一步法流行性乙型脑炎病毒TaqMan荧光定量反转录聚合酶链反应方法的建立及应用

目的 建立一种特异、灵敏、快速检测流行性乙型脑炎(乙脑)病毒的荧光定鼍RT-PCR方法.方法 根据GenBank登录的乙脑病毒毒株序列,应用生物软件在乙脑病毒基因的保守区设计与筛选引物和探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性和重复性.并通过对蚊虫样本的检测,以评价该方法的实际应用价值.结果 优化结果表明荧光定量RT-PCR的最佳反应体系为0.1 μmol/L探针浓度,0.2μmol/L引物浓度,5 mmol/L Mg2+浓度.结果 表明该方法对乙脑病毒的检测有高度的特异性、通用性,对1～4型登革热病毒、狂犬病毒、汉坦病毒(SEO型与HTN型)均无交叉反应,检测的灵敏度达0.1 TCID50,重复性分析表明同一样品Gt值的重复检测4次,其标准差均在合理范围内,分别为0.033、0.079、0.149和0.411.对110批蚊虫标本进行荧光定量RT-PCR检测和病毒分离榆测,结果荧光定量RT-PCR检测出7份阳性,而病毒分离则只检测出3份阳性,表明建立的荧光定量RT-PCR方法更敏感,可直接从蚊虫样本中检测乙脑病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右,且操作简便、敏感性高.结论 研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR的方法具有特异、敏感、快速的特点,适用于乙脑病原学的快速检测.     

新疆出血热病毒的实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的:建立新疆出血热病毒的实时荧光RT-PCR检测方法。方法:分析新疆出血热病毒核酸S片段序列的保守性,设计新疆出血热病毒实时荧光RT-PCR引物和探针。以体外转录后的RNA作为阳性对照模板,摸索出实时荧光RT-PCR检测的最佳引物浓度、探针浓度和反应体系条件,并进行灵敏度和特异性分析。结果:建立的新疆出血热病毒的实时荧光RT-PCR检测方法最佳反应体系为:正向引物CCHFV-FP终浓度250 nM,反向引物CCHFV-RP终浓度500 nM,探针CCHFV-Probe终浓度500 nM;扩增程序为:50℃10 min,95℃10 min;95℃5 s,57℃20 s 45次循环。该方法最低检测限约为2 copies病毒/反应,与森林脑炎病毒和汉坦病毒无交叉反应。结论:该方法灵敏度高、特异性强,适用于新疆出血热病毒的快速检测。     

实时荧光RT-PCR技术在黄热病快速检测中的应用

[目的]建立黄热病病毒的实时荧光RT-PCR检测方法并用于口岸黄热病的快速检测. [方法]体外转录黄热病病毒5-UTR的部分序列核酸作为阳性对照模板,设计实时荧光RT-PCR不同的反应程序和引物/探针浓度的组合,摸索最佳反应体系条件并用于黄热病疫苗和入境发热患者标本的检测.[结果]建立的黄热病病毒的实时荧光RT-PCR检测方法最佳反应体系为:2xRT-PCR缓冲液10 μl,正向引物5UTR-FP终浓度750 nM,反向引物5UTR-RP终浓度750 nM,探针5UTR-Probe终浓度500 nM,25xRT-PCR Enzyme Mix 0.8μl,RNA 5μl,用DEPC H2O补足到反应总体积20μl;Roche lightcycler仪器适用的扩增程序为:45℃10 min,95℃10 min;95℃5 s,56℃10 s(single),72℃15 s,45次循环.该方法最低检测限约为20copies病毒/反应,与登革病毒、西尼罗病毒、日本脑炎病毒、基孔肯雅病毒等蚊媒病毒无交叉反应.应用该方法对黄热病疫苗、媒介蚊虫和入境发热患者的血清标本进行检测,结果为黄热病疫苗核酸阳性,其他标本为阴性.[结论]该实时荧光RT-PER方法灵敏度高,特异性强,适用于黄热病病毒的快速检验,防止该病在国境口岸的传入.     

