信号序列受体亚单位1在肝细胞癌中的表达及其与预后的关系

目的探究信号序列受体亚单位1(signal sequence receptor subunit 1,SSR1)在肝细胞癌中的表达及其与预后的关系。方法检索癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库至2021年6月20日的肝细胞癌患者SSR1的表达数据及相关的临床资料,并下载相关公开数据。对信息数据完整的334例肝细胞癌组织的SSR1表达水平进行回顾性分析。采用Wilcoxon signed-rank检验分析肝细胞癌与癌旁组织中SSR1基因的表达差异。以SSR1表达水平的中位值(14.660)为界限将肝细胞癌患者分为SSR1高表达组和低表达组。利用χ^(2)检验分析癌组织中SRR1的表达与患者临床病理特征的关系。采用Cox回归和Log-rank生存检验分析肝细胞癌患者的SSR1基因表达、临床病理特征与总生存率的关系,单变量和多变量Cox回归分析确定影响预后的因素。利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法预测可能相关的调控通路。结果基于TCGA数据库的生物信息学分析表明,SSR1在肝细胞癌组织表达水平(16.320±7.231)明显高于正常肝组织(7.473±1.410),组间比较差异有统计学意义(t=8.621,P<0.001)。SSR1基因高表达组患者的总生存率较低表达组低(χ^(2)=10.1,P=0.001)。SSR1基因的高表达与性别(χ^(2)=4.392,P=0.036)、Stage分期(χ^(2)=6.264,P=0.012)、T分期(χ^(2)=4.561,P=0.033)、Grade分级(χ^(2)=14.015,P<0.001)有关。多因素Cox回归分析结果显示,SSR1基因表达水平升高,肝细胞癌患者死亡风险升高(HR=1.030,95%CI:1.002~1.060,P=0.036),表明SSR1基因是肝细胞癌患者死亡风险预后预测的独立因子。基因集富集分析表明,SSR1高表达与泛素化、细胞周期、RNA降解、MTOR信号通路、WNT信号通路、MAPK信号通路有关。结论SSR1基因在肝细胞癌组织中显著上调,与患者的性别、Stage分期、T分期和Grade分级等有关,是肝细胞癌独立的预后危险因素。泛素化、细胞周期、RNA降解、MTOR信号通路、WNT信号通路、MAPK信号通路可能是SSR1促进肝细胞癌发生发展的关键通路。     

基于TCGA数据库分析ANO1在结肠癌中的表达及临床意义

目的研究ANO1基因在结肠癌中的表达情况,进一步分析ANO1对结肠癌患者生存及预后的影响。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得结肠癌mRNA表达谱数据和相应的临床信息,分析ANO1的差异表达及其与临床病理因素的相关性;进一步探索ANO1表达量对结肠癌患者预后的影响,利用基因集富集分析(GSEA)预测可能与ANO1密切相关的信号通路。结果结肠癌肿瘤组织中ANO1相对表达量明显高于癌旁组织(P<0.01);ANO1表达水平与N分期即淋巴结转移情况有关(P<0.05),与年龄、性别、肿瘤分期,以及肿瘤是否突破肌层、是否存在远处转移均无相关性(P>0.05);ANO1高表达患者总生存期明显缩短(P<0.05);Cox多因素分析可见年龄及ANO1表达状态是结肠癌患者不良预后的独立影响因素(P<0.05);ANO1高表达样本富集至钙离子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、WNT及多个癌症相关通路等基因集。结论ANO1在结肠癌肿瘤中高表达是患者不良预后的指标,且与淋巴结转移情况明显相关。ANO1有望成为结肠癌重要的预后标志物。     

