ISSR标记不同产地的大戟科狼毒种质资源多样性分析

目的 :利用ISSR分子标记技术对不同产地的大戟科狼毒进行了遗传多样性分析。方法 :从100条引物中挑选出12条合适的引物对不同产地的大戟科狼毒进行遗传多样性分析。结果 :12条引物一共扩增出353条带,用SPSS16.0软件分析,建立了Jaccard相关系数矩阵,构建了遗传树状图,从该图中可知各产地大戟科狼毒的相似系数在0.258~0.845;大戟科狼毒遗传变异与地理分布呈现较明显的相关性。结论 :ISSR标记适合于大戟科狼毒基因组DNA多样性分析;ISSR分子标记技术对于大戟科狼毒种质资源划分上有十分重要的影响。     

白芷种质资源遗传多样性的ISSR研究

目的 应用ISSR分子标记技术分析中药白芷的遗传多样性。方法 对4大类商品白芷及白芷近缘野生种兴安白芷共20个居群的白芷种质进行ISSR分析,利用NTSYS2.1e软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图。结果 9条引物共得到97条扩增条带,其中多态性条带37条,占38%;20个居群的样品聚为两大类。结论 不同产地栽培白芷的遗传多样性水平较低,种质间的亲缘关系较近;而兴安白芷与4大类商品白芷存在遗传差异。     

不同产地和不同环境生长的金线莲的ISSR遗传特性分析

研究不同产地及生长方式的金线莲样本间遗传多样性和亲缘关系。 方法 以20份福建金线莲新鲜叶片为实验材料,采用ISSR-PCR分子标记技术,筛选出15条多态性好、扩增条带清晰的ISSR引物。经琼脂糖凝胶电泳成像后,统计其扩增条带数,运用NTSYS-Pc 2.1和POPGENE 32软件进行UPGMA聚类分析。 结果 共扩增出130条清晰可见的条带,多态性比率达100%,遗传相似系数分布在0.647 6～0.971 4,遗传距离分布在0.029 0～0.434 5,其中编号为3和4的样本具有较近的亲缘关系。聚类分析结果显示,当相似系数取0.78时,20份样本被分为3类,可以区分不同的产地和种类。 结论 运用ISSR标记技术,可以从分子水平上揭示福建省内金线莲的遗传多样性。     

采用ISSR和SRAP技术评价浙南忍冬属药材遗传多样性

目的 评价浙南忍冬属Lonicera L. 药材遗传多样性。方法 采用ISSR和SRAP分子标记技术检测5种忍冬属药材遗传多样性,NTSYS软件处理数据,UPGMA构建聚类图;Mantel检测法对2种标记进行相关性检验;用引物分辨力（RP）、多态性条带比率（PPB）等参数对标记效率进行评价。结果 16条ISSR引物和22对SRAP引物分别扩增出232、215条带;UPGMA可将5种忍冬属药材聚为2大类,一类为金银花基原植物,另一类则为山银花基原植物,两种标记技术相关系数（r）为0.970 3。结论 ISSR和SRAP均可有效地分析忍冬属药材资源的遗传多样性,且ISSR标记技术优于SRAP。     

酢浆草遗传多样性的ISSR分析

目的 探讨酢浆草种质资源遗传多样性,为酢浆草遗传差异的评定及优良种质资源的筛选提供分子水平的参考依据.方法 采用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术对酢浆草18个居群36个样本及红花酢浆草2个居群4个样本进行遗传多样性分析.结果 从59条ISSR引物中筛选出10条引物用于PCR扩增,共扩增出89条DNA条带,其中多态性条带78条,占87.64%,平均每个引物扩增条带的数目为8.9条.利用POPGENE1.32和NTSYS-pc软件分析得出40个样本的平均有效等位基因数为1.3888,平均Nei''s基因多样性指数为0.3493,平均Shannon信息指数为0.2252;UPGMA聚类结果,在遗传相似性系数0.6558处把供试的40个样本分为4大类.结论 本研究选用的酢浆草样本遗传多样性比较丰富,酢浆草与红花酢浆草的ISSR遗传多样性差异较明显.     