基孔肯雅病毒的实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的:建立基孔肯雅病毒的荧光定量PCR检测方法.方法:人工合成基孔肯雅病毒部分有代表性的序列核酸作为阳性对照模板,设计几组实时荧光PCR引物、探针及反应体系,摸索出最佳反应体系条件.结果:建立的基孔肯雅病毒的实时荧光PCR检测方法最佳反应体系为:正向引物CHIK-FP终浓度500 nM,反向引物CHIK-RP终浓度1000 nM,探针CHIK-Probe终浓度250 nM;扩增程序为:50℃10 min,95℃ 10 min,95℃10 s→62℃30 S 45次循环.结论:该方法灵敏度高、特异性强,适用于基孔肯雅病毒的快速检验.     

荧光定量RT-PCR检测血清标本中的肠道病毒RNA

[目的]建立一种快速,灵敏,易操作的通用肠道病毒荧光定量RT-PCR检测方法用于血清标本检测。[方法]在肠道病毒5'端的保守区域中选取所有型别肠道病毒一致的基因组序列设计通用引物及Taqman探针。优化反应体系,建立RT-PCR荧光定量检测系统,测定了TCID50(50%组织培养感染剂量/ml)的CoxB3病毒培养液进行10倍稀释以检测最低检测病毒量,用45份心肌炎患者血清标本和122例人群血清标本进行检测。[结果]荧光定量RT-PCR系统对于CoxB3病毒的最低检测量为0.01TCID50/ml并且可以检测到小于1000拷贝/ml的质粒DNA,定量线形范围达到5个数量级,相关系数达到0.993。45份病毒性心肌炎患者急性期血清临床标本中31份阳性,阳性率为68.9%。122份人群血清标本中肠道病毒阳性标本19份,阳性率15.6%。[结论]应用TaqMan荧光定量RT-PCR方法检测血清标本,为肠道病毒的临床诊断及流行病学调查提供了一种快速,高灵敏度的实用方法.     

浙江省蚊媒携带流行性乙型脑炎病毒的分布特点

目的 了解浙江部分地区蚊媒及猪携带流行性乙型脑炎(乙脑)病毒情况以及浙江省存在的乙脑病毒基因型别.方法 于2007年5月至10月在浙江省仙居、龙泉和慈溪3个县人房及猪舍采集蚊虫标本和猪血清,共采集10 662只蚊虫和204份猪血清,蚊虫标本中以淡色库蚊和中华按蚊为主.利用病毒分离和荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测蚊虫携带乙脑病毒,应用酶联接免疫吸附剂测定(ELISA)方法对猪血清进行抗体检测.应用荧光定量RT-PCR方法对细胞分离株进行病毒鉴定;利用RT-PCR方法扩增新分离乙脑病毒PrM基因,并对细胞分离到的病毒进行基因分型.结果 在蚊虫标本中检出7批乙脑病毒核酸阳性样本,并分离出3株病毒,经鉴定3株病毒均为乙脑病毒,基因分析表明3株病毒均属于基因Ⅰ型乙脑病毒.猪血清有121份阳性,总阳性率为59.3%.6月份有50%以上的猪血清中乙脑病毒抗体呈阳性.结论 浙江省部分地区存在着乙脑的传播媒介,在蚊媒和猪中携带有乙脑病毒;采集的蚊虫标本中分离到3株病毒,经鉴定为基因Ⅰ型乙脑病毒,是近年来在浙江省首次分离到的基因Ⅰ型乙脑病毒.     

