基于网络药理学探究络石藤-牛膝药治疗关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学分析“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎（Arthritis）的潜在作用机制。 方法 通过检索中草药系统药理学数据库平台（TCMSP）进行药对“络石藤-牛膝”有效成分及靶基因筛选;以“Arthritis”为关键词,在GeneCards数据库、NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行人类基因检索并获得关节炎相关基因;将筛选出的药对靶点与疾病靶点输入韦恩图制作软件Venny2.1,获得共有靶点;运用STRING数据库进行PPI网络构建,Cystoscape构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;运用R语言软件对关键靶基因进行基因本体论（GO）功能富集分析及与基因组百科全书（KEGG）通路的集分析。 结果 从TCMSP中筛选获得络石藤9种化合物成分,94个靶点;牛膝获得21种化合物成分,205个靶点。Venny映射得到128个共有靶点,STRING数据库筛选出5个基因簇和4个核心基因构建PPI网络。GO功能富集分析显示,“络石藤-牛膝”药对涉及2329条生物过程,150项分子功能相关,60项细胞组成相关。通过KEGG通路富集分析,“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎富集到154条信号通路。 结论 基于网络药理学,从有效成分、基因靶点、信号通路等方面初步验证了“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制

目的采用网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制。方法应用TCMSP数据库获取蠲痹汤的活性成分和对应靶点,检索GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库和TTD数据库获得骨关节炎的治疗靶点。运用R语言软件(版本4.0.2)获得蠲痹汤治疗骨关节炎的交集靶点,使用Cytoscape软件(版本3.8.0)构建“活性成分—治疗靶点”网络并将关键成分进行排序,同时通过蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出其核心靶点。运用R语言软件对蠲痹汤治疗骨关节炎的作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用AutoDockVina(版本1.1.2)等软件对上述核心靶点及关键成分进行分子对接验证。结果应用TCMSP数据库共得到蠲痹汤活性成分165个及对应靶点2529个,药物药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集得到115个靶点,关键成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素等,核心靶点有STAT3、TNF、MAPK14等。GO富集分析得到2306个生物过程条目,144个分子功能条目,69个细胞组成条目;KEGG富集分析得到TNF信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路等相关通路。分子对接结果显示,蠲痹汤治疗骨关节炎的关键成分槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草酮A、刺芒柄花素与其对应的核心靶点有较好的结合性。结论蠲痹汤可能通过多成分、多靶点、多通路的相互作用发挥对骨关节炎的治疗作用。     

基于网络药理学分析冬虫夏草防治急性肾损伤的分子机制北大核心CSCD

目的：基于网络药理学分析冬虫夏草（CS）防治急性肾损伤（AKI）的分子作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库（TCMSP）筛选CS的有效成分和作用靶点,从DisGeNET、GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选AKI的疾病靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-成分-疾病-靶点”可视化调控网络,采用String在线数据库构建CS与AKI共同靶点的蛋白互作网络,DAVID数据库和KEGG数据库对共同靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,探讨其潜在分子机制。结果：CS中筛选得到有效成分9种,防治AKI的作用靶点63个。GO功能富集分析主要包括对药物的反应、信号转导、衰老、细胞增殖调控、细胞凋亡调控等。CS防治AKI的主要富集通路有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡通路、TNF信号通路、P53信号通路等。结论：通过网络药理学研究方法预测了CS防治AKI的有效活性成分及作用靶点,并通过PPI网络和KEGG富集分析推测了CS通过多条信号通路调节防治AKI,涉及细胞自噬、凋亡及炎症反应等多环节生物学过程。     

基于网络药理学和分子对接探讨斑蝥复方制剂治疗宫颈癌的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨斑蝥复方制剂治疗宫颈癌的生物活性成分以及潜在作用机制.方法:从中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和文献筛选确定相应的活性成分和药物靶点,通过Genecards、OMIM数据库收集宫颈癌靶点.运用STRING数据库借助Cytoscape3.8.2软件构建PPI网络图和"药物-成分-靶点-通路"网格.应用Metascape进行GO(Gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.采用Autoduck软件对具有代表性的活性成分和作用靶点进行分子对接验证.结果:通过筛选共确定34种活性成分和211个药物靶点与1218个疾病靶点,交汇得到110个交集靶点,其中核心靶点包括TP53、AKT1、MAPK1、TNF等;KEGG富集分析显示核心靶点主要与癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等密切相关.分子对接结果表明JUN和HSP90AA1与活性成分有着较好的结合亲和力.结论:本研究初步揭示了斑蝥复方制剂通过多组分、多靶点、多通路治疗宫颈癌的机制,为后续斑蝥复方制剂治疗宫颈癌的分子机制及新药的开发提供新的思路.     

