一种用于基因表达谱分析的基因芯片方法

目的通过研究SLE患者外周血基因表达谱的改变,建立一种新型的基因芯片技术用于分子发病机理的研究.方法提取总RNA,逆转录合成单链cDNA、双链cDNA,体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交,通过抗体的检测标记荧光染料Cy3,基因芯片扫描仪进行图像扫描.结果该方法有较高的重复性和稳定性,SLE患者与正常对照相比较,鉴定出94个基因存在表达差异.结论该方法能在较少起始标本量的情况下,有效的进行SLE致病基因的筛选,更好的理解SLE发生的分子机理,并且可在其它疾病研究中推广应用.     

基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的比较系统性红斑狼疮（SLE）患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变，筛选SLE差异表达基因。方法采集静脉血5ml提取总RNA后，反转录合成、标记cDNA探针，与基因芯片杂交后检测。结果9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个，涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性，但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的 比较系统性红斑狼疮(SLE)患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变,筛选SLE差异表达基因。方法 采集静脉血5ml提取总RNA后,反转录合成、标记cDNA探针,与基因芯片杂交后检测。结果 9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个,涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性,但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论 基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

应用基因芯片研究针刺对亚急性衰老大鼠蛋白质合成相关基因表达的影响

目的：应用基因芯片研究针刺对亚急性衰老大鼠蛋白质合成相关基因表达的影响，初步探讨针刺延缓衰老的基因表机理。方法：将成年健康雄性大鼠随机分为正常组、模型组与针刺组。模型组每日皮下注射10％D-半乳糖0、5ml，正常对组注射相同体积的生理盐水，针刺组在注射D-半乳糖造模的同时予以每周针刺涌泉穴6天，进行延缓衰老治疗。7周后同处死动物，摘取肝脏提取mRNA，随机选用2305条鼠cDNA制备成表达谱芯片。分别用Cy3和Cy5两种荧光物质标记肝织cDNA，并制备成探针与表达谱芯片进行杂交，通过计算机扫描后进行数据分析。结果：针刺对衰老大鼠37条基因的表有显著调节，其中蛋白质合成相关基因5条。结论：针刺能够调节衰老过程中与蛋白质合成相关基因的表达量，调节机体蛋质的含量与组成比例，起到改善机体功能状态延缓衰老的作用。     

不同证型系统性红斑狼疮患者外周血基因表达谱差异初探

【目的】比较系统性红斑狼疮(SLE)患者与正常人基因表达谱的改变,寻找SLE中医证候相关基因。【方法】采集静脉血5mL提取总RNA后,反转录合成、标记cDNA探针,与基因芯片杂交后检测。对SLE患者热毒炽盛、阴虚内热型基因表达谱差异进行聚类分析。【结果】发现9例SLE患者与正常人比较均有显著性差异表达的基因89个,涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、凋亡相关基因等。两证型大部分基因表达具有一致性,但有明显的表达程度差异。聚类分析结果显示,4例热毒炽盛归为明显一类,5例阴虚内热型患者归为另一类。热毒炽盛型代谢相关基因、急性时相炎症反应相关基因表达水平明显高于阴虚内热型。【结论】SLE的发生是由多基因共同作用的结果,在不同的证候中基因表达水平可能不同;证候微观的生物学基础可能反映为多种非特异性指标的多种组合、变化模式,有待进一步增加样本量继续研究和验证。     

基因芯片技术在研究中药分子作用机制中的应用

目的：探讨罗勒多糖抑瘤作用和机制以及基因芯片技术在中药分子作用机制研究中的应用。方法：建立荷NuTu-19卵巢癌大鼠模型及相应对照,观察中药罗勒多糖对荷瘤鼠肿瘤生长及转移行为的影响;同时提取肿瘤组织总RNA,用RT-PCR逆转录合成cDNA,分别用Cy3-dUTP、Cy5-dUTP标记对照组和药物组cDNA,与含有2000点的大鼠基因表达谱芯片杂交,杂交芯片扫描结果用ImaGene3．0软件进行分析统计。结果：对照组与药物组之间共有168条差异表达基因,经归类分析,表达差异基因主要为：①肿瘤转移相关基因;②与免疫应答有关的基因;③与细胞能量代谢有关的酶类;④与药物代谢及敏感性有关酶类的基因;⑤与信号转导以及转录过程有关的基因等。结论：罗勒多糖可能通过多种作用途径抑制肿瘤生长及转移,基因芯片技术可从基因水平解释中药的可能作用机制,并为进一步确切机制的研究提供重要信息。     

基因芯片技术及应用

基因芯片技术是近年来分子生物学及医学诊断技术的重要进展，该技术是通过把巨大数量的寡核苷酸、肽核苷酸或cDNA固定在一块面积很小的硅片、玻片或尼龙膜上而构成基因芯片。所谓基因芯片(Gene chip)是指将大量探针分子固定于支持物(substrate)上，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强弱进而判断样品中靶分子的数量。     

基因芯片在肿瘤治疗研究中的应用

基因芯片技术系指将大量探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。该技术具有较高可行性、多样性．微型化和自动化四太特点，可用于肿瘤的诊断．分型．预期，及相关基因和药物的研究。奉支综合相关文献，对目前基因芯片在肿瘤治疗方面的研究现状进行简要概迷。     