TaqMan荧光定量PCR检测1型登革热病毒及临床应用

目的建立登革热1型病毒（DV1）TaqMan荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床诊断。方法根据DV15′端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan探针。用4个血清型DV标准毒株为对照,收集40份DV1临床血清为检测标本。通过对DV1标准毒株RT-PCR后,采用体外转录方式获得RNA模板作为阳性对照,检测所建立TaqMan荧光定量PCR方法的特异性。取DV-IgM/IgG用ELISA检测患者血清,将TaqMan荧光定量PCR和DV-IgM/Ig GELISA进行敏感性比较。结果所建立方法的最低检测限约为每反应10个基因拷贝。发病后不同时间采集的登革热患者血清标本检测结果为：发病1～3d的患者RT-PCR阳性检出率最高（81.25%）;4～6dELISA-IgM检出率最高（85.00%）;7d后ELISA-IgG检出率最高（75.00%）。结论在登革热的早期诊断中建立的RT-PCR具有较高的敏感性、特异性和重复性,可作为DV1的快速诊断方法。     

荧光定量RT-PCR快速检测乙型流感病毒核酸

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法用于检测乙型流感病毒核酸.方法根据GenBank登录的流感毒株序列,应用生物学软件进行序列比对,在乙型流感病毒核蛋白(NP)基因的保守区设计引物和TaqMan探针进行筛选,对荧光定量RT-PCR反应条件进行优化,检测该方法的特异性和灵敏度.此外还对疑似乙型流感含漱液标本进行检测.结果该方法对乙型流感病毒的检测有高度的特异性,对甲1型、甲3型、禽流感病毒H5、SARS病毒及其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测的灵敏度达0.01 TCID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测流感病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右.结论本研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR是一种快速检测乙型流感病毒特异、敏感的新方法.     

登革病毒实时荧光PCR快速检测技术研究

目的建立Taqman MGB实时荧光PCR技术快速检测登革病毒。方法利用Taqman MGB技术,根据登革病毒3′端非编码区的一段高度保守序列,设计登革1~4型荧光PCR通用引物和TaqmanMGB探针,以登革热毒株作为标准,以乙脑毒株作对照,建立实时荧光PCR检测登革病毒的快速方法。并对8份ELISA法检测阳性的临床血清标本进行RT-PCR及荧光PCR扩增。结果RT-PCR检测8份临床血清标本,2份阳性,阳性率为25%。实时荧光PCR检测登革病毒cDNA灵敏度为0.17pg/μl,病毒液灵敏度为10-5TCID50,与乙脑病毒无交叉反应,检测8份临床血清标本,5份阳性,阳性率为62.5%。从RNA提取到检测结果仅需4h。结论Taqman MGB实时PCR检测方法快速、敏感性高、特异性强,可作为登革病毒的快速检测方法,应用于登革热的临床早期诊断。     

实时荧光PCR检测基孔肯雅病毒方法的建立及初步应用

目的 建立基孔肯雅病毒的荧光定量PCR检测方法.方法 针对基孔肯雅病毒的基因序列,设计、合成引物、探针及反应体系,摸索出最佳反应条件,建立TaqMan荧光探针法和SYBR荧光染料法.利用建立的方法对30例基孔肯雅热病标本和10份基孔肯雅病毒保存液进行扩增、检测和结果分析,并与常规RT - PCR方法的检测结果进行比对.结果 实时荧光定量PCR法比常规RT - PCR法快速、灵敏.40份标本TaqMan荧光探针法、SYBR荧光染料法和常规RT - PCR方法的阳性率分别为:17.5％、17.5％、15％.统计分析表明,3种方法差异不具有统计学意义.结论 实时荧光定量PCR方法快速且具有较好的特异性、敏感性、重复性,适用于基孔肯雅病毒的快速检验.     

