快速筛选高纯合度天麻PCR-RFLP鉴定方法

目的 建立一种快速筛选高纯合度天麻种质材料的方法，为其纯系育种和杂交育种奠定基础。方法 以本课题组前期天麻全基因组测序和群体重测序为基础，利用单核苷酸多态性（SNP）位点开发20个限制性内切酶片段长度多态性（RFLP）标记，并采用聚合酶链式反应（PCR）-RFLP法对15份天麻种质的20个RFLP标记进行限制性内切酶实验，根据20个RFLP标记位点酶切条带数目，计算15份天麻种质的纯合度，进而对天麻种质纯合度进行评估；在此基础上，利用基因组重测序技术对评估结果进行验证。结果 利用PCR-RFLP法筛选获得10份纯合度>95%的种质材料，其中3份种质材料的纯合度为95%，7份种质材料的纯合度为100%；利用基因组重测序法筛选获得9份纯合度>95%的种质材料，其中8份种质材料与PCR-RFLP法检测结果一致。结论 该文所建立的用于筛选高纯合度天麻种质的PCR-RFLP法精确度为80%，准确率为89%。该方法实验操作简便、检测效率高，且成本显著低于基因组重测序技术，为天麻纯系育种提供了技术支撑，也为其他中药材品种选育研究提供了借鉴。     

川芎基因组survey测序及其特征分析

目的 利用流式细胞术和高通量测序技术,对川芎Ligusticum chuanxiong基因组大小和特征进行分析,为川芎全基因组精细测序和分子机制研究奠定基础。方法 以已知基因组大小的绿豆和陆地棉作为内标植物,用流式细胞术估算川芎基因组大小。利用高通量测序技术对川芎基因组进行survey分析,测算出川芎基因组大小、重复序列、杂合率和GC含量等,利用生物信息学对基因组进行预测、注释和基因家族鉴定。结果 估算出川芎基因组大小约为3058.37Mb,重复序列为79.79%,杂合率约2.16%,GC含量为36.32%,川芎基因组呈现高重复、高杂合、基因组庞大等特征。共预测到34864个基因,有30 737个基因在功能数据库中被注释,有53个基因注释到阿魏酸合成过程中。初步鉴定到2058个特异基因家族,2001个单拷贝基因。结论 初步获得了川芎基因组大小、基因组特征、功能基因及基因家族等信息,为进一步川芎全基因组精细测序提供了参考,为阐明川芎阿魏酸等药效成分生物合成提供了基因资源。     

肇实转录组测序及生物信息学分析

目的:利用高通量测序技术分析肇实转录组信息。方法:采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对肇实植株的叶片和叶柄进行混合转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释和遗传标记开发。结果:通过测序和分析,共得到54 088 858个原始Reads,总长8 113 328 700 bp,经过滤、除杂后得到52 831 334个Clean Reads,总长7 285 427 215 bp。肇实转录组中GC含量49.71%,通过de novo组装并去冗余,获得190 889个Unigenes,N50为541 bp。与九大功能数据库比对和分析,共有89 555条约46.91%的Unigenes获得信息注释,其中3 288条基因在9个数据库中均能注释。在GO功能注释分为3大类,分别为20、26、22亚类(共68个亚类);在KEGG数据库中共发现216条代谢通路;KOG中按功能分为25个子类,获得49 976个功能注释信息。共检测到55类、24 917个植物转录因子;根据组装结果,共检测到44 584个SNP位点,7 386个InDel。结论:肇实转录组数据量大,遗传信息丰富,本研究可为深入解析肇实遗传背景、开展其功能基因组分析、分子标记开发、代谢组学研究提供参考,为肇实的综合利用与保护打下基础。     

基于PacBio测序的对叶百部叶绿体基因组结构及系统发育分析

目的：获得对叶百部Stemona tuberosa高质量叶绿体基因组信息,明确其结构、序列特征,同时确定对叶百部的系统发育地位。方法：采用Illumina NovaSeq 6000和PacBio RSⅡ平台对对叶百部分别进行建库测序,利用生物信息软件将2个测序平台的数据进行混合组装和碱基校正,最终获得高质量叶绿体基因组,随后对其序列特征、重复序列、基因多样性和系统发育进行分析。结果：对叶百部叶绿体基因组大小为154 379 bp,叶绿体基因组结构为典型环状四段式,1对27 074 bp的反向重复区（IR）,1个大小为17 924 bp的小单拷贝区（SSC）和1个82 307 bp的大单拷贝区（LSC）,平均鸟嘌呤和肥嘧啶所占的比率（GC）含量为37.86%;共注释得到121个基因,包括30个tRNA基因,4个rRNA基因和87蛋白编码基因,其中6个tRNA基因和12个蛋白质编码基因中存在内含子;对叶百部叶绿体基因组中共发现49个长重复序列和59个单核苷酸简单重复序列（SSR）;4个百部属的叶绿体基因组比较分析表明ycf1和ndhF基因具有高度多样性;基于叶绿体基因组构建的系统发育树与对...     