枇杷清肺饮基于 MAPK/NF-κB 信号通路调控 HaCaT 细胞炎性损伤机制研究

目的：采用网络药理学和体外细胞实验研究枇杷清肺饮通过MAPK/NF-κB信号通路调控LPS诱导的HaCaT细胞炎性损伤机制。方法：通过TCMSP数据库、GeneCards、OMIM和TTD数据库,取枇杷清肺饮和痤疮交集靶点,使用STRING数据库建立PPI网络,DAVID数据库筛选靶点GO功能并进行KEGG通路富集分析,Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-KEGG-痤疮”网络,预测其作用机制。进一步采用细胞实验验证预测靶点的准确性,采用LPS诱导HaCaT细胞炎症模型,CCK-8检测不同浓度枇杷清肺饮含药血清对细胞活力的影响,qPCR和ELISA检测HaCaT细胞IL-1β、AKR1B1、IL-4、TNF-α的mRNA及蛋白表达水平,Western blot检测NF-κBp65、P38-MAPK和JNK-MAPK蛋白的表达水平。结果：通过网络分析可知,6种中药包含153个活性成分共304个靶标,与痤疮共有靶标基因118个,关键靶点涉及IL-1β、IL-4、TNF-α、AKR1B1等;GO功能富集分析得到条目1 922个（P<0.05）;KEGG通路富集分析筛选到131条信...     

基于网络药理学分析牛膝-桑寄生药对治疗骨关节炎的作用机制

文题释义： 网络药理学：基于系统生物学的理论,对生物系统网络进行分析,从成分-靶点-通路进行整体预测及阐明药物在体内的作用机制。 骨关节炎：是以中年后可动关节的关节软骨退行性变和继发性骨质增生为特征的慢性关节疾病,以关节疼痛、活动受限和关节畸形为主要表现,又称退行性关节炎。 背景：牛膝-桑寄生是临床治疗骨关节炎最常用的药物组合,但其药理机制尚不明确。 目的：基于网络药理学的方法,对牛膝-桑寄生的主要活性化学成分进行筛选,并收集化合物对应的靶点,构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络,对其治疗骨关节炎的药理作用机制进行系统阐述。 方法：利用TCMSP数据库获取牛膝-桑寄生药物活性成分及靶点,与DisGeNET和GENE数据库获取的骨关节炎疾病靶点映射,筛选出牛膝-桑寄生治疗骨关节炎的潜在靶点;利用String数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络及潜在靶点间的蛋白互作网络,同时通过Omicshare云平台和DAVID数据库分析潜在靶点的GO生物学功能和KEGG通路富集分析。  结果与结论：①从牛膝-桑寄生中共筛选出了21个活性成分及48个防治骨关节炎的潜在靶点;②GO富集分析共获取1 970个GO条目,其中生物过程1 862个,细胞组分占29个,分子功能79个(P < 0.01);③KEGG通路富集分析筛选出了76条牛膝-桑寄生防治骨关节炎的潜在信号通路(P < 0.01);④表明牛膝-桑寄生通过作用于多个靶点,影响不同的代谢通路,相互作用、相互协调,从而起到对骨关节炎的防治作用;⑤初步阐述了牛膝-桑寄生通过多成分-多靶点-多通路防治骨关节炎的作用机制,为骨关节炎的防治提供了新的思路与线索。 ORCID: 0000-0002-2014-9844(黄泽灵) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的分子机制。方法 利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索筛选郁金的有效成分，查询有效成分作用的靶点，利用UniversalProtein数据库（Uniprot）进行靶点注释；在Genecards和人类孟德尔遗传综合数据库（OMIM）检索乳腺癌相关基因；绘制有效成分作用靶点和乳腺癌相关基因的维恩图；使用Cytoscape3.7.2软件构建郁金-有效成分-靶点-乳腺癌网络；使用STRING平台构建蛋白互助网络（PPI network），并获取核心基因；运用Bioconductor进行GO生物过程富集及KEGG信号通路预测；运用Autodock vina软件对有效成分和靶点进行分子对接。结果 郁金筛选出有效成分15种，有效成分对应作用靶点78个，与乳腺癌交集靶点49个，预测郁金作用于乳腺癌主要成分为柚皮素（naringenin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）、谷甾醇（sitosterol），核心基因为AKT1、MAPK3等，GO功能主要涉及磷酸酶结合、G蛋白偶联胺受体活性、抗氧化活性等过程，KEGG信号通路4条，柚皮素...     