利用生物信息学方法分析EZH2基因在肝细胞癌组织中的表达水平及临床意义

目的 探讨EZH2基因在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及临床价值,为HCC的诊断和靶向治疗提供依据。方法 利用THE HUMAN PROTEIN ATLAS、GEPIA、TIMER、Oncomine数据库在线分析EZH2基因在健康人体各器官组织、正常肝组织和HCC组织中的mRNA表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter和Ualcan数据库的HCC数据集在线分析患者生存期与EZH2表达的关系。通过String数据库在线检索EZH2的相关蛋白网络图,并进行功能注释和KEGG通路富集分析。TIMER数据分析免疫浸润物的表达水平及对肝癌患者生存预后的影响。结果 EZH2基因在各级HCC组织中的mRNA和蛋白均显著高于正常肝组织。EZH2基因的差异表达水平与病理分级、临床分期以及患者体质量显著相关。生存分析发现,EZH2基因高表达水平的HCC患者的总生存期(OS)、无病生存期(PFS)、无远处转移生存期(RFS)、后进展生存期(DDS)显著缩短。String数据库分析发现,EZH2基因相关蛋白主要富集于12类细胞学组分、5类分子功能和7类生物学过程,并参与了4条信号通路。EZH2基...     

早期胃癌淋巴结转移差异表达基因分析

目的:利用TCGA数据库早期胃癌RNA-seq数据,探讨早期胃癌淋巴结转移差异表达基因及相关生物学意义。方法:从TCGA数据库下载胃癌RNA-seq数据和临床病理数据,筛选出早期胃癌数据,并根据有无淋巴结转移进行分组对比分析。在R 3.5.3环境下,加载edgeR包,筛选T_1N_(1-3)M_0期与T_1N_0M_0期胃癌相比的差异表达基因。通过对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,分析其潜在的生物学功能。分析差异表达基因与胃癌预后的相关性。结果:早期合并淋巴结转移组胃癌中发现197个显著上调表达基因和5个显著下调表达基因。上调差异表达基因显著富集在白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等作用的细胞增殖相关GO功能因子,和Wnt信号通路、核转录因子κB(NF-κB)信号通路、胃癌信号通路等癌症相关信号通路上。上调和下调差异表达基因多与胃癌患者预后相关。结论:早期胃癌淋巴结结转移相关差异表达基因可能通过细胞增殖相关GO功能和Wnt信号通路、NF-κB信号通路等信号通路影响早期胃癌的生物学行为;有无淋巴结早期胃癌中的差异表达基因表达水平多与胃癌患者预后显著相关,有可能作为胃癌的诊治靶点应用于临床。     

核不均一核糖核蛋白C在肺腺癌中的表达及对临床预后预测价值

目的探讨核不均一核糖核蛋白C(HNRNPC)在肺腺癌(LUAD)中的表达及对临床预后的意义。 方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)及临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)公共数据库,收集535例LUAD患者的临床病理资料、HNRNPC mRNA表达数据及111例LUAD患者HNRNPC蛋白表达数据,通过基因型-组织表达数据库(GETx)收集288例健康人肺组织HNRNPC mRNA表达数据。以HNRNPC mRNA中位数值为界值,将LUAD患者分为高表达组和低表达组,利用R语言比较LUAD组织与正常肺组织HNRNPC mRNA及蛋白水平的差异,分析HNRNPC mRNA高低表达与患者临床病理特征及预后的关系。运用受试者工作特征(ROC)曲线分析HNRNPC表达对LUAD的诊断价值;通过基因集富集分析(GSEA)HNRNPC调控的相关信号通路。 结果HNRNPC mRNA在LUAD组织中的表达明显高于正常组织,差异具有统计学意义(均P<0.01);LUAD组织中HNRNPC蛋白水平也显著上调(P<0.05)。HNRNPC表达水平与LUAD患者吸烟史、临床分期、T分期、远处转移有关(均P<0.05)。Log-rank检验结果显示,HNRNPC高表达组LUAD患者中位生存期(42.3个月)明显低于低表达组患者(59.9个月),差异具有统计学意义(P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,淋巴结转移和HNRNPC mRNA表达水平是LUAD患者预后的独立影响因素。ROC曲线示HNRNPC mRNA表达水平对诊断LUAD具有一定的预测效能,AUC为0.843,95%CI：0.817~0.869。GSEA功能富集分析示Ras相似物GTP酶(Rho GTPases)途径、TP53信号途径、DNA损伤修复、细胞周期及M期调控在HNRNPC高表达组明显富集。 结论HNRNPC在LUAD组织中表达显著上调,高表达患者预后不良,HNRNPC可能是评估LUAD患者诊断与预后的新的潜在生物学分子标志物。     