肠道病毒TaqMan荧光定量RT-PCR法快速检测

目的建立一种特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法检测肠道病毒核酸,应用于暴发疫情的实验室应急检测。方法根据GenBank登录的肠道病毒基因序列,应用生物学软件进行序列比对,在肠道病毒基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针;对荧光RT-PCR反应条件进行优化,验证方法的特异性和灵敏度。同时对疑似肠道病毒感染者的临床样本进行检测。结果该方法对肠道病毒的检测有高度的特异性,可检出脊髓灰质炎、柯萨奇和埃可等肠道病毒,与腮腺炎、麻疹、风疹、乙型脑炎等病毒均无交叉反应。检测的灵敏度达0.1病毒效价滴定（TCID50）;可直接从疑似肠道病毒感染者的脑脊液、疱疹液和粪便等标本中检测肠道病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右。结论所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR是一种快速检测肠道病毒特异、敏感的方法,适用于由肠道病毒感染引起的应急疫情的实验室早期诊断。     

深圳市龙岗区蚊虫自然感染流行性乙型脑炎病毒状况调查

目的 研究深圳市龙岗区蚊虫流行性乙型脑炎病毒自然感染状况,为预测该地区乙脑发病趋势及流行强度,制定有效预防控制措施提供科学依据.方法 采用灯诱法捕捉蚊虫标本并进行分类鉴定,以JEV的NS3基因区段设计特异引物,通过实时荧光RT-PCR (real-time RT-PCR)对蚊虫中流行性乙型脑炎病毒进行检测,阳性标本经测序后再在GenBank中进行核苷酸序列的同源性比对.结果 捕获的蚊虫隶属3属5种,致倦库蚊是优势蚊种;1 533只蚊虫分成25批,从3批致倦库蚊标本中检出JEV核酸阳性,阳性率为12％.阳性标本与GenBank中报道的JEV参考株间相应的核苷酸序列同源性达99％以上,均属于JEV Ⅰ型病毒.结论 龙岗区存在着蚊虫自然感染JEV,致倦库蚊是区内乙脑传播的主要蚊媒,有流行人间和畜间流行性乙型脑炎的潜在危险,提示应进一步完善疫苗接种和免疫监测,积极开展消除蚊虫孳生地,灭蚊、防蚊工作,以控制和切断乙脑传播途径.     

海南省2017-2018年虫媒病毒的分离与鉴定

目的了解海南省虫媒病毒种类及分布变化。方法于2017-2018年在海南省野外采集吸血昆虫标本,所有吸血昆虫标本实验室处理后用BHK-21细胞和C6/36细胞进行病毒分离,同时使用RT-PCR平行检测吸血昆虫标本中虫媒病毒基因。结果共采集到4属(库蚊、阿蚊、伊蚊、按蚊)15062只蚊虫和11360只蠓虫。采集的蚊虫中三带喙库蚊居多,占蚊虫采集总数92.88%(13990/15062)。经组织培养细胞共获得4株病毒分离物,其中3株乙型脑炎(乙脑)病毒、1株盖塔病毒,在5批三带喙库蚊标本中检测到乙脑病毒基因阳性。遗传进化分析结果显示这3株乙脑病毒和5批PCR筛检阳性的标本均属于基因1型乙脑病毒。当地乙脑病毒的最低感染率为0.57‰(8/13990)。在5批蠓虫标本中检测阿卡斑病毒基因阳性,当地阿卡斑病毒的最低感染率为0.44‰(5/11360)。基于病毒S基因和M基因序列的系统进化分析显示这5株阿卡斑病毒处于单独进化分支形成独特的地理分布特征。结论继1980年代以来,从海南省的蚊虫标本中再次分离到乙脑病毒和盖塔病毒、蠓虫标本中检测到阿卡斑病毒。应加强乙脑病毒、盖塔病毒和阿卡斑病毒对人畜动物感染状况及疾病负担的监测,以减少对当地公共卫生健康的危害。     