应用基因芯片技术筛选乳腺浸润性导管癌差异表达基因

目的：应用基因芯片技术研究乳腺浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma,IDC）基因表达的改变。方法：收集手术切除3例IDC癌组织及癌旁对应正常组织标本,提取总RNA,逆转录合成cDNA,用荧光素Cy3通过体外转录分别将6份标本的cDNA标记成cRNA探针,并与6张基因芯片Illumina Human WG-6 expression beadchip杂交,利用荧光扫描仪扫描荧光强度并分析基因表达谱的差异。结果：按差异显著性标准,在3对标本中共同差异表达的基因有6 756个,表达上调3 927个,表达下调2 829个。结论：IDC的发生、发展存在多基因表达调控的改变,基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平,为认识肿瘤发病机制和个体化治疗提供生物学依据。     

利用基因芯片技术对小鼠隐睾相关基因谱研究

目的：利用基因芯片研究小鼠隐睾相关基因谱的改变.方法：建立小鼠隐睾模型,分别提取正常及异常睾丸组织的mRNA,制备杂交用cDNA探针,在包含小鼠4000条cDNA片段的基因芯片上点样、杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,并对其中表达下降的COX8a进行RNA斑点印迹杂交以验证基因芯片结果.结果：通过基因芯片筛选,获得34条与小鼠隐睾相关的基因.RNA斑点印迹支持基因芯片杂交结果.结论：利用基因芯片研究小鼠隐睾睾丸组织与正常睾丸组织差异表达的基因谱可以用于高通量筛选隐睾相关基因以及进一步的研究;COX8a可能在隐睾症的发生与进展过程中起一定的作用.     

PXK MRNA在系统性红斑狼疮患者外周血白细胞中的表达

目的:探讨系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血白细胞中含丝氨酸/苏氨酸激酶的PXK结构域(PXK)MRNA表达水平的变化,分析PXK MRNA的表达与SLE临床指标的相关性。方法:收集60例SLE患者和30名正常对照组的临床资料和血液标本,采用反转录聚合酶链反应技术半定量检测PXKMRNA在外周血白细胞中的表达水平。结果:SLE患者外周血白细胞PXK MRNA的表达显著高于正常对照组(P0.01);PXK MRNA的表达量与抗SmD1抗体的产生呈正相关关系(P0.05);PXK MRNA的表达量与C3、C4均呈正相关关系(P0.05)。结论:PXK MRNA在SLE的发病机制中起一定作用,可能是SLE的易感基因。     

系统性红斑狼疮患者长链非编码RNA差异性表达研究

目的利用长链非编码RNA表达谱芯片技术筛选系统性红斑狼疮(SLE)患者的差异表达长链非编码RNA并对其进行分析,以进一步阐明系统性红斑狼疮发病的分子机制。方法分采用利用长链非编码RNA表达谱芯片检测技术,筛查系统性红斑狼疮及健康对照组单个核细胞中的差异表达长链非编码RNA,并通过Rreal-time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 uc003ngn、uc010loq、uc003wbg、uc003wax、HM-lincRNA1145、uc010jsn、uc003wax、HMlincRNA1145等lncRNA在SLE患者外周血单个核细胞中显著上调,AK022005、uc010cik、uc010gdp、uc010nwn、uc010imt、HMlincRNA678等lncRNA在SLE患者外周血单个核细胞中显著下调。结论多个长链非编码RNA在SLE患者外周血单个核细胞中异常表达,提示它们可能在SLE的发生发展中起着重要的调控作用。     

应用荧光定量PCR验证干扰素诱导表达基因在系统性红斑狼疮患者中的表达

目的 应用荧光定量聚合酶链反应技术验证由基因芯片发现的干扰素(IFN)诱导基因表达谱在系统性红斑狼疮(SLE)、类风湿关节炎(RA)和正常人中的表达。方法 测定40例SLE患者、28例RA患者和29名正常人外周血白细胞Ly6e、IFIT1、OAS2 IFNw、IFNa13表达，初步分析外周血分离出来的T、B及单核细胞中这些基因的表达。结果 与正常人相比，SLE组的Ly6e、IFIT1、OAS2基因表达显著增高，其中Ly6e、OAS2基因的表达较RA组也显著增高，但IFNw、IFNa13基因表达反而降低．这组基因在单核细胞的表达最高。结论 IFN诱导的基因在SLE患者中呈高表达，IFN及其免疫调控通路在SLE发病中可能扮演重要角色。     

系统性红斑狼疮患者外周血中差异表达微小RNAs的筛选

目的通过比较微小RNAs(microRNAs,miRNA)在系统性红斑狼疮(SLE)患者和正常健康对照者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达情况,发现在SLE中异常表达的miRNA。方法提取23例SLE患者及10例正常健康对照者PBMC中总RNA并分离miRNA,采用含1 152条探针的哺乳动物miRNA芯片对两者之间差异表达的miRNA进行分析。随机选择其中4个miRNA,应用Northern blot对芯片结果进行验证。结果 SLE患者与正常健康对照者PBMC间差异表达的miRNA共14个,其中8个表达上调,6个表达下调。Northern blot验证结果与芯片表达结果一致。结论多种miRNA在SLE患者PBMC中异常表达,提示它们可能在SLE的发生发展中起着重要的调控作用。     

