基于整合药理学平台的柴胡-黄芩药对抗抑郁的分子机制研究

小柴胡汤为中医经典方药,现代研究证明其对抑郁症的疗效确切。但由于中药复方的复杂性,其抗抑郁症的药理学机制难以明晰。柴胡-黄芩是小柴胡汤核心配伍,该研究以柴胡-黄芩为研究对象,借助整合药理学平台,对其治疗抑郁症的分子机制进行研究探讨。对柴胡-黄芩药对预测共得到116个活性成分,其中柴胡62个,主要为柴胡皂苷类、酸类、醇类等;黄芩54个,主要为黄酮类和苷类。其抗抑郁作用涉及118个核心靶标,其中包括22个直接靶标,如五羟色胺受体(HTR2C),转录激活因子1,2(ATF1,ATF2),δ型阿片受体(OPRD1),μ型阿片受体(OPRM1),κ型阿片受体(OPRK1),肌醇单磷酸酶1(IMPA1),Toll样受体4(TLR4),组胺H1受体(HRH1),神经营养因子酪氨酸激酶受体1(NTRK1),糖原合成酶激酶-3β(GSK3β)等;其抗抑郁作用涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、转录因子的结合、细胞质、转录调控DNA模板、酶结合、内分泌系统、神经系统、神经营养因子信号通路、细胞生长和死亡、信号转导分子、甲状腺激素信号传导通路等相关生物过程和代谢通路。该研究为进一步研究该药对抗抑郁作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学分析厚朴抗抑郁的物质基础及其作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨厚朴抗抑郁的物质基础及作用机制。方法:通过中国知网,Sci Finder,中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)等数据库收集厚朴药材的主要化学成分;通过BATMAN-TCM数据库筛选出药物成分潜在作用靶标;基于HPO数据库筛选出抑郁疾病相关靶标;采用String数据库对药物成分潜在靶标与抑郁症靶标进行蛋白质相互作用分析,筛选抗抑郁化学成分及其相关靶点,并通过David数据库对其结果进行功能富集分析。基于以上结果,采用Cytoscape v3. 5. 1软件网络化展现厚朴抗抑郁的"药物靶标-疾病靶标""化学成分-靶标-信号通路"的网络关系图,并通过网络拓扑分析从中筛选出关键靶标并对其进行"成分-靶标蛋白"的分子对接验证,进一步明确关键抗抑郁成分及其靶点。结果:从厚朴收集得到的138种化学成分中筛选得到16个与抑郁症相关的活性成分,涉及74个关键作用靶标;分子对接分析结果表明,与其他成分相比,16种活性成分中的α-衣兰油烯等10种挥发性成分与"药物靶标-疾病靶标"相互作用网络图中的5种关键靶标(degree排名前5)胰岛素受体(INSR),丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α抑制3(GNAI3),磷脂酰肌醇3-激酶受体1(PIK3R1),选择性受体B1(GNB1)均具有较好的结合活性;并且该类成分与目前治疗抑郁症化药的直接靶标毒蕈碱型乙酰胆碱受体M2(CHRM2),5-羟色胺受体(HTR) 2B和HTR2C也均具有较好的亲和活力;通路富集分析结果表明厚朴抗抑郁作用可能通过调节神经营养因子信号通路,MAPK信号通路,钙离子信号通路,神经活性配体-受体相互作用等发挥作用。结论:该研究从网络药理学的角度初步揭示了厚朴抗抑郁的药效物质基础及作用机制,筛选得到16个与抑郁症相关的活性成分,可为抗抑郁药物的开发以及厚朴抗抑郁质量标志物的发现提供参考。     