云南省西双版纳地区2011年蚊虫及虫媒病毒调查

目的了解云南省西双版纳地区蚊虫媒介的分布特点及当地虫媒病毒情况,为虫媒病毒病防治提供科学依据。方法在云南省西双版纳州采集蚊虫标本,用细胞培养法分离病毒,并用RTPCR法检测常见虫媒病毒核酸;在西双版纳州采集发热患者血清及脑脊液标本,并用ELISA法检测常见病毒性脑炎IgM抗体。结果共采获蚊虫5属29种13337只,其中三带喙库蚊、中华按蚊、带足按蚊分别占蚊虫标本总数的79.98%(10667/13337)、7.95%(1060/13337)和7.38%(984/13337),三带喙库蚊为当地优势蚊种。采用流行性乙型脑炎(乙脑)病毒、版纳病毒、甲病毒属、环状病毒等多种虫媒病毒引物对214批蚊虫标本进行PCR检测,结果均为阴性;采用多种细胞对蚊虫标本进行病毒分离,结果也为阴性。用相关脑炎病毒试剂盒对采集到的52份急性期血清标本及54份脑脊液标本进行ELISA检测,发现乙脑病毒IgM阳性16例,单纯疱疹病毒IgM抗体阳性4例,腮腺炎病毒IgM抗体阳性13例,埃可病毒IgM抗体阳性3例,登革热病毒IgM抗体阳性1例。结论 2011年西双版纳地区采集到的蚊虫标本中未检测到乙脑、版纳及环状病毒等虫媒病毒,但血清学检测结果表明当地发热患者存在乙脑等多种病毒性脑炎感染。     

狂犬病毒TaqMan PCR检测方法的建立

目的建立检测狂犬病毒（RV）核蛋白（N）基因片段的TaqMan PCR检测方法。方法针对RVN基因保守区域设计特异性引物与探针；优化检测体系中引物与探针的浓度；以体外转录的RV完整的N基因RNA作为定量分析模型；考核检测体系灵敏性、特异性、稳定性；初步用于RV的检测。结果引物和探针具有良好的特异性，使用浓度分别为0．6μmol／L和0．2μmol／L，可检测到2700个RNA拷贝数，较传统RT-PCR检测方法敏感性提高了10倍；同一样品Ct值重复检测5次，变异系数均〈5％，表明检测体系具有较好的稳定性；通过所建立的检测体系，绘制了以模板拷贝数为分析指标的RV定量检测标准曲线，对实验室内保存毒株的检测结果显示TaqMan PCR检测比普通PCR检测更快捷、敏感。结论所建立的RV TaqMan PCR可以用于RV的实验室检测，并且比普通PCR检测方法更灵敏、特异。     