基于网络药理学的黄连治疗糖尿病的作用机制研究

目的 利用网络药理学手段研究黄连治疗糖尿病的作用机制。方法 从TCMSP数据库获取黄连的有效成分以及作用靶点,与GeneCards数据库中糖尿病的作用靶点取交集获取黄连治疗糖尿病的预测靶点,利用Cytoscape软件构建中药化合物-靶点网络及STRING数据库构建PPI网络,利用 DAVID在线工具进行GO功能分析及KEGG通路富集分析。结果 黄连的活性成分有14个,关键有效成分有11个,治疗糖尿病靶点137个。黄连主要活性成分作用的核心靶点为JUN、MAPK1、IL-6等靶基因,参与调控Insulin resistance,Regulation of lipolysis in adipocytes等多个信号通路。结论 黄连能发挥多靶点、多通路的协同治疗糖尿病作用。     

基于生物信息学的息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制

目的:挖掘中药复方息痛散的有效成分、预测其潜在功能靶标,通过网络药理学和实验验证的方法探讨息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制。方法:利用TCMSP、TCMID数据库筛选出息痛散的活性成分及靶标;通过NCBI、GeneCards数据库筛选痛风性关节炎的疾病靶点;将两者靶点通过Cytoscape软件构建蛋白互作网络图并进行拓扑学分析;筛选出核心靶点;通过R软件进行KEGG和GO富集分析;最后分子对接及Western Blot实验验证网络药理学富集分析结果。结果:共筛选出146个活性成分以及158个关键靶点,涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路和MAPK信号通路等,实验验证显示通路关键节点蛋白存在差异性表达。结论:本研究系统揭示息痛散通过多成分-多靶点-多途径共同调控痛风性关节炎的物质基础和作用机制,为中药复方息痛散的临床应用提供理论基础和科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探析健脾丸治疗慢性胃炎的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术，分析健脾丸治疗慢性胃炎的作用机制。方法:通过TCMSP数据平台、化学专业数据库及SwissADME平台筛选出健脾丸的主要成分，通过TCMSP数据库及SwissTargetPrediction平台对主要成分进行靶点预测，通过UniProt数据库获得对应的靶点基因，通过GeneCards数据库获取慢性胃炎的靶点信息，在STRING平台分别构建健脾丸和慢性胃炎的PPI network，导入Cytoscape软件，获取健脾丸治疗慢性胃炎的靶点信息，导入Metascape数据库进行KEGG富集分析，通过PubChem数据库及ChemDraw软件获得健脾丸关键活性成分的3D结构，通过PDB数据库达到已验证的与慢性胃炎相关的BBC3、IL-17A的蛋白结构，导入Autodock Vina软件进行分子对接，将结果导入Pymol软件进行可视化分析。结果:健脾丸治疗慢性胃炎的潜在关键成分主要有黄柏酮、槲皮素、表儿茶素、木犀草素、柚皮素等，可调控88个核心靶点，通过细胞凋亡信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、C型凝集素受体信号通路等多个信号通路发挥作用。结论:健脾丸通过多个成分、多个靶点、多条通路发挥治疗慢性胃炎的作用。     

生物信息学分析桑白皮汤治疗慢性阻塞性肺病急性加重的关键靶点和潜在机制

目的 运用网络药理学探究桑白皮汤治疗慢性阻塞性肺病急性加重期的关键靶点和分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索桑白皮汤的活性成分，预测其对应靶点；利用基因库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、药品数据与综合药物靶点信息DrugBank数据库检索慢性阻塞性肺病急性加重疾病相关靶点，利用全球蛋白质资源(Uniprot)数据库将预测靶点和疾病靶点名称标准化后筛选出交集靶点，利用Cytoscape3.6.0绘制并分析中药-成分-靶点网络图。将共同靶点导入检索互作用基因/蛋白质的搜索工具(STRING)数据库获得蛋白质相互作用网络并利用Cytoscape3.6.0 CytoNCA插件筛选出核心靶点。将共同靶点导入富集分析库(Metascape)数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析，并利用自动对接工具(Auto Dock Tools)软件进行分子对接。结果 桑白皮汤有效活性成分126个，预测对应靶点1351个，疾病相关靶点2296个，主要活性成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、 β谷甾...     

