中国宿主动物中Amur汉坦病毒M片段全基因序列分析

目的 测定中国宿主动物中Amur病毒M片段全基因序列,以了解其分子特征.方法 设计特异的PCR引物,用RT-PCR法分段扩增JilinAP06株M片段全长,PCR产物经克隆后进行序列测定,然后进行系统发育分析和重组分析.结果 JilinAP06株M片段全基因序列共3615个核苷酸,A+T含量为59.3%,G+C含量为40.7%,包含1个单一的开放读码框架,其最大读码框架从41～3448,由3408个核苷酸组成,共编码1135个氨基酸.序列同源分析表明,JilinAP06株与中国的人源Amur HV株同源性为96.0%～97.8%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为85.6%～86.7%,与HTNV原型株76-118同源性仅为79.5%,而与其他各型病毒间的同源性均低于79.0%.氨基酸同源分析,其氨基酸序列与中国的人源株Amur HV同源性为98.1%～98.4%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为96.4%～97.0%,与HTNV原型株76-118同源性为91.7%,而与其他各型病毒间的同源性均低于92.0%.系统发育分析结果显示,JilinAP06与Amur病毒构成一个相对独立的分支.结论 从中国宿主动物中获得了AmurHV的M片段全基因序列.     

中国宿主动物中Amur汉坦病毒M片段全基因序列分析

目的 测定中国宿主动物中Amur病毒M片段全基因序列,以了解其分子特征.方法 设计特异的PCR引物,用RT-PCR法分段扩增JilinAP06株M片段全长,PCR产物经克隆后进行序列测定,然后进行系统发育分析和重组分析.结果 JilinAP06株M片段全基因序列共3615个核苷酸,A+T含量为59.3%,G+C含量为40.7%,包含1个单一的开放读码框架,其最大读码框架从41～3448,由3408个核苷酸组成,共编码1135个氨基酸.序列同源分析表明,JilinAP06株与中国的人源Amur HV株同源性为96.0%～97.8%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为85.6%～86.7%,与HTNV原型株76-118同源性仅为79.5%,而与其他各型病毒间的同源性均低于79.0%.氨基酸同源分析,其氨基酸序列与中国的人源株Amur HV同源性为98.1%～98.4%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为96.4%～97.0%,与HTNV原型株76-118同源性为91.7%,而与其他各型病毒间的同源性均低于92.0%.系统发育分析结果显示,JilinAP06与Amur病毒构成一个相对独立的分支.结论 从中国宿主动物中获得了AmurHV的M片段全基因序列.     

大林姬鼠中汉坦病毒的分离及其S片段的序列分析

目的 分析吉林省大林姬鼠携带的汉坦病毒(HV)在进化过程中的系统发生关系。方法采用病毒分离技术、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、克隆以及测序技术对中国大林姬鼠携带的HV进行研究。结果从4只大林姬鼠Hv抗原阳性的肺组织标本中分离到2株HV(CJ189和CJ193)，对其中CJ193病毒株的S片段进行克隆、测序以及分析，基因分型结果为汉滩型(HTN)汉坦病毒。根据S片段的核苷酸序列同源性分析，CJ193与Aa2499核苷酸序列的同源性最高(94．3％)，而与Ap61、Ap63的同源性最小(83．3％，82．9％)。由全S片段构建的HTN型汉坦病毒的系统发生树表明CJ193与Aa2499等俄罗斯黑线姬鼠携带的HV的亲缘关系最近，其次为中国的HTN型病毒，然后才是Ap61、Ap63等俄罗斯大林姬鼠携带的HV。结论从我国吉林省大林姬鼠分离到的CJ193株是HTN型汉坦病毒的新亚型。     

江西省537份鼠肺标本中大别山病毒的检测及基因特征分析

目的 了解江西省大别山病毒的基因特征。方法 对2017年收集的经直接免疫荧光法检测为汉坦病毒阳性的鼠肺标本进行汉坦病毒全S和部分M基因片段RT - PCR扩增,对扩增产物进行TA克隆和测序,运用DNAstar 软件对获得的序列进行分析。结果 2017年共收集鼠肺标本537份,直接免疫荧光法检出14份汉坦病毒阳性,对其中的6份进行RT - PCR扩增。经序列分析表明,有2株（GAXW19/2017、GAXW20/2017）为大别山病毒。获得的GAXW19/2017、GAXW20/2017全S基因和部分M基因核苷酸同源性均为100%。S基因全长1 725 bp,编码429个氨基酸。全S基因与大别山病毒NC167株核苷酸同源性88.6%、氨基酸同源性为98.4%,部分M基因与NC167株核苷酸同源性86.4%, 氨基酸同源性分别为99.0%;与其他型别汉坦病毒比较,S和部分M基因核苷酸同源性均小于80%,氨基酸同源性均小于93%。在汉坦病毒S和M基因进化树上,GAXW19/2017、GAXW20/2017均分布在大别山病毒分支且独立分支。结论 GAXW19/2017、GAXW20/2017为大别山病毒,首次在江西省鼠肺样本中发现大别山病毒。     

