基于网络药理学探讨北沙参干预糖尿病的分子机制

目的 利用网络药理学研究北沙参干预糖尿病的分子机制.方法 通过TCMSP中药系统药理学数据库分析平台筛选北沙参的活性成分及其作用靶点.GEO数据库筛选糖尿病疾病靶点,对靶点取交集,得到北沙参治疗糖尿病的预测靶点.String数据库和Cytoscape软件建立蛋白相互作用网络,从中提取Degree＞81的点,再提取Bet...     

基于网络药理学和细胞生物学研究黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 运用网络药理学和细胞生物学验证探讨黄芪治疗糖尿病肾病的分子作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出黄芪有效成分;利用Drugbank数据库、GeneCards和OMIM数据库筛选黄芪有效成分和糖尿病肾病的相关靶点;应用String数据库绘制PPI网络;通过Cytoscape软件绘制黄芪-成分-...     

基于网络药理学分析生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的:通过网络药理学研究方法探讨生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变(Diabetic retinopathy,DR)的作用机制。方法:通过中药药理数据库和分析平台(TCMSP)检索药物的活性成分和靶点;在GeneCards、DrugBank和OMIM数据库检索糖尿病视网膜病变相关靶点;利用Venny工具找出疾病与药物的交集靶点;通过Sting数据库对交集靶点进行分析;结果导入Cytoscape 3.9.1软件进行拓扑异构分析;筛选出核心靶点并绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图。将交集靶点录入Metascape进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,得到潜在作用通路。结果:(1)药物活性成分及靶点:通过TCMSP数据库筛选出生蒲黄-墨旱莲活性成分17个、作用靶点222个。(2)疾病靶点:经GeneCards、DrugBank、OMIM数据库筛选去重后获得相关的疾病靶点4 005个,将药物靶点与疾病靶点交集后共获得108个共有靶点。(3)核心靶点:通过Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/T...     

基于网络药理学探讨黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索黄芪山药药对中药物成分,并以口服生物利用度(OB)值≥30%、类药性(DL)值≥0.18为条件筛选出黄芪山药的有效活性成分,确定药物有效活性成分后通过TCMSP数据库预测相应靶点,再将预测的靶点输入到Uniprot中转换为相应的基因。将有效活性成分及靶点对应的基因导入Cytoscape3.2.1中构建黄芪-山药有效成分—靶点网络。通过Pharm Gkb数据库检索2型糖尿病相关基因,并将检索出的基因导入Cytoscape3.2.1,利用Bisogenet插件构建2型糖尿病疾病靶点网络。利用Cytoscape3.2.1软件中Merge插件将黄芪-山药有效活性成分—靶点网络和疾病靶点网络进行合并。根据degree值筛选核心基因团,最后利用DAVID对筛选出的核心基因团进行GO注释和KEGG通路分析。结果黄芪有效活性成分20个,山药有效活性成分16个,2型糖尿病相关疾病基因43个。KEGG通路为PI3K/Akt信号通路、Fox O信号通路相关、甲状腺激素信号通路。结论黄芪-山药的有效活性成分治疗2型糖尿病可能与PI3K/Akt信号通路、Fox O信号通路相关、甲状腺激素信号通路相关。     

基于网络药理学探讨四磨汤治疗慢传输型便秘的作用机制研究

目的:运用网络药理学方法探讨四磨汤治疗慢传输型便秘(STC)的机制及作用靶点.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及TCMID数据库检索四磨汤四味药物所有的有效化合物成分及筛选对应作用靶点,借助GeneCards数据库、DisGeNET数据库查找STC的疾病靶点,使用Venny 2.1.0在线软件作图...     

基于网络药理学及分子对接研究益气养阴清热方治疗2型糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接预测益气养阴清热方治疗2型糖尿病的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取益气养阴清热方6味中药的化学成分和作用靶点.通过Gene-Cards数据库获取治疗2型糖尿病相关靶点;利用R软件获取有效成分与疾病相关靶点之交集;利用Cytos...     

基于网络药理学探讨痛泻要方治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的：运用网络药理学探讨痛泻要方对腹泻型肠易激综合征(diarrhea predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)的潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获得痛泻要方中四味中药的药物活性成分，并通过TCMSP、Swiss Target Prediction及Pharmapper数据库得到各活性成分的潜在作用靶点。使用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、Gene Cards数据库获取IBS-D疾病对应的靶点，将疾病靶点与药物靶点取交集，获得痛泻要方治疗IBS-D的潜在作用靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-潜在靶点”网络图，并进行拓扑分析筛选关键成分。利用String数据库对潜在作用靶点进行蛋白质相互作用分析，构建蛋白质相互作用(protein-p...     