黄芪桂枝五物汤对颈椎病和焦虑症“异病同治”作用机制的网络药理学分析北大核心

背景:黄芪桂枝五物汤被广泛应用于颈椎病和部分情感障碍疾病的治疗,但其具体作用机制仍不明确。目的:通过网络药理学及分子对接方法初步探讨黄芪桂枝五物汤依据“异病同治”原则治疗颈椎病和焦虑症的共同作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库建库至2021-09-01有关黄芪桂枝五物汤、五味药物的有效活性成分及相应靶点。以“Cervical spondylosis”和“Anxiety disorder”为检索词,检索Genecards,OMIM,Pharmgkb,TTD以及DrugBank数据库建库至2021-09-01所有数据,挖掘颈椎病和焦虑症的疾病靶点;应用R软件对疾病与药物靶标映射获取共有靶点,通过Cytoscape 3.8.2软件和STRING平台分别构建“药物活性成分-靶点-疾病”关系与蛋白互作网络,筛选网络核心共有靶点;运用R软件对交集靶点进行GO富集分析以及KEGG路富集分析;应用Vina软件、PyMOL软件对网络关键交集靶点与主要活性成分分子对接和展示。结果与结论:①共筛选出黄芪桂枝五物汤药物有效活性成分73个,主要成分包括槲皮素、山奈酚和β-胡萝卜素等;②与疾病共有靶点19个,关键靶点为白细胞介素1、TP53、缺氧诱导因子1和丝裂原活化蛋白激酶1等;③分子对接结果显示,山奈酚可靶向调控白细胞介素1、TP53和缺氧诱导因子1;④GO初步分析结果表明,黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病和焦虑症的机制主要涉及活性氧代谢过程、炎症反应的调控、氧化应激反应及细胞凋亡等生物学过程;⑤KEGG分析结果表明,黄芪桂枝五物汤通过调节白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等126条共有通路发挥对颈椎病和焦虑症“异病同治”的作用;⑥上述数据证实,黄芪桂枝五物汤“异病同治”颈椎病和焦虑症可能通过槲皮素、山奈酚等活性成分抑制神经免疫反应、氧化应激反应和细胞凋亡等相关生物学过程发挥作用,以此为临床用药提供新思路,为基础实验提供理论依据。     

基于网络药理学探讨白藜芦醇抗衰老的作用机制

目的:运用网络药理学方法探寻白藜芦醇抗衰老的关键靶点及分子作用机制。方法:通过PharmMapper数据库查找白藜芦醇的作用靶点;采用GeneCards数据库搜索衰老的相关蛋白。将白藜芦醇作用靶点和疾病靶点取交集,即为白藜芦醇抗衰老潜在靶点。采用STRING数据库找出靶点的作用关系,以DAVID数据库分析结果,Cytoscape3.8.0软件构建药物-疾病-靶点-通路网络。结果:从PharmMapper得到的91个白藜芦醇(Resveratrol,Res)作用靶点,GeneCards数据库得到的474个衰老相关靶点,两者取交集后共得到22个白藜芦醇抗衰老的作用靶点。在蛋白相互作用网络中IGF1、ESR1、MAPK1和EGFR处于核心位置。在GO富集分析和KEGG通路分析中,EGFR、MAPK1和IGFR均存在于PI3K-Akt通路、FoxO通路和HIF-1通路中。在药物-疾病-靶点-通路网络中,EGFR和MAPK1处于核心位置。结论:Res通过EGFR、MAPK1、IGFR调节PI3K-Akt和FoxO通路抗衰老。     