2019年长白口岸鼠类携带汉坦病毒调查及其基因特征分析

目的调查吉林省长白口岸鼠种类及其携带汉坦病毒情况及基因特征。方法采用鼠夹法和鼠笼法捕获鼠类,并进行种类鉴定。无菌条件下解剖,取肺组织检测汉坦病毒感染情况。采用RT-PCR方法检测汉坦病毒M片段序列,利用DNAStar和MEGA 5.0软件进行序列分析。结果在长白口岸共捕获鼠类3科3属4种76只,其中大林姬鼠54只、黑线姬鼠16只、大仓鼠5只、小家鼠1只。共检出汉坦病毒核酸阳性样本5份,感染鼠种均为大林姬鼠,感染率为9.26%(5/54),汉坦病毒基因分型均为Amur型。结论吉林省长白口岸鼠种群中存在Amur型汉坦病毒感染,宿主为大林姬鼠,应坚持对口岸地区进行鼠类携带汉坦病毒的本底监测与防控。     

褐家鼠携带2株汉坦病毒的遗传特征分析

目的 分析来自内蒙古自治区呼和浩特市和河南省杞县两地褐家鼠标本中的汉坦病毒(HV)遗传特征,研究其与已知HV及疫苗株之间的关系.方法 提取病毒总RNA,用反转录-聚合酶链式反应法扩增阳性标本中HV的全M、S基因片段,测序后进行序列特征和系统发生分析.结果 成功扩增出2株HV(NM133株和Q12株)的全M、S基因片段,并测定序列.2株病毒的S基因片段核苷酸序列全长分别为1770nt和1772 nt,均仅有1个开放读码框(ORF),编码429个氨基酸,M基因片段核苷酸序列全长均为3654 nt,编码1133个氨基酸.2株HV与绝大部分已知的汉城病毒(SEOV)具有很高的同源性;但与汉滩病毒(HTNV)等其他型HV同源性较低.2株病毒的核蛋白、糖蛋白氨基酸序列与疫苗株Z37具有一致的二级结构.另外,在用全S和M基因片段核苷酸序列所构建的系统进化树中,2株病毒被分在SEOV的Ⅰ亚型,与Hb8610、R22、HB55、L99以及K24-e7的亲缘关系最近.结论 2株病毒为SEOV的Ⅰ亚型,与包括疫苗株Z37在内的已知SEOV具有很高的同源性和一致的二级结构,提示当前的疫苗能有效预防SEOV引起的肾综合征出血热.     

河北省2株汉城病毒的遗传特征分析

目的 对河北省2株汉城病毒(SEOV)进行基因分型及系统进化分析.方法 用RT-PCR法扩增SEOV Li株和LF18株的S与M全基因片段;利用DNAStar软件分析S与M基因片段核苷酸序列同源性;利用Phylip软件构建系统进化树.结果 Li株与LFl8株的全S基因片段均由1772个核苷酸组成,开放阅读框(ORF)的位置均为43～1332核苷酸,编码429个氨基酸的核蛋白.2株病毒的M片段全基因序列均由3653个核苷酸组成,ORF的位置均为49～3450核苷酸,编码1133个氨基酸的糖蛋白前体.2株病毒的糖蛋白前体有62个半胱氨酸残基以及6个糖基化位点.2株病毒的全S、M基因片段的核苷酸序列与包括疫苗株L99、Gou3、Z37在内的已知SEOV的同源性分别为87.6%～99.2%和83.6%～97.3%.全S和全M基因片段构建的系统进化树显示2株病毒均为SEOV第Ⅲ亚型.结论 Li株和LF18株都属于SEOV,为SEOV的第Ⅲ亚型.河北省汉坦病毒的流行毒株的遗传特征与疫苗株Z37相似.     

宁夏汉坦病毒分离株M基因片段的序列分析

目的比较它们与已知汉坦病毒的同源性和亲缘关系。方法用RT－PCR扩增了宁夏汉坦病毒分离株的M基因330hP片段,通过PGEM－T载体质粒将基因片段克隆进入大肠杆菌JM109,并进行核苷酸序列的测定;与其它汉坦病毒核苷酸序列的同源性比较。结果NX－143株病毒与HTN型毒株核着酸序列的同源性在79．4％～82．4％之间,与其它血清型毒株的同源性为57．6％～71．5％。表明NX－143属于HTN型病毒。结论NX－143属于HTN病毒新的基因亚型,国内可能同时存在多种亚型的HTN型病毒。     

