基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学及分子对接探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎的分子机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎(CP)的分子机制。方法通过查询TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss数据库获取前列舒通胶囊的成分及作用靶点,通过Genecards、OMIM、DisGeNET数据库获取治疗CP的作用靶点,利用R软件获取药物和疾病共有靶点基因,利用String平台对共有基因构建蛋白相互作用(PPI)网络,利用R软件对共有基因进行GO及KEGG富集分析。利用Cytoscape软件构建"药物—成分—靶点—通路"网络图。利用PyMoL及AutoDock Vina软件进行分子对接。根据预测结果绘制前列舒通胶囊治疗CP的作用机制图。结果筛选后得到前列舒通胶囊有效成分186个,垂钓靶点277个,作用于CP的有效成分133个,靶点108个。与调节氧化应激反应、凋亡信号通路、脂多糖、活性氧代谢、细菌原始分子等相关,涉及NF-κB、IL-17、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。分子对接表明靶标蛋白与药物主要活性成分结合性较好。结论 NF-κB、IL-17、PI3K-Akt及MAPK信号通路可能是前列舒通胶囊治疗CP的主要作用通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨舒眠胶囊治疗失眠的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术探究舒眠胶囊治疗失眠的作用机制。方法：以网络药理学为基础,对舒眠胶囊、失眠相关作用靶点进行筛选,应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Swiss Target Prediction数据库预测舒眠胶囊靶点,应用GeneCards等5个数据库收集失眠相关靶点数据;运用STRING数据库、DAVID数据库、Cytoscape 3.5.1软件对药物和疾病的交集基因进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,并构建“有效成分-靶点-疾病”图,分析舒眠胶囊治疗失眠的作用机制;最终,利用Discovery Studio软件进行分子对接模拟验证。结果：舒眠胶囊通过35个活性成分作用于120个失眠相关靶点。主要通过槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、灯心草菲类衍生物8个主要活性成分,作用于PIK3R1、TNF、CXCL8、AKT1、IL6等14个核心靶点,通过调控Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K/AKT信号通路起治疗失眠作用。分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点对接良好。结论：舒眠胶囊通过多靶点、多通路发挥抗炎作用,从而改善失眠。     

基于网络药理学和分子对接研究参松养心胶囊治疗心房颤动的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术研究参松养心胶囊治疗心房颤动（AF）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医药百科全书数据库（ETCM）检索参松养心胶囊的活性成分及作用靶点;利用人类基因数据库（GeneCards）、治疗性靶点数据库（TTD）、在线人类孟德尔遗传（OMIM）、遗传药理学和药物基因组学数据库（PhramGKB）、疾病相关基因数据库（DISGeNET）、综合性药物数据库（DrugBank）检索得到AF疾病靶点;使用R软件绘制药物活性成分-疾病靶点韦恩图得到参松养心胶囊治疗AF的潜在靶点;利用R语言对潜在靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;通过Cytoscape软件构建药物活性成分-疾病靶点网络图,通过筛选得到关键靶点及药物活性成分,运用AutoDock Vina软件进行分子对接;运用PyMOL软件对分子对接结果进行可视化。结果：得到参松养心胶囊的活性成分190个、其对应靶点262个,同时检索得到3 577个与AF疾病相关靶点,二者交集靶点171个,共涉及GO功能2 549个,KEGG信号通路183条;蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）最终筛选出关键靶蛋白MAPK1、MAPK8、MAPK14、JUN、STAT、FOS、TNF,将其与反向筛选的10个药物活性成分一一进行分子对接,其中有39对成分-靶点对接活性较高。其中隐丹参酮、木犀草素、山柰酚与MAPK1对接结果最佳。本研究表明参松养心胶囊是通过多成分、多靶点、多通路对AF起到治疗作用,同时笔者发现参松养心胶囊主要通过MAPK1影响心房电结构重构、调节代谢、抑制炎症反应、调节细胞凋亡等途径治疗AF。     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学与分子对接探讨“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点,使用Uniport数据库进行基因ID的注释,在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化,在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再利用Metascape基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock4.2.6软件对关键靶点蛋白及有效成分进行分子对接验证。结果:通过筛选,得到黄芪-当归有效成分22个,与AMD相关的关键有效成分14个,黄芪-当归与AMD的共同基因靶点52个;PPI中核心基因依次为CASP3、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1等;GO功能富集得到1 064个条目,生物学过程主要涉及细胞凋亡、对类固醇激素的反应、活性氧代谢、对脂多糖的反应等;KEGG富集分析后得到119条信号通路,与癌症的通路、流体剪切力与动脉粥样硬化、HIF-1信号通路、TNF信号通路、VEGF信号通路等机制相关;分子对接结果表明,核心有效成分可与靶点蛋白形成构象能量较低、结构稳定的对接。结论:“黄芪-当归”治疗AMD具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究AMD的治疗提供了思路。     

