广州4株登革1型病毒E基因的全序列测定和分子进化分析

目的 通过对广州市不同年份分离的4株登革1型病毒(DEN-1)蛋白E基因进行全序列测定及分子进化分析,了解各流行株之间的遗传差异及进化关系,追踪其可能的传染来源.方法 应用RT-PCR技术分别扩增各株病毒的蛋白E基因,克隆到pGEM-T Easy载体,转化DH5α宿主菌,经PCR和酶切鉴定后进行序列测定.测序结果与国内外流行株进行同源性比较和毒力位点分析,并绘制基因系统发生树.结果 4株DEN-1病毒E基因序列长度均为1485 bp,编码495个氨基酸,核苷酸序列同源性为91%～98%,推导的氨基酸序列同源性为96.0%～99.2%.广州1995年流行的DEN-1和2002、2004、2006年流行株的毒力位点氨基酸存在差异.结论 通过对登革1型病毒E基因的进化分析,GZ01/95、GZ01/02和GZ01/04这3株同属于基因型Ⅳ,而GZ17/06属于基因型Ⅰ.1995年广州地区流行的DEN-1可能来源于印度尼西亚,而2002和2004年的流行可能与澳大利亚流行株有关.2006年广州又出现的DEN-1可能与泰国2002年的流行株输入有关.     

2006-2007年广东省登革病毒Ⅰ型分离株E基因序列的分子进化

目的 揭示广东省2006-2007年各地登革病毒流行株的遗传关系,探讨其可能来源.方法 收集广东省2006年5个流行区、2007年4个流行区登革毒株和近几年广东省分离的登革病毒流行毒株,设计覆盖登革Ⅰ型病毒E(包膜蛋白)基冈的3对扩增片段瓦相嵌套的引物,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行扩增,扩增产物纯化后直接进行序列测定,所得序列经拼接成E基因全长序列后,同时与GenBank上扶得的登革Ⅰ型病毒E基因序列一起,用MEGA 4.1软件进行分析.结果 2006年广州流行株来源于越南;阳江、南海流行株来源于阳江本地;汕头、潮州流行株来源于新加坡.2007年流行株都来源于新加坡.结论 广东省2006年发生的登革热疫情来源多样,而2007年疫情来自同一源头,近几年广东省流行的登革病毒主要来源于东南亚等国,但在广东省局部地区已形成地方性流行.     

吉林省延边州1例输入性登革热病例的诊断与病毒溯源分析

采集吉林省延边州1例输入性登革热疑似病例全血样本,通过实时荧光RT-qPCR方法进行实验室确诊,再通过基因扩增和测序,鉴定其基因型,分析病毒溯源。结果显示,该病例全血样本登革病毒核酸检测阳性,确诊为登革热,经基因扩增和序列分析,其病毒基因序列与引起2017年越南登革热暴发疫情的登革病毒Ⅰ型基因序列同源性为99%。经系统进化分析,该基因序列与越南登革病毒株101-TN-056和111-HD-004基因序列处于同一个分枝。结果表明,该病例为输入性登革热病例,为登革病毒Ⅰ型感染,病毒来源于越南。     

2008年甘肃省新分离乙脑病毒的分子生物学特征

目的 对2008年甘肃省新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行序列测定和分析,明确新分离病毒的基因型别并对E基因序列的分子特征进行分析.方法 对新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行PCR扩增并测定序列.使用ClustalX2.09、MegAlign和Mega4软件对核苷酸和氨基酸序列进行分析并绘制系统发生树.结果 系统进化分析结果显示6株病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,并且与2001和2002年越南分离株、2004年日本分离株及2004年我国四川省分离株进化关系较近.新分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,E基因核苷酸同源性为87.5%～87.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%.新分离株与疫苗株在E基因区段存在11处共同位点的氨基酸差异.结论 2008年甘肃省分离的乙脑病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,新分离株E基因氨基酸序列与疫苗株相比有部分差异,但均不属于决定抗原性的关键位点.     