基于网络药理学推测当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘(Functional constipation,FC)的作用机制.方法:基于公共数据库收集当归、肉苁蓉的活性成分、对应靶点信息和FC疾病靶点信息,交集靶点为共有靶点.Cytoscape 3.7.0构建"当归-肉苁蓉-活性成分-靶点网络"、"当归-肉苁蓉-活性成分-FC共有靶点网络",CytoNCA插件筛选关键基因,构建其蛋白互作网络,并通过DAVID数据库分别进行药物靶点和关键基因的GO功能和KEGG通路生物信息学分析.结果:收集到当归-肉苁蓉药对活性成分39个,包括β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等核心成分.成分相关靶点237个,FC疾病靶点2428个.当归-肉苁蓉药对靶点与疾病靶点的交集共有靶点132个,筛选到关键基因74个,涉及PTGS2、PTGS1、AKT1、VEGFA、TP53、CASP和MAPK等核心靶点.富集到TNF信号通路、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等112条FC相关通路信息.结论:初步表明当归-肉苁蓉可能通过β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等关键活性成分,参与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等调节肠道功能,发挥其多成分、多靶点、多通路治疗FC的作用.     

基于网络药理学分析三七治疗股骨头坏死的免疫炎症分子机制

文题释义： 三七：为五加科植物三七Panax notoginseng (Burk.)F.H.Chen的干燥根和根茎,具有通脉行瘀、和营止血、行瘀血而敛新血的功效。 网络药理学：融合了系统生物学和多向药理学的思想,从整体角度探索药物、靶点、疾病之间的相互关联性。 背景：近年来,临床上运用中药治疗早中期股骨头坏死获得了比较满意的疗效,但与西药相比,中药成分复杂、靶点和机制不清。网络药理学是一门新兴且热门的学科,网络药理学的整体性、系统性和注重药物间相互作用的特点与中医药学的基本特点相吻合, 符合中医药对疾病本质的认识。 目的：运用网络药理学方法筛选三七主要活性成分,构建活性化合物-靶点网络,对其治疗股骨头坏死的分子机制进行科学阐释。 方法：利用TCMSP数据库筛选出三七的作用靶点,OMIM、GeneCards数据库筛选出股骨头坏死疾病的作用相关靶点。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,Cytoscape构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络并进行网络拓扑学分析,通过生物学信息注释数据库(DAVID)分析靶点基因功能及信号通路,利用ClueGO插件进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。 结果与结论：筛选出8个三七化学活性成分,98个三七药物作用于股骨头坏死的潜在靶点。GO富集结果表明三七主要涉及细胞过程、代谢过程、对应激的应答等生物过程,KEGG靶点分析表明三七主要通过Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、核转录因子κB信号通路、氨基末端激酶/信号转导与转录激活子(JAK-STAT)信号通路影响来发挥免疫炎症作用。三七治疗股骨头坏死的过程体现了中药多成分-多靶点-多途径的作用特点,为三七抗免疫炎症作用机制的研究甚至进一步开展中药复方治疗疾病提供了新思路和新方法。 ORCID: 0000-0001-5801-8391(曾平) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理及分子对接预测青蒿素对银屑病的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术，探讨青蒿素防治银屑病的作用机制。方法 通过PubChem数据库和Swisstarget数据库获取青蒿素的主要有效成分及其作用靶点，从GeneCard数据库获取银屑病的治疗靶点，然后利用STRING数据库和Cytoscape构建靶点PPI网络，并进行聚类分析和筛选关键靶点。利用R软件进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和目标基因可视化。最后通过AutoDock软件对青蒿素与靶基因进行分子对接验证。结果 共获得41个交集靶点，通路富集分析显示，这些靶点通过调节神经营养蛋白信号通路、血清素突触通路等发挥防治银屑病的作用。对接结果显示，青蒿素可与关键靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK14、MAP2K1匹配。结论 通过网络药理学及分子对接的方法，找到了青蒿素治疗银屑病可能的潜在靶点，预测了其发挥药理作用的关键通路。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨宁脂胶囊治疗高脂血症的作用机制