媒介动物(蚊、猪)体内黄病毒分子流行病学调查研究

〔目的〕通过对珠海注册养猪场及珠海口岸地区的蚊虫体内黄病毒的带毒率、宿主动物(猪群)及其人群进行血清黄病毒类(日本脑炎、登革热等)抗体水平的调查研究,为控制黄病毒在人群中的流行提供科学依据。〔方法〕采集养猪场猪血清、养猪场和口岸蚊标本、养猪场从业人员、入境的东南亚船员和城区部分发热病人血清,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)法分别检测猪群和人群血清中的日本脑炎、登革热抗体;使用紫外灯诱蚊法在养猪场和口岸捕捉蚊类,经鉴定种类后,按20只蚊一组制成蚊悬液后,采用细胞培养、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)以及荧光定量PCR技术检测蚊体内日本脑炎病毒、登革和西尼罗病毒等黄病毒的携带情况。〔结果〕1.猪血清日本脑炎病毒IgG抗体:结果已发表于《中国国境卫生检疫杂志》2007年第3期《珠海市部分注册猪场日本脑炎调查研究》。2.蚊媒带毒情况检测:2005年1月～2006年12月共捕获的2763只成蚊,经鉴定隶属4属8种,其中白纹伊蚊所占比例最高(32.75%),其次为致倦库蚊(26.06%)、三带喙库蚊(25.30%)、海滨库蚊(7.75%)、中华按蚊(3.84%)、骚扰阿蚊(3.18%),其他(常型曼蚊和巨型阿蚊等)(1.12%);在132组蚊研磨液的病毒细胞培养中,有7份标本出现CPE病变,使用黄病毒通用引物,RT-PCR反应能扩增出相应的阳性条带,其中白纹伊蚊组阳性3份,致倦库蚊组阳性3份,三带喙库蚊组阳性1份,但用日本脑炎病毒、登革病毒Ⅰ～Ⅳ型和西尼罗病毒等特异性引物,未能扩增出相应的阳性条带,说明可能存在着其它黄病毒类的病毒感染;采用荧光定量PCR法,对蚊悬液和细胞培养液日本脑炎、登革和西尼罗病毒进行检测,从1组海滨库蚊标本中检出日本脑炎病毒核酸阳性,但强度较弱,这与珠海地区是乙脑低发地区相一致。3.人群登革热和日本脑炎血清抗体检测:从东南亚的入境船员、本地发热病人和养猪场从业人员等血清标本511份中,登革病毒抗体IgG总阳性率为7.24%,其中以东南亚的入境船员的阳性率最高,为12.76%,没有检出登革病毒抗体IgM和日本脑炎IgM抗体。〔结论〕珠海地区存在日本脑炎的主要传播媒介,并且在蚊媒中携带有日本脑炎病毒;蚊标本细胞培养出现细胞病变和RT-PCR扩增出黄病毒基因的特异性片段,提示在捕获蚊标本中可能存在着其他病毒感染的可能;虽然养猪场猪群日本脑炎感染率不高,但存在着日本脑炎病毒的隐性感染或曾经感染过,提示不能够放松对乙型脑炎的预防控制工作,应采取积极的预防措施,防止人群和猪场日本脑炎的发生与流行。此外,研究结果表明东南亚船员有较高的登革热感染率,因此,在登革热流行期间,我国口岸应加强对来自东南亚国家交通工具员工和旅客的登革热的监测,以及有可能藏带、孳生蚊虫的废旧物品、集装箱等的检验检疫工作,以防止登革热的传入与流行。     

山西省临猗县2009年流行性乙型脑炎媒介调查

目的 了解临猗县4个乡镇蚊虫种类、密度及其自然感染流行性乙型脑炎（乙脑）病毒状况。方法 采用诱蚊灯捕蚊,提取蚊虫核酸进行RT-PCR,扩增乙脑病毒NS1区核酸片段,对核酸阳性样本进行序列测定。结果 捕获蚊虫4属6种4424只,三带喙库蚊构成比为52.0%,淡色库蚊为41.2%,中华按蚊及其他蚊种数量较少。6-8月蚊虫密度逐月增加,三带喙库蚊构成比逐月增高。对2109只三带喙库蚊分77批进行乙脑病毒核酸检测,阳性10批。对5个阳性标本进行测序,经与GenBank中序列比对和分析,均为基因Ⅰ型乙脑病毒。结论 临猗县7、8月蚊虫密度高,三带喙库蚊构成比及其乙脑病毒携带率均较高。三带喙库蚊密度及乙脑病毒携带率可作为乙脑防控的重要预警指标。     

荧光定量RT-PCR快速检测N_2亚型流感病毒的研究

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立快速检测甲型流感病毒N2亚型的方法。方法根据N2亚型流感病毒HA基因的相对保守序列,分别设计一对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立、优化反应体系后,采用十倍稀释法检验建立体系的灵敏度并建立相对定量标准曲线;采用N1亚型毒株核酸进行方法特异性检验并对临床疑似流感样病例样本进行检测。结果N2亚型流感病毒的检测灵敏度为2.56×10-6,扩增效率为99.9%,标准曲线r=0.997,特异性为100%。临床ILI样本检测结果与HAI鉴定结果相符。结论本研究建立的荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确的检测N2亚型流感病毒。