广州市2009年登革热疫情监测结果分析

目的分析广州市2009年登革热疫情的流行病学特征。方法对广州市疫情监测与报告信息系统、实验室监测信息系统,以及相关的现场调查报告,疫情简报等数据信息进行统计与分析。结果广州市2009年报告登革热病例18例,本地感染病例3例,累计发病率0.08/10万,无死亡病例,输入性病例或来广州就诊病例占全年报告病例的83.33%（15/18）,实验室监测表明,2009年广州市病毒流行株为登革Ⅲ型病毒。结论 2009年广州市登革热流行处于散发流行状态,流行的登革病毒型别与往年监测结果有所不同,较多的输入性病例或异地来广州就诊的登革热病例对广州市登革热流行存在潜在风险。     

广州市2002-2006年登革热病例特征

目的分析2002-2006年广州市1342例登革热（dengue fever，DF）患者病例特征，以期更好地做好DF的防治工作。方法对我院2002-2006年收治的1342例DF患者的资料进行回顾性分析，用C6／36细胞分离血液登革病毒（dengue virus，DV），逆转录聚合酶链反应与基因测序法鉴定病毒。结果1342例患者平均年龄为34．4岁，分布无明显性别差异。大多数患者有明显的病毒血症，主要临床表现为发热（100％）、头痛（85．9％）、肌肉酸痛（64．5％）、骨痛（46．6％）和皮疹（65．9％）等。实验室检查外周血白细胞及血小板减少者分别占66．0％和61．3％，丙氨酸转氨酶（ALT）和天冬氨酸转氨酶（AST）升高分别占69．0％和85．7％，部分患者（28．4％）出现血钾降低，除2例诊断为登革出血热外，均诊断为典型登革热。病原学检查血清登革病毒抗体IgM（DF-IgM）阳性率为90％，其中病程5天内累积阳性率为31．3％，8天内为86．4％，经病毒分离与鉴定证实均为DV—Ⅰ型感染。结论广州市2002-2006年流行的DF均为DV—Ⅰ型所致，绝大多数病例符合DF的典型临床表现，肝损害为常见的并发症，登革出血热极少见。     

广东登革3型病毒株的分离培养和鉴定

目的对2009年发生于广东地区的3例家庭聚集性登革热患者血清进行登革病毒的鉴定和病毒株的培养分离。方法用胶体金法检测患者血清中登革病毒特异性IgM、IgG抗体;C6／36细胞培养患者血清中登革病毒;RT—PCR扩增C．PrM基因序列的片段以检测患者血清中登革病毒RNA,PCR产物经序列测定后进行生物信息学分析。结果3例患者血清学检测均为登革病毒特异性IgM阳性、IgG阴性;特异性RT—PCR产物长约290bp,经琼脂糖电泳和测序分析,证实3例患者血清中均存在登革3型病毒;从1例患者血清中培养分离到了登革病毒株,经RT—PCR和测序证实为登革3型病毒。结论2009年发生于广东地区的3例登革热患者经病毒培养和分子生物学鉴定,证实均为登革3型病毒感染。     

云南省西南边境登革2型病毒全基因组序列特征研究

为阐明云南省西南边境地区登革2型病毒(DENV-2)流行株的全基因组序列特征及流行病学特点,采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-2的全基因组序列,采用Clastal X1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到10株DENV-2,其中德宏州瑞丽市6株(2013年3株和2015年3株),西双版纳州景洪市2015年4株。经RTPCR和序列测定,获得这10株DENV-2的全基因组序列。基于结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化和同源性分析表明,这10株病毒中5株为亚洲基因Ⅰ型(AsianⅠGenotype,AG-Ⅰ),5株为全球基因型(Cosmopolitan genotype,CG)。其中2013和2015年瑞丽流行株均为AG-Ⅰ,景洪市2015年流行株均属CG,它们均与东南亚相同基因型流行株具有较高的同源性和较近的亲缘关系。云南株与DENV-2原型株(New Guinea-C)的E和NS5基因核苷酸同源性分别为93.38%~93.77%和92.80%~94.74%。所有云南株和东南亚参考株与New Guinea-C株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点均存在一定程度的改变。本研究证实,云南省西南边境地区存在DENV-2两种基因型流行,瑞丽和景洪流行株分别为AG-Ⅰ和CG,但它们的输入来源均为相邻东南亚国家。云南株与DENV-2原型株New Guinea-C株间存在明显差异,但决定病毒抗原、致病性和毒力的关键位点未发现明显变化。     

