全基因组低覆盖度测序结合传统细胞遗传学核型分析在罕见遗传病诊断中的应用

目的对1例NT增厚的彩超异常胎儿进行遗传学分析及诊断,探讨多种检测方法的联合应用在遗传病检测中的实际意义。方法采用全基因组低覆盖度测序(WGS)法检测胎儿染色体非整倍体及100kb以上的拷贝数微缺失/微重复,同时用常规G显带法对羊水行胎儿脱落细胞染色体核型分析。结果 WGS显示胎儿4q末端存在34.16Mb的重复合并18q末端存在19.97 Mb的缺失,经结合G显带核型分析最终确定该胎儿核型为46,XN,der(18)t(4;18)(q32.1;q21.3)。结论应用WGS结合染色体G显带核型分析技术,确诊了1例4q部分三体合并18q部分单体衍生的不平衡重排染色体的彩超异常胎儿,证明合理运用细胞遗传学和分子遗传学检测方法有助于对染色体异常的遗传学变异病例进行明确诊断。     

染色体微阵列技术检测父源性t(13;22)非平衡易位22q13缺失综合征一例及文献复习

目的 从遗传学角度分析22q13缺失综合征病因。方法 应用G显带的染色体核型分析技术及全基因组单核苷酸多态性微阵列分析技术（SNP-array）对一例22q13缺失综合征患儿进行遗传学检测，并对患儿父母进行外周血染色体核型分析，验证患儿染色体异常来源。以“t(13;22)”为检索词，在生物医学文献外文数据库（PubMed）、中国知网全文数据库（CNKI）、万方数据库、重庆维普学术期刊数据库进行检索，收集亲代遗传t(13;22)非平衡易位病例进行分析。结果 该例患儿母亲染色体核型分析结果为46,XX，患儿父亲染色体核型分析结果为46,XY,t(13;22)(q31;q13.3)，患儿SNP-array分析结果提示13号染色体长臂q31.1q34存在35.8 Mb片段重复，22号染色体长臂q13.3发生1.1 Mb片段缺失，染色体核型分析结果为46,XY,der(22)t(13;22)(q31;q13.3)pat。文献复习3例患者病例表现为智力低下、癫痫、面部畸形、房间隔缺损等，其中一例出生11 d死亡。结论 患儿遗传父源性der(22)t(13;22)(q31;q13.3)片段，13号染...     

高通量测序技术对60例不明原因智力低下、生长落后患儿的病因学分析

目的探讨60例不明原因智力低下、生长落后患儿的分子遗传学病因。方法收集2014年10月至2017年7月来南华大学附属郴州医院产前诊断中心就诊的60例不明原因智力低下、生长落后患儿,采集患儿外周血,分别进行染色体核型分析和高通量基因测序检测。结果 60例患儿其常规染色体核型分析结果均未见异常。高通量测序结果发现明确为染色体微缺失/微重复综合征10例,其中包括单纯微缺失片段7例,微重复片段2例,微缺失和微重复同时存在1例,另外发现疑似致病变异1例。结论通过高通量测序技术发现染色体微缺失微重复综合征是不明原因智力低下、生长落后患儿的主要遗传学病因之一,提示高通量测序技术有助于提高对患儿遗传学病因的诊断。     

SNP array技术检测自闭症患儿的拷贝数变异

目的探讨单核苷酸多态性基因芯片(SNP array)技术在自闭症患儿遗传学诊断中的临床应用价值。方法用SNP array技术对45例核型分析未见异常的自闭症患儿进行遗传学检测。结果良性基因组拷贝数变异(CNVs)的检出率为11.1%(5/45)、致病性CNVs的检出率为15.6%(7/45),未检出临床意义不明的CNVs(VOUS)。7个致病性CNVs包括4个微缺失(3p14.2p14.1、3p26.3、16p13.12p13.11、Xp22.2p22.33)和3个微重复(3p26.3、15q11.2q13.3、16p13.11p12.3)。结论 SNP array技术可提高自闭症患儿致病性CNVs的检出率,在自闭症患儿的遗传学诊断中具有较高的临床应用价值。     