基于TCGA数据库挖掘分析BICC1 mRNA在胃癌中的表达及其与预后的关系

目的通过研究双尾C基因(BICC1)mRNA在胃癌组织中的表达,阐明其对胃癌预后的影响。方法挖掘TCGA数据库中胃癌患者癌组织及癌旁组织的mRNA原始表达数据,用R软件及Strawberry Perl软件对上述下载数据进行整理,然后对BICC1 mRNA相对表达量进行分析,同时下载临床资料数据,进行临床分期和预后分析。结果通过TCGA数据库信息挖掘发现,BICC1 mRNA在胃癌组织中呈高表达,且与患者生存时间有关,较大的年龄、高水平的BICC1 mRNA表达是影响胃癌患者总生存时间的独立危险因素。结论该研究将为后续的胃癌相关研究提供重要的理论依据。     

FXYD3在宫颈鳞癌患者组织中的表达及与临床病理参数的关系

目的检测FXYD3在宫颈鳞癌患者组织中的表达,并分析其与患者临床病理参数的关系。方法分别通过GEPIA数据库及癌症基因组图谱(TCGA)门户网站UALCAN分析FXYD3在正常宫颈组织及宫颈鳞癌组织样本中的表达情况,使用cBioPortal在线软件预测分析FXYD3共表达基因,并通过ImageGP在线软件进行信号通路富集分析;STRING网站进行FXYD3蛋白互作共表达分析。收集2015年9月至2018年1月郑州市妇幼保健院就诊的65例宫颈鳞癌组织标本及50例因子宫肌瘤手术切除的正常宫颈组织标本,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测各组FXYD3 mRNA的表达水平;免疫组化染色法检测FXYD3蛋白的表达水平,并分析其与宫颈鳞癌患者临床病理参数及预后的关系。结果数据库、qRT-PCR及免疫组化分析结果显示,宫颈鳞癌组织中FXYD3的表达水平[8.921(8.287,9.400)、10.244(9.569,10.749)、1.68±0.32、63.08%]均显著高于正常宫颈组织[0.995(0.346,5.837)、3.269(2.720,7.820)、1.00、28.00%],差异有统计学意义(Z分别为0.205、-6.107,t=15.011,χ~2=13.935;P均0.05);FXYD3的表达与宫颈鳞癌组织类型、临床分期及淋巴结转移有关(χ~2分别为7.934,8.737,11.274,P均0.05),FXYD3蛋白阳性表达患者的平均生存时间(OS)显著低于阴性表达患者(38.12个月vs 53.56个月,χ~2=5.485,P=0.019)。通过STRING网站在线绘制FXYD3蛋白互作网络图,并根据相关性评分分析证实相关性较强的前5个蛋白质分别为ATP1B1、ATP1B2、ATP1B3、ATP1A1、ATP1A2。通过cBioPortal数据库预测与FXYD3共表达基因417个;Enrichr网站通路富集分析结果显示,FXYD3共表达基因富集到的主要通路包括T细胞受体、B细胞受体、白细胞介素-17、趋化因子信号通路,氧化应激信号通路,非小细胞肺癌、膀胱癌等癌症信号通路,蛋白质水解、核黄素代谢、核酸合成代谢等信号通路。结论宫颈鳞癌组织中FXYD3的表达升高,且与患者组织类型、临床分期、淋巴结转移及预后有关,对宫颈鳞癌发生和预后有一定的监测价值。     