2020年西藏自治区0～5岁健康儿童携带埃可病毒11型的基因特征分析

目的本研究旨在通过对2020年西藏自治区5岁以下健康儿童中携带埃可病毒11型(echovirus11, E11)的基因特征进行研究, 掌握肠道病毒的流行情况, 填补西藏自治区关于E11基因特征研究的空白。方法收集2020年在中国西藏自治区内采集的0～5岁健康儿童的粪便标本, 通过病毒分离和肠道病毒分子定型方法, 对阳性病毒分离物进行肠道病毒血清型鉴定, 并对鉴定结果为E11的病毒分离物进行全长VP1区扩增及核苷酸序列测定和分析。使用MEGA软件构建基因进化树(最大似然法), 与中国其他省份E11和全球E11进行遗传进化分析。结果 574份粪便标本中分离到89株肠道病毒分离株, 其中E11有44株, 是主要的血清型, VP1区核苷酸序列之间的相似性为96.4%～100%, 在系统发育树上呈现为多个传播链, 但均属于D5基因亚型, 且与我国2017年后其它省份E11流行株聚为一簇。结论本研究获得了我国西藏自治区流行的E11的基因特征的基本信息, 并了解了全球E11的基因型分布。     

登革2型病毒广东流行株结构蛋白基因序列测定及分析

目的 对广东省90年代以来流行的3株登革2型病毒(DEN2)的结构蛋白基因序列测定及分析，了解流行株之间的相互关系、变异及基因型：方法 应用RT-PCR技术扩增广东省不同年份流行的3株DEN2型病毒的结构蛋白基因(C、PrM、E基因)。分别克隆到pMD18T载体，转化JM109宿主菌，挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定。结果 3株DEN2病毒结构蛋白基因序列长度均为2325bv，编码775个氨基酸。三者核苷酸(氨基酸)的同源性分别是：GD06／93与GD19／2001为96％(97％)、GD06／93与GD08／98为94％(97％)、GD08／98与GD19／2001为92％(94％)。其在相关毒力位点E383～385处均为GLU—PRO-GLY、E126处均为GLU。3株DEN2与国际参考株比较表明：GD06／93与GD19／2001和澳大利亚TSV01株共享序列非常接近，核苷酸(氨基酸)的同源性为98％(98％)；GD08／98与泰国株ThNH-P28／93核苷酸(氨基酸)同源性为98％(98％)。此3株DEN2二级结构与对乳鼠不致病的04株比较，主要差别位于其393～400氨基酸处，本室分离的3株对乳鼠致病毒株为EEEEHHHH，而04株为EEEE----；337～343处本室分离的3株对乳鼠致病毒株为HH-------HHHHH，而04株为--------HHHHE-，恰好位于Dengue病毒E基因的Ⅲ区：结论 GD06／93、GD19／2001与TSV01亲缘关系较近，属同一基因型。GD08／98与ThNH—P28／93共享序列非常接近，属同一基因型。3株DEN2病毒在E蛋白Ⅲ区结构有一定变异，可能与毒力有关。     

深圳市首例本地登革热3型病例的病原学检测与分析

目的对2016年深圳市报告的首例本地疑似登革热病例查明病因.分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征.方法对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和荧光RT-PCR方法分别检测登革病毒抗体、NS1抗原和病毒核酸,并用C6/36细胞分离登革病毒.采用RT-PCR方法扩增病毒PrM/M-E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革毒株进行同源性比较和进化树分析.结果从患者血清标本中检测到登革病毒IgM抗体、NS1抗原和登革3型病毒核酸,并成功分离到登革3型病毒,将其命名为DENV3-SZ1648.深圳市登革3型病毒分离株SZ1648与登革3型国际标准株H87株、国内外流行株80-2、GWL-25株在PrM/M-E基因上核苷酸同源性分别为92.0％、91.8％和90.3％,而与登革1、2、4型国际标准株HAWAII、NGC、H241同源性分别为68.7％、64.2％和63.2％.进化树显示SZ1648株与2007年印度尼西亚分离株MKS-0098亲缘关系最近,在进化树的同一分支上,和85-159株(Indonedia 1985)、2167株(Tahiti 1989)、29472株(Fiji1992)等同属基因Ⅰ亚型.患者发病前1个月在深圳居住,无输血史、无外出史.结论从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该本地病例是由登革3型病毒引起,这也是深圳市首次报道存在本地登革3型病毒的疫情,该毒株最有可能来源于印度尼西亚.     