基于网络药理学探讨炙甘草汤治疗心律失常的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨炙甘草汤治疗心律失常的作用机制。方法：运用中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库,筛选出炙甘草汤有效成分及其作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库筛选出心律失常的疾病靶点,并与中药靶点合并取交叉靶点,采用String数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并运用Cytoscape 3.7.2筛选关键基因,同时借助CytoNCA插件进行拓扑分析;运用Bioconductor数据库及RX64 4.0.0软件对交集基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用swissdock在线分子对接工具对蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中的核心蛋白与核心化合物分子进行分子对接。结果：筛选出171个化合物及4 090个靶点,得到关于心律失常疾病靶点435个;PPI结果显示,Degree值排名前6的基因分别为：INS、KCNH2、SCN5A、CAV3、GJA1、TNNI3;拓扑分析显示Degree排名前5的基因分别为：EGFR、HSPA8、NTRK1、ESR1、HSP90AA1;分子对接结果显示：炙甘草汤的大多数活性成分和关键靶点的结合率较强,其结合能最低为SCN5A与Lysine、KCNH2与Gamma-Aminobutyric Acid;GO富集分析显示炙甘草汤治疗心律失常与心脏收缩、心脏肌肉收缩、心的过程、横纹肌收缩、心脏收缩调节等有关。KEGG富集分析显示心肌细胞的肾上腺素能信号、肥厚型心肌病、cGMP-PKG信号通路、扩张型心肌病相关。结论：炙甘草汤治疗心律失常具有多成分、多靶点、多途径的特点。     

连翘治疗痤疮的网络药理学作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术探讨连翘治疗痤疮的作用机制。方法：利用Gene Cards、OMIM和NCBI数据库收集相关的痤疮靶点,并通过中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）检索连翘的有效成分。利用Swiss Target Prediction数据库获取连翘活性成分的靶点。将痤疮相关靶点与连翘活性成分靶点取交集即为连翘治疗痤疮的潜在靶点,利用STRING数据库构建靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并将结果导入Cytoscape 3.7.1软件进行拓扑分析,提取核心靶点。运用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,构建“活性成分-核心靶点-通路”网络,并进行拓扑分析,筛选得到核心成分和核心靶点。通过Auto Dock Vina进行分子对接,验证核心成分和核心靶点的相互作用。结果：共获得连翘活性成分19个,对应靶点509个、疾病靶点1 561个、共有靶点89个,经过蛋白质-蛋白质相互作用分析及拓扑分析,得到核心靶点16个,核心靶点涉及681个基因功能条目和160条通路（P <0.05）。对“活性成分-核心靶点-通路”网络图进行拓扑分析,共筛选...     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT3、VEGFA、IL6、TP53、EGF、AKT1、JUN、MAPK8、EGFR、TNF基因可能起着关键的作用。结论：杜仲叶可能通过减轻氧化应激损伤、抑制破骨细胞形成、促进成骨细胞形成等作用发挥抗骨质疏松作用。     

小儿化毒散治疗上呼吸道感染的网络药理学及分子对接研究

目的：探讨小儿化毒散治疗上呼吸道感染的网络药理学机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选小儿化毒散中的主要化学成分并收集潜在作用靶点;从GeneCards数据库、OMIM数据库及TTD数据库筛选人的上呼吸道感染疾病靶点;利用在线程序绘制韦恩图并获得小儿化毒散与上呼吸道感染的共同靶点,应用Cytoscape软件构建“中药-重要活性成分-疾病靶点”作用网络图;运用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;使用DAVID平台进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析;应用分子对接将化合物-靶点可视化处理。结果：小儿化毒散共筛选出131个有效化合物和相应靶点107个,上呼吸道感染筛选出7 339个相关疾病靶点,并得到92个共同作用靶点,富集分析筛选后得到30个GO条目和46条KEGG信号通路,分子对接得到3个关键化合物和1个靶点。结论：小儿化毒散治疗上呼吸道感染可能通过其关键成分槲皮素、黄芩素和异鼠李素作用于IL6、HIF1A等13个关键靶点蛋白,调节炎症反应、控制缺氧机制进而发挥治疗上呼吸道感染的治疗效果。     

基于网络药理学探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点,利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点,利用R语言取得药物与疾病的共同靶点,通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病靶点网络,利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,通过DAVID进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6对核心靶点和核心成分进行对接验证。结果:共筛选出四逆散活性成分144个,有效作用靶点223个,药物疾病共同靶点152个。PPI网络发现AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等可能是四逆散治疗功能性消化不良的关键靶点。GO功能富集发现了795个GO条目,KEGG通路富集分析共筛选出作用通路127条,主要富集基因数量较大的通路有PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等。分子对接验证显示核心靶点和核心成分有较强的结合活性。结论:四逆散中的有效成分主要通过AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等靶点调节多条信号通路从而发挥治疗功能性消化不良的作用。     

