2012年邯郸市乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异分析

目的研究邯郸市2012年流感监测中分离的Yamagata系乙型流感毒株HA1的抗原性和基因特性,阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR方法特异性扩增病毒HA1基因,进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行分析。结果2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒与2008~2009年代表株B/Florida/4/2006相比亲缘关系较远,核苷酸同源性为96.2%~96.8%,氨基酸同源性为96.5%~97.4%,HA1区9个位点氨基酸发生替换,其中6个参与抗原表位构成;与WHO推荐的2012~2013年疫苗株B/Wisconsin/01/2010相比亲缘关系近,核苷酸同源性为98.8%~99.4%,氨基酸同源性为97.4%~98.5%,有5个位点发生氨基酸替换,其中3个参与抗原表位的构成;与国家流感中心提供的标准抗血清的血凝抑制滴度≥1︰640。结论邯郸市2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒血凝素蛋白HA1与B/Florida/4/2006相比已形成新的变种,与B/Wisconsin/01/2010相比也发生了新的变异,但尚不能确定是否形成Yamagata系有代表性的新变种。     

湖北地区季节性H1N1流感病毒HA基因特性分析

目的调查分析湖北地区季节性H1N1流感病毒血凝素(HA)的基因特性。方法收集2000年以来临床样品中分离鉴定的H1N1流感病毒毒株,运用RT-PCR扩增病毒HA基因,对扩增片段进行序列测定和分析。结果 H1N1流感病毒HA基因与同期世界卫生组织推荐的疫苗株相应基因的同源性为95.8%～99.6%,分离株HA基因中潜在的抗原性位点和糖基化位点与2000～2008年的疫苗株基本相同,但与2009年疫苗株有一定差异。HA基因进化分析表明在不同年份分离出的流感毒株呈现出不同的亲缘关系。结论湖北地区2000～2008年分离的季节性H1N1流感毒株与世界卫生组织同期推荐的疫苗毒株的HA核苷酸序列有高度同源性,HA基因重要抗原位点的氨基酸没有改变,但与2009年疫苗株有所不同,序列同源性和进化关系表明历年疫苗株可以给人群提供一定程度的保护。     

泰安市甲型H3N2流感病毒HA1氨基酸变异特点分析

目的了解2006~2008年泰安市甲型H3N2流感病毒HA1基因变异特征。方法采集本地区流感样病例咽拭子,分离病毒,选择甲型H3N2流感病毒,提取核酸,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增并测序,推导其编码氨基酸序列,进行基因进化特征分析。结果 2006~2008年共检测咽拭子524份,分离出流感病毒119株,分离阳性率为22.71%。119株流感病毒中H3N2亚型65株,H1N1亚型2株,B型Victoria系13株,B型Yamagata系39株。对8株H3N2病毒进行基因进化树分析,在其推导HA1蛋白分子抗原决定簇A上有3个氨基酸位点(R142G、N144D和I140K)发生突变。结论在近2个年度的流行季节中,本地区以H3N2亚型和B型Yamagata系为优势毒株,也有B型Victoria系和甲型H1N1亚型的存在。泰山分离株HA1区发生氨基酸替换的位点较少。WHO推荐A/Wisconsin/67/2005为北半球2006~2008年度的流感疫苗株,泰山分离株与此疫苗株的相似性较高,因此认为该流感疫苗对当年度优势株H3N2流感病毒的预防有一定效果。     

2006～2008年B型流感病毒泰山分离株血凝素基因序列分析

目的分析泰安市2006~2008年度分离的B型流感病毒HA1基因序列,探究其基因变异特点及种系进化分布,为流感防治提供技术支持。方法采集监测医院流感样病例鼻、咽拭子标本,分离流感病毒并进行型别鉴定,选取部分B型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增血凝素基因,扩增产物经纯化后进行血凝素基因HAl区核苷酸序列测定并推导编码的氨基酸序列,然后用DNAsTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果 2006/2007年度分离的B型流感病毒均为Victroria系;2007/2008年度以Yamagata系为优势株,也有少量Victroria系活动。与B/Shanghai/361/2002/2和B/Tianjin/144/05比较,Yamagata系泰山分离株HA氨基酸替换数为8~10个,所有毒株均在7~9个相同氨基酸位点发生了相同替换;与疫苗推荐株B/Malaysia/2506/2004比较,Vic-troria系泰山分离株氨基酸替换数为2~3个,所有毒株均在HA2个相同氨基酸位点发生了相同替换。结论 Yama-gata系泰山分离株HA1基因特性已发生改变,从基因水平说明当地Yamagata系流行株抗原发生了变异;Victroria系分离株基因特性虽有所改变,但是否已成为有流行病学意义的变异株,尚有待进一步观察。2006/2007年度流感疫苗对当地B型流感应有一定预防作用,2007/2008年度疫苗对B型流感的预防效果欠佳。     

