与部分活性成分结合较为稳定。结论 乌梅丸可能通过活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚与HSP90AA1、JUN、RELA、MAPK1、AKT1、ESR1、IL6等蛋白结合,进而调节 IL-17、TNF、Toll-like 受体、NF-κB 等信号通路,从而减少炎症反应、调节肠道微生物、提高免疫力,治疗IBS-D     

基于网络药理学研究十全育真汤治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的运用网络药理学方法预测十全育真汤治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PubMed等相关数据库,筛选出十全育真汤的活性成分及对应靶点;通过GeneCards等疾病数据库筛选出NSCLC相关靶点;将药物靶点与疾病靶点相映射得到十全育真汤治疗NSCLC的靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件筛选出关键活性成分,并构建"药物-靶点-疾病"网络;采用DAVID 6.8数据库分析基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路;采用STRING V11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。结果筛选出十全育真汤治疗NSCLC的关键活性成分26个,包括槲皮素、木犀草素和山柰酚等,关键活性成分对应的靶点182个; GO功能及KEGG富集分析显示,信号通路主要涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等15条通路; PPI网络分析显示,十全育真汤治疗NSCLC的核心靶点主要集中在细胞增殖、凋亡、细胞周期、炎症及血管生成等方面。结论十全育真汤治疗NSCLC的作用机制可能与提高免疫、抑制血管生成及促进细胞凋亡等有关。     

消积化瘀丸治疗非小细胞肺癌作用机制的网络药理学分析

目的:运用网络药理学方法,研究消积化瘀丸对非小细胞肺癌的潜在作用机制,分析其多成分-多靶点-疾病的相互关系.方法:收集消积化瘀丸的药物活性成分和潜在靶点,并在CTD数据库获取非小细胞肺癌的相关靶蛋白,进而筛选出药物活性成分与疾病的共享基因.利用Cytoscape软件构建蛋白互作网络图(PPI)并绘制成分-靶点、靶点-通路关系图.使用生物学信息注释库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析与基于京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析研究其作用机制.结果:消积化瘀丸共92个药物活性成分可与非小细胞肺癌874个核心靶蛋白相互作用;网络分析显示关键靶蛋白有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素6(IL6)以及丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等;成分-靶点网络图提示腺嘌呤(adenine)、硬脂酸(Stearic Acid)及胆固醇(Cholesterol)等是消积化瘀丸主要活性成分;糖类消化与吸收、内分泌等因素调节钙离子重吸收信号通路以及脂肪酸降解等信号通路是主要生物途径.结论:消积化瘀丸可能通过调节细胞糖代谢、抗炎等方面抑制肿瘤细胞增殖及增加细胞凋亡速率,多靶点、多通路发挥抗肿瘤作用.     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...     

基于网络药理学研究麻杏苡甘汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法筛选麻杏苡甘汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法 通过多个数据库筛选药物主要活性成分、靶点及与RA相关的疾病靶点,获取交集基因。采用Cytoscape 3.7.0软件构建麻杏苡甘汤治疗RA的成分-靶点-通路网络,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用R语言对靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 筛选出的药物核心成分为谷甾醇、槲皮素、木犀草素、查尔酮B、β-谷甾醇等,蛋白互作频次较高的靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、血管内皮生长因子(VEGFA)、表皮生长因子(EGFR)、肿瘤坏死因子(TNF)等,与RA紧密联系的信号通路有磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、低氧诱导因子(HIF)-1、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Janus激酶-信号转导及转录活化因子通路(JAK-STAT)、RA、Wnt等。结论麻杏苡甘汤治疗RA具有多成分-多靶点-多途径的作用特点,为其进一步研究提供新的思路与线索。     

基于网络药理学和分子对接探讨理气中药枳壳改善非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接研究枳壳改善非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法以化合物的口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET等数据库,并结合课题组前期对枳壳成分分析研究,筛选枳壳主要活性成分及改善NAFLD的作用靶点。采用Cytoscape3.7.2软件构建中药-活性成分-靶点网络,采用STRING系统进行PPI网络分析提取核心网络,通过Metascape平台进行基因功能(GO)和通路注释(KEGG)富集分析。最后通过分子对接验证枳壳关键活性成分与核心靶点的作用特点。结果经筛选得到枳壳干预NAFLD的主要有效成分为β-谷甾醇、柚皮苷、川陈皮素、新橙皮苷;关键靶点为AKT1、TNF、TP53、CAT、JUN、MAPK8等;GO分析包括患者体内营养水平、氧化应激等;KEGG主要涉及NAFLD、AGE-RAGE、TNF等信号通路。分子对接结果显示,枳壳活性成分与核心靶点有较好的结合力。结论枳壳活性成分可通过多靶点、多通路发挥改善NAFLD的作用,其中主要涉及胰岛素抵抗、氧化应激和炎症反应等机制。     

