DNA条形码技术在河北省鼠疫疫源地鼠种鉴定中的应用

目的以河北省鼠疫疫源地常见鼠为对象,探讨DNA条形码技术在鼠类鉴定方面的可行性。方法2012年在河北省鼠疫疫源地内采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作剥制标本,提取基因组DNA,用通用引物PCR法扩增线粒体COⅠ基因,并测序。将测序结果与GenBank中其他鼠类物种的DNA条形码进行BLAST比对,并构建分子进化树。结果87份样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带,其中85份样本所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果一致,2份样本结果有差异,经反复鉴定头骨及形态标本,发现为现场鉴定错误。结论DNA条形码技术能够对鼠类进行有效的物种鉴定,同时还可以探讨啮齿动物属、种分类单元的系统发育问题。     

DNA条形码技术在陕西省鼠疫疫区宿主动物鉴定中的应用

目的 探讨DNA条形码技术在鼠疫疫区宿主动物鉴定中的应用,并建立陕西省鼠疫疫区宿主动物DNA条形码数据库.方法 运用DNA条形码技术检测陕西省定边县鼠疫疫区3目6科12属14种139只宿主动物以及7个鼠种8个不同部位的62份残体标本线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基基因序列.结果 种内遗传距离≤2％,种间遗传距离为8.9％～ 15.1％;邻接法系统树能区分14个不同物种的类群;采集的残体标本能检测到目的基因并用于鉴定;研究中还纠正了既往定边县鼠疫疫区黄鼠命名.结论 DNA条形码技术能弥补形态学鉴定的不足,可用于鼠疫疫区宿主动物及残体标本的分类鉴定.     

中国-哈萨克斯坦边境地区啮齿动物多样性调查

目的调查并分析中国-哈萨克斯坦边境(中哈边境)地区啮齿动物多样性状况,为该地区鼠传疾病的监测与控制提供基础数据。方法采用夹夜法在中哈边境中方一侧的伊犁、博尔塔拉、塔城和克拉玛依市等7个市(区、县)采集啮齿动物标本,并用DNA条形码技术对其进行准确鉴定。结果在7个市(区、县)的3类不同生境中共采集174份小兽动物标本,其中鼠类16种,分属鼠科、仓鼠科、跳鼠科、睡鼠科和松鼠科;鼩鼱科1种。通过DNA条形码鉴定技术鉴定了外部形态差别较小的普通田鼠和狭颅田鼠;依据形态特征鉴定的子午沙鼠DNA条形码与我国东部的子午沙鼠差异显著,提示子午沙鼠可能存在隐含种;1份鼩鼱标本为苔原鼩鼱。结论中哈边境地区的山地森林草甸草原和荒漠草原两类生境中啮齿动物具有生物多样性。我国子午沙鼠可能存在隐含种,新疆北部地区的子午沙鼠与其他地区的子午沙鼠有较大的遗传差异。通过DNA条形码技术可以准确地进行多样性分析。     

陕西省鼠疫自然疫源地新纪录鼠种的鉴定

目的对陕西省鼠疫疫源地定边县鼠疫监测中新纪录鼠种进行分类鉴定。方法运用形态学方法及DNA条形码技术进行鉴定分析。结果体长120～140mm,体重41.75～71.58g,颅全长<32mm,尾长超过体长1/3,全身灰褐色,腹面沙黄色;线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基基因序列与其他地区东方田鼠标本种内遗传距离最大为1%。结论定边县鼠疫疫区鄂尔多斯高原荒漠草原南部边缘地带盐碱滩地中捕获的田鼠标本,经形态鉴定及DNA条形码比对确定为东方田鼠。首次在陕西省定边县鼠疫自然疫源地记录东方田鼠,为进一步在该地区进行病媒、鼠疫及相关疾病监测提供了基础依据。     

DNA条形码技术在河北省坝上地区夜行鼠鉴定中的应用

目的以河北省坝上地区捕获的夜行鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠类鉴定。方法在河北省坝上地区采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作标本,提取DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,并测序。将测序结果与Gen Bank中其他鼠类的DNA条码进行Blast比对,并构建分子进化树。结果 36份样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带,所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果有所不同,经头骨鉴定,进化树结果正确无误,更正形态学鉴定结果。其中2只夜行鼠未能在Gen Bank中找到同源性较高的鼠类基因,且头骨受到严重损坏,暂无法确定鼠种。结论 DNA条形码技术能够对鼠类进行有效的物种鉴定。     