染色体11q中间缺失致发育迟缓1例遗传学分析

目的探讨1例11号染色体长臂新发中间缺失患儿的临床表型和相关遗传学病因。方法 1例中度发育迟缓患儿,采用染色体核型分析G显带技术分析患儿及其父母的染色体核型,提取患儿及其父母全基因组DNA,采用染色体微阵列分析技术分析患儿及其父母的全基因组DNA拷贝数变异;查阅Decipher、OMIM、DGV等数据库,分析其遗传学检查结果。结果该例患儿父母外周血染色体核型分析和染色体微阵列分析结果均未见异常,患儿核型分析结果为46,XY,del(11)(q13.5q21),染色体微阵列分析结果为arr[hg19]11q13.5q21(76752340_93065447)×1,缺失片段大小为16.313Mb;查阅数据库未发现该缺失片段。结论该患儿11号染色体长臂中间缺失为新发缺失,可能与患儿中度发育迟缓的临床表型相关,从而导致其发育受限。     

Prader-Willi和Angelman综合征的分子遗传学诊断研究

目的用全基因组单核苷酸多态性微阵列芯片(SNP-array)对疑似Prader-Willi综合征(PWS)和Angelman综合征(AS)患儿进行细胞分子遗传学诊断,并根据检测结果对其家系下一胎进行产前遗传学诊断。方法对3位疑似PWS和AS患儿进行常规G显带染色体核型分析;提取患者外周血DNA进行SNP-array扫描,阳性结果进行父母样本的SNP-array检测用以溯源。提取患儿母亲羊水细胞的DNA进行产前诊断。结果 3位患儿常规G显带染色体核型分析未见异常,SNP-array结果显示其在15q11.2-13.1区域均存在杂合性染色体微缺失,缺失片段大小分别为5 782 312、4 846 881、4 881 390 bp;3位患儿双亲检测结果正常,提示这3个微缺失均为新发的从头(起始,de novo)。通过父母和患儿15q11.2-13.1区域的SNP基因型比较分析,判断1例缺失为父源性,另2例为母源性,结合临床症状和分子诊断结果,诊断1例为PWS,2例为AS。羊水细胞的SNParray检测结果显示,3个孕妇的胎儿未见染色体微缺失、微重复。结论 SNP-array技术可用于缺失型PWS和AS的分子遗传学诊断,为遗传咨询和产前诊断提供重要的遗传学信息。     

一例染色体微缺失和微重复患儿的细胞遗传学及分子生物学分析

目的 确定1例畸形儿的核型,探讨二代测序(NGS)技术在分子细胞遗传学中的应用。方法 对1例畸形儿、其父母及祖父三代人行外周血染色体G显带核型分析、NGS检测。结果 G显带染色体分析显示患儿、其父母及祖父核型均未见异常; NGS结果显示患儿46,dup(X)(q27.2q28); dup(Y)(p11.2p11.31); del(Y)(q11.223q11.23); del(9)(p23p24.3),其父母及祖父结果均未见异常。结论 通过NGS确定染色体微缺失及微重复是导致患儿多发畸形的主要原因。     

多色荧光原位杂交技术的临床应用

目的 检测来源不明的额外标记染色体和衍生染色体。方法 用多色荧光原位杂交技术结合G显带技术和NOR技术,对1例47,XY,inv（9）（p11q13）,＋mar和1例46,XY,t（5;？）核型进行诊断。结果 病例1的额外标记染色体片段来源于15号染色体,患者核型为47,XY,inv（9）（p11q13）,＋SMC（15）。病例2的核型为46,XY,der（5）t（4,5）（q27;q35）。在此基础上对患者的核型—表型进行了分析。结论 多色荧光原位杂交技术结合细胞遗传学核型分析,对于来源不明的标记染色体和衍生染色体的诊断是非常有帮助的。     