莲NnOMT和NnNMT基因家族的鉴定与分析

目的 莲苄基异喹啉生物碱（BIAs）的生物合成途径的解析具有重要的理论和经济价值，为了更好地促进莲BIAs生物合成途径的解析，本研究对莲氧甲基转移酶（NnOMT）、莲氮甲基转移酶（NnNMT）基因家族进行鉴定和生物信息学分析。方法 在莲全基因组的基础上，利用UniPort、美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库对莲NnOMT、NnNMT基因家族进行鉴定，分析其理化性质及亚细胞定位。利用TBtools、MEME、MEGA 11.0、FigTree 1.4.4等工具对前期鉴定出的NnOMT、NnNMT基因的系统发育、序列特征、基因结构、功能注释、顺式作用元件等进行分析。结果 共鉴定出61个莲NnOMT、NnNMT基因，编码的氨基酸数目介于168~580 aa，等电点范围为4.76~9.16，相对分子质量为18 699.52~64 934.53 Da，大部分表现为酸性且多为亲水蛋白，含有10个保守基序；京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析共富集到12个通路，包括新陈代谢、异喹啉生物碱生物合成、苯丙烷的生物合成等；基因本体（GO）富集结果可视化显示，61个莲NnOMT、NnNMT基因共注释到32个类别，其中包括16项分子功能，如谷氨酸合成酶还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）活性、外肽酶活性，以及16项生物过程，如四氯化碳代谢过程、厌氧四氯化碳代谢过程、对外源生物刺激的反应。在莲NnOMT、NnNMT基因的启动子区存在多种顺式作用元件，主要为启动子和增强子区响应元件、光响应和茉莉酸甲酯响应元件。结论 该研究基于莲的基因组数据对61个莲NnOMT、NnNMT基因进行了全面的生物信息学分析，为莲NnOMT、NnNMT基因家族的基因结构和功能研究奠定了基础，并为莲BIAs的生物合成途径解析提供了参考。     

藜芦属药用植物的叶绿体基因组比较分析和系统发育研究

目的 以藜芦属药用植物蒙自藜芦Veratrum mengtzeanum、大理藜芦V. taliense、狭叶藜芦V. stenophyllum和毛叶藜芦V.grandiflorum为材料,对其叶绿体基因组进行组装和序列分析。方法 采用高通量测序技术对4种植物叶绿体基因组进行测序,并且使用NOVOPlasty和GeneiousR11软件分别组装和注释序列,在此基础上进行基本结构和系统发育分析。结果 藜芦属4种植物叶绿体基因组具有典型的环状四分体结构,全长151 875～153 711 bp,总GC含量37.7%～37.8%。藜芦属叶绿体基因组均注释到135个基因,其中蛋白质编码基因83～84个,r RNA基因8个和t RNA基因38个。通过比较发现,4种植物IR区边界未出现明显的扩张或收缩;毛叶藜芦叶绿体基因组序列较保守,变异位点少;蒙自藜芦、大理藜芦和狭叶藜芦序列变异较大,种间差异较小;此外,在一个大单拷贝区（large single copy region,LSC）和小单拷贝区（small single copy region,SSC）区筛选到13个高变片段。系统发育研究表明,毛叶藜...     