基于网络药理学和分子对接探讨浙贝母-夏枯草药对治疗甲状腺结节的作用机制

目的：基于网络药理学探讨浙贝母-夏枯草治疗甲状腺结节(thyroid nodules)的作用机制。方法：在中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索浙贝母、夏枯草的化学成分，利用PharmMapper数据库获取化学成分靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。基于Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库获得甲状腺结节相关靶点。将有效成分相关靶点与疾病靶点导入韦恩图网站进行在线分析，获得交集靶点，并利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)模型，利用Cytoscape 3.7.1软件构建PPI网络并筛选核心靶点。将药物及其活性成分、交集靶点及疾病导入Cytoscape 3.7.1软件绘制成“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络图。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体...     

基于网络药理学探讨党参治疗2型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨党参治疗2型糖尿病(T2DM)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)及OMIM、TTD、Drugbank等网络数据库分别获取药物有效成分、活性靶点、疾病靶点,并取药物成分和疾病的交集靶点,构建药物活性成分与关键靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶蛋白进...     

基于网络药理学和分子对接探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的作用机制

目的：基于网络药理学方法和分子对接技术探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的潜在作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、化学专业数据库及ETCM数据库检索获取消炎利胆片的化学成分,通过Swiss ADME数据库进一步筛选活性成分并导入Swiss Target Prediction数据库预测药物相关靶点。利用Gene Cards数据库和OMIM数据库检索急性胆囊炎相关靶点,通过Venny 2.1在线平台获取“药物-疾病”交集靶点,并将“药物-疾病”共同靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对“药物-疾病”共同靶点进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析。运用Cytoscape软件构建“药物成分-靶点-信号通路”网络,计算网络拓扑学参数并筛选消炎利胆片发挥治疗急性胆囊炎作用的重要活性成分及核心靶点,通过Auto Dock平台进行分子对接验证。结果：共获得44个消炎利胆片活性成分及186个药物相关靶点,获得823个急性胆囊炎潜在靶点,取交集后得到“药物-疾病”共同靶点33个,这些靶点主要涉及磷脂酰...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗股骨头缺血性坏死的作用机制

目的 通过网络药理学的方式检索黄芪治疗股骨头缺血性坏死的主要活性成分、作用靶点及通路，探索黄芪的潜在作用原理。方法 通过TCMSP数据库平台筛选出黄芪的活性成分，并检索出其作用靶点，利用Uniprot、NCBI等数据库将其进行校正、规范。借用GeneCards及OMIM等数据库，以“股骨头缺血性坏死”英文全称：Ischemic necrosis of the femoral head为关键词获得股骨头缺血性坏死的疾病靶点，并将其进行规范整理。运用R语言系统将获得的黄芪高活性成分蛋白基因与INFH靶点基因进行韦恩分析，获取黄芪治疗INFH的交集靶点。借用Cytoscape3.7.2软件将黄芪与INFH的交集靶基因与黄芪高活性成分建立黄芪-活性成分-疾病-疾病靶点基因网络图，并利用插件计算相关网络特征值。将黄芪-疾病交集靶点基因导入到String数据库进行蛋白互作分析，构建蛋白(PPI)互作关系网络图，并通过KEGG通路富集分析及借用DAVID数据库将其进行GO功能富集分析预测其作用机制。结果 筛选出黄芪20个活性成分，得到不重复的对应靶基因197个，治疗股骨头缺血性坏死的靶点69个。GO...     

基于网络药理学研究白术-黄芪药对抗胃癌作用机制

目的 运用网络药理学研究脾胃培源方君药药对白术-黄芪治疗胃癌的作用机制.方法 使用TCMSP数据库检索白术、黄芪的有效活性成分与作用靶点,通过Genecards、Drugbank、PharmGKB、OMIM、TTD数据库检索胃癌疾病靶点,将预测的靶点与疾病靶点取交集获得交集基因,通过Cytoscape 3.7.2搭建"...     

基于网络药理学探讨黄柏治疗湿疹的作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在GeneCards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络...     

基于网络药理学探究黄药子对甲状腺结节的作用机制

目的:通过网络药理学构建黄药子治疗甲状腺结节的作用靶点及信号通路,以探究其治疗的作用机制.方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献报道,获取并筛选黄药子的主要有效成分和相关靶点.通过UniProt数据库检索靶点基因名.检索GeneCards数据库,筛选甲状腺结节相关的基因靶点.将药物与疾病的交集靶...     

基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤治疗雷诺病的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨黄芪桂枝五物汤治疗雷诺病的作用机制.方法:通过TCMSP数据库检索黄芪、桂枝、白芍、大枣、生姜的活性成分及其靶点,通过Geencards、OMIM数据库获取雷诺病主要靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集得到黄芪桂枝五物汤治疗雷诺病的靶点,利用STRING数据库分析蛋白质相互作用,构建PPI网络图...     