某部驻区肾综合征出血热自然疫源地调查

目的了解某部驻区肾综合征出血热自然疫源地情况。方法应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增该地鼠类脏器模板的M片段基因序列,用BLAST软件进行序列分析,并用Clustal X(1.8)软件进行聚类分析。结果RT-PCR检测结果显示,2份大林姬鼠的肺组织标本汉城型汉坦病毒检测结果阳性,对1份阳性标本进行序列测定并分析其核苷酸序列,所测序列与中国黑龙江的AF28829株、朝鲜的HVU38177株和HVU37729株、日本的HANG12GP等汉城型汉坦病毒同源性为99%。结论该部驻区可能存在汉城型汉坦病毒的肾综合征出血热自然疫源地。     

辽宁省汉滩型汉坦病毒基因特征及分布研究

目的探讨辽宁省汉滩型汉坦病毒(HTNV)的基因特征及其分布情况。方法在辽宁省肾综合征出血热(HFRS)主要流行地区收集鼠肺和HFRS患者标本,采用间接免疫荧光法检测鼠肺中HV抗原,以RTPCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸序列,将HTNV的阳性产物测序,并进行同源性比对和系统发生分析。结果辽宁省HFRS疫区HTNV主要为黑线姬鼠所携带;从鼠肺标本中扩增出M片段4份,患者标本中扩增出M片段5份,S片段1份;M片段的核苷酸同源性分析表明,辽宁株与Bao14、CJAp267等株同源性最高,为95%～97%,与HTNV原型株76-118同源性为87.4%～89.0%;系统发生分析显示辽宁株均分布于同一支内,与Bao14、CJAp267等株构成一个独立的支系,同属于H4亚型;TL2S基因片段与YaluRiver13核苷酸同源性最高(97.1%),与HTNV原型株76-118同源性为91.2%;推导的S片段氨基酸同源性,TL2与Bao14、CJAp93同源性较高,为93.0%～96.2%,与其他代表株同源性多在74.1%～81.6%;而且基于S片段的系统发生分析提示与M片段的分型结果基本一致,与Bao14、CJAp93等株位于同一分支内,为H4亚型。结论目前辽宁省流行的HTNV主要为H4基因亚型,基因亚型的分布相对比较单一。     

Genetic characterization of hantaviruses transmitted by the Korean field mouse (Apodemus peninsulae), Far East Russia

In an epizootiologic survey of 122 rodents captured in Vladivostok, Russia, antibodies positive for hantavirus were found in Apodemus peninsulae (4/70), A. agrarius (1/39), and Clethrionomys rufocanus (1/8). The hantavirus sequences identified in two seropositive A. peninsulae and two patients with hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) from the Primorye region of Far East Russia were designated as Solovey and Primorye, respectively. The nucleotide sequences of the Solovey, Primorye, and Amur (obtained through GenBank) sequences were closely related (>92% identity). Solovey and Primorye sequences shared 84% nucleotide identity with the prototype Hantaan 76-118. Phylogenetic analysis also indicated a close relationship between Solovey, Primorye, Amur, and other viruses identified in Russia, China, and Korea. Our findings suggest that the Korean field mouse (A. peninsulae) is the reservoir for a hantavirus that causes HFRS over a vast area of east Asia, including Far East Russia.     

新疆艾比湖布尼亚病毒的分离与分子生物学鉴定

目的 发现新疆艾比湖地区潜在流行的蚊媒病毒。方法 采用接种敏感宿主细胞法分离培养病毒;利用反转录聚合酶链和序列聚类分析对病毒株种属进行分子生物学鉴定。结果 从当地优势蚊种凶小库蚊（36.6%）中分离获得一株引起BHK-21细胞病变的病毒,分子生物学鉴定表明该病毒属于布尼亚科正布尼亚属（Orthobunyavirus,Bunyaviridae）成员,暂定名为艾比湖布尼亚病毒。RT-PCR扩增进一步获得长为651 bp和980 bp的病毒基因组S、M节段的部分序列,对上述序列的比对分析显示艾比湖布尼亚病毒与分离自南非的Germiston布尼亚病毒同源关系最为接近,S节段核苷酸和氨基酸序列似然率分别为90.6%和95.0%。M节段变异性高,核苷酸和氨基酸序列似然率仅为78.6%和86.1%。结论 艾比湖布尼亚病毒是国内新发现的一株蚊媒布尼亚病毒。     

Genetic characterization and molecular clock analyses of the Crimean-Congo hemorrhagic fever virus from human and ticks in India, 2010–2011

