组织微阵列技术及其应用

介绍了组织微阵列的制作流程 ,重点描述了组织微阵列技术在以下三个方面的应用 :对已有的研究结果和统计学结论的重复 ;与基因微阵列联合使用 ,研究基因在不同条件下的差异表达 ,及差异表达基因在不同的组织标本中的表达情况 (包括拷贝数、组织学定位 ,基因编码蛋白为抗体的免疫组化研究等 ) ;与临床研究紧密结合 ,研究某些分子的变化与肿瘤治疗、预后间的关系。简要说明了组织微阵列技术存在问题和发展趋势     

胶原性关节炎大鼠滑膜基因表达谱研究

cDNA微阵列（又称基因芯片）技术是一种基因表达水平检测的高通量技术,根据遗传学中心法则,利用基因互补配对原理,在同一载体上同时进行多基因检测,能同时准确而且快速地获得成千上万个基因在mRNA水平的表达信息.类风湿关节炎（Rheumatoid arthritis,RA）是一种以关节滑膜炎为主的自身免疫性疾病,致残率极高.滑膜类肿瘤样病变、软骨基质损害是其病理特点,认为是一种多因素参与,多基因改变协同作用的结果.为了获取更多基因表达信息,本研究采用含588个cDNA克隆的大鼠基因表达谱微阵列检测胶原性关节炎大鼠滑膜基因谱表达,并与正常大鼠进行比较.获取差异表达基因,为探讨类风湿关节炎病理机制提供线索.     

微阵列技术及其应用

微阵列技术是在一小片固相基质上储存大量生物信息的新技术。应用微阵列可在基因组水平研究基因表达 ,进行基因的功能分析 ,基因制图和基因测序 ,检测基因突变及多态性 ,真正实现了基因分析的大规模、平行、小型和自动化     

ALK表达是WNT活化型儿童髓母细胞瘤新的标志物和预后良好指标

<正>ALK基因重排已被证实存在于包括神经母细胞瘤在内的多种肿瘤中,ALK表达与不良预后相关。近期发现在儿童脑髓母细胞瘤中存在ALK基因突变,微阵列数据表明,ALK在这些肿瘤的亚型中呈高表达。为此,作者对ALK表达与髓母细胞瘤的转录模式及临床特征的相关性进行分析。作者分别从RNA和蛋白水平分析116例儿童髓母细胞瘤患者的ALK表达情况。RNA水平及蛋白检测分别采用NanoS tring技术及免疫组化技术,结果显示,髓母细胞瘤的4     

应用微阵列初步分析髓母细胞瘤的基因表达谱

目的　应用微阵列技术研究髓母细胞瘤的分子发病机理。方法　收集新鲜髓母细胞瘤 4例及正常脑组织 1份的组织标本 ,提取总 RNA,逆转录成 32 P标记的 c DNA探针 ,与 Atlas人肿瘤芯片杂交 ,通过放射自显影获得基因谱 ,应用 Atlas Image TM1.0 1a分析。结果　与正常脑组织相比 ,髓母细胞瘤下调基因 6个 ,上调基因 35个 ;逆转录 -聚合酶链反应技术验证结果与芯片检测结果相符。除少数基因外 ,大部分基因的表达趋势与肿瘤生物学特性相符。结论　髓母细胞瘤是与星形细胞起源胶质瘤具有不同分子发病机理的多基因病变 ,不同基因之间可能存在复杂的相互作用和联系 ,值得进一步研究。     