基于网络药理学和体外实验验证探讨吲哚-3-甲醇治疗肥胖的作用机制

目的：根据分子对接技术与网络药理学初步预测出吲哚-3-甲醇作用的靶点和相关信号通路,再通过体外实验来验证网络药理学与分子对接技术得出的结果。方法：利用SwissTargetPrediction成分靶点预测数据库及查阅文献获得吲哚-3-甲醇的药理作用相关的靶点;利用在线人类孟德尔遗传病数据库（OMIM）、基因数据库（GeneCards）、毒性与基因比较数据库（CTD）取得与肥胖相关的靶点;在通过STRING数据库得到吲哚-3-甲醇-肥胖靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图;通过Cytoscape 3.8.2软件进行筛选和分析;利用DAVID 6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过AutoDock vina 1.1.2软件对吲哚-3-甲醇和疾病靶点进行分子对接;最后通过体外实验验证了药物抗肥胖的作用。结果：预测结果得出吲哚-3-甲醇与肥胖共同靶点有80个,包括基质金属蛋白酶（MMP）-9、Janus激酶（JAK）2等;KEGG富集分析结果显示吲哚-3-甲醇治疗肥胖主要作用于肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、血...     

基于网络药理学探讨苦参治疗结直肠癌活性成分、作用靶点及潜在作用机制

目的 使用网络药理学方法分析抗肿瘤中药苦参活性成分及其治疗结直肠癌的潜在靶点与作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药苦参活性成分,并使用PubChem数据库验证所收集活性成分化合物结构,运用SwissTargetPrediction数据库反向分子对接预测苦参活性成分可能作用靶点。采用GeneCards、DisGeNET、TTD、MalaCards数据库预测结直肠癌疾病靶点,通过Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”关系网络图,利用STRING数据库分析苦参-结直肠癌共同靶蛋白PPI蛋白间相互作用网络,采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选获得中药苦参活性成分45个,通过调控结直肠癌相关作用靶点54个,参与体内信号传导、蛋白质磷酸化、凋亡等生物学过程,并通过调控癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路等途径发挥治疗作用。结论 中药苦参能够通过多途径、多靶点协同发挥抗结直肠癌作用。     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank, GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用DAVID 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。     

基于网络药理学与实验验证探讨资木瓜治疗类风湿关节炎的作用机制

运用网络药理学方法探讨资木瓜治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的物质基础和作用机制,并通过分子对接和实验验证资木瓜抗RA的潜在靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台筛选资木瓜中的活性成分及靶点。利用GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库获取RA相关靶点,两者取交集,即资木瓜治疗RA的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件,构建“中药-活性成分-共同靶点-疾病”网络。利用STRING建立蛋白相互作用(PPI)网络,运用RStudio 4.1.0软件对核心基因进行可视化。运用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示。将筛选出来的活性成分作为配体,与筛选得到的RA核心靶点进行分子对接分析,最后通过动物实验进一步验证实验结果。资木瓜的主要活性成分4种、对应靶点137个,药物疾病共同靶点37个;GO富集分析得到239个条目(P<...     

基于网络药理学方法和分子对接技术分析胆通胶囊治疗胆汁淤积症作用机制

目的：采用网络药理学方法和分子对接技术分析胆通胶囊治疗胆汁淤积症的作用机制。方法：使 用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）、本草组鉴（HERB）、PharmMapper和Uniprot数据库搜索胆通胶 囊的活性成分及作用靶点。使用GeneCards数据库获取胆汁淤积症的靶点。绘制韦恩图得到药物-疾病交集靶 点。利用Cytoscape 3.10.0软件构建胆通胶囊活性成分-靶点网络,得到胆通胶囊的主要活性成分。将主要活性 成分、药物-疾病交集靶点通过STRING数据库与Cytoscape 3.10.0软件进行蛋白质相互作用（PPI） 网络分析, 得到核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体论（GO） 功能富集分析和京都基因与基因组百科 全书（KEGG） 通路富集分析。使用PubChem数据库与PyMol、AutoDockTools软件将胆通胶囊主要活性成分与 核心靶点进行分子对接。结果：共收集胆通胶囊的活性成分25个,获得疾病靶点1 039个。韦恩图显示,药 物-疾病的交集靶点92个。胆通胶囊活性成分-靶点网络分析结果显示,苏齐内酯、决明内酯、番泻苷E、20- 殷金醇棕榈酸、（-） -儿茶素和棕榈胺A有较高的度值,为胆通胶囊的主要活性成分。PPI网络分析结果显示, 白蛋白（ALB）、有丝分裂原-活化蛋白激酶1（MAPK1）、类视黄醇X受体α（RXRA） 等蛋白在PPI网络中的 度值较高,是核心靶点。GO功能富集分析结果显示,药物-疾病交集靶点在体内主要参与精氨酸分解代谢、尿 素循环、雌激素反应等生物过程。KEGG通路富集分析结果显示,药物-疾病交集靶点在体内主要涉及精氨酸 生物合成、甲状腺癌、内分泌抵抗等信号通路。分子对接结果显示,胆通胶囊的主要活性成分可对核心靶点蛋 白发挥调控作用。结论：胆通胶囊通过多种活性成分作用于胆汁淤积症的多个靶点,发挥多通路治疗的作用。     