无创产前基因检测在血清学筛查结果为高风险的非高龄孕妇中的应用

目的探讨用无创产前基因检测(NIPT)对血清学标志物筛查结果为高风险的非高龄孕妇(18~34岁)进行产前诊断的意义。方法选取4 168例血清学标志物筛查结果为高风险的非高龄孕妇,用高通量测序技术检测孕妇血浆中胎儿游离DNA(cff DNA),对检测结果为高危的孕妇进行胎儿染色体核型分析,个别病例用微阵列比较基因组杂交技术(array-CGH)验证。结果 NIPT结果显示共有41例孕妇为高风险,阳性率为0.98%,包括32例21-三体综合征(T21),4例18-三体综合征(T18),1例13-三体综合征(T13),4例性染色体异常;经胎儿核型分析证实为30例T21,2例核型正常;另外9例NIPT检测其他染色体非整体结果为高风险者经胎儿核型分析证实为3例T18,1例T13,2例性染色体异常;1例经NIPT检测为45,XO,而胎儿核型分析为46,XX,del(X)(q23→q25),array-CGH验证缺失片段大小为11.6×106bp。结论 NIPT用于血清学筛查结果为高风险的非高龄孕妇检测可减少侵入性的产前诊断,但存在一定的假阳性,仍需有创检查进行确诊。     

孕妇血浆游离DNA高通量测序用于胎儿性染色体非整倍体检测的初步探讨

摘要：目的：初步探讨孕妇血浆游离DNA高通量测序用于产前胎儿性染色体非整倍体检测的效果及临床可行性。 方法：2011年至2012年收集早、中孕期单胎孕妇5 540例,在知情同意的原则下采集外周血血浆进行游离DNA的高通量测序检测,通过生物信息学分析,获得测序结果;对测序检出的性染色体非整倍体患者行羊水穿刺,进行染色体G显带分析。 结果：5 540例样本中测序方法共检出10例性染色体非整倍体,其中6例与G带核型分析结果一致,包括3例45,X,1例47,XXY,2例47,XYY,其余4例G带核型正常。 结论：孕母血浆游离DNA高通量测序可对性染色体非整倍体胎儿进行无创性产前检测,但存在假阳性,还需进一步完善实验方案以提高检测效果。     

新生儿22q11.2缺失综合征5例临床及基因分析

目的 分析22q11.2缺失综合征(22q11.2 deletion syndrome,22q11.2DS)的临床和基因特征,提高对新生儿期发病22q11.2DS的认识。方法 选择2018年2月-2021年10月新乡医学院第一附属医院新生儿科和中南大学湘雅二医院新生儿专科收治的22q11.2DS患儿,对其临床表现、诊断及基因检测结果等进行回顾性分析。结果 5例22q11.2DS新生儿患儿中男性3例,女性2例。早产儿2例,剖宫产4例。床旁胸片或超声发现胸腺小或缺如4例,术中发现胸腺缺如1例。4例有先天性心脏病(法洛四联征2例,室间隔缺损合并房间隔缺损2例)。感染不易控制2例,反复低钙血症2例。基因检测结果为新生变异4例,遗传自母亲1例;缺失片段大于2.45 Mb的3例,缺失片段3.0 Mb左右的2例。结论 新生儿期22q11.2DS主要表现为先天性心脏病和胸腺小或缺如,对怀疑该病的新生儿尽早行基因检测明确诊断,以指导进一步治疗。     

多发性骨髓瘤分子细胞遗传学异常的研究

目的探讨多发性骨髓瘤（MM）的分子细胞遗传学异常。方法应用CD138单克隆抗体磁珠分选系统纯化23例初治MM患者的骨髓浆细胞，结合一组探针和间期荧光原位杂交技术检测MM患者13q14缺失、p53缺失以及IgH基因重排的发生率。结果23例MM患者中，10例（43．5％）13q14缺失。阳性率为79％-96％；11例（47．8％）IgH基因重排；7例（30．4％）有13q14缺失和IgH基因重排；所有病例均未检测到p53基因缺失。结论13q14缺失及IgH基因重排在MM患者中的发生率较高；13q14的缺失和IgH基因重排的发生率同疾病进展、预后的关系有待进一步研究。     

