六神丸干预新型冠状肺炎的靶点挖掘及分子对接研究

目的?运用网络药理学数据挖掘方法,探讨六神丸干预新型冠状病毒肺炎（COVID-19）药效的潜在分子机制。方法?利用BATMAN、Drugbank和GeneCards等数据库及相关文献筛选六神丸活性成分和潜在活性靶点以及疾病相关作用靶点。通过STRING、Metascape构建靶点的蛋白互作网络和功能注释。采用SYBYL-X2.1.1进行分子对接分析。结果?共筛选出47个有效成分和877个对应靶点,在进一步与435个疾病靶点交集后得出73个COVID-19相关基因（如EGFR、IL6、MAPK1、MAPK3、TNF等）。GO和KEGG通路分析表明这些基因功能与癌症相关通路、百日咳通路、细胞因子活性、MAPK路径以及疱疹病毒感染路径相关。从与ACE2和3CL水解酶的分子对接分析中得出六神丸多组分能直接作用于病毒入侵和复制。结论?六神丸干预COVID-19与其抗病毒、抑制炎症反应、抑制体液渗出、改善血液循环等路径密切相关。      

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学方法探讨栀豉温胆汤治疗失眠的作用机制

目的 基于网络药理学方法探究栀豉温胆汤治疗失眠的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)分别收集栀豉温胆汤中各味中药的主要活性成分和作用靶点;通过GeneCard、OMIM、DrugbankDis、GeNET数据库获取疾病相关靶点,合并4个数据库获得并集靶点,并收集药物-疾病交集靶点,构建蛋白相互作用网络,采用Cytoscape软件作图分析。借助R语言进行GO分析和KEGG分析。应用AutoDock Tools-1.5.6软件进行分子对接。结果 共筛选出活性成分153个,成分作用靶点614个,与失眠相关共同靶点120个,关键靶点包括IL-6、INS、COMT、TNF、PTGS2等。结合GO分析及KEGG通路相关条目,主要通路包括神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路、色氨酸代谢、神经退行性变的途径-多种疾病、cAMP信号通路、多巴胺能突触、阿尔茨海默病等信号通路等发挥治疗失眠的作用。分子对接结果显示关键成分与关键靶点具有较好的结合能力。结论 栀豉温胆汤作用靶点涉及神经退行性疾病、炎症等多种疾病,与神经类疾病尤为相关。     

融合“成分-靶点-共有通路”网络和分子对接技术的清肺口服液抗新型冠状病毒肺炎的活性成分初探

目的?基于网络药理学和分子对接技术研究清肺口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分。方法?采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索清肺口服液中药材的化学成分及其作用靶点,通过Cytoscape软件构建清肺口服液治疗病毒性肺炎的“成分-靶点-共有通路”网络模型进行分析,借助分子对接软件将网络中的核心成分与潜在的抗COVID-19作用靶点对接筛选。结果?清肺口服液药材成分靶蛋白进行生物分析共得到KEGG通路129条（P<0.05）,病毒性肺炎相关靶蛋白进行生物分析得到KEGG通路104条（P<0.05）,其中KEGG共有通路83条。“成分-靶点-共有通路”网络包含成分201个和对应的靶点2?424个。网络中所含的78个核心成分与治疗COVID-19药物潜在作用靶点RdRp、3Clpro和PLpro分子对接结果显示,Phaseol、丹参新醌D、1,2,5,6-四氢丹参酮等核心成分与目前可能治疗COVID-19的多种药物亲和力相近。结论?清肺口服液的多个核心成分可以与多个潜在靶点结合而达到治疗COVID-19的目的,体现了中药多成分、多靶点和多途径的作用特点,可以为现代中药创制提供参考。      

基于网络药理学与分子对接研究中药乐脉颗粒治疗冠心病心绞痛的活性物质及作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探究乐脉颗粒治疗冠心病心绞痛的物质基础及作用机制。方法:通过TCMSP、ETCM等数据库及文献检索收集乐脉颗粒的化学成分信息;利用SwissTargetPrediction数据库收集活性成分靶点;疾病靶点通过GeneCards、DisGeNET等数据库收集;使用Venny获得交集靶点并绘制韦恩图;运用DAVID数据库进行生物功能注释与富集分析;使用Cytoscape软件构建乐脉颗粒活性成分-冠心病心绞痛靶标网络并进行网络拓扑学分析;通过AutoDock进行分子对接验证。结果:乐脉颗粒7味中药共有176个化学成分及975个靶点,冠心病心绞痛共有234个靶点,疾病与成分共有靶点65个;网络药理学技术分析得到乐脉颗粒通过丹酚酸A、芍药内酯苷、丹参新醌D、亚油酸、拟丹参醛、槲皮素和芍药苷等主要活性成分,参与PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路和钙信号通路等多种信号通路,作用于IL-6、MMP-9、TNF、ICAM-1等关键靶点来影响炎症反应、缺氧反应和血栓形成等病理过程。分子对接结果显示主要成分与核心靶点之间结合情况好。结论:乐脉颗粒治...     

柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎作用机制的网络药理学研究

目的:研究柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法:从人类基因数据库(GeneCards)获取COVID-19的疾病靶点,应用中药系统药理学数据库(TCMSP)查找柴胡-黄芩药对的活性成分和靶点,查询条件设定为口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,使用Cytoscape3.7.2软件建立活性化合物-靶点网络图,STRING在线数据库构建靶点蛋白与蛋白之间互作网络,借助DAVID平台对靶蛋白进行基因功能(GO)和信号通路(KEGG)分析,构建靶基因-信号通路关系网络。结果:从柴胡-黄芩药对中筛选出槲皮素、山柰酚、汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、异鼠李素等53种有效活性成分,作用于PTGS2、PTGS1、DPP4、CALM1、NOS2、PPARG等42个COVID-19相关的靶蛋白,参与脂多糖反应、调控凋亡信号通路、应答氧化应激反应、生物刺激回应、细菌源性分子细胞反应、调控细胞因子产生等生物学过程,调控AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等信号通路。结论:揭示了柴胡-黄芩药对通过多成分,发挥多靶点、多信号通路治疗COVID-19的科学内涵。     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学与分子对接探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制.方法 在TCMSP平台筛选出银杏叶的活性成分,在Swiss Target Prediction数据平台和GeneCards数据库收集活性成分对应的靶点,在Gene-Cards和DisGeNET数据库检索"动脉粥样硬化"的相关靶点,通过Venny平台获得两者间的共同靶点.将共同靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape 3.8.0构建蛋白互作网络和核心靶点网络,并获取拓扑参数.利用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,并对结果运用微生信和OmicShare平台进行图像可视化处理.采用Cytoscape 3.8.0软件进行"活性成分-靶点-疾病"网络模型构建与分析,最后使用AutoDock、Pymol软件进行重要成分和核心靶点的分子对接并预测其结合能力.结果 从银杏叶中筛选出27个活性成分,动脉粥样硬化和活性成分的共同靶点有163个,其中核心靶点有7个,主要有关通路有PPAR信号通路、TNF信号通路以及Proteoglycans in cancer信号通路等.分子对接结果显示,所有核心靶点与活性成分的分子对接结合自由能均较小,即具有较好的亲和力,其中槲皮素-HRAS的亲和力最大,山柰酚-VEGFA次之.结论 银杏叶提取物可能从抗氧化应激、抑制炎症激活、调节血管内皮细胞的凋亡和功能障碍等多方面发挥对动脉粥样硬化的治疗作用,为银杏叶提取物的开发和应用提供新的思路和理论依据.     

基于网络药理学探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的〓本研究通过网络药理学的方法，探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制。方法 运用网络药理学对清瘟解热合剂治疗COVID-19的可能作用靶点和通路进行分析，利用中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）检索相关化学成分和作用靶点。在OMIM和Genecards数据库中查询与COVID-19相关的靶点。将药物靶点和疾病靶点做韦恩图，得到交集靶点。运用DAVID数据库和KOBAS3.0数据库对靶点进行进行基因功能（GO）富集分析和基因通路（KEGG）富集分析。运用Cytoscape 3.7.2构建成分-靶点-通路网络图。结果 网络药理学分析结果表示，本研究共收集到清瘟解热合剂活性成分264个，可作用于510个靶点，关键靶点涉及：白细胞介素（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、趋化因子配体2（CCL2）等。GO功能富集分析得到283个条目，其中生物条目（BP）226条，分子功能（MF）31条，细胞组成（CC）26条。KEGG通路富集分析共得到232条通路，包含IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 通过网路药理学研究，清瘟解热合剂中的有效成分可能通过影响IL-6、TNF、CCL2等靶点的表达，并调控了IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等，发挥治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制

Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.     