2017—2019年新疆B型流感病毒NA基因研究

目的分析2017年10月—2019年9月新疆B型流感病毒NA基因,为流感NAI抑制剂的使用提供依据。方法选取2017年10月—2019年9月分离的9株B/Yamagata系毒株和13株B/Victoria系毒株,采用逆转录—聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒NA基因后测定核苷酸序列,用MEGA 5.0,CExpress和BioEdit生物软件分析测序结果、基因特性并建树。结果13株Victoria系B型毒株与疫苗株B/Brisbane/60/2008核苷酸同源性为97.9%~100.0%,核苷酸进化树显示,13株Victoria系B型毒株与疫苗株为同一分支,且远离国外B型流感耐药株B/North Carolina/03/2011 I21V和B/North Carolina/11/2010 I21V;9株Yamagata系B型毒株与疫苗B/Phuket/3073/2013株核苷酸同源性为96.4%~99.9%;9株Yamagata系B型毒株与疫苗株为同一分支,且远离国内耐药株B/Beijing-Xicheng/11496/2011 D197N和国外B型流感耐药株B/Ontario/006876/2011 H273Y;所有毒株的NA蛋白酶催化位点和辅助位点,均未发现耐药位点的替换。结论2017—2019年新疆B型流感病毒NA基因未发生耐药位点突变,与对应疫苗株的核苷酸同源性较高,仍对NAI抑制剂敏感;应继续加强流感监测。     

湖南省甲型H1N1流行性感冒大流行后乙型流行性感冒病毒的特征

目的 分析湖南省甲型H1N1流行性感冒(流感)大流行后乙型流感的流行情况和病毒基因特征,并探究可能造成其流行的原因.方法 对湖南省2010年23家哨点医院门诊流感样病例中采集的咽拭子标本使用犬肾传代细胞进行病毒分离,阳性毒株使用血凝抑制实验进行型别鉴定,对选取的10株乙型流感病毒进行全基因组测序,对序列进行进化树和分子特征分析.结果 随着甲型H1N1流感分离毒株的减少,乙型流感病毒在2010年上半年成为优势毒株,以B/Victoria系(BV系)为主,两种型别共存.2010年11起已知型别的聚集性疫情中,7起为乙型流感.在除核蛋白(NP)外的其他聚合酶(PB2、PB1、PA)、血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、NB蛋白、膜蛋白(M1)、乙型流感病毒M2蛋白(BM2)、非结构蛋白(NS1、NS2)10个蛋白的基因进化树中,10株病毒均按照其系的分类分在BV和B/Florida系(BY系)两个分支中,而NP进化树10株病毒均在BY分支中.与世界卫生组织疫苗株比较,10株病毒11个蛋白的氨基酸同源性均较高,为97.2％～100.0％,但仍发现有一些碱基位点的改变.未发现对NA抑制剂类药物耐药位点的突变.相对于日常监测病毒,2株聚集性疫情毒株编码NA、NB、PB1、PB2和NS2的碱基有一些突变.结论 乙型流感病毒有一些基因位点发生插入和重配,显示病毒持续进化,这可能是湖南省甲型H1N1流感大流行后B型流感病毒成为优势毒株的原因.     

2006年福州市乙型流感病毒血凝素基因特性研究

目的探究2006年福州市流行的乙型流感病毒血凝素基因变异特点及种系进化分布。方法采用狗肾传代细胞培养分离流感病毒,用血凝和血凝抑制试验进行流感病毒型和亚型鉴定,选取部分乙型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增乙型流感病毒血凝素基因,扩增产物经纯化后,进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后用DNASTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果2006年福州市人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。Victoria系毒株为主要优势流行株。2006年分离的Yamagata系毒株与B/Shang-hai/361/02比较,在血凝素基因HA1区发生6-7个氨基酸替换,在196位增加一个糖基化位点。2006年分离的Victoria系毒株与B/Zhejiang/2/01比较,在HA1区发生8-9个氨基酸替换,在197位增加一个糖基化位点。结论2006年福州市人群中流行的乙型流感病毒与B/Shanghai/361/02和B/Zhejiang/2/01相比基因特性已发生了进一步改变。     

