基于SNP双峰法的人参花 西洋参花 三七花及其混合物的快速鉴定

目的:建立人参花、西洋参花、三七花及两两之间混合物的快速鉴定方法。方法:收集市售人参花、西洋参花和三七花共计22份,获取样品内转录间隔区2(ITS2)序列。通过数据比对发现,在19~47 bp存在这3种花的单核苷酸多态性(SNP)位点,据此建立混合粉末的双峰法检测方法,判断混合物的物种组成。结果:市售22份商品的DNA条形码序列经BLAST鉴定均为正品,但经SNP位点分析发现,有2份西洋参花样品(S1和S7)SNP位点处出现双峰[胸腺嘧啶(T)/胞嘧啶(C)]、(C/T),判断掺杂有人参花。结论:SNP双峰法可以作为BLAST分析的补充手段,应用于混合物的鉴定,为花茶类产品的市场监管提供参考。     

多重位点特异性PCR鉴别人参、三七、西洋参掺杂

为建立一种能同时鉴别人参、三七、西洋参及其掺杂品的方法。通过分析人参属ITS,18S和matK序列,寻找特异性SNP位点设计引物,建立多重位点特异性PCR法,并对不同来源的人参、三七、西洋参样品进行扩增,根据特异性条带大小进行鉴别。在退火温度为60℃,循环数为35时,人参、三七和西洋参分别出现约250,500,1000 bp的特异性条带。该方法对于人参、三七、西洋参相互掺杂的混合样品,人参中掺杂三七或西洋参以及三七中掺杂西洋参或人参的检出限均为0.5%,对西洋参中掺杂人参的检出限为0.5%,掺杂三七的检出限为1%。表明建立的多重位点特异性PCR可用于人参、西洋参、三七的掺杂鉴定。     

基于ITS2条形码SNPs的人参和西洋参PCR-SSCP分子鉴别研究

目的:依据人参和西洋参ITS2条形码的专属性SNP鉴别位点,建立利用PCR-SSCP技术鉴别人参和西洋参的方法.方法:查找GenBank上已收录的人参和西洋参ITS2序列,进行比对分析,筛选人参和西洋参ITS2序列的专属性SNP鉴别位点,据此设计引物,采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对11个人参样品和10个西洋参样品进行分析,对PCR产物进行测序验证.结果:人参和西洋参样品的PCR-SSCP谱带与各自的对照药材谱带一致,人参和西洋参的PCR-SSCP谱带有显著差异;PCR-SSCP鉴别结果和经测序鉴别结果一致.结论:和测序法相比,PCR-SSCP方法快速、准确,可用于人参和西洋参药材的鉴定.     

中药材北沙参种子DNA条形码鉴定研究

目的：本研究旨在建立鉴定北沙参种子的新方法,确保药材生产种植中种质基原准确。方法：对北沙参不同产地种子经初步形态特征鉴定后,取单粒种子为一份样品,提取基因组DNA、PCR扩增、双向测序拼接获得ITS2序列,结合序列比对、变异位点分析,基于中药材DNA条形码鉴定系统（http://www.tcmbarcode.cn）,系统地完成种子样品的分子鉴定。结果：研究表明66份种子样品中,64份与《中国药典中药材DNA条形码标准序列》中北沙参序列特征一致,2份样品序列中各有一处SNP位点,为北沙参暂未发现过的遗传多样性信息,鉴定结果显示为北沙参。结论：DNA条形码技术能准确鉴定北沙参种子,并为中药材种子鉴定提供新方法,同时SNP位点的发现为后续研究北沙参品种多样性问题提供参考。     