胃癌基因表达谱的cDNA微阵列与聚类分析

目的 分析胃癌与非肿瘤胃组织中基因表达特征，探讨其生物学意义。方法 提取18例进展期胃癌患者术前未行治疗的新鲜肿瘤和非肿瘤胃组织总RNA，逆转录标记cy5和cy3制备cDNA探针，与148个基因组成的cDNA微阵列杂交，应用平均联接等级聚类和微阵列数据显著差异分析(significance analysis of microarrays，SAM)方法分析146个符合入选条件基因的实验数据。结果 胃癌与非肿瘤胃组织各被聚为一类，胃癌和非肿瘤胃组织又分别聚为两个亚类。基因在两种组织表达有3个特征，明显基因表达差异表现在特征B和特征C．特征B基因在胃癌组织呈低表达或不表达，特征C基因在胃癌组织呈高表达。在特征A，T2-S2亚类与T1和T2-S1亚类的基因表达存在差异性，然而13例患者的配对胃癌与非肿瘤胃组织有相似基因表达。结合SAM分析，从特征B和特征C分别检出19个和12个在两种组织间呈差异性表达基因。结论 cDNA微阵列实验结果客观地反映了胃癌和非肿瘤胃组织的基因表达特征，可以将胃癌与非肿瘤胃组织各聚为一类．胃癌组织之间基因表达既有相似性，又有异质性，反映了胃癌基因表达变异的复杂性．应用cDNA微阵列技术研究胃癌基因差异性表达特征，有助于阐明胃癌发生、发展的分子基础，为胃癌早期诊断和预后评估的生物标记物研究提供科学依据．     

Dandy-Walker综合征与7号染色体微缺失

目的 应用微阵列比较基因组杂交技术探讨Dandy-Walker综合征的遗传学病因.方法 选取8例经产前超声检查提示发生Dandy-Walker畸形且常规G显带染色体核型分析未发现异常的胎儿病例,按照标准的Affymetrix cytogenetic 2.7 M微阵列芯片的操作手册进行杂交、洗涤及全基因组扫描,并应用相应的计算机软件分析结果.结果 微阵列比较基因组杂交技术检测提示3例Dandy-Walker畸形胎儿的染色体7p21.3区DNA拷贝数发生了缺失或重复,异常片段中包含与脊髓小脑疾病相关的NDUFA4和PHF14基因.结论 染色体7p21.3区DNA拷贝数的异常改变是Dandy-Walker综合征的病因之一,其发病机制可能与NDUFA4和PHF14基因的表达异常有关.     

胃癌组织常规切片和组织微阵列p53蛋白表达的比较

传统的检测肿瘤组织相关基因蛋白是用大组织切片免疫组化方法 ,每张切片只能检测 1例 ,因而显得费时、使用试剂量多 ,且不同病例间因方法误差可产生结果误差。近年发明的组织微阵列方法〔1〕,可在一个蜡块上排列数百例组织芯 ,通过一张切片可同时检测数百例组织的基因蛋白表达 ,明显提高了检测的效率 ,避免不同组织间免疫组化方法的误差。但组织微阵列所用的组织很小 ,直径仅 0 6mm ,且肿瘤细胞具有异质性 ,小块组织是否因代表性不足而影响到组织微阵列结果的判断 ,尚需要很多实际工作的验证。本文比较了胃癌组织常规切片和组织微阵列p5 3…     

稳定表达hTERT/Luc的小鼠黑色毒瘤肺转移模型的建立

目的 建立稳定共表达荧光素酶基因和人端粒酶逆转录酶(hTERT)的小鼠黑色素瘤B16细胞系,并通过尾静脉注射的方式建立小鼠肿瘤肺转移模型.方法 利用DNA重组技术将hTERT基因和荧光素酶基因Luc定向插入到真核表达载体,构建真核表达质粒pIRES-neo-hTERT和pIRES-hyg3-Luc,利用阳离子脂质体LipofectamineTM 2000共转染小鼠黑色素瘤B16细胞,经G418及潮霉素B加压筛选出稳定转染的细胞株.应用Western blot法及免疫荧光法检测hTERT和Luc基因在B16细胞中的表达;将稳定共表达hTERT和Luc的B16-hTERT/Luc细胞株通过尾静脉注射的方式接种雄性C57BL/6小鼠建立肿瘤肺转移模型,并通过活体成像技术检测小鼠肺部肿瘤的生长.结果 建立了稳定共表达hTERT和Luc的小鼠黑色素瘤B16单克隆细胞株B16-hTERT/Luc,经检测hTERT基因和荧光素酶基因Luc在单克隆细胞株中的表达分别为84％和98％.通过尾静脉注射的方式成功建立了小鼠肿瘤肺转移模型,应用活体成像技术能方便地检测到B16-hTERT/Luc肿瘤在小鼠体内的生长情况.结论 成功建立了可用于活体成像技术检测的稳定表达hTERT的小鼠黑色素瘤肺转移模型.     