A nosocomial outbreak of Crimean Congo hemorrhagic fever (CCHF) was reported among humans in Ahmadabad district, Gujarat, India during January, 2011. In the present study we provide the complete genomic sequences of four CCHFV isolates derived from two human patients and two pools of Hyalomma anatolicum ticks during the period of this outbreak and the complete S segment sequence of two retrospective human serum samples, positive for CCHFV in 2010. Sequence-based molecular characterization of the Indian CCHFV showed that they possessed the functional motifs known to occur in the S, M and L gene segment products as in other CCHF viruses. The S segment of the six Indian CCHF viruses showed 99.8% nucleotide identity. Notably both tick isolates shared 100% nucleotide identity with one of the Indian human isolates of 2011. Phylogenetic analysis based on the S segment demonstrated that the Indian CCHFV isolates formed a distinct cluster in the Asian-Middle East group IV of CCHF viruses. The S segment was closest to a Tajikistan strain TADJ/HU8966 of 1990 (98.5% nucleotide identity) and was of South-Asia 2 type while the M segment was of type M2. Both M and L segments were closest to an Afghanistan strain Afg09-2990 of 2009 (93% and 98% nucleotide identity, respectively). The Indian isolates were thus identified as a South-Asia 2/M2 far-east virus combination and the differing parental origin in the S and L/M segments is suggestive that it may be an intra-genotypic reassortant. Molecular clock studies further revealed that the ancestry of the viruses was not very recent and dated back to about 33 years on the basis of the S segment while it was about 15 years based on the M segment. Thus though the 2011 outbreak may not have resulted from a very recent introduction, considering that so far there is no evidence of multiple circulating strains in the country, the possibility of a recent re-introduction of the virus from any of the neighboring countries cannot be ruled out. The study thus warrants the need for continued surveillance and increased sampling of CCHFV in different parts of the country.     

汉坦病毒四川分离株S85-46 的遗传学特征

目的：了解汉坦病毒四川分离株S85－46株分子流行病学特征。方法：将特异性引物从S85－46病毒感染细胞PCR扩增的产物克隆于T载体,正确的克隆纯化后测序,应用DNASTAR软件比较分析。结果：S85－46株M片段与HTN型毒株同源性为84．1％－99．7％,而与SEO型毒株同源率仅为70．4％－70．9％,表明S85－46毒株属HTN型。核苷酸同源性比较显示,S85－46与韩国分离的76－118株高度同源,而与国内一些HTN型病毒差异较大。而且同一地区的毒株也以差异很大。S片段全基因序列同源性比较也支持以上的观点。结论：不同地区汉坦病毒的流行株基因序列可以高度同源。     

浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒的分子流行病学研究

目的 研究浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别,为该地区肾综合征出血热(HFRS)的预防控制提供科学依据.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性样品中HV的部分S片段及部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果在温州市HFRS疫区共捕获啮齿动物96只,在6份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只褐家鼠,1只黄胸鼠与1只黄毛鼠,病毒携带率为6.3%.用汉城病毒(SEOV)特异引物从其中5份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999nt)及部分M片段(2001～2301nt)并测定序列.对扩增出的部分S及M片段的核苷酸序列分析发现,5株病毒与现有的SEOV有高同源性,均为汉城型HV.但在用部分S片段及部分M片段核苷酸序列所构建的系统进化树上,5株病毒的聚集模式不同.结论温州市的褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠均携带汉城型HV,并可能发生基因片段的重排.     

图们江流域中朝俄边境地区长角血蜱中SFTS病毒监测分析

  目的  掌握图们江流域中朝俄边境地区长角血蜱分布特征,了解该地区长角血蜱携带发热伴血小板减少综合征（severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS）病毒情况,分离病毒,分析其基因特征。  方法  2017年4月~9月,在吉林省图们江流域中朝俄边境地区珲春市、图们市、和龙市、龙井市采集蜱虫进行形态学分类,选择新鲜长角血蜱对其进行分组,采用实时荧光定量多聚核苷酸链式反应方法检测SFTS病毒。对阳性样品,利用绿猴肾细胞进行病毒分离,并扩增S、M、L基因片段,比对同源性,建立系统进化树,分析其基因特征。  结果  长角血蜱主要分布在图们江下游珲春市和图们市,为该两县优势种,分别达到71.85%和87.62%。在珲春市长角血蜱中分离到一株病毒,命名为YBHC-TICK2-2017/CHINA。该病毒S片段（1 746 bp）、M片段（3 336 bp）、L片段（6 376 bp）基因序列与美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI）DNA序列数据库中记录的中国和韩国SFTS病毒分离株基因序列同源性为98.00%~99.00%。系统进化树分析,该病毒株S片段基因序列与中国吉林株（KT890282）分为一簇,M片段和L片段基因序列与中国江苏株（KR230781）分为一簇。  结论  长角血蜱在图们江下游中朝俄边境地区具有广泛的分布。该研究首次在该地区长角血蜱中分离到SFTS病毒,提示该地区为SFTS防控重点区域。