基于ITS2的竹节参及其近缘物种和混伪品鉴定评估

目的对竹节参及其近缘物种和混伪品进行分子鉴定,为竹节参现代化鉴定提供科学依据和保证临床疗效与用药准确性。方法对竹节参样品进行ITS2基因片段扩增和正向测序,并从Gen Bank数据库下载竹节参、近缘物种和混伪品的ITS2序列,通过ITS2 database剪切最终共获得24个物种102条序列,使用DAMBE软件进行序列替代饱和度检测,利用MEGA 6.06软件进行比对、分析变异位点、计算GC含量、种内和种间遗传距离、构建NJ系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果竹节参ITS2序列长度均为230 bp,平均GC含量63.7%,ITS2序列平均遗传距离分析、NJ树、二级结构特征均显示竹节参与非同属混伪品和部分近缘物种(屏边三七、假人参、三叶参、野三七和越南人参)存在极大差异,能有效区分,而鉴定近缘物种西洋参、人参、三七、珠子参、羽叶三七、Panax assamicus、Panax variabilis和狭叶竹节参序列分辨率较低,具有一定局限性。结论 ITS2序列可作为鉴定竹节参与其非同属混伪品DNA条形码之一,对非同属混伪品鉴定分辨率极高,而对于鉴定其近缘物种的通用性仍有待考证,这为后续竹节参及其近缘物种种间遗传关系和亲缘关系鉴定、非同属混伪品鉴别区分和临床安全用药提供重要参考。     

溪黄草DNA 条形码鉴定研究

目的：研究DNA条形码技术在溪黄草药材品种鉴定中的适用性。方法：选取rbcL、psbA -trnH、matK 和ITS2 等4 个条形码标记,对41 份溪黄草药材样品（含溪黄草Rabdosia serra、线纹香茶菜R. lo原phanthoides 和纤花香茶菜R. ophanthoides var. graciliflora）进行DNA 提取、PCR 扩增及双向测序,对测序结果进行质量检查、人工校对和序列拼接获取标准碱基序列信息,通过比较序列获得成功率以及物种鉴定力（TaxonGap 法）,筛选适合溪黄草基原鉴定的DNA 条形码序列。结果：条形码序列获得成功率依次为rbcL（100%）、psbA -trnH（90.2%）、ITS2（87.8%）和matK（70.7%）;物种鉴定力方面,rbcL、psbA -trnH 和ITS2 等3条序列均可有效鉴定不同物种,但不适于分辨种下单位。结论：综合考察序列易得性和物种鉴定力,rbcL可作为溪黄草品种鉴定的首选条形码。     

基于ITS2序列的人参及同属易混品西洋参种子的分子鉴定

目的基于DNA条形码技术建立人参与西洋参种子的分子鉴别方法。方法采用生药鉴定方法研究其性状、显微特征,并结合DNA条形码技术,基于中药材DNA条形码数据库,通过ITS2序列比对、遗传距离比较和构建临接(NJ)系统发育树,对人参与西洋参的种子进行鉴别研究。结果人参与西洋参种子的种内遗传距离分别小于种间遗传距离,系统发育树图中各物种均聚为一支,来自9个产地的42份人参及西洋参的种子均为正品,且容易区分。结论基于ITS2序列DNA条形码技术可以快速、准确、有效地鉴别人参与西洋参种质资源。     

钩吻属植物及其易混品五指毛桃的DNA条形码比较分析

目的：对钩吻属植物钩吻和北美钩吻进行2种DNA条形码的碱基序列分析，结合药食同源品种五指毛桃构建系统进化树，为五指毛桃药材的真伪鉴定提供参考。方法：对钩吻、北美钩吻和五指毛桃样品进行内部转录间隔区2（ITS2）序列和psbA-trnH序列的扩增测序，比对分析2种DNA条形码扩增产物碱基组成、GC含量、差异位点的差异；通过构建Kimura 2-parameter（K2P）双参数模型计算和分析种内、种间遗传距离；基于邻接法构建系统进化树，分析ITS2序列和psbA-trnH序列的鉴定效率。结果：ITS2区和psbA-trnH区序列均可作为钩吻属植物与五指毛桃鉴定的DNA条形码序列。其中psbA-trnH区在钩吻属种间的碱基序列长度、种间变异位点数量均具有显著差异，系统进化树的聚类结果稳定性更强，比ITS2更适用于该属植物样本的鉴别。结论：psbA-trnH序列可作为钩吻和北美钩吻鉴定首选DNA条形码，ITS2序列可作为五指毛桃与钩吻属植物鉴定的首选DNA条形码。     