DNA条形码技术鉴定浙江省常见鼠形动物研究

目的利用DNA条形码技术鉴定浙江省常见鼠形动物。方法在浙江省嘉善县、龙游县、云和县和宁海县捕获野外鼠形动物,取鼠耳标本提取DNA,采用通用引物PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基I (COI)基因测序。将测序获得序列与Gen Bank中的序列进行Blast序列同源性比对,采用邻接法构建分子进化树鉴定鼠形动物,并与传统形态学方法鉴定结果进行比较。结果共扩增出22份COI标本,其中18份标本构建的进化树与传统形态学鉴定结果一致;3份标本的鉴定结果存在差异,臭鼩鼱(Suncus murinus)重新鉴定为大麝鼩(Crocidura lasiura),幼年黄毛鼠(Rattus losea)、幼年黄胸鼠(Rattus tanezumi)重新鉴定为幼年褐家鼠(Rattus rattus);1份形态学鉴定为幼年东方田鼠(Microtus fortis)的标本(编号:NH-1)在Gen Bank中同源性较低,有待进一步鉴定。结论 DNA条形码技术能有效更正传统形态学鉴定可能造成的错误,两种方法联合可提高鼠型动物鉴定的准确性。     

DNA条形码技术在兰州中川机场鼠类鉴定中的应用

目的调查兰州中川机场及其附近地区鼠类的组成,并利用DNA条形码技术对鼠种进行鉴定。方法 2015年1月—2017年7月,在中川机场及其附近地区采用笼夜法采集鼠类,提取鼠肾DNA,用PCR方法扩增线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因并测序,测序结果在DNA条形码专用数据库BOLD中进行比对,确定鼠种。利用Mega 6.0构建分子进化树。对于形态学和COⅠ基因鉴定结果不一致的样本,进一步通过细胞色素b(Cytb)基因进行分子鉴定。结果 118份样品均能扩增出特异性COⅠ基因片段,115份样本的分子鉴定结果与形态学结果基本一致,3份样本形态学鉴定结果与分子鉴定有差异,经Cytb基因序列比对及形态学反复鉴定,确定初步形态学鉴定结果有误,采用分子鉴定结果。结论 DNA条形码技术可以对鼠类进行有效鉴定,是对形态学鉴定的有力补充,为口岸病媒生物的快速识别和鉴定提供了科学依据。     

DNA条形码技术在1例社鼠鉴定中的应用

目的以捕获的未知鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠种鉴定,验证该方法在啮齿动物鉴定的可行性。方法以动物线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)作为目标基因,PCR扩增、测序。测序结果在美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上运用基于局部比对算法的搜索工具(BLAST)程序进行序列同源性比较和分析,检验其结果是否与该动物的外部形态和头骨标本鉴定结果相同。结果样本线粒体COI基因与基因库(GenBank)中编号为KJ152220.1的社鼠(Niviventer confucianus)同源性为99.01%,再结合形态学鉴定结果,可以确定该未知鼠种为社鼠,DNA条形码鉴定结果与形态学鉴定结果相一致。结论 DNA条形码技术可作为形态学鉴定的辅助方法,能用于鼠类标本的分类鉴定。     

DNA条形码技术在贵州茂兰鼠类鉴定中的应用

目的探讨基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对鼠类进行准确的鉴定。方法以贵州茂兰地区的3个常见鼠种21个鼠类标本为研究对象,提取基因组DNA,扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因片段并测序,将测序结果进行BLAST比对,基于双参数模型计算鼠种种间和种内遗传距离,构建分子发育系统。结果 DNA条形码检测技术可用于该地区鼠种的鉴定,并能纠正现场形态学鉴定的失误。结论研究结果表明DNA条形码技术是一种有效可靠、易于操作的鼠类鉴定方法,能纠正形态学鉴定中的错误。     

三江源地区食肉动物和小型兽类的种类与分布

目的了解三江源地区食肉动物和小型兽类的种类与分布。方法整理收藏动物标本,查阅资料,采用鼠夹法调查。结果在三江源地区有食肉动物和小型兽类4目11科27属51种。结论三江源地区喜马拉雅旱獭、根田鼠、小家鼠、长尾仓鼠、高原鼠兔、猫、犬、赤狐、沙狐、狼、艾鼬等广泛分布,其中喜马拉雅旱獭是青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的主要宿主。     