基于网络药理学研究桑椹对多囊卵巢综合征的作用机制

目的：在网络药理学理论基础上，对中药桑椹治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制进行研究分析。方法：检索TCMSP数据库，获取并汇总中药靶药桑椹的有效成分和作用部位；使用GeneCards、OMIM等数据库筛选PCOS的疾病相关作用位点；运用Venny 2.1.0软件和R软件，完成疾病与中药之间具有共同交集靶点的筛选，结合Cytoscape 3.8.2软件与STRING数据库完成中药桑椹与疾病PCOS可视化处理以及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图的构建；通过结合R软件及Bioconductor网站的运用，完成对中心靶点的基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；使用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果：共得到桑椹单药的6个活性成分及其相关的166个作用靶点，与PCOS相关的基因有5470个，桑椹-PCOS的常见交集靶点有107个。GO分析结果表明显著富集在DNA结合转录因子等生物学过程。KEGG通路主要涉及脂质、动脉粥样硬化等。结论：本研究为桑椹单药治疗PCOS疗效筛选的进一步研究提供了基础与参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨枸杞子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的：基于网络药理学方法及分子对接研究枸杞子治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法：采用网络药理学方法,通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,GeneCards、NCBI基因数据库及OMIM数据库,筛选枸杞子治疗AD的相关靶点,通过构建韦恩图,得到枸杞子-AD共同靶点,运用STRING数据库构建二者靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并且运用Cytoscape 3.8.0软件进行可视化处理,筛选关键基因,同时对药物-疾病共有靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）,并使用AutodockTools1.5.6进行分子对接,验证靶点与小分子的结合度。结果：通过筛选,共得到121个枸杞子-AD共有靶点,41个关键靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6等,GO分析发现,生物学过程主要与氧化应激、衰老等相关,KEGG通路分析富集在AGE-RAGE、HIF-1等信号通路。将靶点MAPK1与β-谷甾醇进行分子对接发现,结合活性较好。结论：本研究初步探讨了枸杞子治疗阿尔茨海默病的主要活性成分、相关靶点及其相关通路,发现其多成分、多靶点、多通路的特点,为后续实验验证提供了一定的参考和物质基础。     

基于网络药理学探讨平胃散治疗慢性浅表性胃炎的作用机制

目的基于网络药理学方法研究平胃散治疗慢性浅表性胃炎的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库筛选出平胃散的有效成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出慢性浅表性胃炎的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”的相互作用网络图和潜在靶点的相互作用关系,筛选出核心靶点,并进行分子对接验证。最后,对潜在靶点进行富集分析。结果挖掘出平胃散中42种活性成分、67个药物靶点,慢性浅表性胃炎630个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点25个,主要富集于43个生物过程和71条信号通路上。结论平胃散中的山柰酚、汉黄芩素、川陈皮素、厚朴酚等活性成分可能通过调节白介素6、丝裂原活化蛋白激酶8、半胱氨酸蛋白酶3等靶点调控TNF、p53等炎症信号通路,发挥抗炎抑菌等治疗作用。     

参白颗粒逆转胃低级别上皮内瘤变的网络药理学研究

目的：借助网络药理学方法分析参白颗粒逆转胃低级别上皮内瘤变的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）筛选药物有效成分和对应靶点,采用GEO数据库筛选胃低级别上皮内瘤变的相关靶点,确定药物作用靶点与疾病靶点的交集基因,并进一步构建参白颗粒“药物-成分-靶点-疾病”的调控网络;应用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用David数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共得到43个有效成分和334个相应靶点,疾病靶点2 472个,韦恩图筛选得到共同靶点50个;富集分析得到23个GO功能条目和10条KEGG信号通路。结论：参白颗粒主要通过参与氧化还原过程、细胞增殖、氧化应激反应、血管生成等生物学过程,以及癌症通路、神经活性配体-受体相互作用、花生四烯酸代谢和HIF-1信号通路等生物学通路发挥治疗作用,这可能是参白颗粒逆转胃低级别上皮内瘤变的重要作用机制。