多药耐药肺炎克雷伯菌抗菌制剂外排泵基因研究

目的了解20株多药耐药肺炎克雷伯菌(MDR-KPN)的灭菌剂、消毒剂、抗菌药物等抗菌制剂外排泵基因存在情况。方法运用PCR法对20株多药耐药肺炎克雷伯菌mdfA、tehA、smr、qacE△1等抗菌制剂外排泵基因进行检测。结果检出mdfAt、ehA、smr、qacE△1等4种外排泵基因,阳性率分别为:85.0%、5.0%、20.0%、75.0%;mdfA、qacE△1阳性率高,多数菌株能同时检出多种外排泵基因;在肺炎克雷伯菌中检出mdfA、tehA、smr基因为国内首次报道。结论多耐药肺炎克雷伯菌易检出多种外排泵基因,与医院多药耐药肺炎克雷伯菌耐药机制相关的可移动遗传元件主要有mdfA、qacE△1,耐药菌外排泵携带率高,开发抑制剂显得十分重要。     

肺炎克雷伯菌多药耐药株的耐药机制研究

目的 调查1株多药耐药肺炎克雷伯菌(MDRKP)58种耐药相关基因与可移动遗传元件的存在情况. 方法 对分离自我国内地的1株MDRKP,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析58种β-内酰胺类、氨基糖苷类,喹诺刚类和其他广谱抗菌药物耐药相关基因与可移动遗传元件. 结果 该株MDRKP检出TEM-1、SHV-11(均测序比对证实)、tetA、mafA、trbC、tnp513、ISEcp1基因,且gyrA基因存在突变,其余50种基因未检出. 结论 该菌株耐Ⅰ～Ⅲ代头孢菌素抗菌药物,可能与同时产TEM-1型和SHV-11型β-内酰胺酶引起牵制耐药机制有关,该株MDRKP表型为多药耐药与gyrA基因突变及获得可移动遗传元件和多种耐药基因相关,在肺炎克雷伯菌中检出ISEcp1为国内首次报道.     

多药耐药肺炎克雷伯菌抗菌制剂外排泵基因研究

目的了解多药耐药肺炎克雷伯菌(MDRKPN)抗菌制剂外排泵基因的存在状况。方法收集连云港市第二人民医院2008年11月-2009年10月住院患者标本中分离的多药耐药肺炎克雷伯菌20株,采用PCR法检测mdfAt、ehA、oqxA、qacE△1等4种抗菌制剂外排泵基因。结果 20株多药耐药肺炎克雷伯菌mdfA、tehA、oqxA和qacE△1基因检出阳性率分别为85.0%、15.0%、10.0%和95.0%。结论 MDRKPN抗菌制剂外排泵基因携带率较高,肺炎克雷伯菌多药耐药的表型可能与携带抗菌制剂外排泵基因相关。     

多药耐药肺炎克雷伯菌9种可移动遗传元件标记研究

目的了解多药耐药肺炎克雷伯菌可移动遗传元件的存在状况。方法收集连云港市第二人民医院2008年11月-2009年10月住院患者标本中分离的多药耐药肺炎克雷伯菌20株,采用PCR法检测接合性质粒遗传标记(traAt、rbC)、转座子遗传标记(tnpUt、np513)、插入序列遗传标记(IS26、ISEcp1)、整合子遗传标记(intⅠ1、intⅠ2i、ntⅠ3)9种可移动遗传元件的遗传标记。结果 20株多药耐药肺炎克雷伯菌9种可移动遗传元件标记检出阳性率traA 10.0%t、rbC 60.0%t、npU 45.0%t、np513 60.0%I、S26 100.0%I、SEcp1 60.0%i、ntⅠ95.0%、intⅡ0i、ntⅢ0。结论该组20株多药耐药肺炎克雷伯菌可移动遗传元件遗传标记的携带率较高,尤其是插入序列26和Ⅰ类整合子;肺炎克雷伯菌多药耐药的表型可能与携带多种可移动遗传元件导致耐药基因高表达相关。     