江苏不同产地半夏遗传多样性的ISSR分析

目的对江苏不同产地半夏进行遗传多样性分析。方法采用ISSR-PCR技术研究江苏4个产地共20份半夏单株的遗传差异。结果从85个ISSR引物中筛选出6个条带清晰、扩增稳定、多态性高的引物,共扩增出54条带,其中43条具有多态性,多态性百分比为79.63%,通过SPSS11.5分析软件的聚类分析将江苏4个产地半夏划分为3类。结论ISSR分子标记研究结果与半夏的地理位置存在显著的相关性,可为半夏的种质划分和资源开发利用提供科学依据。     

蒲公英遗传多样性的ISSR分析

目的 分析蒲公英的遗传多样性。方法 采用ISSR分子标记对21个居群蒲公英遗传多样性进行分析,用软件Popgen 32分析Nei’s基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）,采用NTSYS 2.10e软件进行聚类分析和主坐标分析。结果 16条ISSR引物共扩增出166条条带,其中多态性条带152条,平均多态性百分率为90.4%,平均H为0.286 5,平均I为0.437 0;遗传距离和遗传一致度分别为0.156 2～0.590 2和0.554 2～0.855 4;UPMGA法进行聚类分析显示,聚类结果与地理来源有较强的一致性,可以看出来源于同一地区的蒲公英种质聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律。结论 采用ISSR分析蒲公英遗传多样性,蒲公英表现出丰富的多态性,表明可以用ISSR标记技术对蒲公英进行分子水平的遗传多样性分析。     

白花蛇舌草的简单重复序列区间(ISSR)遗传多样性分析

采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记对不同产地白花蛇舌草的遗传多样性进行分析。分别在广西壮族自治区、广东省、湖南省、浙江省、福建省、江西省和安徽省共采集23份白花蛇舌草样品,选用150条ISSR引物进行PCR扩增,运用POPGENE1.32、NTSYS2.10软件进行遗传多样性分析。筛选出11条引物,扩增出115条多态性条带,多态性比率为85.22%,等位基因数(Na)为1.852 2,有效等位基因(Ne)为1.543 4,Neis基因多样性指数(H)为0.316 5,Shannon′s信息指数(I)为0.470 0。聚类分析结果表明白花蛇舌草可分成3类,实验结果表明ISSR分子标记可以为白花蛇舌草的系统分类和鉴定提供分子水平的科学依据。     

川乌遗传多样性的ISSR鉴定

目的应用ISSR标记技术分析川乌遗传多样性。方法对江油附子和9个野生乌头居进行了ISSR分析,探索川乌各居群间的遗传多样性。结果8个引物共扩增出98条带。其中68条具有多态性,多态位点百分率为69.39%;观测等位基因数(Na)为1.6939,有效等位基因数(Ne)为1.3715,Nei′s基因多样性指数为0.2308,Shannon信息指数(I)为0.3530;用ISSR855引物能够区分川乌的10个供试居群。结论ISSR标记适合于构建川乌的DNA指纹图谱、品种鉴定和遗传多样性分析。     

怀区地黄遗传多样性的ISSR鉴定

目的利用ISSR标记技术对怀区地黄的8个品种和2个茎尖培养脱毒系进行了遗传多样性分析。方法用44条ISSR引物进行初选，然后用其中适合的10个ISSR引物进行ISSR分析。结果10条ISSR引物共扩增出110条带。基于这些条带，用SPSS10.0软件分析，建立了遗传Jaccard相关系数矩阵，构建了分子树状图，将怀区地黄的8个品种和2个组培系分为2类：其中一类群含有6个材料，包括组培85．5、大田85．5、组培9302、大田9302、金状元和金白地黄；另一类群含有4个材料，包括北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄。而且主成分分析结果支持上述的聚类分析结果；用POPGENE32软件分析知，多态性指数为0．3775，有效等位基因数为1．4037，多态性比率为71.82％；用一个ISSR6引物建立了10个供试地黄样品的DNA指纹图谱并且能将其彼此区分出来。结论ISSR标记适合于构建怀区地黄的DNA指纹图谱、品种鉴定和遗传多样性分析。     