珠海市2007-2008年乙型流感病毒基因特性分析

目的了解珠海市近两年乙型流感病毒的基因变异情况。方法采集珠海市流感样病例样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,用Mega、DNA Star、GeneDoc软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株基因序列进行比对。结果 2007-2008年分离的乙型流感毒株分属于Yamagata系和Victoria系两个谱系,谱系内毒株间距离很近。Yamagata系毒株与B/Brisbane/3/2007的核苷酸同源性极高,在99.4%~99.7%之间;Victoria系乙型流感病毒株与B/Malasia/2506/2004的核苷酸同源性亦很高,在98.6%~99.1%之间。与疫苗株和其它流行株相比,本次分离的两个谱系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入,但均增加一个潜在的糖基化位点。结论珠海市人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒,病毒的基因发生了变异。2007-2008两年WHO推荐的乙型流感疫苗株与我地区当年流行株为不同谱系毒株,预防保护效果不好。     

青海省2011-2012年乙型流感病毒HA1基因特性研究

目的 了解2011-2012年青海省乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法 随机选择2011-2012年流感病原监测中分离到的乙型流感毒株,提取病毒RNA,通过RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,采用DNA Star 5.0 MegAlign和MEGA4.0生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列并进行基因特性分析。结果 12株Victoria系乙流感病毒HA1区域核苷酸序列与2009-2011年WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008同源性为88.6%~95.7%,氨基酸替换数在2~5个,所有分离株均在1个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,部分分离株在320位减少了一个糖基化位点。5株Yamagata系乙型流感病毒HA1区域核苷酸序列与2011-2012年WHO推荐疫苗株B/Wisconsin/01/2010HA1区相比较同源性为97.7%~99.3%,氨基酸替换数在2-3个,所有分离株均在2个相同的氨基酸位点发生了相同的替换(N116K,D196N),在196位增加了一个糖基化位点。结论 青海省2011-2012年乙型流感病毒HA1基因特性正在逐渐发生变异,但尚未形成抗原漂移,今后在流感监测工作中要加强流感病原学的监测,及时发现新的乙型流感病毒变异株。     

内蒙古自治区2015-2018年B Yamagata系流感病毒全基因组序列分析

目的 了解2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒的全基因组序列特征。方法 采集流感样病例呼吸道标本进行流感病毒分离,提取病毒RNA,采用一步法RT-PCR扩增病毒全基因组序列并测序,通过生物信息学软件分析病毒基因特征。结果 本次研究的B Yamagata系流感病毒全基因与B/Phuket/3073/2013疫苗株的核苷酸同源性在97.7%~99.9%之间;B/Inner Mongolia/1200/2015和B/Inner Mongolia/1178/2015毒株发生抗原漂移,并出现HA-BY/NA-BV系间重配现象;所有毒株对神经氨酸酶抑制剂敏感。结论 2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒抗原性和基因特征在逐渐发生变异,出现系间重配株,部分流感流行株与疫苗匹配性不佳。     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析。结果 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的血凝素基因(Hemagglutinin HA)和神经氨酸酶基因(Neuraminidase NA)均在核苷酸进化树6B.1分支上。海南分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018 HA基因核苷酸和氨基酸同源性范围分别为98.5%~99.1%和97.7%~99.1%,对神经氨酸酶抑制剂敏感,HA基因在Sa抗原决定簇NQT162-164有共同变异位点,N162位点的变异增加了1个潜在糖基化位点。Sb抗原决定簇K156位点发生变异的分离株为参考血清A/Brisbane/02/2018的低反应株,其余分离株均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。结论 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗组分匹配。     

2019—2020年山东省H3N2流感病毒抗原性及血凝素基因特征分析

目的 了解2019—2020年流感监测年度山东省分离的H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素(hemagglutinin,HA)基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞凝集抑制试验,对2019年4月至2020年3月山东省分离的40株H3N2亚型流感毒株进行抗原性分析,并对其中19株待检病毒的HA基因进行序列测定及分析。结果 抗原性分析结果显示检测的H3N2亚型流感病毒中仅仅35%(14/40)与疫苗株A/Kansas/14/2017抗原性类似。系统进化树显示,19株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上全部属于3C.2a分支,与处于3C.3a分支的疫苗株A/Kansas/14/2017亲缘关系较远;与疫苗株相比,所有待检毒株A抗原决定簇有3个位点,B抗原决定簇有2个位点发生改变;受体结合位点均发生T135K位和S137F位变异;19株分离株全部发生133位糖基化位点缺失。结论 抗原性分析及HA基因序列分析结果显示,WHO推荐的 2019—2020 年疫苗株保护效果有可能不理想。应继续密切关注 H3N2 亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