K1和K2血清型肺炎克雷伯菌耐药性与可移动遗传元件研究

目的分析K1型肺炎克雷伯菌和K2型肺炎克雷伯菌的耐药基因和可移动遗传元件的分布。方法收集南昌大学第一附属医院2015年1月-2017年12月分离735株非重复肺炎克雷伯菌作为实验菌株,筛选出63株K1型肺炎克雷伯菌和29株K2型肺炎克雷伯菌,进行药物敏感性分析,PCR检测13种耐药基因和13种可移动遗传元件标记。结果 K1、K2血清型肺炎克雷伯菌对头孢唑林和头孢曲松耐药率较高,>20%,对其他抗菌药物都表现较高的敏感性,但出现耐碳青霉烯类药物的肺炎克雷伯菌;K1、K2血清型肺炎克雷伯菌acc6-Ib-cr和qnrS携带率较高,对其他耐药基因的携带率较低,但出现2株K1型和2株K2型携带KPC基因;除厄他培南和SHV基因外,K1型和K2型肺炎克雷伯菌对其它抗菌药物的耐药率和耐药基因的携带率差异无统计学意义,但K1型肺炎克雷伯菌对大部分抗菌药物的耐药率和耐药基因的携带率均低于K2型肺炎克雷伯菌;可移动遗传元件检出1种接合性质粒标记基因,1种整合子标记基因,4种插入序列标记基因,以traC基因和intI1基因阳性率最高。结论 K1、K2血清型肺炎克雷伯菌对大部分抗菌药物敏感性较高,耐药基因阳性率低,可移动遗传元件携带率较低;K1型和K2型高毒力肺炎克雷伯菌耐药表型的出现可能与携带可移动遗传元件相关。     

大肠埃希菌获得性耐药基因检测及指标聚类分析

目的 调查大肠埃希菌45种获得性耐药基因和7种可移动遗传元件遗传标记基因的存在状况,以及获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记基因的相关性.方法 收集南京医科大学第一附属医院2006年3月-2008年10月患者尿液标本中分离的大肠埃希萄共60株,采用聚合酶链反应(PCR)法分析45种β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和7种整合子、转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因,并用指标聚类分析(SPSS法),分析β-内酰胺类、氨基糖苷类和喹诺酮类获得性耐药基因与整合子、转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因的相关性.结果 60株大肠埃希菌共检测到10种获得性耐药基因(包括3种β-酰胺类获得性耐药基因、6种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种喹诺酮类获得性耐药基因);且7种可移动遗传元件遗传标记基因均有检出,包括1种整合子基因遗传标记基因、4种转座子和插入序列基因遗传标记基因、两种接合性质粒遗传标记基因,其余35种基因均未检测到;SPSS法将上述阳性检出基因分成A和B两大簇群.结论 大肠埃希菌对抗菌药物的耐药表型与获得性耐药基因相关,且可移动遗传元件的水平转移使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播;获得性耐药基因与可移动遗传元件遗传标记基因的指标聚类分析显示,在A簇群中,aadA5与intⅠ 1、CTX-M-55与ISEcp1、TEM-1与IS26较为相关,并有可能位于携带traA、trbC性毛基因的接合性质粒上,在B簇群中,aac(6')-Ⅰb与Tn21较为相关.     

多药耐药肺炎克雷伯菌可移动遗传元件研究

目的了解多药耐药肺炎克雷伯菌(MDR-KPN)耐药基因载体-可遗传元件分布状况。方法运用PCR法对20株MDR-KPN进行了接合性质粒遗传标记(traAt、rbC)、插入序列遗传标记(IS1133I、SEcp1)、转座子遗传标记(merAt、npUt、np513)、整合子遗传标记(intⅠ1i、ntⅠ2i、ntⅠ3)等4类可移动遗传元件检测。结果 trbC、ISEcp1、merAt、npUt、np513i、ntⅠ1检出阳性率分别为:55.0%、65.0%、25.0%、20.0%、50.0%、65.0%,其余4种基因均未检测到可移动性元件;20株菌株每株至少检出1种可移动遗传元件遗传标记,其中在MDR-KPN中检出ISEcp1、merA、tnpUt、rbC基因属国内首次。结论多药耐药肺炎克雷伯菌易检出各类可移动遗传元件,与医院多耐药肺炎克雷伯菌耐药机制相关的可移动遗传元件主要有trbCI、SEcp1、merAt、npUt、np513i、ntⅠ1。     