正品龙胆遗传多样性的RAPD及ISSR分析

目的用RAPD和ISSR方法分析了4种正品龙胆的亲缘关系及遗传多样性，为正品龙胆的品种鉴定及栽培育种提供了分子生物学依据。方法优化RAPD及ISSR的PCR反应体系，对产物琼脂糖凝胶电泳结果进行数据统计。结果从100个RAPD引物和32个ISSR引物中分别筛选出10个RAPD引物和4个ISSR引物。通过遗传距离系数UPGMA聚类法分析数据，构建类聚关系树系图。结论RAPD及ISSR的PCR反应体系可以获得理想的实验结果，适用于龙胆品种遗传多样性及亲缘关系的分析。     

石蒜属植物遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较研究

目的研究石蒜属4种植物的种间亲缘关系和同一种内不同采集地材料的遗传多样性,为其种质资源评价和合理开发利用提供分子佐证。方法用ISSR和RAPD标记分别对不同采集地的37份石蒜属植物(石蒜18份、中国石蒜10份、换锦花5份、忽地笑4份)的基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果(1)16条ISSR和17条RAPD引物分别扩增出229和215条带,多态比率分别为85.59%和69.77%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(2)ISSR和RAPD标记检测同组供试材料种间或种内的Nei′s遗传相似系数范围分别为0.5459～0.9345,0.6419～1.0000,平均为0.6836,0.7428。两者相关系数r=0.8582,达极显著水平。(3)ISSR和RAPD标记的分子聚类结果相近,两种标记均能准确地把不同来源的材料先按种聚类,种间的分子分类结果与传统经典分类相符;种内不同采集地材料间存在一定的遗传差异,其遗传多样性较为丰富。(4)用POPGENE3.2分析的种间基因分化系数(Gst)与用AMOVA进行的遗传变异巢式方差分析所得结果基本一致。结论两种标记均可用于石蒜属植物种间亲缘关系与种内的遗传多样性研究,虽然ISSR标记在种间遗传多样性检测上分辨力较RAPD标记低,但ISSR标记能检测到更高的种内遗传差异性,更适合种下水平的遗传多样性研究。     

不同产地牛膝ISSR遗传多样性研究

目的:探索不同产地牛膝的遗传相似性。方法:以采自牛膝主产区的39份样品为试材,采用简单序列重复区间扩增多态性分子标记(intersimple sequence repeat,ISSR)技术分析其遗传多样性。结果:从50对引物中筛选出16对反应体系较稳定、扩增条带较清晰且多态性较多的引物,16对引物在39份样品中共扩增出251条带,多态性条带中有效条带数为233条,有效条带数占总条带数92.83%;多态性位点百分率P为78.09%,Nei′s基因多样性指数为0.2170,Shannon多样性指数为0.3376,遗传分化系数为0.4003,种群间的基因流为0.7492,牛膝种群间的遗传变异为40.03%;牛膝各产地之间遗传一致度为0.7891~0.9506,遗传距离为0.0507~0.2369。根据遗传相似系数对牛膝产地进行聚类分析,在0.87处将牛膝聚为2类;同时对39份样品进行聚类分析,在相似系数0.75处划分为2类,个体聚类与产地聚类结果相似。结论:本研究揭示了不同产地牛膝的遗传相似度,为牛膝亲缘关系鉴定、规范化种植、资源利用奠定了基础。     

不同居群美花石斛种质资源的RAPD分析

目的分析不同居群美花石斛种质资源的遗传多样性、濒危现状以及亲缘关系。方法利用RAPD分子标记技术和方法对不同居群美花石斛进行检测;通过计算遗传相似系数建立其聚类分析图。结果从117个随机引物中,共筛选出8个有效引物,对8个美花石斛居群进行RAPD-PCR扩增,共扩增出287个条带,平均每个引物的扩增条带为35.88个;287个条带共占据78个位点,其中11个位点是8个居群的共有位点,67个为多态位点,多态性比率达85.95%;8个居群的相似性系数在0.149~0.517。结论美花石斛遗传多样性水平低于铁皮石斛种内遗传多样性水平;美花石斛的濒危原因与人为过度采收、种子自然萌发力弱和遗传多样性水平较低有一定的关系;美花石斛8个居群比较自然地向3个方向演化发展,并形成3个分支;美花石斛系统演化规律与其地理分布的相关性有待于进一步研究。     