G蛋白偶联受体35在胃癌中的表达及其与预后的相关性

目的挖掘分析G蛋白偶联受体35(GPR35)基因在胃癌中的表达及意义。方法采用c Bioportal分析工具对TCGA数据库中GPR35在胃癌组织的基因改变频率进行分析;运用Oncomine数据库分析胃癌组织与正常胃黏膜中GPR35 mRNA表达的差异性;应用SPSS软件分析GPR35在胃癌组织中的表达水平与患者临床病理参数之间的关系;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探讨GPR35 mRNA表达水平与胃癌患者预后的关系。结果在TCGA数据库中GPR35基因改变形式主要表现为缺失。除了Oncomine数据库DErrico数据集中GPR35 mRNA在混合型胃癌中的表达较正常胃黏膜降低(P=0. 501),在不同分型(肠型、弥漫型和混合型)胃癌中GPR35 mRNA的表达均高于正常胃黏膜(P 0. 05)。GPR35的表达与肿瘤的分化程度、TNM分期、淋巴结转移和远处转移以及HER2表达与否显著相关,而与患者性别、肿瘤浸润深度、Lauren分型和治疗策略均无显著相关性。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现,GPR35 mRNA高表达的胃癌患者总生存期[HR=1. 62(1. 36～1. 93),P=3. 6×10-8],首次进展[HR=1. 52(1. 24～1. 86),P=4. 2×10-5]及进展后生存期[HR=2. 53(2. 02～3. 16),P 1×10-16]均缩短,患者预后差。结论 GPR35 mRNA在胃癌中的表达是上调的,其表达水平与胃癌患者的生存期显著相关,提示GPR35可能作为判断胃癌患者预后的潜在生物学指标以及分子靶向治疗的靶点。     

胰高血糖素样肽2受体基因对肝癌的预后及免疫浸润的影响

目的 通过生物信息学方法研究胰高血糖素样肽2受体(glucagon like peptide 2 receptor, GLP2R)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织与正常肝脏组织中的差异表达,探寻其在肝癌预后和免疫细胞浸润的作用。方法 使用TIMER 2.0数据库探寻GLP2R在各种肿瘤组织及其对应正常组织中的表达差异性;下载TCGA数据库的肝细胞肝癌数据集,使用R软件探究GLP2R在肝癌组织与正常组织中的表达差异性,绘制Kaplan-Meier生存曲线分析GLP2R表达水平与HCC预后的关系;使用R软件对肝癌数据集分析得到差异基因;使用STRING和Cytoscape构建GLP2R与差异基因互作网络,获取关键基因;对GLP2R与关键基因做单因素与多因素Cox回归分析;对GLP2R与关键基因行GO分析富集通路;使用TIMER2.0数据库,探究GLP2R与TIMER、CIBERSORT中免疫细胞浸润的相关性,利用CIBERSORT进一步分析肝癌中浸润免疫细胞的差异性。结果 与正常组织相比,肝癌组织GLP2R的mRNA表达水平下调;低表达GLP2R的肝...     

基于GEO 芯片数据的肝癌关键生物标志物的筛选与鉴定及生物信息学分析

目的 基于生物信息学分析方法，获取与正常肝组织具有表达差异、且与肝癌患者生存、病理参数密切相关的肝癌基因。方法 通过GEO 数据库获取三组肝癌芯片表达谱，利用GEO2R 鉴定肝癌组织与正常肝组织具有表达差异的基因；应用DAVID 数据库，富集差异表达基因；使用STRING 数据库及Scytoscape 软件，构建核心差异基因的蛋白质互作网络（protein-protein interaction，PPI），并通过UCSC Cancer Genomics Browser 网站在TCGA 数据库中验证关键差异基因在肝癌中的表达情况；基于Kaplan Meier-Plotter 及UALCAN 在线分析工具，挖掘关键基因在肝癌组织中的mRNA 表达与临床病理参数的关系。结果 从三个芯片数据集中鉴定出74 个共同差异表达基因；这些基因显著富集在细胞外小体、细胞外间隙、氧化还原等生物过程；PPI 网络分析共聚焦到15 个基因，其中8 个基因与肝癌患者的总生存率相关，5 个基因与肝癌的分级、分期相关。 结论 ANLN, ECT2, HMMR, KIF20A, NCAPG, PBK, RACGAP1 和ZWINT 等基因可作为肝癌诊断和治疗的候选靶点，为临床诊治提供新的思路。     