基于整合药理学的越鞠丸“异病同治”研究

中药经典方剂越鞠丸具有理气解郁,宽中除满的功效,现用于抑郁症和胃肠道相关疾病的治疗。该文采用整合药理学的研究方法,对越鞠丸治疗抑郁症和胃肠道功能紊乱的作用靶标、信号通路进行预测,并探讨该方"异病同治"的分子机制。首先通过Human Phenotype Ontology数据库收集疾病靶标,得到抑郁症的疾病相关靶标共计201个,胃肠道功能紊乱相关靶标共计474个,两者共同靶标95个。其次用整合药理学平台进行药物靶标、GO功能、KEGG通路、核心靶标网络和中药-成分-关键药靶-通路网络的预测和分析,得到ATP1A1,KRAS,PRKAA1等关键靶标,并富集到神经元凋亡过程(neuron apoptotic process)、神经营养因子信号通路(neurotrophin signaling pathway)、5-羟色胺能突触(serotonergic synapse)、一氧化氮合酶活性调节(regulation of nitric-oxide synthase activity)以及胆汁分泌(bile secretion)、胃酸分泌(gastric acid secretion)等与抑郁症和胃肠道功能紊乱相关的功能和通路,最终推测5-羟色胺能突触、一氧化氮合酶活性的调节可能是抑郁症和胃肠道功能紊乱的共同过程。该文基于整合药理学分析方法整体认识越鞠丸的作用特点,有助于阐明其对于抑郁症和胃肠道功能紊乱异病同治的作用机制。     

基于网络药理学的百合抗抑郁作用机制研究

目的：采用网络药理学方法探究百合抗抑郁的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN等在线数据库并结合文献调研，构建百合成分数据库；通过SwissTargetPrediction平台预测各成分潜在作用靶点，构建“成分-靶点”网络；以抑郁症为背景从GeneCards、OMIM、DrugBank数据库获得疾病靶点；通过与百合各成分靶点比对获得百合及抑郁共有靶点；采用Cytoscape构建百合抗抑郁的“成分-靶点-通路”网络，并进行KEGG通路富集分析。结果：通过网络药理学方法筛选得到百合发挥抗抑郁作用的16个生物活性成分，这些成分可作用于88个抑郁症相关的靶标。其中百合皂苷可能是其抗抑郁主要活性成分。百合可通过多靶点（STAT3、AKT1、JUN、VEGFA、TNF、APP、MAPK14、ESR1、AR和HSP90AA1等）参与小胶质细胞激活或衰减及雌激素水平的调节发挥抗抑郁作用，其中晚期糖基化终末产物（AGE）/晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、鞘脂信号通路、C型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路可能是其抗抑郁关键途径。结论：预测了百合抗抑郁的活性成分和潜在靶点，为百合及其复方抗抑郁机制研究提供参考。     

基于整合药理学的越鞠丸“异病同治”研究北大核心CSCD

中药经典方剂越鞠丸具有理气解郁,宽中除满的功效,现用于抑郁症和胃肠道相关疾病的治疗。该文采用整合药理学的研究方法,对越鞠丸治疗抑郁症和胃肠道功能紊乱的作用靶标、信号通路进行预测,并探讨该方＂异病同治＂的分子机制。首先通过Human Phenotype Ontology数据库收集疾病靶标,得到抑郁症的疾病相关靶标共计201个,胃肠道功能紊乱相关靶标共计474个,两者共同靶标95个。其次用整合药理学平台进行药物靶标、GO功能、KEGG通路、核心靶标网络和中药-成分-关键药靶-通路网络的预测和分析,得到ATP1A1,KRAS,PRKAA1等关键靶标,并富集到神经元凋亡过程（neuron apoptotic process）、神经营养因子信号通路（neurotrophin signaling pathway）、5-羟色胺能突触（serotonergic synapse）、一氧化氮合酶活性调节（regulation of nitric-oxide synthase activity）以及胆汁分泌（bile secretion）、胃酸分泌（gastric acid secretion）等与抑郁症和胃肠道功能紊乱相关的功能和通路,最终推测5-羟色胺能突触、一氧化氮合酶活性的调节可能是抑郁症和胃肠道功能紊乱的共同过程。该文基于整合药理学分析方法整体认识越鞠丸的作用特点,有助于阐明其对于抑郁症和胃肠道功能紊乱异病同治的作用机制。     