应用微阵列初步研究少支胶质细胞瘤的基因表达谱

目的：应用微阵列研究少支胶质细胞瘤的基因表达谱。方法：从2例新鲜少支胶质细胞瘤及1份正常脑组织标本中提取总RNA，逆转录为^32P标记的cDNA、与Atlas微阵列杂交，洗膜、放射自显影，应用专用软件分析所得杂交图。结果：与正常脑组织相比，2例少支胶质细胞瘤共有63个基因表达上调，4个基因表达下调。2例肿瘤间基因表达量有显著差异。部分基因的表达趋与已知基因信息不同。结论：Atlas微阵列可高效显示少支胶质瘤的基因表达谱，并为进一步肿瘤分子发病机理提供新信息。     

卵巢良性肿瘤组织和卵巢上皮癌组织基因表达差异的研究

目的 探讨卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.方法 采用含384条肿瘤相关基因的cDNA阵谱检测了卵巢上皮癌组织及卵巢良性肿瘤的基因谱,分析卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.结果 在384条候选基因中,与卵巢癌相关的差异表达基因36条,其中23条表达上调,13条表达下调.结论 cDNA阵谱技术是筛查卵巢癌相关基因的有效方法.     

DNA微阵列的数字图像处理

从微阵列图像中提取基因表达和识别基因，并进一步测定基因的功能是DNA微阵列研究的主要目标，而微阵列图像处理通过定位和提取每个cDNA靶点上探针的信号强度，并通过计算平均灰度值和分析强度比率等为生物学家进行更高层的基因分析提供必要条件，本文介绍采用红绿双色荧光标记杂交实验进行微阵列图像处理几个关键步骤；微阵列靶区的分割，背景强度的提取，靶点检测，靶点灰度提取、靶点表达程度分析。     

基于小波变换-SAM方法的差异表达基因筛选研究

目的 基于微阵列表达数据,探索差异表达基因筛选的新的有效方法.方法 采用基于小波变换-SAM方法,通过调节△值,计算对应的假阳性率(FPR),从而筛选差异表达基因.结果 相对于小波变换前,基于小波变换-SAM方法 获得更好的筛选效果.结论 本方法适用于微阵列表达数据.获得更好的差异表达基因筛选效果,并且比传统的方法更具灵活性.     

三种比较基因组杂交技术及其在肿瘤研究中的应用

比较基因组杂交技术作为一种新型细胞一分子遗传学技术,已成为近年广泛应用的重要技术,其主要应用于实体瘤领域的研究中.高分辨比较基因组杂交在传统的比较基因组杂交基础上提高了分辨率,具有耗费低、分辨率较高、诊断效率高等特点而具有较好的临床应用前景.而微阵列比较基因组杂交不仅使分辨率提高,甚至可以确定肿瘤相关基因并提供精确的定位,该技术在肿瘤的临床研究及临床应用上具有重要意义.本文则对上述方法及其在肿瘤研究中的应用作一综述.     

噬菌体抗体微阵列的研究策略

抗体微阵列技术是近年来发展起来的一项蛋白质组学研究技术,广泛应用于蛋白质组学研究、医学基础与临床诊断等研究领域.抗体微阵列构建过程中的关键技术为高通量抗体制备技术及抗体固定技术.噬菌体抗体微阵列技术能很好地解决抗体来源问题及抗体固定问题,是抗体微阵列的发展方向.本文简要介绍了噬菌体抗体微阵列技术的研究策略及研究进展情况.     