基于网络药理学分析角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学的消岩汤治疗胃癌机制探讨

[目的] 运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法] 通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果] 筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化学应激的反应等相关,KEGG通路富集分析结果显示主要涉及癌症中的蛋白多糖、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、铂类耐药等。生存分析结果显示TP53、AKT1、MAPK3、RELA、ESR1高表达的患者总生存期显著低于低表达组,JUN、MAPK1、MAPK14高表达患者的总生存期则显著高于低表达组。[结论] 基于网络药理学的研究方法有助于寻找消岩汤治疗胃癌的关键靶点及信号通路,为深入探索消岩汤治疗胃癌的作用机制提供了有益信息和数据支撑。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

基于网络药理学的夏枯草-半夏治疗弥漫大B细胞淋巴瘤的作用机制研究

目的通过网络药理学方法研究夏枯草-半夏治疗弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)的潜在分子机制。方法首先利用中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese medicine system platform,TCMSP)筛选夏枯草-半夏的活性成分及其对应的靶基因。其次,通过Gene Cards、OMIM、TTD、Drug Bank等数据库搜索DLBCL的疾病靶点,取交集后得到夏枯草-半夏治疗DLBCL的共同靶标基因,将共同靶标基因导入Cytoscape构建"夏枯草-半夏活性成分-DLBCL靶标基因"关系网络图。再通过PPI网络分析,筛选核心靶基因,进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书通路分析。结果夏枯草-半夏治疗DLBCL的主要活性成分有13种,包括槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等;其作用的核心靶点包括AKT1、JUN、TP53、MAPK1、TNF等;其主要通过调节PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等信号通路发挥治疗DLBCL的作用。结论夏枯草-半夏可通过多靶标、多途径发挥辅助治疗DLBCL的作用。     

基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点，利用药物靶标数据库、OMIM^?、GeneCards^?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集，获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点，使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分，包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个，取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示，地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示，地榆...     

基于网络药理学分析附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选附子-干姜药对活性成分;通过UniProt数据库获取活性成分的可能作用靶点;采用GeneCards数据库获取溃疡性结肠炎疾病靶点;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析;采用Cytoscape 3.7.1软件构建附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的药物-成分-靶点-疾病网络图;采用Bioconductor中R包进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果 从附子-干姜药对中共筛选出活性成分32个,药物与疾病共同靶点110个; PPI网络共有节点107个,边1007条; GO功能富集分析生物学过程(BP)、分子生物学功能(MF)和细胞组分(CC)分别为1659,117,53条; KEGG信号通路富集分析得到136条相关通路,主要涉及细胞凋亡(Apoptosis)、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路等。结论 附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制具有多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学研究六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性的机制

  目的  通过网络药理学分析六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的靶点和信号通路,并探讨其作用机制。  方法  从中药网络药理学数据和分析平台(TCMSP)搜索六君子汤6味中药的化学成分,并筛选出可能活性成分;在Swiss Target Prediction数据库查询活性成分的对应靶点;使用DrugBank、TTD和OMIM数据库收集AMD的疾病靶点;Venny分析得到活性成分和疾病的共同靶点;从String数据库获取共同靶点的蛋白相互作用信息,使用Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络和活性成分-靶点相互作用网络;通过David数据库进行共同靶点基因功能GO和KEGG通路富集分析;采用SD大鼠制备含药血清,通过ARPE-19细胞,验证六君子汤对关键信号通路的影响。  结果  获得六君子汤活性成分154个、对应靶点934个,AMD疾病靶点266个,两者共同靶点92个;蛋白相互作用网络分析得到37个主要靶点,活性成分-靶点网络分析获得39个关键活性成分;GO分析获得277个生物过程条目,主要富集在转录因子结合、丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白质磷酸化、蛋白激酶C活性、蛋白激酶活性、蛋白脱乙酰酶活性、蛋白自磷酸化、肽-丝氨酸磷酸化、NAD依赖的组蛋白脱乙酰酶活性、MAP激酶活性等。KEGG通路分析产生107个条目,主要富集在VEGF信号通路、Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、NOD样受体信号通路、催乳素信号通路、神经营养素信号通路、MAPK信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等;六君子汤对氧化损伤ARPE-19细胞有保护作用,能下调VEGF、AKT、ERK1/2及p38蛋白表达。  结论  六君子汤是通过多组分、多途径、多靶点发挥治疗AMD的作用,潜在机制是影响细胞增殖和迁移、细胞凋亡、血管形成、炎症过程。      