1p/19q分子遗传学改变在少突胶质细胞瘤和星形细胞瘤鉴别诊断中意义

目的：探讨1p/19q分子遗传学改变在少突胶质细胞瘤和星形细胞瘤鉴别诊断中的意义。方法：少突胶质细胞瘤和星形细胞瘤共63例,采用荧光原位杂交技术检测染色体1p/19q分子遗传学改变。结果：1p/19q呈多倍体改变5例,其中星形细胞瘤3例,少突胶质细胞瘤2例;1p和19q杂合性缺失58例,其中少突胶质细胞肿瘤41例,星形细胞肿瘤17例。少突胶质细胞瘤染色体1p,19q及1p/19q缺失率分别为65.9％,68.3％和58.5％,星形细胞瘤分别为17.6％,29.4％和1 7.6％,差异均有统计学意义(P=0.001,P=0.006,P=0.004)。少突胶质细胞瘤中1p/19q杂合性缺失24例,21例(87.5％)有典型少突胶质细胞瘤形态学特征,1p/19q未发生缺失17例,9例(52.9％)有典型组织学特征,差异有统计学意义(P=0.014)。结论：少突胶质细胞瘤1p/19q杂合性缺失率高于星形细胞瘤。组织学特点较典型的少突胶质细胞肿瘤更倾向于合并1p/19q杂合性缺失。1p/19q多倍体多见于星形细胞亚型肿瘤。     

染色体18p部分缺失综合征导致发育迟缓的临床及遗传学分析

目的分析1例发育迟缓患儿的遗传学原因,探讨其染色体DNA拷贝数变异与表型的相关性。方法发育迟缓患儿1例,应用常规G显带核型分析患儿及其父母的染色体核型,应用微阵列比较基因组杂交技术分析患儿及其父母DNA拷贝数变异,并对核型分析结果进行精确定位。结果常规G显带核型分析示该患儿父母染色体核型正常,患儿为46,XX,del(18)(p11.2);微阵列比较基因组分析示患儿父母基因芯片检测结果正常,患儿18号染色体部分缺失,缺失区域为18p11.32-p11.21,片段大小为11.49 Mb。结论微阵列比较基因组杂交技术分辨率和准确性高,可对染色体微变异进行精确定位;18号染色体短臂部分缺失可能与患儿发育迟缓有关。     

无创产前检测技术检出5q15-21.3缺失1例

目的对1例无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)提示为del(5q15-21.3,13.43M)的孕妇进行产前诊断。方法对该孕妇进行羊膜腔穿刺抽取羊水,分别采用羊水细胞培养G显带核型分析技术和全基因组测序技术对胎儿无创检测结果进行验证。结果胎儿核型为46,XX,del(5)(q15q21.3),胎儿母亲核型为46,XX,父亲核型为46,XY;羊水细胞全基因组测序检测结果为46,XX,del(5q14.3q21.3).(90,871,585-106,715,288)×1;夫妻双方选择终止妊娠,引产胎儿表型未见明显异常。结论采用NIPT技术检出胎儿染色体的微缺失1例,并成功进行验证。     

全基因组拷贝数测序在颈项透明层增厚胎儿遗传学检查中的应用价值

目的探讨全基因组拷贝数测序(CNV-seq)技术在颈项透明层(NT)增厚胎儿遗传学检查中的应用价值。方法选取早孕期超声筛查显示胎儿NT≥3.0 mm的孕妇110例,收集胎儿绒毛或羊水样本,进行染色体核型分析及CNV-seq检测,结合基因组拷贝数变异(CNV)国际数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM、UCSC)、正常人基因组变异数据库(DGV)及PubMed数据库等公共数据库中的数据,对检出的CNV的致病性进行分析。结果 110例胎儿NT增厚的孕妇样本中,检出染色体核型异常26例(23.6%),其中25例为染色体非整倍体异常、1例为嵌合额外小标记染色体(sSMC)异常(嵌合比例为20%)。CNV-seq检出全部26例染色体数目异常及10例染色体微缺失/重复。CNV-seq检出的10例微缺失/重复样本中,有3例为可疑致病变异、7例为临床意义未明变异,明确定位染色体核型分析发现的1例胎儿携带的标记染色体来源于12 p13.33-p11.1(34.66 Mb,嵌合比例为20%)。结论 CNV-seq可在检测染色体非整倍体的同时检测微小变异,并能界定标记染色体的来源及片段大小,有利于提高对NT增厚胎儿遗传病因的诊断效率。     

α-地中海贫血/精神发育迟滞综合征X染色体相关基因的表达及1p/19q遗传学改变在星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤及少突星形细胞瘤诊断中的意义