基于网络药理学原理的黄芪-金银花药对干预急性呼吸窘迫综合征的分子机制研究

[目的]基于网络药理学原理,探讨课题组前期实验有效方益气化瘀解毒方核心药对黄芪-金银花干预急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的分子通路及作用机制。[方法]应用整合药理学平台对黄芪、金银花化学成分及ARDS疾病候选靶标进行收集,根据结构相似性原理选取相似性分数≥0. 8的所有药物靶标作为"黄芪-金银花"药对的潜在作用靶标,建立药物候选靶标信息数据库,通过该平台的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI)数据库,获得"黄芪-金银花"药对作用的潜在靶标与ARDS疾病靶标之间的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI),通过网络分析,构建"中药-核心成分-关键靶标-主要通路"的可视化网络图,进一步明确中药干预疾病的作用机制。[结果]黄芪-金银花药对共预测得到76个活性成分,其中黄芪化合物成分29个,金银花化合物成分47个。其干预ARDS作用涉及的前100个核心靶标中已知治疗ARDS的直接靶标(known disease target)78个,潜在药物靶标(putative drug target)3个,共同靶标(common target)2个;其干预ARDS的作用涉及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、神经营养因子信号转导通路、细胞生长与死亡等相关生物过程和代谢通路。[结论]黄芪-金银花药对主要活性成分可针对多个靶点、多条通路发挥干预ARDS的作用,其作用与TSC1、NSDHL、GRB2、MYC、MAP2K等关键靶标及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、MAPK信号通路和PI3K-AKT信号通路等有关。     

基于网络药理学及分子对接技术的小柴胡汤抗抑郁的作用机制研究

目的 基于网络药理学及网络对接技术探究小柴胡汤抗抑郁的作用机制,建立小柴胡汤-体内作用靶标-疾病的网络作用关系图。方法 基于网络药理学技术对小柴胡汤的入血成分进行分析,预测小柴胡汤方剂抗抑郁的体内作用靶标,并通过网络对接技术明晰和验证成分与靶标的结合位点,可视化成分-靶标-疾病及结合过程。阐明小柴胡汤抗抑郁的作用机制。结果 通过文献和数据库检索初步确定黄芩苷和黄芩素两个入血成分在体内的行为良好,具有成为有效成分的可能。经过分子对接及筛选获取3个与抑郁症相关的体内直接作用靶标,分别为γ-氨基丁酸A受体、γ-氨基丁酸C受体拮抗剂和5羟色胺释放抑制剂,经代谢通路富集分析可知,小柴胡汤主要涉及神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺突触等生物过程。结论 本研究初步从网络药理学角度揭示了小柴胡汤体内相关作用靶标及代谢通路,为进一步研究小柴胡汤抗抑郁的药效物质基础及作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学探讨附子-细辛对高血压病的作用机制

目的:基于网络药理学研究附子-细辛对高血压病的作用机制.方法:运用TCMSP数据库挖掘出附子-细辛的有效成分及药物预测靶点,采用5个生物信息数据库检索出高血压病的疾病预测靶标,构建药物靶点-疾病靶标交集,使用Cytoscape生物信息分析软件绘制"成分-靶点-疾病"中药调控网络,基于STRING数据库构建"药物-疾病"相关靶点的蛋白互作网络(PPI),并对其进行GO和KEGG的生物信息学分析.结果:通过生物利用度和类药性筛选得到附子-细辛的有效成分29个,对应药物靶点1807个,高血压病的疾病靶标8505个,构建的药物靶点-疾病靶标交集80个.与高血压病密切相关的GO富集条目91个,KEGG信号通路123条,主要涉及流体剪切应力与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、PI3K-Akt信号通路等.结论:附子-细辛药对与高血压病密切相关,能够通过一条或多条通路协同发挥药效作用,考虑其可能是通过干预血液的流体剪切应力影响动脉粥样硬化与心血管重塑再生而实现的.     