基于网络药理学探讨柴胡治疗动脉粥样硬化作用机制

目的基于网络药理学方法探讨柴胡治疗动脉粥样硬化的有效活性成分及靶点的作用机制。方法该研究运用TCMSP数据库结合筛选条件确定柴胡的主要有效活性成分及其作用靶点,构建主要有效活性成分-靶点网络图。利用GeneCards数据库获取动脉粥样硬化疾病靶点,取柴胡和动脉粥样硬化的交集靶点,对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析、基因功能富集分析和信号通路富集分析,并对药物-主要有效活性成分-疾病-靶点进行网络分析。结果筛选主要有效活性成分17种,其中6个有效活性成分没有相对应靶点,并获得药物靶点93个。通过GeneCards数据库,获得1217个疾病靶点,药物与疾病交集基因共57个,PPI蛋白互作网络分析得出MAPK8、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1、CASP3、MYC、CCND1等可能是柴胡治疗动脉粥样硬化的核心靶点。GO功能富集分析得到219个生物过程条目,50个细胞组成条目,23个分子功能条目。KEGG通路富集分析排名靠前的通路主要有乙型肝炎、癌症相关的通路、癌症中的蛋白多糖、结直肠癌、胰腺癌、TNF信号通路等。结论柴胡治疗动脉粥样硬化具有多途径、多靶点的作用特点,为探析中医治疗动脉粥样硬化提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨解毒通利方治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...     

基于网络药理学探讨厚朴-广藿香治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学预测厚朴-广藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Dis-ease 2019,COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制.方法:通过TCMSP,BATMAN-TCM数据库查询和相关文献检索筛选出厚朴-广藿香的活性成分及对应作用靶点,经过Uniprot数据库查询靶点对应的基因,将其标准化;利用GeneGards数据库对COVID-19相关靶点进行预测,将两者进行映射,借助ImageGP在线平台绘制维恩图,筛选药物疾病共有靶点;利用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病靶点"网络;通过STRING数据库获取靶标蛋白相互作用网络关系并利用Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络.最后利用Metascape数据库进行GO富集分析与KEGG通路分析,借助ImageGP在线平台对结果进行可视化处理.结果:根据条件筛选得到厚朴-广藿香活性成分15个和227个潜在作用靶点,其中与COVID-19共同靶点47个.GO功能富集分析得到GO条目4854个(P<0.01),其中生物过程(Biological Process,BP)条目4178个,细胞组分(Cellular Component,CC)条目311个,分子功能(Molecular Function,MF)条目365个.KEGG通路富集筛选得到187条信号通路(P<0.01),涉及IL-17信号通路、NF-κB信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡等.结论:厚朴-广藿香中主要潜在活性成分桉树醇、厚朴酚、葛花苷元、槲皮素等可能作用于IL6、TNF、TP53、CASP3、MAPK1、IL10、CCL2等关键靶点调节多条信号通路,从而起到治疗COVID-19的作用.     

白术-白芍药对防治肝纤维化的网络药理学研究

[目的]运用网络药理学方法分析白术-白芍药对治疗肝纤维化的有效活性成分,预测其作用靶点,并分析其可能的作用机制,为肝脾同治理论提供网络药理学依据。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选白术-白芍药对的活性成分及其对应靶点,结合人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)、人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库筛选治疗肝纤维化的潜在作用靶点。利用网站Venny 2.1.0绘制韦恩图,然后通过Cytoscape 3.7.2软件和String数据库构建成分-靶点-疾病网络图和靶点间的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,通过Metoscape平台对靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路与基因功能富集分析。[结果]经过筛选,共获得白术-白芍的20个有效药物成分,与肝纤维化相关的关键化学成分9个,药对-肝纤维化的共同靶点53个,PPI关键靶点11个,蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、丝裂原激活蛋白激酶8(mitogen activated protein kinase 8,MAPK8)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)是白术-白芍作用的关键靶点。GO富集分析结果包括生物过程(biological process,BP)条目20条、细胞组分(celluar component,CC)11条、分子功能(molecular function,MF)18条;KEGG富集分析发现相关信号通路18条,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(advanced glycosylation end product-receptor of advanced glycosylation end product,AGE-RAGE)信号通路、癌症信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信号通路、铂剂耐药通路、大肠癌通路、小细胞肺癌通路、肝细胞癌通路等。[结论]白术-白芍药对治疗肝纤维化具有多组分、多靶点、多途径的调控特点,本研究为深入探索肝纤维化的防治提供了新的思路。