铜绿假单胞菌抗菌制剂外排泵基因与可移动遗传元件研究

目的 研究临床分离铜绿假单胞菌(PAE)抗菌制剂外排泵基因与可移动遗传元件存在状况.方法 分离自贵州省贵阳地区(A组)和江苏省苏南地区(B组)PAE各20株,用纸片扩散法测定19种抗菌药物的敏感性,采用PCR法检测抗菌制剂外排泵基因(smr、smr-2、qacE△1),质粒遗传标记(traF、trbC),插入序列遗传标记(IS1133、ISEcp1),转座子遗传标记(merA、tnpU、tnp513),整合子遗传标记(qacE△1又为Ⅰ类整合子遗传标记)等可移动遗传元件;对阳性基因进行测序,测序结果进行Biast分析.结果 两组PAE呈β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类多药耐药;A组检出qacE△1、merA等两种基因,阳性率分别为10.0％、5.0％;B组检出qacE△1、merA、tnpU、tnp513等4种基因,阳性率分别为100.0％、85.0％、5.0％、55.0％.结论 两组为多药耐药的表型,与携带抗菌制剂外排泵基因和可移动遗传元件相关.     

多耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药基因及ompK36突变研究

目的了解1株多耐药肺炎克雷伯菌(MDRKP)获得性耐药基因和膜孔蛋白基因ompK36存在及突变状况。方法将1株对16种抗菌药物均耐药的MDRKP进行了β-内酰胺类、氨基糖苷类获得性耐药相关基因及其载体(整合子、转座子)的遗传标记检测和膜孔蛋白基因ompK36的检测。结果该株MDRKP耐β-内酰胺类药物获得性耐药基因检出TEM-1、SHV-11、KPC-2型(均经测序比对证实),耐氨基糖苷类药物获得性耐药基因检出aac(3)-Ⅱ、ant(3″)-Ⅰ,无16S rRNA甲基化酶基因检出;Ⅰ类整合子遗传标记intⅠ1、qacE△1-sul1阳性、转座子遗传标记merA阳性;检出膜孔蛋白基因ompK36,且存在变异(GGCGAC小片段插入)。结论该株MDRKP耐β-内酰胺类、基糖苷类等抗氨菌药物与该菌携带获得性耐药基因TEM-1、SHV-11、KPC-2型、aac(3)-Ⅱ、ant(3″)-Ⅰ基因相关;另外,该菌膜孔蛋白基因ompK36发生了变异,这可能与β-内酰胺类药物耐药有关联。     

多药耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药相关基因与可移动遗传元件检测的指标聚类分析

目的 了解多药耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药相关基因和可移动遗传元件携带状况,并分析两者的相关性.方法 收集2008年11月-2009年12月住院患者送检标本中分离的鲍氏不动杆菌共30株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法,分析48种β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药相关基因和13种可移动遗传元件遗传标记,并对检测结果作指标聚类分析.结果 30株鲍氏不动杆菌共检出3种获得性β-内酰胺类耐药基因,5种获得性氨基糖苷类耐药基因,1种抗菌制剂外排泵基因,6种可移动遗传元件的遗传标记;其余46种基因未检出.结论 多药耐药鲍氏不动杆菌指标聚类分析显示,ADC型β-内酰胺酶基因和抗菌制剂外排泵基因adeB与tnpU、tnp513、IS26、ISaba9、intⅠ 1等可移动遗传元件遗传标记高度相关.     

An ancestry‐based approach for detecting interactions

1 Background

Epistasis and gene‐environment interactions are known to contribute significantly to variation of complex phenotypes in model organisms. However, their identification in human association studies remains challenging for myriad reasons. In the case of epistatic interactions, the large number of potential interacting sets of genes presents computational, multiple hypothesis correction, and other statistical power issues. In the case of gene‐environment interactions, the lack of consistently measured environmental covariates in most disease studies precludes searching for interactions and creates difficulties for replicating studies.

2 Results

In this work, we develop a new statistical approach to address these issues that leverages genetic ancestry, defined as the proportion of ancestry derived from each ancestral population (e.g., the fraction of European/African ancestry in African Americans), in admixed populations. We applied our method to gene expression and methylation data from African American and Latino admixed individuals, respectively, identifying nine interactions that were significant at . We show that two of the interactions in methylation data replicate, and the remaining six are significantly enriched for low P‐values ().

3 Conclusion

We show that genetic ancestry can be a useful proxy for unknown and unmeasured covariates in the search for interaction effects. These results have important implications for our understanding of the genetic architecture of complex traits.     