ACAT1在肝细胞癌中的表达与预后评估价值

目的 分析乙酰辅酶A酰基转移酶1（ACAT1）在肝癌中的表达及其临床意义。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载371例肝癌患者癌组织和50例癌旁组织基因表达数据及临床信息,使用t检验分析ACAT1在肝癌组织与癌旁组织的表达情况,利用方差分析检验ACAT1与患者肿瘤分期[2017年美国癌症联合委员会（AJCC）分期标准]、病理分级间的关系;根据ACAT1表达量中位值将患者分为ACAT1高、低表达2组,采用Kaplan-Meier法分析ACAT1对肝癌的预后价值;Cox回归分析探讨ACAT1是否为判断肝癌预后的独立危险因素;采用实时定量PCR法验证76例肝癌患者癌组织和癌旁组织ACAT1在转录水平的表达差异,蛋白免疫印迹法验证4例肝癌患者癌组织和癌旁组织ACAT1蛋白水平的表达差异。结果 TCGA数据库分析显示在371例肝癌患者的癌组织中,ACAT1的mRNA表达水平降低（P<0.001）,并随着肿瘤临床分期（StageⅠ ~ Ⅲ期）及病理分级（G1 ~ G4级）的升高而降低（P均<0.001）,ACAT1低表达组肝癌患者的总生存率低于高表达组（P<0.001）,且ACAT1表达可成为判断肝癌预后的独立危险因子（P=0.029）。经PCR法和蛋白免疫印迹法验证,无论是在mRNA转录水平还是蛋白表达水平上,肝癌组织ACAT1的表达量都低于癌旁组织。结论 ACAT1在肝细胞癌中表达下降,可作为肝癌临床诊断及预后评估的分子标志物。     

基于数据挖掘分析GPX4在胃癌中的表达及临床意义

目的探索谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）在胃癌中的表达及临床意义。 方法检索收集Oncomine和基因表达谱动态分析（GEPIA）数据库中GPX4 mRNA在常见肿瘤中的表达情况，并分析其在胃癌中的表达及与患者预后的关系。利用cBioPortal在线分析癌症基因图谱（TCGA）数据库中1178例胃癌样本中的RNA测序数据，分析GPX4基因的突变情况及其与预后的关系。利用String数据库预测与GPX4相互作用的蛋白。 结果Oncomine数据库中共收集了459项关于GPX4基因在常见肿瘤及正常组织中的对照研究，其中22项表达差异具有统计学意义（P<0.0001）。GEPIA数据库分析结果显示GPX4 mRNA在胃癌组织中高表达（P<0.01），且与不良的总体生存期及无进展生存期明显相关（P<0.05），但与胃癌的TNM分期无明显相关性（P>0.05）。对TCGA数据库的RNA测序结果分析发现，在1178例胃癌样本中有25例发生GPX4基因变异，总变异率为2.1%。Kaplan-Meier生存曲线分析显示，GPX4基因变异与否，与总体生存期及无进展生存期无明显相关性（P>0.05）。GSR、GSS、GGT1/5/6/7，GSTO2，GRSF1，SOD1/2等蛋白与GPX4有明显的相互作用（P=1.94×10^-7）。 结论利用多种肿瘤基因数据库分析表明，GPX4基因在胃癌组织中变异率低，其mRNA水平高表达与患者不良预后相关，为进一步探究GPX4在胃癌的发生发展中的作用提供了重要理论依据。     

肝细胞肝癌组织c-Met、Fascin及CD44表达与临床病理特征及预后的相关性

目的:探讨肝细胞肝癌(hepatocellar carcinoma，HCC)中c-Met、Fascin及CD44与临床病理特征及预后之间的关系。方法:通过免疫组织化学法(immunohistochemistry，IHC)检测186例HCC患者中HCC组织及癌旁组织c-Met、Fascin及CD44蛋白的表达, 分析三者与临床病理特征及预后的关系。采用SPSS 21.0软件进行统计分析。结果:在HCC组织及癌旁组织中，c-Met表达阳性率分别为60.2%（112/186）和32.8%（61/186），Fascin表达阳性率分别为56.5%（105/186）和24.7%（46/186），CD44表达阳性率分别为73.1%（136/186）和50.5%（94/186），三种蛋白在HCC组织中的表达显著高于癌旁组织，（分别χ2=28.1050，χ2=38.8041，χ2=20.0921，均P<0.01)。c-Met、Fascin及CD44蛋白的表达与脉管侵犯、低分化及术后复发有关(c-Met分别χ2= 5.4762，χ2=14.6101 ，χ2= 8.6439，Fascin分别χ2= 7.4015，χ2=28.3361，χ2=13.8529，CD44分别χ2=11.3806，χ2=21.2081，χ2= 15.5342，均P<0.05)。相关性分析显示c-Met与Fascin 、c-Met与CD44的表达均呈显著正相关(分别为r=0.3495，0.2009，P均<0. 01) 。Fascin与CD44表达的相关性无统计学意义（r=-0.0679，P>0. 05）。单因素和Cox模型多因素结果显示c-Met、Fascin及CD44表达是HCC预后的独立危险因素（均P<0. 05）。结论:在HCC组织中，c-Met、Fascin及CD44蛋白的表达均增高，同时c-Met与Fascin、c-Met与CD44蛋白表达均呈正相关，且三者的高表达分别与癌组织分化、脉管癌栓及复发有关，通过IHC检测三者的表达具有判断HCC预后的价值。     