千里香杂合度PCR-RFLP快速评估方法的建立

目的 建立一种快速评估千里香种质材料杂合度的方法，为制定千里香的优异种质繁育策略和促进种质创新提供依据。方法 以65株千里香重测序数据为基础，检测并筛选单核苷酸多态性（SNPs），利用其中20个SNP位点，通过自编脚本将其转化为限制性内切酶片段长度多态性（RFLP）标记；采用聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性（PCR-RFLP）法对12份千里香种质的20个RFLP标记进行检测，根据RFLP标记位点酶切片段数目计算千里香种质的杂合度；采用plink软件计算12份千里香种质的全基因组杂合度，并比较不同种质杂合度评估方法得到的结果。结果 PCR-RFLP法和基因组重测序法计算的杂合度间差异无统计学意义。利用PCR-RFLP法筛选获得了8份杂合度<30%的种质材料，利用基因组重测序法筛选获得9份杂合度<30%的种质材料，2种方法计算杂合度均<30%的种质材料共7份。结论 该文建立了千里香种质杂合度评估的PCR-RFLP法，其精确度为87.5%，准确率为77.8%，该法可为其他药用植物种质杂合度评估方法研究提供借鉴。     

基于SNP位点鉴定藏菖蒲及其近缘种

目的：采用DNA条形码技术和SNPs技术,快速准确鉴定藏菖蒲及其近缘种、混伪品。方法：提取藏菖蒲及其近缘种的全基因组DNA,扩增内部第二转录间隔区（internal transcribed spacer 2,ITS2）并测序,测序结果用CodonCode Aligner 4.2.7拼接;基于隐马尔科夫模型（Hidden Markov Model,HMM）注释ITS2,采用MEGA5.1进行序列比对,SNP位点查找、种内主导变异分析和系统进化树构建。结果：通过对藏菖蒲同属近缘种的96条ITS2序列进行分析,发现第23位和212位存在稳定的SNP位点,可准确鉴定藏菖蒲;藏菖蒲ITS2序列的种内变异很小,仅在158位存在一个多拷贝位点。结论：该方法快速、准确、特异性强,可用于藏菖蒲的鉴定。     

基于ITS2序列的乌头属药材分子鉴定及亲缘关系分析

目的 应用核糖体基因内转录间隔区（ITS）2序列对乌头属12种药材进行DNA条形码（DNA barcoding）分子鉴定，并确定其亲缘关系。方法 收集乌头属12种药材共计30份，运用离心柱型植物基因组试剂盒的方法提取DNA、使用ITS2序列通用引物进行聚合酶链式反应（PCR）扩增、电泳检测后双向测序，应用CodonCode Aligner 17.0软件对测序序列和峰图进行校对拼接，利用MEGA 7.0软件进行序列变异分析，采用ITS2 Database在线工具预测其二级结构，使用邻接法（NJ）构建系统聚类树。结果 乌头属12种药材ITS2序列长度为220~221 bp，鸟嘌呤和胞嘧啶（GC）平均含量为64.09%；变异位点共140个，信息位点共137个，保守位点共81个，种内遗传距离（K2P）小于种间K2P；在ITS2序列二级结构和NJ聚类分析中，花葶乌头、西伯利亚乌头和高乌头的亲缘关系接近，其他9种药材的亲缘关系接近，其中华北乌头和阴山乌头的亲缘关系更为接近。结论 ITS2序列在乌头属12种药材分子鉴定及确定亲缘关系方面具有较好的应用价值，为民族药的资源保护、开发应用方面提供新的思路、技术和方法。     

赤芝全基因组SSR位点的筛选及种质资源遗传多样性分析

目的:基于赤芝全基因组序列开发SSR标记,研究其种质资源遗传多样性,为赤芝种质资源品种鉴定和分子育种提供理论基础。方法:利用60对SSR引物,对26份不同来源的赤芝菌株进行扩增以筛选出具有多态性的位点;采用毛细管电泳对其进行基因分型,并分析菌株间的遗传多样性。结果:60对引物中,筛选出24个有多态性条带的SSR位点。共扩增出269个多态性条带,平均每个SSR位点增出11.20个多态性条带;检测出150个等位基因,平均检测出6.23种基因型;各引物的多态信息含量(PIC)为0.57～0.91,平均为0.81;遗传一致性和遗传距离变异范围分别为0.28～0.95和0.06～0.73;聚类分析结果分析可以很好的反映出各个菌株间的亲缘关系,在遗传距离系数0.17处可分为4大类,部分来自同一地区的菌株材料分散于各个分支,未体现明显地域性,说明菌株的遗传背景复杂,多态性高。结论:筛选出的24个赤芝SSR位点,可以用于赤芝菌株资源遗传多样性分析,为赤芝优良品种的引种及选育提供理论基础。     

Ganoderma lucidum polysaccharides: immunomodulation and potential anti-tumor activities