基于SNP位点鉴定藏菖蒲及其近缘种

目的：采用DNA条形码技术和SNPs技术,快速准确鉴定藏菖蒲及其近缘种、混伪品。方法：提取藏菖蒲及其近缘种的全基因组DNA,扩增内部第二转录间隔区（internal transcribed spacer 2,ITS2）并测序,测序结果用CodonCode Aligner 4.2.7拼接;基于隐马尔科夫模型（Hidden Markov Model,HMM）注释ITS2,采用MEGA5.1进行序列比对,SNP位点查找、种内主导变异分析和系统进化树构建。结果：通过对藏菖蒲同属近缘种的96条ITS2序列进行分析,发现第23位和212位存在稳定的SNP位点,可准确鉴定藏菖蒲;藏菖蒲ITS2序列的种内变异很小,仅在158位存在一个多拷贝位点。结论：该方法快速、准确、特异性强,可用于藏菖蒲的鉴定。     

黄精属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的：评价DNA条形码候选序列对黄精属药用植物的鉴定能力。方法：对44份黄精属样品应用通用引物扩增其叶绿体rbcL、matK、psbA-trnH及核ITS2和ITS序列,分析其种内种间变异和barcoding gap,应用BLAST和Nearest Distance方法计算物种鉴定效率。结果：ITS2和ITS序列通用引物扩增效率低,叶绿体matK序列获得率最低,rbcL最高,三条序列种内与种间变异均较小,无明显的barcoding gap。基于BLAST和Nearest Distance方法计算,三条叶绿体序列对黄精属药用植物的鉴定效率均较低。结论：DNA条形码候选序列psbA-trnH、matK及rbcL不适用于黄精属药用植物的鉴定,叶绿体全序列或通过叶绿体全序列筛选合适的DNA片段可能是该属药用植物分子鉴定的方向。     

6种人参属药材体外抗凝血活性与皂苷含量的相关性研究

目的分析不同功效的6种人参属药材提取物的体外凝抗血活性差异。方法采用凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血酶原时间(APTT)、纤维蛋白原(FIB)实验,探讨6种人参属药材提取物抗凝血活性的差异性;分析其抗凝血活性与皂苷含量的相关性。结果竹节参、珠子参及三七可显著延长PT、APTT,降低FIB水平,呈现明显的量效关系;而人参、西洋参及屏边三七无显著变化。竹节参、珠子参提取物的抗凝血活性明显强于三七提取物。6种人参属药材中人参皂苷含量与其抗凝血活性的相关性分析表明,PT与人参皂苷Rb2含量呈现显著的正相关;且人参皂苷Rb2可显著延长PT、APTT。结论 6种人参属药材抗凝血活性存在差异,且抗凝血活性与人参皂苷Rb2含量相关。     

人参属药用植物转录组研究进展

五加科人参属中含有多种药用植物,其中最著名的是人参,西洋参和三七。随着高通量测序技术的发展,使得转录组测序成为挖掘功能基因、筛选分子标记、阐明代谢途径的有力工具。人参等植物的转录组测序为其功能基因组学等方面的研究提供了丰富的基因信息。该文综述了近年来人参、西洋参、三七转录组的研究进展,重点介绍了人参皂苷合成途径的代谢调控及候选基因的挖掘,以期为这3种药用植物的功能基因组学研究提供借鉴。     