基于整合药理学策略分析小儿扶脾颗粒对功能性消化不良的精准应用

通过整合药理学研究策略,预测小儿扶脾颗粒治疗功能性消化不良(FD)的作用靶标和信号通路,探讨其可能的作用机制。通过DISEASES和Uni Prot数据库收集疾病靶标信息,利用整合药理学平台预测中药化学成分、靶标、蛋白基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,构建小儿扶脾颗粒治疗FD的候选靶标关键网络和"中药-化学成分-核心靶标-关键通路"网络。预测潜在作用靶标2 882个,候选靶标通路信息96条,预测得到β-1,4-半乳糖基转移酶(β-1,4-Gal T)亚型(B4GALT4,B4GALT2,B4GALT1),磷酸化蛋白激酶C亚性D型(PRKCD),腺苷酸环化酶2(ADCY2)等关键靶标。富集得到神经系统、内分泌系统、甲状腺激素信号通路、长时程抑制作用等与FD相关的通路,预测小儿扶脾颗粒治疗FD是通过调节胃肠激素、抗抑郁、调节神经和内分泌系统来发挥疗效的,为该药物的临床精准应用及定位提供了依据,同时有助于阐明该药物的作用机制。     

基于网络药理学探讨桔梗-苦杏仁与肺癌相关分子机制

目的:基于网络药理学方法筛选桔梗-苦杏仁药对中的活性成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,构建多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,进一步探究其治疗肺癌的可能作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集桔梗-苦杏仁的活性成分及其对应的靶标。利用UniProt数据库和Genecards数据库获得桔梗-苦杏仁治疗肺癌的潜在靶标基因。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与桔梗-苦杏仁的活性成分进行分子对接。利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库,对桔梗-苦杏仁的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析。结果:共筛选得到桔梗-苦杏仁的14个活性成分,包括acacetin,cis-dihydroquercetin,spinasterol,licochalcone B,luteolin等,和103个作用靶标,包括诱导型一氧化氮合酶蛋白(NOS2),环加氧酶1蛋白(PTGS1),雄激素受体(AR),环加氧酶2蛋白(PTGS2),二肽基肽酶4(DPP4)等,主要涉及prostate cancer,small cell lung cancer,hepatitis B,T cell receptor signaling pathway等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了桔梗-苦杏仁治疗肺癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。     

基于网络药理学的葛根芩连汤治疗2型糖尿病的效应机制

目的:运用网络药理学分析方法探究葛根芩连汤(Gegen Qinliantang,GQT)治疗2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的潜在效应机制。方法:利用整合药理学平台(Computation Platform for Integrative Pharmacology of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)收集GQD中4味中药的化学成分及T2DM的相关靶点基因,并根据二维结构相似性特征筛选药物靶标;采用整合药理学平台在线Cytoscape技术构建核心靶标网络及"中药-成分-靶标-通路"多维网络;利用平台基因功能注释(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对核心靶标进行基因功能和通路的注释分析。结果:共收集葛根芩连汤234种成分,核心靶标175个;其中筛选得到的68个活性成分与蛋白激酶C-δ(PRKCD),葡萄糖激酶(GCK),细胞色素C氧化酶亚基(COX7C/COX5A/COX5B),ATP合成酶F1亚基(ATP5F1A/ATP5F1C),胰岛素受体(INSR)等22个主要蛋白具有强相互作用,主要涉及在内分泌系统,细胞生长与死亡,Fox O转录因子(Fox O)信号通路,脂肪细胞因子信号通路,胰岛素信号通路等多条通路。结论:本研究初步揭示了葛根芩连汤治疗2型糖尿病的效应机制,其机制多与抗炎、抗氧化应激、抗胰岛β细胞损伤、改善糖脂代谢和并发症等相关。     