应用DNA微阵列技术检测缺失型DMD/BMD患者的研究

目的研究Duchenne型肌营养不良（DMD）/Becker型肌营养不良（BMD）患者基因缺失检测的可行技术。方法应用分子克隆的方法扩增DMD基因18个常见易缺失外显予片段，以此作为探针制备出简易DNA微阵列，对30例DMD/BMD患者和5例健康对照的基因进行检测分析。部分结果与PCR方法比较结果一致性。结果应用简易DNA微阵列检测出21例DMD/BMD患者具有不同程度的外显予缺失，10例经PCR检测得到了完全验证。结论DNA微阵列技术检测缺失型DMD/BMD患者简便、准确、灵敏，具有临床应用价值。     

新的肿瘤抑制基因-ARLTS1

小分子GTP蛋白涉及肿瘤发生中多条信号通路的改变.类核糖基化因子肿瘤抑制基因1(ADP-ribosylation factor-like tumor suppressor gene 1 ,ARLTS1),是小分子GTP蛋白Ras超家族中ARF家族的成员之一.该基因是低显性基因,可因启动子超甲基化而失调.有两种ARLTS1的多态性与肿瘤的家族风险相关.ARLTS1表达下调与部分肿瘤发生有重要关系,而恢复其表达则会诱导caspase依赖的细胞凋亡发生,并减少肿瘤的体内生长.通过基因微阵列实验发现,转导ARLTS1基因诱导细胞凋亡过程中众多涉及细胞存活、增殖和发育的信号通路.     

基因芯片技术在肿瘤研究中的应用

基因芯片技术是 2 0世纪 90年代发明的高效率核酸分析技术之一 ,可以将生命科学研究中许多不连续的分析过程连续化和微型化 ,同时检测比较生物样品中多个已知或未知序列的表达状况。近来研究证实 ,肿瘤的发生、发展是一个复杂的多阶段过程 ,是多种肿瘤相关基因表达失常或许多肿瘤抑制基因失活所致。基因芯片为研究肿瘤发生发展中的基因开关及表达程度提供了强有力的工具 ,被越来越多的肿瘤生物学家用来比较肿瘤组织与相应正常组织间的基因表达差异 ,分析肿瘤生长的各期相关基因的表达模式。基因芯片技术在肿瘤研究领域中具有重要应用价值。1…     

基因组差异甲基化片段筛选技术

分离和鉴定细胞之间的差异甲基化片段,不仅有助于了解基因的功能、分离疾病相关基因,而且可以发现与细胞分化或病变相关的甲基化标记。目前筛选差异甲基化DNA片段的方法主要有:甲基化敏感的限制性界标基因组扫描、甲基化敏感的代表性差异分析、甲基化敏感的限制性指纹技术、甲基化CpG岛扩增-代表性差异分析、微阵列技术等。其中微阵列法又先后建立有CpG岛微阵列、寡核苷酸微阵列和表达CpG岛序列标签微阵列。这些方法各有特点和适用范围,应根据具体研究目的和工作条件进行恰当的选择。     

Galectin-3与CDC25B在胃癌中的表达及意义

目的 探讨半乳糖凝集素3 mRNA(Galectin-3)和细胞分裂周期蛋白25B mRNA(cell division cycle 25B,CDC25B)在胃癌中的表达及其与临床病理参数及预后的关系.方法 应用组织微阵列技术和原位杂交法检测220例胃癌组织和31份正常胃黏膜组织中Galectin-3 mRNA和CDC25B mRNA 的表达情况.结果 220例胃癌中Galectin-3 mRNA和CDC25B mRNA的阳性表达率分别为58.6%、54.1%;Galectin-3 mRNA表达与肿瘤大小、TNM(tumor,lymph node,metastasis)分期、浸润深度、脉管侵犯、淋巴结转移及远处转移呈正相关;CDC25B mRNA表达也与肿瘤大小、TNM分期、脉管侵犯、淋巴结转移及远处转移呈正相关;Galectin-3 mRNA表达与CDC25B mRNA表达呈正相关;Galectim3 mRNA和CDC25B mRNA阳性表达病例的平均生存时间和5年生存率均明显低于阴性表达的病例.结论 Galectin-3 和CDC25B基因的表达促进了胃癌的发生和发展,是指导临床治疗及评估预后的有效指标.