多反应监测方法评估丹参和人参对大鼠肝药酶的调控作用

目的建立新型特异性强的高通量细胞色素P450(CYP)丰度测定方法,以人参和丹参为工具药考察药物对肝药酶的调控作用。方法采用基于质谱多反应监测(MRM)模式方法,以串联配体法(QconCAT)表达合成的重标肽段作为内标对丹参与人参处理后,对9种大鼠肝脏CYP(CYP1A1、CYP1A2、CYP2B1、CYP2B2、CYP2C6、CYP2C11、CYP3A1、CYP3A2、CYP17A1)蛋白特异肽段进行定量,探讨丹参和人参对肝脏CYP酶的表达上调或者下调作用。结果 QconCAT重标合成内标肽段与肝脏样品肽段质谱表征一致,与对照组相比,丹参与人参作用后,对大鼠肝内CYP1A1、CYP2B2的表达均具有下调作用,对CYP1A2、CYP2B1的表达均具有上调作用。丹参同时下调CYP3A2、CYP2C11和CYP17A1的表达,而人参则上调这3种蛋白的表达。建立了MRM方法对大鼠肝脏CYP蛋白定量方法,定量方法相对标准偏差在5.9%以内,相对误差在6.8%以内,定量标准曲线的线性系数大于0.9。结论对9种大鼠肝脏CYP酶进行定量研究,其中CYP2B1、CYP2B2和CYP17A1是首次进行蛋白质定量研究。丹参与人参对CYP亚型产生的调控作用存在差异性,为药物配伍实践中提供临床参考价值,避免不良药物相互作用反应。     

五加科植物叶绿体基因组结构与进化分析

目的获取五加科叶绿体基因组的结构特征以及进化关系。方法以已测序完成的10个属的20种五加科植物叶绿体基因组为研究对象,系统比较基因组间的差异,分析4个IR边界扩张与收缩情况,并以近缘物种当归为外类群,使用MEGA 4.0构建系统进化树,分析物种间的亲缘关系。结果 20种五加科植物的叶绿体基因组大小差异较小,最大差仅1 909bp。各物种均出现基因替换现象,由cem A基因替换ycf10基因,且数量存在一定差异,主要由t RNA引起。通过比较发现,五加科物种的4个IR边界比较保守,仅野三七、三七和穗序鹅掌柴的边界基因进入IR区的长度与其他物种的差异较大。以当归为外类构建的系统进化树,各节点的支持率较高,清晰地反映了各物种间的亲缘关系。结论叶绿体基因组涵盖的信息量大,可以用于分析关系较近与进化较快物种的系统发生问题。     

双重实时荧光PCR快速鉴别人参和西洋参＊

目的 建立一种能够快速鉴定人参和西洋参的双重实时荧光PCR方法。方法 通过对人参属及其近似种基因序列的分析比对，设计特异性的引物探针，建立双重实时荧光PCR检测方法。PCR反应体系为Premix Ex Taq （Probe qPCR） 10 μL，人参上下游引物各0.5 μL，西洋参上下游引物各0.3 μL，人参与西洋参特异性探针各0.4 μL，DNA模板2 μL，灭菌去离子水补至20 μL。反应条件为95℃预变性30 s；然后以95℃变性5 s，60℃退火延伸30 s进行40个循环。应用该方法测试了27份DNA样品，包括7份人参、6份西洋参、4份人参与西洋参混合样、10份其他人参属样品及其他常见中药材样品的DNA，以确定该方法的特异性。将人参与西洋参样品DNA混合后10倍稀释成不同浓度后进行检测，用以确定该方法的灵敏度。结果 人参及西洋参样品均在特定的荧光通道下出现典型的阳性扩增曲线，人参与西洋参混合样品均同时出现两条阳性扩增曲线，其它对照样品及空白对照均没有出现阳性扩增曲线。灵敏度检测结果显示该方法检测人参及西洋参的最低检测限均为2 pg DNA/反应。结论 本实验建立的双重实时荧光PCR方法能够同时快速、准确、灵敏地鉴别出人参和西洋参。     

珍稀药用植物珠子参的转录组测序及分析

药用植物珠子参的根茎在中国西南区域已有上千年的药用历史,三萜皂苷为珠子参最主要的活性成分。为了探索珠子参根茎中皂苷物质生物合成的分子基础,该文采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得珠子参根茎的转录组数据;使用Trinity和TGICL软件实现Unigene的de novo拼接;基于BLAST完成Unigene的蛋白功能注释、KOG功能注释、GO分类和KEGG代谢通路分析。最终获得了短读序15.6 Gb,通过de novo拼接注释得到Unigene 62 240个。研究发现,珠子参根茎部表达的19个Unigene与三萜碳环骨架合成相关;69个Unigene与介导三萜碳环骨架的氧化和羟基化等修饰的CYP450相关,18个Unigene与负责三萜碳环骨架的糖基化的糖基化转移酶相关。该研究发现的三萜皂苷合成相关候选基因对于阐明珠子参三萜皂苷合成方式研究提供了重要的基础。     