利用谷胱甘肽S转移酶表达标签捕获系统性红斑狼疮相关基因IFIT1的相互作用蛋白质

目的　试图运用蛋白组学的策略研究系统性红斑狼疮 (SLE)相关的干扰素诱导蛋白IFIT1的蛋白质相互作用 ,以揭示其可能的功能。方法　应用荧光实时定量PCR进一步验证SLE患者外周血白细胞转录水平IFIT1基因的表达 ;应用分子克隆技术在大肠杆菌克隆并表达谷胱甘肽S转移酶 (GST) IFIT1融合蛋白 ;利用GST表达标签 ,以GST IFIT1为饵蛋白捕获SLE外周血白细胞蛋白裂解物中与IFIT1存在相互作用的蛋白质 ,MALDI TOF MS肽指纹图谱进行蛋白质鉴定。结果　荧光实时定量PCR证实IFIT1基因确在SLE(4 0例 )较正常对照 (2 9例 )表达上调 (P <0 0 0 1)。克隆表达了GST IFIT1融合蛋白 ,并捕获到一个与IFIT1存在相互作用的蛋白质 ,经肽指纹图谱初步鉴定为Rho/Rac鸟嘌呤核苷交换因子。结论　IFIT1是SLE新的相关基因。运用蛋白组学的策略研究IFIT1蛋白质水平的相互作用显示 ,IFIT1与Rho/Rac鸟嘌呤核苷交换因子存在相互作用 ,IFIT1可能通过该途径影响Rho蛋白的活化 ,参与SLE的发病。     

系统性红斑狼疮患者外周血CD4＋T淋巴细胞中miRNAs表达谱分析

目的 通过基因芯片技术筛选系统性红斑狼疮（SLE）患者外周血T淋巴细胞中miNRAs的表达情况,寻找SLE与健康者外周血CD4＋T淋巴细胞中差异表达的miNRAs,探讨CD4＋T淋巴细胞参与SLE的发病机制.方法 采集43例SLE患者作为实验组,23例健康者作为对照组,取受试者外周静脉血,用磁珠分选法分离外周血CD4＋T淋巴细胞,提取RNA进行芯片分析,筛选差异表达的miRNAs.其筛选结果通过荧光实时定量PCR在43例重度活动期SLE患者和23例健康者中进行验证.结果 与对照组相比,SLE患者外周血CD4＋T淋巴细胞中有13个miNRA表达差异具有统计学意义（P＜0.05）,其中上调基因8个,下调基因5个.进一步通过荧光实时定量PCR检测了miR-NAs的表达情况,最终确定miR 410与miR-181在SLE患者外周血T淋巴细胞中明显下调,miR-31在SLE患者外周血T淋巴细胞中明显上调.结论 CD4＋T淋巴细胞中的miRNA很可能参与了SLE患者的病情活动.     

2',5'-寡腺苷酸合成酶L和干扰素诱导蛋白2基因与系统性红斑狼疮相关性研究

目的 探讨系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血白细胞中干扰素诱导表达2',5'-寡腺苷酸合成酶L(OASL)和干扰素诱导蛋白2(IFIT2)基因的实时定量表达水平与SLE疾病特异性和疾病活动的相关性.方法 收集50例SLE患者,25例非SLE自身免疫性疾病患者,25例健康对照人群的临床资料,取外周血抽提总RNA并逆转录成cDNA,运用SYBR green dyeI实时定量聚合酶链反应(PCR)在Bio-Rad 96孔基因测序仪上检测SLE患者组和非SLE患者组及健康对照组的OASL和IFIT2 mRNA定量表达水平(以ΔCT表示)的差异,并根据各病情不同进行分组比较,以及对其与SLEDAI和临床各相关指标相关性进行评价分析.结果 SLE患者总体OASL mRNA ΔCT值(4.83±0.41)与非SLE患者(3.26±0.47)差异有统计学意义(P=0.029),与健康对照者(3.07±0.54)差异有统计学意义(P=0.014).SLE患者总体IFIT2 mRNA ΔCT值(2.85±0.41)与非SLE患者(1.19±0.52)差异有统计学意义(P=0.019),与健康对照组(1.07±0.47)差异有统计学意义(P=0.011).SLE患者总体OASL mRNA ΔCT值与SLEDAI有相关性(r=0.324,P=0.022),与免疫球蛋白A(IgA)有相关性(r=0.357,P=0.012), IFIT2 mRNA ΔCT值与SLEDAI有相关性(r=0.399,P=0.004),与血白细胞有相关性(r=0.393,P=0.005),与IgA有相关性(r=0.283,P=0.049).结论 OASL和IFIT2在SLE患者中均表达上调,对SLE患者的病情活动度判断有意义,两者在SLE发病中均有一定作用,抑制其过度表达可能成为治疗SLE的新方法.