三峡库区沿江口岸鼠类及其分子鉴定特征研究

目的以三峡库区沿江口岸捕获的鼠类为研究对象,应用DNA条形码技术进行鼠类鉴定,分析各种鼠类的分子鉴定特征。方法在三峡库区沿江口岸采集鼠类标本,并保存整只鼠体,制作标本用于形态学鉴定,采集肝脏或肌肉组织,提取DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,并测序。将测序结果与Gen Bank中其他鼠类的DNA条码进行Blast比对,并构建分子进化树。结果共捕获4种61只鼠类,其中42份样本通过PCR扩增获得特异性COⅠ基因条带,所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果一致,但不同口岸鼠类在分子进化水平存在一定差异。结论分子鉴定技术能够应用于对三峡库区口岸鼠类进行有效的物种鉴定。     

4种DNA条形码在黄毛鼠种类鉴定中的比较

目的 比较CO Ⅰ、Cytb、16S rRNA、D-loop四个DNA条形码对黄毛鼠鼠种的鉴定效果.方法 将大榭港区捕获的1只黄毛鼠样本HX41,提取基因组DNA,使用特异性引物对线粒体CO Ⅰ、Cytb、16S rRNA、D-loop基因进行扩增并对扩增产物进行测序.将测序结果与GenBank中的相似鼠种DNA构建分子进化树进行同源性分析.结果 以CO Ⅰ、Cytb、D-loop基因所构建分子进化树中,黄毛鼠均能独立形成分支,且HX41均处于黄毛鼠分支上.HX41的CO Ⅰ基因序列与黄毛鼠HN158株遗传距离最为接近,值为0.0034;Cytb基因序列与黄胸鼠HN99株遗传距离最为接近,值为0.0355,但HN99鼠种数据存在错误;D-loop基因序列与黄毛鼠HN105株遗传距离最为接近,值为0.0439.由于现有GenBank中缺少黄毛鼠16S rRNA基因序列,无法构建进化树.结论 对鼠种进行分子鉴定时,有必要根据GenBank数据库的完整性和准确性选择合适的DNA条形码.     

国境口岸首次截获贪食睡鼠的分子鉴定及核酸序列分析

目的利用分子鉴定技术,对辽宁大窑湾口岸截获的1只鼠样本(从来自塞尔维亚的原木的集装箱中采集)进行种类鉴定。方法提取已风干鼠样本的基因组DNA,采用动物线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)的通用引物(COⅠ-1和COⅠ-2),进行靶DNA扩增并进行核酸序列分析。结果截获鼠样本的DNA条形码序列与Gen Bank中贪食睡鼠(Glis glis)的序列相似性最高为100%,鉴定为贪食睡鼠。为国境口岸首次截获该鼠种。结论加强出入境交通工具及集装箱鼠类监测工作,保障国境口岸的卫生安全。     

河南口岸截获未知蝇种细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因分析

目的应用DNA条形码技术对河南口岸截获的1只形态不完整的未知蝇类进行鉴定。方法利用以细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)为目的基因的DNA条形码技术,对该未知蝇类基因组DNA进行扩增、序列比对和分析。结果通过DNA条形码鉴定和序列比对,该未知蝇类的DNA条形码序列与BOLD中绯颜裸金蝇的序列同源性高达100%,确认该蝇种为绯颜裸金蝇。结论 DNA条形码技术弥补了传统形态学鉴定的局限性,在国境口岸医学媒介生物鉴定中有广阔的应用前景。     

粗野粉蝇的DNA条形码和形态鉴定

目的应用DNA条形码与形态分类相结合鉴定中山口岸入境船舶截获的雌性蝇类。方法 2015年3月26日,在中山小榄港口岸对截获的爱尔兰进口废旧瓦楞纸箱中的雌性蝇类进行DNA条形码与形态鉴定;与相似种伪粗野粉蝇进行形态与DNA条形码的比较。结果所截获的蝇类为雌性粗野粉蝇;粗野粉蝇与伪粗野粉蝇在形态上的区别较细微,而在658 bp的DNA条形码序列上有32个核苷酸的差异,差异高达4.86%,远大于DNA条形码2%的种判断界限。结论应用DNA条形码与形态分类相结合方法可以准确快速鉴定蝇类。     