林下种植重楼和珠子参根际土壤与原生林地土壤特征差异

目的 比较林下种植重楼和珠子参根际土壤与原生林地土壤特征差异,了解植被变化对土壤特征的影响。方法 以林下移栽种植重楼和珠子参为对象,测定根际土壤特征并与相对应的原生林地土壤数据进行比较。结果 珠子参根际土壤有机碳（46.14 g·kg^–1）、有机质（79.55 g·kg^–1）、全钾（9.65 g·kg^–1）和硝态氮（0.006 g·kg^–1）质量分数较高,而全磷（0.49 g·kg^–1）、速效磷（0.03 g·kg^–1）和铵态氮（0.01 g·kg^–1）质量分数的最高值出现在重楼根际土壤中。原生林地土壤中蔗糖酶（51.66 mg·g^–1·d^–1）、脲酶（372.6 μg·g^–1·d^–1）、过氧化氢酶（9.65 μmol·g^–1·d^–1）和亚硝酸还原酶（932.04 μmol·g^–1·d^–1）活性最高。重楼根际土壤脲酶活性高于珠子参根际土壤,亚硝酸还原酶活性则与之相反,其他几种酶的活性在2种药用植物根际土壤间差异无统计学意义。主成分分析和冗余分析发现,3种土壤在养分构成、理化性质和酶活性方面的变化趋势不同。结论 土壤特征之间差异表明,植被类型养分需求和获取策略有所不同,酶活性及其与土壤理化性质的相关性受到植株自身生理状态和环境条件的双重影响,且往往出现复杂的网状联系。探明药用植物适宜的土壤类型差异能为引种栽培区域划分提供参考。     

复方丹参方对大鼠心脏细胞色素P450酶的影响

目的 研究复方丹参方及其单味药对大鼠心脏细胞色素P450酶（CYPs）主要亚型的影响。方法 雄性SD大鼠随机分为5组,分别用复方丹参方 [0.32 g/(kg?d)]、丹参 [0.27 g/(kg?d)]、三七 [0.05 g/(kg?d)]、冰片 [0.003 g/(kg?d)] 或生理盐水连续ig诱导处理28 d,取各组大鼠心脏组织,利用Real Time荧光定量PCR技术检测各组大鼠心脏CYPs各亚型mRNA表达水平的变化。结果 与对照组比较,复方丹参方对大鼠心脏CYP1B1、CYP2B1、CYP2E1、CYP4A1和CYP4F4的mRNA表达有下调趋势（P＜0.05）。丹参对CYP1A1、CYP1B1、CYP2B1、CYP2C11、CYP2E1、CYP2J3、CYP4A1、CYP4F4和CYP4F5的mRNA表达有下调趋势（P＜0.05、0.01）,而对CYP4A3、CYP4F1和CYP4F6的mRNA表达有上调趋势（P＜0.05）。三七对CYP1A1、CYP1B1、CYP2B1、CYP2C11、CYP2E1、CYP2J3、CYP4A1、CYP4A3、CYP4F4、CYP4F5和CYP4F6的mRNA表达均有不同程度的抑制趋势（P＜0.05、0.01）。冰片对CYP1A1、CYP1B1、CYP2B1、CYP2C11、CYP4A1和CYP4F4的mRNA表达有下调作用（P＜0.01）。结论 复方丹参方全方对心脏CYPs 亚型mRNA表达影响弱于方中各单味药对CYPs的影响,显示复方对CYPs影响可能是各单味药作用的综合和叠加,同时全方及单味药对CYP2家族和CYP4家族的影响显示其对心脏均有双向调节作用。