黄芪-当归治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学方法探讨黄芪-当归治疗糖尿病肾病的物质基础和作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP),以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.05为筛选条件,结合文献调研得到黄芪-当归候选化合物,并通过该数据库检索与候选化合物相关的作用靶点。通过TCMSP与比较毒物基因组学数据库(CTD)获得糖尿病肾病相关基因。通过在线韦恩图分析得到候选化合物与糖尿病肾病的交集基因。通过STRING 10.0数据库构建出交集蛋白相互作用网络。通过DAVID数据库对交集蛋白进行基因本体(GO)分析和基于京都基因与基因百科全书(KEGG)对信号通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件构建黄芪-当归治疗糖尿病肾病的成分-靶点-信号通路网络。结果所构建的黄芪-当归治疗糖尿病肾病的成分-靶点-信号通路网络涉及槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、咖啡酸酯等10个活性成分;涉及CCL2、IL-1β、IL-1α、VEGFA等12个潜在靶点;涉及糖尿病信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路及Nod样受体信号通路等31条信号通路。结论黄芪-当归药对可能通过槲皮素、异鼠李素等多种成分作用于CCL2、IL-1β等靶点,调控糖尿病、Nod样受体等多条信号通路,进而发挥治疗糖尿病肾病的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨山楂叶治疗2型糖尿病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术分析山楂叶治疗2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)的作用机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)、BATMAN、HERB、SymMap、TCM-ID等数据库筛选山楂叶中的化学成分，构建山楂叶化学成分库并导入SwissADME数据库筛选山楂叶的活性成分，从Swiss Target Prediction数据库检索相关文献并获取山楂叶的潜在靶点。利用DrugBank、TTD、GeneCards、CTD、OMIM数据库检索T2DM相关靶点，绘制韦恩图得到两者的交集靶点。借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络，进行拓扑分析从而筛选关键靶点和核心成分，并采用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接验证。在DAVID 6.8数据库中进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与...     

基于网络药理学与分子对接探讨四妙丸“异病同治”强直性脊柱炎和高尿酸血症的作用机制

目的：以网络药理学与分子对接为基础分析四妙丸“异病同治”强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis, AS)和高尿酸血症(hyperuricemia, HUA)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选四妙丸的药物活性成分和作用靶点。利用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、GeneCards数据库和DrugBank数据库检索AS与HUA的疾病靶点。通过在线工具Venny 2.1.0得到药物相关靶点与疾病相关靶点的交集靶点，即四妙丸治疗AS和HUA的潜在作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络。借助STRING数据库构建潜在靶点蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)并筛选核心靶点。运用DAVID数据...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芪治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选出黄芪中的潜在活性成分,整合TCMSP数据库、靶点预测网站(Swiss Target Prediction)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GCBI文献数据库和人类基因数据库(Genecards),预测和筛选其治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用靶点,运用韦恩图(Venny 2.1.0)对药物靶点和疾病靶点进行匹配。通过Systems Dock Web Site对主要活性成分和作用靶点进行分子对接验证。运用String数据库和Cytoscape软件构建绘制蛋白质相互作用网络,并用DisGeNET数据库对作用靶点进行类型归属。采用DAVID数据库对黄芪核心作用靶点进行生物功能和代谢通路分析,借助Cytoscape软件构建"药物-活性成分-核心靶点-通路-疾病"网络。结果筛选得到黄芪25个潜在活性成分,涉及9个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分有3个,主要通过调控TNF、NF-κB、MAPK、Toll样受体、TGF-β信号通路发挥治疗作用。结论黄芪对类风湿关节炎合并肺间质纤维化的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用机制提供了科学依据。     

基于数据挖掘、网络药理学及分子对接的糖尿病性心脏病用药规律及核心中药分析

目的：运用数据挖掘的方法探究中药复方治疗糖尿病性心脏病的用药特点及配伍规律,并运用网络药理学及分子对接探讨高频药物治疗的作用机制,为临床用药提供参考。方法：首先,依据纳入标准和排除标准收集中国知网、维普、万方数据库治疗糖尿病性心脏病的中药处方,将其结果按照统一标准进行规范化处理,运用SPSS Modeler 18.0等软件进行分析。其次,使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等对高频药物获取化合物对应的靶点,与GeneCards、OMIM、pharmGKB、TTD数据库中检索糖尿病性心脏病相关靶点相互映射并取其交集,通过Cytoscape 3.2.1软件构建“成分-靶点-关键通路”可视化网络分析。通过R语言数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析及基因本体论（GO）富集分析。最后,用SYBYL等软件进行分子对接。结果：共收集401篇文献,纳入198首处方,包含183味中药,使用频次最高依次为丹参（121次）、麦冬（92次）、五味子（77次）、黄芪（76次）,关联规则得到支持的较高的组合22个。通过网络药理学方法发现丹参-麦冬-五味子-黄芪的99个活性成分,筛选出...