Ganoderma lucidum (G. lucidum), a basidiomycete white rot fungus, has long been prescribed to prevent and treat various human diseases, particularly in China, Japan, and Korea. Several classes of bioactive substances have been isolated and identified from G. lucidum, such as triterpenoids, polysaccharides, nucleosides, sterols, and alkaloids, among others. This paper examines the potential role of G. lucidum polysaccharide (GLPS) in tumor therapy and the possible mechanisms involved. Both in vitro and in vivo studies suggested that the anti-tumor activities of GLPS are mediated by its immunomodulatory, anti-angiogenic, and cytotoxic effects. GLPS affects immune cells and immune-related cells including B lymphocytes, T lymphocytes, dendritic cells, macrophages, and natural killer cells. In addition, recent data also suggest that GLPS suppresses tumorigenesis or inhibits tumor growth through direct cytotoxic effect and anti-angiogenic actions. However, many questions still need to be answered before both G. lucidum and GLPS can be widely accepted and used as anti-tumor agents.     

赤芝子实体的化学成分研究

目的 研究赤芝子实体的化学成分.方法 应用多种色谱方法进行分离和纯化,通过1H,13C-NMR 和MS 等波谱技术确定化合物的结构.结果 从赤芝子实体中分离得到8个化合物,分别被鉴定为:灵芝醇B(ganoderiol B,1)、灵芝酸A (ganoderic acid A,2)、赤芝酸A(lucidenic acid A,3)、灵芝萜酮二醇(ganodermanondiol,4)、 3,7,11,15,23-5O-5α-羊毛甾-8-烯-26烷酸(3,7,11,15,23-pentaoxo-5α-lanosta-8-en-26- oic acid,5)、麦角甾-7,22-二烯-3β-醇十五烷酸酯(ergosta-7,22-dien-3β-ol- pentadecanoate,6)、麦角甾-7,22-二烯-3β-醇(ergost a-7,22-dien-3β-ol,7)及正二十六烷酸(n-hexacosanoic acid,8).结论 其中化合物8为从该植物中首次分离得到.     

灵芝醇溶酸性组分的制备工艺与检测方法研究

目的 :研究灵芝子实体中醇溶酸性组分 (ethanol solubleandacidiccomponents ,ESAC)制备工艺 ,并建立一种定量测定EASC含量的方法。方法 :灵芝精粉用无水乙醇浸泡 ,碱提酸化和氯仿萃取得ESAC组分 ;利用ESAC与浓硫酸的特征性颜色反应进行定量测定。结果 :1 0 g级ESAC较优的制备工艺为 :灵芝精粉与无水乙醇的投料比 1 (g)∶1 5(mL) ,浸提时间 24h ,饱和NaHCO₃溶液和氯仿萃取量分别为 1300mL ,分 3次萃取。ESAC定量测定条件为 :样品量 1g ,溶剂 15mL ,浸泡 0.5h ,50%H₂SO4 乙醇溶液 ,100℃水浴加热 3min ,测定 490nm处光吸收值。结论 :本文提供的ESAC制备的工艺路线 ,具有设计合理、操作简便的特点 ,建立的ESAC含量的测定方法可以用于灵芝相关产品的质量鉴定。     

Germplasm resources and secondary metabolism regulation in Reishi mushroom (Ganoderma lucidum)

Ganoderma lucidum is a valuable medical macrofungus with a myriad of diverse secondary metabolites, in which triterpenoids are the major constituents. This paper introduced the germplasm resources of genus Ganoderma from textual research, its distribution and identification at the molecular level. Also we overviewed G. lucidum in the components, the biological activities and biosynthetic pathways of ganoderic acid, aiming to provide scientific evidence for the development and utilization of G. lucidum germplasm resources and the biosynthesis of ganoderic acid.     

灵芝对小鼠SOD活性、丙二醛和脂褐素含量的影响

目的　本文研究灵芝对小鼠的生理作用。方法　小鼠 30只 ,分为 3组 ,按灵芝生药 5 g/ kg· bw、10g/ kg· bw剂量的水煎液和蒸馏水连续灌胃 16 d后 ,测定了肝脏中 SOD活性、肝和心肌组织中丙二醛和脂褐素的含量。结果　灵芝能明显提高小鼠肝脏中 SOD活性 ,极显著降低小鼠肝和心肌组织中丙二醛的含量 ,显著减少小鼠肝组织的脂褐素的含量。结论　灵芝具有明显抗衰老作用。     