基于整合药理学技术探讨养血安胎方改善复发性流产血栓前状态的分子作用机制

目的:基于中医药整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)探讨养血安胎方治疗复发性流产血栓前状态(RSAPTS)的分子机制。方法:通过TCMIP V2.0收集养血安胎方中药物化学成分及药物靶标,利用TCMIP V2.0收集RSA-PTS疾病靶标信息,并借助在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库补充和完善疾病靶标信息。构建药物与疾病核心靶标网络,并对核心靶标进行生物过程分析和通路富集分析,构建"中药-成分-靶标-通路"多维网络,对网络中主要化学成分进行了吸收、分配、代谢、排泄和毒性(ADMET)水平分析。结果:共收集养血安胎方中8味中药的310个化学成分和975个靶标信息,并获得了143个疾病靶标,药物和疾病靶标互作关系分析获得243个核心靶标,对前100位核心靶标分析结果显示,这些靶标主要作用于血液凝固、血小板活化、血管形成正调控、血小板聚集的调节和血管形成等与血栓形成相关的生物过程。通路分析显示这些靶标主要富集于补体与凝血级联反应、雌激素信号通路、血小板活化和甲状腺激素信号通路等通路。多维网络分析结合ADMET水平显示,养血安胎方中的益母草碱、儿茶酚、香草醛等14个成分可能通过影响凝血因子Ⅱ(F2),纤维蛋白溶酶原(PLG)和雌激素受体1(ESR1)来参与补体与凝血级联反应、血小板活化、甲状腺激素信号通路等,进而发挥对RSA-PTS的治疗作用。结论:养血安胎方中主要化学成分可能通过调节补体与凝血级联反应、血液凝固和血小板活化等生物过程来改善RSA-PTS。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学研究甘草-石榴皮复配抗紫外线致皮肤光损伤的保护作用机制

目的:应用网络药理学的方法及工具研究甘草-石榴皮复配的潜在协同保护皮肤光损伤作用机制,为中药复方现代化及新药创新发现提供依据。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库结合所查文献,获得甘草-石榴皮复配后的活性成分及所对应的靶标;将所得靶标输入蛋白质数据库(UniProt)中,查询靶标对应的基因名称。通过检索疾病相关网站CTD数据库,GeneCards数据库以及OMIM数据库,获取防晒相关靶标;通过在线String数据库分析作用靶标之间的相互作用关系,筛选出预测的核心作用靶标。利用DAVID数据库,进行预测靶标的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件做网络图;利用在线网站Draw Venn Diagram将疾病靶标与药物预测靶标之间的关系用Venn图呈现;利用R Studio软件绘制GO富集和KEGG通路富集分析图。通过GOLD软件进行活性成分与核心靶标之间的分子对接。结果:收集到甘草-石榴皮复配活性成分16个,包括甘草素、甘草苷、山柰酚、槲皮素等。主要涉及蛋白激酶B1(AKT1),白细胞介素(IL)-6,血管内皮生长因子A(VEGFA),肿瘤坏死因子(TNF),抑癌基因(TP53)这5个核心靶点,涉及乙型肝炎,癌症信号通路,弓形虫病,美国锥虫病,肿瘤坏死因子信号通路等通路发挥防晒作用。结论:该研究基于网络药理学的方法,初步探究了甘草-石榴皮复配后的皮肤光保护作用靶标与通路,进一步印证了中药多成分、多靶点治疗疾病的特点,为中药复方的现代化研究提供一定的科学思路。     