目的 筛选降脂中药宁脂胶囊的潜在药理靶点,探讨其作用机制。方法 通过BATMAN-TCM数据库获取宁脂胶囊组成药物的成分及预测靶点;通过DisGeNET与GeneCards数据库获取高脂血症相关靶点。使用Venny2.1.0工具对药物靶点和疾病靶点进行映射,获得共同靶点,作为潜在药理靶点。接着对共同靶点进行蛋白质互作分析(STRING)、基因本体论及通路富集分析(DAVID)。最后使用SwissDock进行分子对接验证。结果 发现宁脂胶囊预测靶点1 432个,高脂血症相关靶点87个,筛选两者共同靶点32个,涉及宁脂胶囊64种潜在药理成分。其中郁金、姜黄、蒲黄的潜在药理靶点最多;决明子、姜黄、郁金的潜在药理成分最多。载脂蛋白E(APOE)、一氧化氮合酶3(NOS3)和过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARA)的高脂血症相关性评分最高,蛋白质互作较多,为潜在核心靶点。DNA转录相关生物学过程被显著富集,胆固醇代谢、cGMP-PKG、PPAR信号通路分别涉及APOE、NOS3、PPARA。分子对接显示结合活性较好。结论 宁脂胶囊的潜在药理成分较多,降脂的关键药物包括郁金、姜黄、蒲黄和决明子。...     

基于网络药理学分析五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制

文题释义：网络药理学：是基于系统生物学和药代动力学的理论，对生物信息的网络分析，选取特定节点进行多靶点药物分子设计，以多靶点作用、多种信号途径综合分析为特点，旨在预测药物治疗疾病的潜在机制，提高临床研究成功率，减少研究经费的新兴学科。 关节假体周围感染：是人工关节置换术后的一种极具破坏性的并发症，主要由金黄色葡萄球菌等致病菌引起假体周围发生化脓性感染及假体表面形成生物膜为主要特点，临床表现为术口及周围红、肿、热、痛，窦道形成，渗液流脓等。 背景：五味消毒饮在临床中已被用于治疗关节假体周围感染，但因五味消毒饮所含有效成分复杂，其分子作用机制尚不明确。 目的：探究五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制。方法：通过中药系统药理学成分分析数据库(BATMAN-TCM)预测获得五味消毒饮的有效化合物及靶点基因，利用GeneCards和OMIM数据库获得关节假体周围感染疾病的相关靶点基因，取两者交集后得到五味消毒饮-关节假体周围感染疾病交集基因。随后采用STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络(PPI)，根据度值筛选核心基因。将交集基因输入Cytoscape 3.7.2软件以构建WWXDY-靶点-关节假体周围感染可视化网络图，并借助DAVID在线工具进行交集靶点的基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，探讨其抗关节假体周围感染的作用机制。结果与结论：①从BATMAN-TCM平台共预测出五味消毒饮的有效化合物37个，作用靶点共914个；从GeneCards和OMIM数据库筛选出关节假体周围感染疾病的相关靶点基因286个；取交集获得药物与疾病交集靶点39个，经筛选得到核心基因16个；②GO分析结果显示，交集靶基因的生物过程主要是趋化因子生物合成过程的正向调控、蛋白激酶B信号、炎症反应、脂多糖媒介的信号通路、细胞因子分泌的负调控参与免疫应答等；分子功能为细胞因子活性、生长因子活性、ICAM-3受体活性、Ⅲ型转化生长因子受体结合、前列腺素-内过氧化物合酶活性；细胞组分为细胞外空间、细胞表面、细胞膜外侧面、胞外区、整合蛋白αL-β2复合体；③KEGG通路富集结果主要涉及类风湿性关节炎、疟疾、细胞因子-细胞因子受体相互作用、南美锥虫病、利什曼病、炎症性肠病、阿米巴病、肿瘤坏死因子信号通路、肺结核、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路；④提示五味消毒饮治疗关节假体周围感染疾病的作用机制呈多个有效化合物、多个作用途径以及多个靶点基因的特点，为后续实验提供了新思路、新方向。ORCID: 0000-0001-5949-6483(张海涛) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：人工关节；骨植入物；脊柱；骨折；内固定；数字化骨科；组织工程     