Molecular Characterization of Seasonal Influenza A and B from Hospitalized Patients in Thailand in 2018–2019

Influenza viruses continue to be a major public health threat due to the possible emergence of more virulent influenza virus strains resulting from dynamic changes in virus adaptability, consequent of functional mutations and antigenic drift in surface proteins, especially hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA). In this study, we describe the genetic and evolutionary characteristics of H1N1, H3N2, and influenza B strains detected in severe cases of seasonal influenza in Thailand from 2018 to 2019. We genetically characterized seven A/H1N1 isolates, seven A/H3N2 isolates, and six influenza B isolates. Five of the seven A/H1N1 viruses were found to belong to clade 6B.1 and were antigenically similar to A/Switzerland/3330/2017 (H1N1), whereas two isolates belonged to clade 6B.1A1 and clustered with A/Brisbane/02/2018 (H1N1). Interestingly, we observed additional mutations at antigenic sites (S91R, S181T, T202I) as well as a unique mutation at a receptor binding site (S200P). Three-dimensional (3D) protein structure analysis of hemagglutinin protein reveals that this unique mutation may lead to the altered binding of the HA protein to a sialic acid receptor. A/H3N2 isolates were found to belong to clade 3C.2a2 and 3C.2a1b, clustering with A/Switzerland/8060/2017 (H3N2) and A/South Australia/34/2019 (H3N2), respectively. Amino acid sequence analysis revealed 10 mutations at antigenic sites including T144A/I, T151K, Q213R, S214P, T176K, D69N, Q277R, N137K, N187K, and E78K/G. All influenza B isolates in this study belong to the Victoria lineage. Five out of six isolates belong to clade 1A3-DEL, which relate closely to B/Washington/02/2009, with one isolate lacking the three amino acid deletion on the HA segment at position K162, N163, and D164. In comparison to the B/Colorado/06/2017, which is the representative of influenza B Victoria lineage vaccine strain, these substitutions include G129D, G133R, K136E, and V180R for HA protein. Importantly, the susceptibility to oseltamivir of influenza B isolates, but not A/H1N1 and A/H3N2 isolates, were reduced as assessed by the phenotypic assay. This study demonstrates the importance of monitoring genetic variation in influenza viruses regarding how acquired mutations could be associated with an improved adaptability for efficient transmission.     

Seasonal influenza virus strains circulating in Malaysia from 2005 to 2009

From 2005 to 2009, the Institute for Medical Research (IMR), Kuala Lumpur received a total of 7,117 respiratory specimens from patients with influenza-like illness (ILI) for influenza screening. Seasonal influenza virus was isolated from 17.3% of patients with ILI in 2005, 31.6% in 2006, 12.8% in 2007, 10.2% in 2008 and 13.5% in 2009. There were one or more influenza A and B virus strains circulating in Malaysia throughout the year, with distinctly a peak in May to August. The predominant circulating strains of seasonal influenza A were A/California/7/2004-like (H3N2) in 2005, A/New Caledonia/20/99-like (H1N1) in 2006, A/ Brisbane/10/2007-like (H3N2) in 2007 and 2008, and A/Perth/16/2009-like (H3N2) virus in 2009. The predominant circulating strains of influenza B were B/Hong Kong/330/2001-like in 2005, B/Malaysia/2506/2004-like in 2006, B/Florida/4/2006-like in 2007 and 2008, and B/Brisbane/60/2008-like in 2009.     