过表达SOCS5对非小细胞肺癌增殖、迁移和侵袭的作用及机制研究

摘要：目的?分析细胞因子信号传导抑制因子5(SOCS5)对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响，并探讨其可能的作用机制。方法?应用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析SOCS5在肺癌组织中的表达情况； western blot检测SOCS5在NSCLC细胞系PC-9、A549和SPC-A-1及正常支气管上皮细胞系16HBE中的表达水平；选择SOCS5表达水平最低的NSCLC细胞系进行SOCS5过表达质粒转染，实验设对照(NC)组和SOCS5过表达质粒转染(oe-SOCS5)组。采用MTS试验检测各组细胞增殖能力；划痕试验检测各组细胞迁移能力；Boyden试验检测各组细胞侵袭能力；western blot检测各组细胞中PI3K/Akt/mTOR信号通路活性。结果?TCGA数据库分析结果显示，SOCS5?mRNA在肺腺癌和肺鳞癌组织中的表达水平显著低于正常肺组织(P<0.05)。western blot结果显示，SOCS5蛋白在PC-9、A549和SPC-A-1细胞中的表达水平均低于其在16HBE细胞中的表达水平(P<0.05)；选择表达水平最低的PC-9细胞进行SOCS5过表达质粒转染，结果发现与NC组相比，oe-SOCS5组PC-9细胞增殖、迁移和侵袭能力均降低(P<0.05)；western blot结果显示，与NC组相比，oe-SOCS5组细胞pPI3K、pAkt和pmTOR蛋白的表达水平均降低(P<0.05)。结论?SOSC5在NSCLC中呈异常低表达，过表达SOCS5可抑制NSCLC细胞的增殖、迁移和侵袭能力，抑制PI3K/Akt/mTOR信号通路的激活可能是作用机制之一。     

核仁蛋白16在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的探讨核仁蛋白16(NOP16)在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义。 方法收集并比较癌症基因组图谱数据库(TCGA)中445例LUAD和54例正常肺组织样本NOP16 mRNA表达水平的差异,收集、验证并比较基因表达综合数据库(GEO)中226例LUAD和20例正常肺组织样本NOP16 mRNA表达水平的差异;采用Wilcoxon秩和检验和Kruskal-Wallis H检验比较不同临床病理特征的LUAD患者NOP16 mRNA表达水平的差异;通过Kaplan-Meier法评估NOP16在LUAD中的预后价值;采用基因集富集分析(GSEA)探讨NOP16在LUAD中可能参与的生物学通路;通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库评估NOP16 mRNA表达水平与肿瘤浸润性免疫细胞(TIICs)的关系。 结果在LUAD中NOP16 mRNA表达水平明显高于正常肺组织(P<0.01),且不同临床分期、T分期、N分期的LUAD患者NOP16 mRNA表达水平均差异有统计学意义(均P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析表明NOP16 mRNA的高表达与LUAD患者的不良预后相关(P<0.05)。GSEA显示在NOP16高表达组,核糖体、DNA复制、错配修复、p53信号通路被显著富集(P<0.05,FDR<0.25)。在LUAD中,NOP16 mRNA表达水平与B细胞(r＝－0.22)、CD4⁺ T细胞(r＝－0.25)、CD8⁺ T细胞(r＝－0.12)、中性粒细胞(r＝－0.18)、巨噬细胞(r＝－0.27)和树突状细胞(r＝－0.25)的浸润丰度均呈负相关(均P<0.01)。 结论NOP16有望成为LUAD诊断和预后评估的生物标志物以及免疫治疗的新靶点。     