利用DNA条形码技术鉴定陕西口岸输入性鼠类

目的利用DNA条形码技术鉴定在入境航空器中截获的1只鼠类。方法提取截获鼠类的肝脏DNA,通过PCR方法扩增细胞色素C氧化酶亚基I(cytochromecoxidase I,CO I)基因并测序。将测序结果进行比对分析,从而鉴定物种。结果成功扩增到该鼠类样本的CO I基因,通过序列对比和系统进化分析,显示该鼠序列与黄胸鼠同源性为100%,鉴定为黄胸鼠。结论 DNA条形码技术在啮齿动物鉴定中应用良好,是一种简单、快速、高效的鼠类鉴定方法 。     

DNA条形码技术在鉴定绥芬河口岸日本血蜱和嗜群血蜱中的应用

目的建立用DNA条码技术对绥芬河口岸两种形态学特征非常相近的嗜群血蜱和日本血蜱的鉴定方法,探讨DNA条形码在蜱类鉴定中的实用性。方法在黑龙江绥芬河口岸采集游离血蜱103只,形态学鉴定完毕后,提取蜱样本基因组DNA,采用PCR方法从2种血蜱基因组中扩增线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,测序后进行同源性分析,用Mega6.0软件构建系统发生树并进行系统进化分析。结果经形态学鉴定嗜群血蜱89只,日本血蜱14只;2种血蜱COⅠ基因之间的同源性为87.5%,嗜群血蜱与GenBank中编号KR108867.1公布的嗜群血蜱CO Ⅰ序列相似性为99.8%;日本血蜱与GenBank中编号KR108879.1公布的日本血蜱CO Ⅰ序列相似性为99.8%,与形态学鉴定结果一致。结论对于形态学特征相近蜱种的鉴定,在传统形态学分类的基础上结合DNA条码技术鉴定方法能更准确地鉴定蜱的种类,也能更好地了解其进化关系,为蜱传播疾病的预防控制提供依据。     

新截获中国未见分布种杜比亚丽蝇形态和DNA条形码鉴定

目的利用DNA条形码技术鉴定外来媒介生物,提高物种鉴定的速度与准确度。方法对2013年9月在中山神湾口岸截获来自澳大利亚的丽蝇进行形态与DNA条形码鉴定,通过与澳大利亚的蝇类专家进行标本交流,进一步确认鉴定结果;并与相似种螳丽蝇进行形态与DNA条形码上的比较。结果通过形态观察与DNA条形码鉴定,所截获的丽蝇为杜比亚丽蝇;经科技查新,确认为中国未见分布种。结论 DNA条形码是传统形态分类的有力补充,对在国境卫生检验检疫工作中及时鉴定媒介生物,减少媒介生物本身及其携带病原体的扩散,减少对公共卫生的安全威胁起到重要作用。     

用DNA条形码技术鉴定阿拉善黄鼠和达乌尔黄鼠

目的 探索阿拉善黄鼠和达乌尔黄鼠的分类鉴定方法。方法 运用DNA条形码技术测定两地黄鼠的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因序列,分析遗传距离,构建系统发育NJ树。结果 11份阿拉善黄鼠的种内遗传距离〈2%,4份达乌尔黄鼠的种内遗传距离〈1%,两地黄鼠的遗传距离介于8%~9%之间,同时,NJ树将两地黄鼠分成2个独立分支。结论 阿拉善黄鼠为独立物种。DNA条形码技术可用于黄鼠种类鉴定。     

北京市门头沟区小型兽类群落构成及鼠疫监测

目的 了解北京市门头沟区自然环境中小型兽类群落构成及其密度,并检测是否存在鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)感染.方法 2009-2011年采用夹夜法捕捉小型兽类,鉴定鼠种并计算捕获率;用笼捕法捕捉活鼠,取心脏血进行鼠疫F1抗体检测.结果 2009-2011年在门头沟区捕获小型兽类7种315只,其中啮齿目6种309只,食虫目1种6只,小型兽类捕获率分别为16.60％、4.62％和15.08％;大林姬鼠、北社鼠和黑线姬鼠的捕获率和构成比最高,3种鼠合计占捕获总数的95.18％、88.89％和96.84％.鼠疫菌F1抗体血清学检测标本49份,结果均为阴性.结论 北京市门头沟区鼠类血清学检测结果暂未发现鼠疫菌感染,不存在鼠疫自然疫源地.