基于网络药理学和分子对接研究颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探讨颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制。方法：通过检索TCMSP、Symmap数据库获取颐脑解郁方的活性成分,利用 TCMSP、Uniport和Symmap预测活性成分的靶点,并通过GeneCards、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库检索抑郁症疾病靶点,将其疾病靶点取交集,进而将颐脑解郁方的活性成分靶点与抑郁症的疾病靶点取交集,利用Cytoscape构建药物成分-靶点网络,并使用STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),进行核心基因的GO和KEGG富集分析,并使用Pymol、AutoDock Tools软件制作分子对接。结果：共获取颐脑解郁方组方中6味植物药的活性成分72个,对应1363个目标靶点;通过CytoNCA筛选出9个关键靶点;GO富集分析得到生物学过程2624条、分子功能243条以及细胞组分116条,主要与炎症反应、以及氧化应激过程相关;KEGG富集分析得出194条显著富集的通路,主要为 IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,其功能主要涉及免疫系统调控、信号传导、内分泌系统、细胞生长与凋亡等。结论：颐脑解郁方可通过多个化合物作用于多个分子靶点发挥其对抑郁症的治疗作用,其分子机制主要涉及抑制炎症反应,减弱氧化应激等方面。     

基于网络药理学探讨苦黄注射液保肝退黄作用机制

目的 构建苦黄注射液活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能和通路进行分析,探讨苦黄注射液保肝退黄的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php）及相关文献挖掘获取苦黄注射液中苦参、大黄、茵陈、柴胡、大青叶的主要活性成分。利用GeneCard数据库（http://www.genecards.org/）和在线人类孟德尔遗传数据系统（OMIM,http://www.omim.org/）预测和筛选苦黄注射液活性成分对应靶点中与肝炎和黄疸疾病相关靶点。用Cytoscape 3.6.1软件构建活性成分-作用靶点网络,用蛋白质相互作用数据库（STRING,http://string-db.org/）和Cytoscape 3.6.1软件绘制蛋白相互作用网络,用生物学信息注释数据库（DAVID,https://david.ncifcrf.gov/）对靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 筛选得到苦黄注射液活性成分16个,共获得85个作用靶点。网络分析结果表明,苦黄注射液主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激应答的生物过程。靶点通路分析结果显示,苦黄注射液保肝作用的靶点主要涉及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、Toll样受体、p53、神经营养因子等信号通路。结论 苦黄注射液保肝退黄作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节MAPK、Toll样受体、p53、神经营养因子等相关通路发挥作用。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学探讨荷丹片治疗高脂血症的作用机制

[目的] 旨在通过网络药理学方法探究荷丹片治疗高脂血症的可能作用机制。[方法] 在中药系统药理学数据库（TCMSP）和中医药百科全书（ETCM）数据库中检索得到荷丹片中5味药材类药成分与作用靶点，借助Uniprot数据库查询靶点对应基因，在DisGeNET数据库搜索得到高脂血症的疾病靶点。利用STRING数据平台构建活性组分-作用靶点和蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）的网络图，采用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-疾病-靶点"网络，利用DAVID生物信息学资源对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。[结果] 从荷丹片中共筛选出61个活性化合物，对应于281个类药活性成分作用靶点，231个疾病靶点与高脂血症密切相关，其中20个疾病靶点与药物作用靶点重叠，为荷丹片治疗高脂血症具有重要意义的作用靶点。中药-活性成分-疾病-靶点可视化网络图推测发挥调节血脂作用的中药主要是丹参、山楂、补骨脂，其中关键的化合物为Ergosterol、Guercetol、Corylinal等，关键的作用靶点为PTGS1、ADRB2、F2、PPARG等。GO富集分析表明，荷丹片主要参与调节氧化还原酶活性、脂质结合、离子结合、信号转导活性、核酸结合转录因子活性、脂质代谢过程、单一有机体代谢过程、小分子代谢过程、细胞增殖等生命过程。KEGG通路富集分析结果表明，荷丹片通过调节含血清素的神经突触、PPAR信号通路、药物代谢细胞色素P450、花生四烯酸代谢、亚油酸的新陈代谢等多种途径在高脂血症中发挥药理作用。[结论] 本研究揭示了荷丹片治疗高脂血症的可能作用机制，体现了中药复方多成分、多途径、多靶点协同作用的特点，为进一步研究荷丹片治疗高脂血症的机理提供了新的思路和方法。     