基于ISSR的新疆贝母属植物遗传多样性研究

目的 通过对新疆贝母属植物进行遗传多样性分析,以期获得新疆贝母属不同种之间的遗传多态性。方法 应用琼脂糖凝胶电泳法结合ISSR分子标记,对所选材料进行遗传多样性与亲缘关系的综合分析。结果 2%琼脂糖凝胶电泳扩增总条带数为185条,其中多态性条带为181条,多态性条带比率（PPB）为97.84%。基于UPGMA软件对10种贝母的遗传差异性分析表明,12个ISSR引物可以将新疆贝母不同种之间遗传差异明显区分开来,其遗传相似系数范围在0.37～0.80,以0.50为最低遗传相似系数,可将10种贝母分成4个大类。结论 揭示了10种贝母种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,为新疆野生贝母属植物资源的收集和种间分类等提供理论依据。     

川党参的基因组DNA提取与ISSR引物筛选

目的 筛选最适党参基因组DNA的提取方法及ISSR (inter-simple sequence repeat)引物,为研究党参种植资源遗传多样性及DNA鉴定奠定基础.方法 以党参嫩叶作为材料,采用常规SDS法、改良CTAB法和试剂盒法3种提取方法基因组DNA,用优化的ISSR-PCR反应对100条引物进行筛选.结果 以党参嫩叶为材料提取基因组DNA,改良CTAB法效果最佳.从公布的100条ISSR引物中筛选出10条引物,能扩增条带清晰、稳定性好、多态性高的DNA条带.结论 以党参嫩叶为材料提取基因组DNA进行ISSR分子标志研究遗传多样性时应采用改良CTAB法,筛选出合适的引物在ISSR分子标志中很重要.     

利用ISSR分子法标记鉴别新会茶枝柑

目的研究利用ISSR分子标记方法在核酸分子水平上鉴别新会茶枝柑。方法从28条ISSR引物中筛选合适的引物,对从新会茶枝柑、砂糖桔、阳山桔、贡柑、芦柑共16个新鲜叶片样品中提取的总DNA进行PCR扩增及电泳分析,寻找特征位点。结果新会茶枝柑所有样品与其中2条ISSR引物扩增出较为明显的特征条带,可区别于其他品种。结论 ISSR作为一种简便有效的分子标记方法,可用于新会茶枝柑的鉴别。     

Genetic diversity analysis of Penicillium marneffei isolated from AIDS patients in Guangdong, China using randomly amplified polymorphic DNA

Background  Penicillium marneffei (P. marneffei) is an emerging pathogenic fungus that can cause invasive mycosis in patients with AIDS. The epidemiological features of P. marneffei infection in AIDS patients in Guangdong province remain unclear so far. This study aimed to investigate the genetic diversity within a population of 163 P. marneffei isolates obtained from AIDS patients and search for the dominant clinical strains in Guangdong province.

Methods  One hundred and sixty-three P. marneffei isolates obtained from AIDS patients in Guangdong province during January 2004 and December 2009 were studied by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) using two random primers (H2 and H22). The degree of similarity between samples was calculated through similarity coefficients from RAPD fragment data and the dendrogram was assessed using the unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA).

Results  Two primers showed a high degree of discrimination and good stability. Primer H2 yielded eight different patterns (H2-1 to H2-8) among 163 isolates with the discriminatory power being 0.413. Primer H22 identified seven types (H22-1 to H22-7) among 163 isolates with the discriminatory power being 0.467. Genetic similarity coefficients based on RAPD data among 163 P. marneffei isolates ranged from 0.681 to 0.957, 61.96% of which were no less than 0.83. The discriminatory power of the two primers was 0.524. One hundred and sixty-three P. marneffei isolates were clustered into nine distinct groups (groups I to IX) at the similarity coefficient value of 0.83 and group I was the most common, including 101 strains (61.96%).

Conclusion  The RAPD analyses could provide important information as to the degree of genetic diversity and the relationship among clinical P. marneffei isolates, revealing genetic polymorphism and dominant strains.