PITX1基因在肺腺癌中的表达及临床预后意义

目的:探讨同源域转录因子1(paired like homeodomain 1,PITX1)基因在肺腺癌组织和正常组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后之间的相关性。方法:综合利用肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的GSE130779和GSE85841数据集,分析PITX1基因在肺腺癌患者癌组织及癌旁组织中的表达水平,并利用实时荧光定量PCR法在40例肺腺癌患者组织中验证PITX1基因的表达水平。同时利用COX回归分析PITX1基因与肺腺癌患者的总生存期(overall survival,OS)和无复发生存期(recurrence-free survival,RFS)之间的相关性,进而分析其表达水平与肺腺癌患者临床病理特征之间的相关性。结果:基于TCGA和GEO数据库分析结果显示PITX1基因在肺腺癌组织中显著高表达(P<0.01),实时荧光定量PCR结果显示PITX1基因在肺腺癌组织的表达量显著高于癌旁正常组织(P<0.001),其相对表达量分别为1.064±0.077和0.641±0.044。COX回归分析显示PITX1基因的表达水平与肺腺癌患者的TNM分期、淋巴结转移状态和肿瘤大小显著相关(均P<0.05)。同时,上调PITX1的表达水平与肺腺癌患者的OS和RFS呈负相关。结论:PITX1基因在肺腺癌组织中显著高表达,且与肺腺癌患者的预后显著相关。     

探究PODXL在肾透明细胞癌中的表达及相关意义

目的：研究PODXL在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织与正常组织中的表达差异,并初步分析PODXL对肾透明细胞癌的临床诊断和患者预后的关系。实验方法：运用癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集RNA-Seq数据和临床数据,观察ccRCC患者组织与正常组织中PODXL基因表达量的差异,同时分析PODXL与临床病理学之间的关系及与预后之间的关系。结果：在TCGA数据库中总体526例ccRCC样本的癌和癌旁组织中的PODXL的表达水平分别为6.42±1.42和3.61±1.31,差异有统计学意义(P<0.001)。72例配对的ccRCC和癌旁组织中的PODXL表达水平分别为6.55±1.23和3.53±1.35,有统计学意义(P<0.001)。PODXL的表达在患者性别、肾肿瘤分级、T分期、M分期、临床分期等均有不同差异(P<0.001)。生存分析发现PODXL低表达量组和高表达量组的生存时间分别为(1446.75±956.32)d和(1253.81±939.57)d,差异有统计学意义(Log-rank=14.38,P<0.001)。ROC曲线结果显示,PODXL基因可作为一个灵敏度和特异度较高的ccRCC诊断指标：其中AUC为0.805,敏感性为67.26%,特异性为78.17%。结论：PODXL在ccRCC中高表达与临床病理特征呈正相关,是预后不良因素,有望作为肾透明细胞癌患者的生存预后及诊断的潜在生物学标志。     

Knockdown of Forkhead box A1 suppresses the tumorigenesis and progression of human colon cancer cells through regulating the phosphatase and tensin homolog/Akt pathway

BackgroundThis study aimed to evaluate the role and the underlying mechanisms of Forkhead box A1 (encoded by FOXA1) in colon cancer.MethodsWe analyzed FOXA1 mRNA and protein expression in colon cancer tissues and cell lines. We also silenced FOXA1 expression in HCT116 and SW480 cells to evaluate the effects on cell proliferation, cell cycle, migration, and invasion by using MTT, colony formation, flow cytometry, and the Transwell assay, respectively.ResultsFOXA1 immunostaining was higher in colon cancer tissues than adjacent healthy tissues. FOXA1 mRNA and protein expression was significantly increased in human colon cancer cells compared with a normal colonic cell line. FOXA1 expression was also significantly higher in colorectal cancer tissues from TCGA data sets and was associated with worse prognosis in the R2 database. FOXA1 expression was negatively correlated with the extent of its methylation, and its knockdown reduced proliferation, migration, and invasion, and induced G2/M phase arrest in HCT116 and SW480 cells by suppressing the phosphatase and tensin homolog/Akt signaling pathway and inhibiting epithelial–mesenchymal transition.ConclusionFOXA1 may act as an oncogene in colon cancer tumorigenesis and development.