运用网络药理学与分子对接法探讨阳和汤治疗股骨头坏死的核心作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接法,探究阳和汤(Yanghe Tang,YHT)治疗股骨头坏死(osteonecrosis of the femoral head, ONFH)的分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)、Uniprot数据库、GeneCards数据库和DAVID数据库,探究阳和汤方中有效化合物治疗ONFH的核心化合物、核心靶点和信号通路,并将YHT核心化合物与ONFH的重要靶点HIF-1a和血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)进行分子对接。结果 通过TCMSP数据库搜索中药的化合物成分与对应靶点,依据口服吸收利用度(OB)≥30%,药物相似性(DL)≥0.18的筛选标准,去除重复值,最终检索到阳和汤方中主要活性化合物119个。靶点通过Uniprot基因校正后,得到226个靶点基因。通过GeneCards数据库共获得284个疾病靶点基因,将疾病靶点与化合物靶点交叉映射,进而获得阳和汤治疗ONFH的潜在作用靶点40个,并在STRING数据库中获得40个潜在作用靶点的PPI蛋白互作网络,通过Cytoscape 3.7.1软件对PPI网络进行拓扑分析,得到5个核心作用靶点:IL-6、TNF、TP53、VEGFA、CASP3。此外,与ONFH直接相关的重要靶点包括VEGFA、CASP3、HIF-1α、IL-6、TNF等。通过DAVID数据库,对潜在靶点进行GO功能注释和KEGG功能富集分析,最终获得与骨质代谢相关作用通路有PI3K-Akt 信号通路,与免疫与炎症反应相关的通路有TNF 信号通路,与血液供应作用相关的通路为HIF-1 信号通路、VEGF 信号通路、 血管生成的正调控等。分子对接显示槲皮素与HIF-1α的结合能最低,豆甾醇与VEGFA的结合能最低,这两种分子对接方式更易发生。结论 预测YHT可通过HIF-1 信号通路、TNF 信号通路、PI3K-Akt 信号通路等途径,调控股骨头坏死进程中的免疫炎症反应、骨代谢和血液循环,达到干预和治疗ONFH的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的作用机制

目的: 使用网络药理学和分子对接技术研究凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键成分与靶标,并探讨其可能的作用机制。方法: 从中药系统药理学数据库（traditional Chinese medicine systems pharmacology, TCMSP）、中医药分子机制生物信息学数据库（bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine, BATMAN-TCM）挖掘凉血消斑汤的有效成分并进行靶点预测。在GeneCards数据库中获取寻常型银屑病相关基因。通过Cytoscape 3.7.2软件构建凉血消斑汤成分靶点疾病网络,通过STRING和Metascape分析药物与疾病映射靶标蛋白质的相互作用,并进行富集分析,最后借助AutoDock Vina等软件将核心靶标蛋白与有效成分进行对接验证。结果： 凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键靶点包括蛋白激酶1（AKT1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、白介素6（IL-6）、JUN蛋白（JUN）及前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）等,关键的KEGG通路包括IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路及AGE-RAGE信号通路等,其中薯蓣皂苷元、山柰酚、木犀草素、黄芩素与PTGS2、AKT1等靶点的结合能较小。结论： 凉血消斑汤通过直接或间接调控IL-17及PI3K/AKT等信号通路,改善银屑病炎性浸润、角质形成细胞异常分化及异常新生血管生成等病理因素,从而发挥对银屑病的治疗作用。     

锦灯笼抗炎活性成分作用机制的网络药理学研究

[目的]预测锦灯笼中抗炎活性成分发挥作用的分子作用机制。[方法]采用反向分子对接方法,将筛选的锦灯笼的活性成分与药物信息数据库Therapeutic Target Database和Drug Bank检索的抗炎作用靶点进行对比分析,归纳总结出锦灯笼活性成分抗炎作用的潜在靶点,并通过MAS3.0对潜在靶点信息进行基因注释,利用Cytoscape3.4.0软件构建锦灯笼活性成分-靶点-通路-疾病网络并分析。[结果]锦灯笼54个活性成分作用于12个炎症靶点,涉及参与信号转导、蛋白水解和炎症反应等16条相关生物过程的代谢通路。[结论]网络药理学的研究方法预测锦灯笼活性成分,从分子水平解释了锦灯笼抗炎的作用机制,并为了中药多成分、多靶点、多通路的药效机制提供了科学依据。