目的 探讨a-地中海贫血/精神发育迟滞综合征X染色体相关基因（ATRX）的表达及1p/19q遗传学改变在星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤及少突星形细胞瘤诊断中的意义。 方法 星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤及少突星形细胞瘤共53例,采用免疫组化及荧光原位杂交技术检测ATRX的表达及染色体1p/19q分子遗传学改变。 结果 星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤及少突星形细胞瘤中ATRX突变率（ATRX表达为阴性）分别为60.0%、44.4%及50.0%;星形细胞瘤染色体1p及19q单缺失和1p/19q共缺失率均为0%,少突胶质细胞瘤缺失率分别为54.5%、0%和45.5%,少突星形细胞瘤缺失率分别为12.5%、0%和0%,少突胶质细胞瘤染色体1p/19缺失率（包括共缺失及单缺失）与非少突胶质细胞肿瘤（包括星形细胞瘤及少突星形细胞瘤）比较差异有统计学意义（P=0.032）。联合检测ATRX表达及1p/19q缺失情况,少突星形细胞瘤与星形细胞瘤及少突胶质细胞瘤比较差异有统计学意义（P=0.046,P=0.003）。 结论 染色体1p/19q缺失主要发生在少突胶质细胞瘤中,对少突胶质细胞瘤的诊断具有重要价值;少突星形细胞瘤与星形细胞瘤的遗传学分子改变具有一定的差异性。       

21例伴t(11;19)(q23;p13)白血病的临床和实验室特征

目的探讨伴t(11;19)(q23;p13)白血病临床实验室特点。方法回顾性分析21例初诊t(11;19)(q23;p13)患者的临床实验室资料,包括核型分析、荧光原位杂交、融合基因、细胞免疫表型等。结果 21例患者中,16例为t(11;19)(q23;p13.1),核型表现为(11q+,19p–),伴有融合基因MLL-ELL阳性。男7例,女9例。分型诊断:1例AML-M2,3例AML-M4,10例AML-M5,另2例为CMML;5例为t(11;19)(q23;p13.3),核型表现为(11q–,19p+),伴有融合基因MLL-ENL阳性。1例男性,4例女性。分型诊断:3例proB-ALL,1例preB-ALL,1例T-ALL。结论 t(11;19)(q23;p13)为少见的非随机染色体易位,t(11;19)(q23;p13.1)主要在成人急性髓系白血病(AML)出现,且与单核系相关,而t(11;19)(q23;p13.3)主要在婴幼儿及儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)中出现。     

全基因组低覆盖度测序技术检测胎儿先天性心脏病拷贝数变异

目的采用全基因组低覆盖度测序技术检测先天性心脏畸形(CHD)胎儿染色体基因拷贝数变异(CNVs),探讨胎儿期CHD遗传学特征。方法采集CHD胎儿脐带组织,用全基因组低覆盖度测序技术检测CNVs,分析其与临床参数的关系。结果22例CHD胎儿共检出CNVs异常8例,异常率为36.4%。其中致病性CNVs异常4例(18三体综合征、13三体综合征、Di George综合征、猫叫综合征各1例),致病性未知的CNVs异常(VOUS)5例,包括3q29del 1.66M、3q28del 0.24Mb、15q77.1q11.2dup 2.38Mb、Xdup 0.4M、Xq26.3dup 0.4Mb各1例。结论胎儿期CHD与CNVs关系密切,全基因组低覆盖度测序技术有助于发现与CHD遗传易感相关的CNVs。     

孕妇血浆中胎儿游离 DNA 在唐氏综合征无创性产前诊断中的应用研究

目的：探讨应用孕妇血浆中游离胎儿高通量基因测序技术在无创性产前诊断中的可行性。方法对3368例孕妇进行中孕期血清学筛查的同时,筛查出的高风险病例平行进行 cffDNA 高通量测序;对需进行产前诊断者,同时进行胎儿染色体核型以及 MLPA 分析。结果中孕期三联血清学筛查3368例,血清学筛查21三体高危共347例,经高通量基因测序技术检测后结果为唐氏高危20例;经 MLPA 分析,结果得出347例标本中21-三体病例为20例;最后通过羊水细胞核型分析证实20例与无创基因检测结果一致。应用孕妇血浆中游离胎儿 DNA高通量基因测序技术诊断胎儿的21号染色体非整倍体异常的敏感度为100．00％（20/20）,特异性为100．00％（347/347）,假阳性率为0．00％（0/347）。结论无创性产前诊断技术具有无创、准确、快速的诊断优势,该技术具有良好的临床应用前景。