基于UPLC-Q-TOF-MS技术的霍山野生及栽培赤芝的代谢组学分析

目的:通过对霍山野生赤芝(HW)、仿野生赤芝(HI)和栽培赤芝(HC)的差异性研究,为进一步评价野生、仿野生和栽培的赤芝质量提供参考。方法:采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱法(UPLC-Q-TOF-MS)对HW、HI和HC进行代谢物测定,采用主成分分析(PCA)和正交偏最小二乘-法判别分析(OPLS-DA)等多变量统计分析方法进行HW和HC代谢组学分析,并对差异代谢物定性鉴定。结果:PCA结果显示,HW和HI、HC在t[2]主成分方向区分明显,差异大;HI与HC差异较小。OPLS-DA结果表明,HW中灵芝酸C2、灵芝酸D、灵芝酸A含量显著高于HC;而HC中赤芝酸A、赤芝酸E2和赤芝酸D 3种成分含量显著高于HW。结论:通过对霍山野生赤芝和霍山栽培赤芝的差异性分析,并对差异性化合物进行了定性研究,从而为野生和栽培的赤芝的品质鉴别提供参考。     

光质对灵芝生长及抗氧化酶系统的影响

目的 以飞船搭载的灵芝Ganoderma lucidum菌株为材料,研究不同光质对灵芝生长形态及抗氧化酶活性的效应,找出适于灵芝生长的最佳光质,为光质选择提供理论依据.方法 栽培灵芝时进行不同光质处理,在灵芝不同生长发育时期观测其形态变化,并测定抗氧化酶体系中主要酶活性.结果 不同光质处理的弹孢前期灵芝菌盖厚度与菌盖表面环纹数与对照差异显著.不同光质处理对灵芝子实体产量和灵芝孢子粉产量均有影响.红色、蓝色光质处理提高了过氧化物酶( POD)、过氧化氢酶(CAT)活性.蓝色光质处理提高了可溶性蛋白量,并且使丙二醛(MDA)在生长末期保持相对较低水平,从而延缓了灵芝子实体衰老.绿色、黄色光质抑制了抗氧化酶活性,导致灵芝子实体可溶性蛋白量下降及MDA量上升,加速了灵芝子实体的衰老过程.结论 蓝色光质可以使灵芝子实体维持较高的抗氧化酶水平,促进可溶性蛋白合成,从而增强灵芝代谢,延缓灵芝衰老.     

参类产品国际贸易竞争力研究

研究联合国COMTRADE数据库中参类产品贸易的相关数据,对参类产品的国际贸易整体情况进行分析。中国、韩国、加拿大、美国不仅是参类产品的生产市场,还是参类产品的主要消费市场,中国香港以转口贸易为主,也是参类产品的重要消费市场。上述4个国家和中国香港在参类产品的国际贸易中具有决定性的作用。利用贸易专业化系数(TSC)、国际市场占有率(IMS)、显示性比较优势(RCA)、显示性竞争优势(CA)指标对2007—2015年上述4个国家的参类产品贸易情况进行了研究,分析了其贸易竞争力的状况。结果显示,加拿大在4个国际贸易竞争力评价指标中除TSC均值略低于韩国外,其余3个指标的平均值均以绝对优势排名第1;韩国TSC均值第1,RCA、CA指标的平均值排名世界第2;中国除IMS排名第2位外,其他3个指标均位于世界第3;美国4个指标均排在最后1位。     

医药日化领域植物提取物的日韩专利态势分析

选择德温特创新索引为专利数据源,检索1994—2022年在日本和韩国公开的德温特手工代码为B04-A10（植物提取物）且国际专利分类为A61（医学、卫生学）的专利,得到日本专利19 874件、韩国专利25 214件,并从专利申请趋势及同族专利分布、专利申请人及其合作网络、企业的技术聚焦、专利主题词分析4个方面进行分析与可视化。日韩在植物提取物的专利规模大致相当;日本的国际化程度较高但近年申请专利数量逐渐减少,申请者以企业为主;韩国近几年的植物提取物专利势头正旺,申请者以大学和研究院所居多;日本更侧重于植物提取物在化妆品、护肤品等日化产品的创新研发,而韩国更侧重于医药配制品等药用领域的创新研发。通过对两国医药日化领域植物提取物的新兴企业和前沿主题词的分析,为我国的相关专利技术研发和创新提供参考。