基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选

目的对基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选算法CoxLASSO-ISIS-N的表现作出评价,并与其他5种算法进行比较,分析算法的优劣,以期为高维基因表达数据的生存风险基因筛选提供一种新的思路。方法针对带有噪声的高维基因表达数据的生存风险基因筛选问题,分别利用模拟数据和真实数据,对6种算法(CoxLASSO、CoxLASSO-N、CoxLASSO-SIS、CoxLASSO-SIS-N、CoxLASSO-ISIS和CoxLASSO-ISIS-N)进行比较,分析算法的优劣。结果算法CoxLASSO-ISIS-N在模型的整体估计效果(LR和CS)、解释信息的比例(R2)以及一致性(CI)上均表现最优且最稳定。结论基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选算法CoxLASSO-ISIS-N可以对带有噪声的高维基因表达数据实现降噪,从而更精确地筛选生存风险基因,较好地反映死亡或其他结局发生与高维基因表达数据之间的关系,为临床诊断以及预后管理提供依据。     

基因芯片技术及其在遗传毒理中的应用

基因芯片 (genechip)也被称之为DNA微阵列 (DNAarray) ,寡核苷酸微芯片 (oligonucleotidemicro chip)或寡核苷酸微阵列 (oligonucletidearray)。基因芯片技术是近年来发展起来的一项新技术 ,在生命科学研究中有着广泛的应用前景 ,可用于基因测序、基因表达、基因诊断、基因多态性分析等研究。本文介绍基因芯片的原理、类型、制备、工艺流程及其在遗传毒理上的应用     

维生素D受体和雌激素受体的基因与骨质疏松

骨质疏松症是以低骨量和骨组织微结构退化为特征的全身性疾病,与众多因素有关,而遗传是其中的重要决定因素。在目前研究的若干侯选基因中,维生素D受体基因与雌激素受体基因最受瞩目。该文就维生素D受体基因,雌激素受体基因与骨质疏松的关系及这两个基因之间的协同作用进行综述,从而阐明维生素D受体基因与雌激素受体基因在骨质疏松症发病机制中的作用。     

分型基因芯片检测疟原虫的研制及应用

目的 研制快速检测间日疟原虫和恶性疟原虫等并可进行分型的基因芯片。方法 筛选疟原虫高度保守而且具有种属特异性的瓣RNA基因片断为探针，制备疟原虫诊断和分型的基因芯片；检测时提取标本中的疟原虫核酸，用不对称PCR技术进行扩增和荧光标记，然后与检测芯片杂交，进行扫描和分析。结果 建立的疟原虫检测芯片能特异和敏感的对间日疟原虫和恶性疟原虫诊断及分型。结论 成功制备用于疟原虫快速侦检和分型的基因芯片，对疟疾的预防和控制具有重要意义。     

二噁英对HepG2和SPC-Al细胞P53和P38 MAPK基因表达的影响

[目的] 探讨二(口恶)英(TCDD)对人体肝癌细胞株(HepG2)和肺腺癌细胞株(SPC-A1)中P53基因和P38 MAPK基因表达的影响,并研究剂量与效应的关系.[方法] 用常规的细胞培养方法,利用RT-PCR方法对2种基因进行表达,并以β-actin作为内对照.对基因表达的强度进行比较分析.[结果] P38 MAPK基因在2种细胞中都有表达,在HepG2中,P38 MAPK基因表达随浓度1、 5、 10、 20 nmol/L增加先抑后扬(表达值分别为0.900、 0.820、 1.260、 0.898,P＜0.05),而在SPC-A1中差异无显著性(表达值分别为0.898、 0.919、 0.808、 0.846,P＞0.05).P53基因在人体肝癌细胞株(HepG2)中有表达,并随浓度增加而上调(表达值分别为0.764、 0.890、 1.099、 1.218、 1.405,P＜0.05)而在肺腺癌细胞株(SPC-A1)中未见表达.[结论] 二英对人体肝癌细胞株(HepG2)中P53基因和P38 MAPK基因有诱导作用,在肺腺癌细胞株(SPC-A1)中仅见对P38 MAPK基因有诱导作用,P53蛋白未见阳性表达.     