Genetic analysis of H3N2 influenza A viruses isolated in 2006–2007 in Nairobi,Kenya

Background Minimal influenza surveillance has been carried out in sub‐Saharan Africa to provide information on circulating influenza subtypes for the purpose of vaccine production and monitoring trends in virus spread and mutations. Objective The aim of this study was to investigate a surveillance program in Kenya to isolate and characterize influenza viruses. Results In the 2006–2007 influenza season, nine influenza A viruses were isolated. All were of H3N2 subtype with key amino acid (aa) changes indicating that they were more closely related to recent World Health Organization recommended vaccine strains than to older vaccine strains, and mirroring the evolution of circulating influenza A globally. Hemagglutination inhibition data showed that the 2006 Kenya isolates had titers identical to the 2005–2006 H3N2 vaccine strain but two‐ to threefold lower titers to the 2006–2007 vaccine strain, suggesting that the isolates were antigenic variants of the 2006–2007 vaccine strains. Analysis of aa substitutions of hemagglutinin‐1 (HA1) protein of the 2006 Kenyan viruses revealed unique genetic variations with several aa substitutions located at immunodominant epitopes of the HA1 protein. These mutations included the V112I change at site E, the K 173 E substitution at site D and N 278 K change at site C, mutations that may result in conformational change on the HA molecule to expose novel epitopes thus abrogating binding of pre‐existing antibodies at these sites. Conclusion Characterization of these important genetic variations in influenza A viruses isolated from Kenya highlights the importance of continuing surveillance and characterization of emerging influenza drift variants in sub‐Saharan Africa.     

人甲型H1N1流行性感冒病毒全基因组分析与反向遗传载体的克隆

目的 明确一株人甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的遗传背景,建立流感病毒反向遗传的平台.方法 对分离自汕头市儿童的一株人甲型H1N1流感病毒进行空斑纯化;利用甲型流感病毒通用引物,对该病毒全基因组的8条片段(PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M和NS)进行RT-PCR全长克隆、DNA测序及初步生物信息学分析;将其8条全长基因组片段分别插入反向遗传通用载体,构建人甲型H1N1流感病毒的反向遗传系统.结果 RT-PCR克隆得到该H1N1毒株的8条全长片段,经测序分析确认该毒株的基因序列,该毒株与2006年至2008年分离的人甲型H1N1流感病毒具有很高的同源性,未出现奥司他韦或金刚乙胺抗药性的遗传突变.PCR与测序证实,插入该菌株8个全长基因组片段的载体序列完全正确.结论 成功构建了该毒株的感染性克隆.获得了该毒株全基因组序列,为明确病毒遗传信息、提供流行病学监测数据、建立流感病毒反向遗传平台奠定了研究基础.     

2009年广东省甲型流行性感冒暴发流行期间首株甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因分析

目的 检测和分析2009年广东省甲型流行性感冒(流感)暴发流行期间首株甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因.方法 对2009年广东省首例确诊的甲型H1N1流感患者的咽拭子进行病毒分离,取细胞培养上清液提取病毒核酸,采用HA基因的特异性引物进行RT-PCR,PCR产物进行克隆、测序和同源性分析.结果 获得2009年广东省首株甲型H1N1流感病毒的HA基因,大小为1710 bp,命名为A/GuangzhouSB/01/2009(H1N1)HA,GenBank登录号为GQ268003.与疫情发源地近期报告的277株甲型H1N1流感病毒的HA基因比对,同源性为99.0%～99.8%;其中与美国报告的病毒株的同源性高达99.8%,与患者发病前曾到美国旅游的流行病学史一致.与25株中国季节性甲型H1N1流感病毒的HA基因比对,同源性为72.3%～85.6%.结论 2009年广东省甲型流感暴发流行期间首株甲型H1N1流感病毒与目前流行的甲型H1N1流感病毒同源性高,与中国季节性甲型H1N1流感病毒同源性较低.     

4株野鸭源H5N1亚型禽流感病毒的全基因组鉴定

目的为了解H5N1病毒对基因进化情况,方法对4株野鸭源的H5N1禽流感病毒(A/mallard/Huadong/S/2005(S),A/mallard/Huadong/lk/2005(lk),A/mallard/Huadong/Y/2003(Y),A/mallard/Huadong/hn/2005(hn))进行全基因组测序分析,并鉴定对非免疫麻鸭的毒力。结果4株病毒全基因组序列及其氨基酸序列无明显差异,仅在HA裂解位点区,S和lk病毒的322位是Leu,329位缺失,而Y和hn在此两处分别是Gln和Lys。在遗传距离上,Y和hn比较接近,S与lk比较接近。结论根据H5亚型病毒最新分类规则,S和lk的与clade 2.3.4一致,而Y属于clade 2,hn位于clade 3。对麻鸭致病性试验表明,Y和hn是低致病性病毒,而S及lk是高致病性病毒。HA的322位的Leu和329位缺失可能是clade 2.3.4这类病毒的一个遗传进化标志。