从生物信息与网络药理角度认识姜黄素治疗膝骨关节炎的分子机制

背景:姜黄素是由中药姜黄中提取的一种植物多酚,可用于治疗膝骨关节炎,但具体机制尚不清楚。目的:基于生物信息学和网络药理学初步分析姜黄素治疗膝骨关节炎的分子机制,为膝骨关节炎的治疗提供新的研究方向。方法:通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)数据库、蛋白质-化合物作用网(STITCH)数据库、Drugbank数据库、SEA数据库、SwissTargetPrediction数据库、药物靶标的蛋白质数据库(Binding DB)预测姜黄素的相关作用靶点,再结合基因表达数据库(GEO)公共数据库中关于姜黄素的相关芯片,使用GEO2R在线分析工具分析得到差异基因;同时检索治疗靶点数据库(TTD)、人类孟德尔遗传病(OMIM)数据库、DisGeNET数据库、Drugbank数据库和GeneCards数据库获得膝骨关节炎相关疾病靶点,明确姜黄素治疗膝骨关节炎的作用靶点,通过设置degree值得到关键靶点。利用STRING数据库构建药物-疾病共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系;并利用R语言对药物-疾病共同靶点进行GO分析和KEGG通路分析;利用IGEMDOCK软件对关键靶点进行分子对接。结果与结论:①通过检索上述药物数据库共获得姜黄素相关靶点339个;检索GEO数据库确定姜黄素相关序列号为GSE10896的芯片,筛选出397个差异基因;②检索上述疾病数据库共获得膝骨关节炎相关疾病靶点1903个,其中典型靶点有AKT1、NFKB1、RELA和IKBKB等;③利用STRING数据库构建129个共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系网络图;④GO分析功能富集显示,姜黄素治疗膝骨关节炎的生物学进程主要涵盖DNA结合转录因子、DNA结合转录激活剂活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、内肽酶活性、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性、核受体活性、配体激活的转录因子活性、金属肽酶活性和磷酸酶结合等,信号通路主要表现为PI3K-Akt、MAPK、白细胞介素17、肿瘤坏死因子和缺氧诱导因子1信号通路;⑤分子对接结果显示关键靶点胰岛素样生长因子1受体、雌激素受体、EGFR、CYP19A1与靶蛋白有良好的亲和力;⑥结果证实,姜黄素治疗膝骨关节炎的机制涉及MAPK3、EGFR、雌激素受体1、MDM2、CYP19A1、MAPK14、雌激素受体和胰岛素样生长因子1受体共计8个关键靶点,还涉及PI3K-Akt、MAPK、白细胞介素17、肿瘤坏死因子和缺氧诱导因子1等主要信号通路,各靶点与各通路之间产生的交叉作用,可能会抑制炎症反应和软骨细胞凋亡,从而治疗膝骨关节炎。     

基于网络药理学及实验验证探讨黄连治疗龋齿的作用机制

目的探索使用网络药理学方法和动物实验研究黄连治疗龋齿的作用机制。方法通过中药系统药理学(TCMSP)数据库与分析平台筛选出黄连有效成分及其靶点,并通过GeneCards数据库在线检索疾病靶点。在Venny 2.1网站筛选出黄连和龋齿的交集靶点,并将交集靶点在线进行蛋白-蛋白相互作用分析和基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。然后,使用Cytoscape制作"成分-靶点-通路"网络图。将大鼠随机分为模型组和黄连组,建立龋齿大鼠模型。模型组大鼠用浸有150 μl 0.9%氯化钠溶液小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min,黄连组大鼠将浸有黄连(5.8 mg黄连融入150 μl 0.9%氯化钠溶液)的小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min。2组大鼠每周处理1次,连续处理4周。对变异链球菌菌落数进行计数,并采用酶联免疫法检测血清丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、JUN、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)蛋白表达。结果黄连中有11个有效成分,通过干预54个靶点,调节多个分子通路,从而治疗龋齿。槲皮素、小檗碱、黄藤素、小檗浸碱和四氢小檗碱等是核心成分,AKT1、JUN、IL-6、TNF、Bcl-2为核心靶点。GO分析显示,BP主要包括细胞因子活性、信号受体激活剂活性、信号受体调节剂活性、细胞因子受体结合和受体配体活性等;CC主要包括对脂多糖的反应、对细菌分子的反应、细胞对脂质的反应、炎症反应和细胞群体增殖负调控等;MF主要包括膜筏、膜微区、细胞外基质、外部封装结构和质膜蛋白复合物等。KEGG分析显示晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、TNF、IL-17、Toll样受体、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、核因子-κB(NF-κB)、表皮生长因子受体(EGFR)、Janus激酶-信号转导子与转录激活子(JAK-STAT)、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)等信号通路与黄连治疗龋齿相关。动物实验结果显示,黄连治疗后血清Bcl-2蛋白表达增加,血清AKT1、JUN、IL-6、TNF等蛋白表达减少。结论黄连可以通过多种通路参与调控龋齿的靶点,具有良好的治疗效果和广泛的作用机制,有望成为开发治疗龋齿的中成药的重要组分。