β-细辛醚抗凝血的网络药理学作用机制研究

目的利用网络药理学的方法分析β-细辛醚抗凝血的作用靶点及机制。方法通过TCMSP数据库、Swiss Target Prediction平台以及PharmMapper服务器预测出β-细辛醚可能的作用靶标。通过TTD、OMIM以及pharmgKB数据库检索凝血相关的靶点,找出两者的共有靶点即为β-细辛醚作用于凝血的直接靶点。使用Cytoscape 3.7.1下的插件BisoGenet 4.0.0,分别构建β-细辛醚和凝血相关靶点蛋白的PPI图,采用Merge功能得到两者的交集网络,随后对其进行拓扑分析,筛选出核心靶点蛋白,从中找出β-细辛醚的靶点,利用DAVID数据库对其进行GO注释和KEGG通路分析。结果β-细辛醚作用于凝血的直接靶点有3个,分别是APP、PTGS2、TBXAS1,间接靶点有TYK2、TGFBR1、HCK等26个。涉及癌症、感染性疾病、MAPK等相关生物过程和信号通路。在KEGG分析和GO富集分析中均涉及MAPK信号通路。结论β-细辛醚抗凝血的作用机制可能主要与MAPK信号通路有关。β-细辛醚可能对癌症相关凝血、感染性疾病相关弥漫性血管内凝血具有一定的作用。     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank, GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用DAVID 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。     

基于中药整合药理学平台分析黄连汤治疗胃炎的作用机制

目的:探讨黄连汤治疗胃炎的功效物质基础和可能的作用机制,为该复方的后续应用与研发提供参考。方法:利用中药整合药理学平台预测黄连汤治疗胃炎的主要活性成分和作用靶点,构建黄连汤成分靶标-疾病靶标网络,筛选关键节点进行通路富集分析,探索黄连汤多成分-多靶点-多通路治疗胃炎的可能作用机制。结果:黄连汤预测的175个活性成分与胃炎相关的538个关键靶标相互作用,通过趋化因子、雌激素和T细胞受体等信号通路参与幽门螺旋杆菌感染侵润、胃黏膜损伤、胃黏膜萎缩等胃炎发生与发展过程中病理环节的调控。结论:该研究初步揭示了黄连汤治疗胃炎的潜在活性成分及其可能的作用机制,为该方进一步的药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P＜0.05且靶点基因富集度＞10％)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P＜0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.     

基于整合药理学平台探究半夏白术天麻汤治疗高血压的分子机制

目的:探讨半夏白术天麻汤治疗高血压的分子机制。方法:综合利用中药整合药理学平台(TCM-IP)的中药方剂数据库、中药材数据库、中药成分数据库和疾病/症状靶标数据库的信息和分析功能,检索方中中药所含的化学成分信息,构建半夏白术天麻汤作用的潜在靶标和疾病靶标之间的相互作用网络,然后富集计算核心靶标,进行基因功能分析和通路分析,再进一步构建"中药材-化学成分-核心靶标-关键通路"多维关系网络。结果:对半夏白术天麻汤预测共得到90个活性成分,包括生物碱、核苷、黄酮、皂苷、有机酸等;涉及287个核心靶标,其中包括13个直接靶标,如腺苷酸环化酶,G蛋白偶联β1受体,葡萄糖激酶等;涉及神经系统、内分泌系统、循环系统、雌激素信号通路、趋化因子信号通路、促性腺激素释放激素信号通路等相关生物过程和信号通路。结论:半夏白术天麻汤通过调节神经递质浓度和活性异常、改善胰岛素抵抗、调节炎症因子的产生、抑制炎症反应等过程来发挥保护血管内皮细胞的药理作用,进而达到治疗高血压的临床疗效,为全面阐释该方的作用机制提供了参考。     

基于网络药理学的黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化作用机制探析

目的:运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonaryfibrosis,PF)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肾素-血管紧张素(RAS)通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、微小RNA信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等;参与炎性反应、氧化应激、细胞凋亡和血管新生等多种生物过程。结论:黄芪-水蛭药对通过多成分、多靶点、多通路协调整合地发挥抗PF的作用,为后续细胞和动物实验提供参考。