纳米级与微米级二氧化硅粉尘对小鼠胚胎毒性的比较研究

目的比较研究纳米级(nm-)与微米级二氧化硅粉尘(μm-SiO2)对小鼠胚胎的影响,并观察胚胎Connexin32(Cx32)和Cx40基因有无点突变改变。方法5个实验组(零剂量粉尘组、μm-SiO250mg/m3组、μm-SiO2200mg/m3组、nm-SiO250mg/m3组、nm-SiO2200mg/m3组)共25只雌性小鼠,妊娠0日(E0)至E17日连续呼吸道染尘,观察妊娠期间母鼠体重变化,E18日取出胚胎,观察胚胎发育情况,并采用常规聚合酶链式反应(PCR)、聚合酶链式反应-单链构像多态性(PCR-SSCP)技术对胚胎的Cx32和Cx40基因进行点突变检测。结果E18日,各染尘组的母鼠体重均显著低于对照组;各染尘组的胚胎数、活胎数、胚胎体重显著低于对照组,nm-SiO2200mg/m3组活胎数显著低于nm-SiO250mg/m3组和μm-SiO2200mg/m3组,nm-SiO2200mg/m3组胚胎体重显著低于μm-SiO2200mg/m3组;nm-SiO2200mg/m3组死胎率和吸收胎率均显著高于对照组。Cx32和Cx40基因经检测未发现有突变者。结论SiO2粉尘具有小鼠胚胎毒性,微米级粒子粒径改变为纳米级后,毒性作用增强,且纳米级SiO2粉尘对小鼠胚胎有致死作用。两种粒径的二氧化硅粉体均未发现有致Cx32和Cx40基因点突变。     

陕西汉族人群细胞连接蛋白Cx37基因多态性分布

目的探讨心血管疾病相关的细胞连接蛋白37（Connexin37，Cx37）基因C1019T多态性在陕西汉族人群的分布。方法采用聚合酶链一限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）技术，对116例无血缘关系的健康陕西汉族人的染色体进行检测，分析基因型频率、等位基因频率分布，并与其他种族进行比较。结果Cx37基因C1019T等位基因频率为：C=68．5％，T=31．5％；基因型频率为：C／C=63．8％，C／T=30．2％，G／G=6．0％；其中男性等位基因频率为：C=76．1％．T=23．9％；基因型频率为：C／C=59．2％，C／T=33．8％，G／G=7．0％；陕西汉族人Cx37基因C1019T基因型频率和等位基因频率在男女之间差异无统计学意义，与瑞典人群相比差异有统计学意义（P〈0．05），而与日本、我国台湾人群相比差异无统计学意义（P〉0．05）。结论陕西汉族人Cx37基因C1019T基因型频率及等位基因频率与东方人种无差异，而有别于西方人种。     

HLA-DM基因多态性与子痫前期的相关性

目的 探讨HLA-DM基因多态性与子痫前期的相关性.方法 用序列特异性寡核苷酸探针杂交聚合酶链反应方法分别测定35例子痫前期患者及63例正常孕妇的HLA-DM基因型.结果 HLA-DMB*0103基因频率在子痫前期组比正常妊娠组明显升高,差异有显著性(x2=4.38,P＜0.05),其他各等位基因频率在两组间差异无显著性(P＞0.05).结论 HLA-DMB*0103频率在子痫前期患者中明显增多,提示HLA-DMB*0103可能为子痫前期的易感基因.     

胶东地区金黄色葡萄球菌消毒剂抗性基因的研究

目的 了解胶东地区临床分离的金黄色葡萄球菌中消毒剂抗性基因携带情况,为临床选择合适消毒剂提供理论依据.方法 采用VITEK-2 Compact自动微生物分析仪鉴定金黄色葡萄球菌；聚合酶链反应(PCR)检测509株金黄色葡萄球菌中mecA、qacA/B和qacC基因的分布.结果 509株金黄色葡萄球菌mecA、qacA/B和qacC基因的阳性率分别是57.9％、36.9％、8.8％;而在金黄色葡萄球菌mecA基因阳性(耐甲氧西林金黄色葡萄球菌)和阴性(甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌)中,qacA/B基因的阳性率分别为50.5％和18.2％,qacC基因的阳性率则分别为9.2％和8.4％.结论 胶东地区分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌中,qacA/B基因的携带率较高,且分布广泛,应引起感染控制部门的重视.