浙江省基因Ⅰ型乙脑病毒全基因序列的测定及分析

目的 为了获得浙江省乙脑病毒基因组详尽的资料,研究基因Ⅰ型乙脑病毒的分子特征及变异程度,为乙脑病毒分子流行病学及其基因研究提供科学依据.方法 设计特异性引物、RT-PCR分段扩增XJ69和XJP613株全基因,PER产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.通过生物学软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒XJ69和NJP613株全基因组全长均为10 964个核苷酸,含有一个开放阅读框架,编码3432个氨基酸.与GenBank中选择的32株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸同源为83.5%～99.2%,氨基酸总体同源性为97.5%～99.7%.通过PrM/C区段、E区段及全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒XJ69和XJP613株属于基因Ⅰ型,与上海三带喙库蚊分离株SH17M-07关系最为接近.     

中国风疹病毒基因型流行趋势研究

目的 分析1999-2012年中国（未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区）风疹病毒基因型的流行趋势.方法 依据中国麻疹和风疹实验室网络病毒学监测数据库,以及国家麻疹和风疹实验室风疹病毒学监测数据,进行中国流行风疹病毒基因型的动态监测.结果 1999-2012年从全国27个省（自治区、直辖市）分离到1017株风疹病毒株：其中847株为1E基因型（2001-2012年）,分布于我国所有已开展风疹病毒学监测的27个省、区;15株为1F基因型（1999-2002年）,分布于河南、安徽和山东三省;3株为疫苗类似株2A基因型（2001年）,分离于山东省;152株为2B基因型（2000、2006、2008、2011、2012年）,从全国13个省、区、市分离到.在2002年之后未再检测到1F和2A基因型.结论 通过对1999-2012年中国27个省、区流行的风疹病毒的分子流行病学研究,阐明了我国流行的风疹病毒的基因型流行趋势及其在地域和年代上的分布,并证实近年来我国风疹病毒的流行是由1E和2B基因型共循环引起的多个传播链所致,其中1E基因型为优势,2B基因型为弱势.     

从病毒性脑炎患者标本分离的基因I型乙脑病毒全基因组序列特征研究

目的通过现代分子生物学理论与技术测定和分析了从脑炎患者脑脊液标本分离的基因I型乙脑病毒（GZ56株）全基因组序列特征,以了解其致病性的分子基础。方法采用RT．PCR法和核酸序列测定法获得病毒基因组全序列,并利用DNASTAR、ClustalX version2．0．9及MEGAversion4．1等生物学软件分析该乙型脑炎病毒核苷酸序列、氨基酸序列及系统进化等。结果研究结果表明从病毒性脑炎患者脑脊液标本分离的基因I型乙脑病毒（GZ56株）基因组全长为10965nt,编码3432个氨基酸。病毒全基因组分子进化分析显示GZ56株全基因组与国际上第一株从蚊虫分离的基因I型乙脑病毒（M-28株）处于同一进化分支。GZ56株与其他基因I型乙脑病毒核昔酸和氨基酸序列同源性分别为96．2％～98．6％和98．2％～99．7％。病毒E基因与乙脑病毒灭活疫苗株P3相比存在11个氨基酸差异位点,而与乙脑病毒减毒活疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白上存在14个氨基酸差异位点。结论本研究提示,从病毒性脑炎患者标本分离的基因I型乙脑病毒全基因组未见明显变化,从基因组水平可以推测该病毒可以被现行的乙脑疫苗所保护。     

2019年福建省漳州市本地流行登革病毒的E基因序列分析

目的了解2019年漳州市本地登革热疫情病原学特征及可能的传染来源。方法采集疑似登革热患者急性期的血清样本, 通过实时荧光定量RT-PCR进行病毒检测和血清分型。对于阳性标本, 通过RT-PCR扩增E基因的全长片段, 并进行测序和分析。结果 2019年漳州市共有登革热本地病例98例, 集中在诏安县、龙海区、云霄县3个区县。本研究中选取了代表各区县不同来源的14株登革病毒E基因序列, 其氨基酸序列毒力位点分析发现本地流行株均属于毒性相对较强的毒株, 系统进化树显示本地流行株均为DENV-I, 其基因型为I型, 分为a、b、c进化分支。a进化分支包含了所有诏安县和龙海区序列, 又分成了3个亚分支, b、c进化分支均为云霄县的序列, 除诏安县深桥镇和龙海区海澄镇的毒株关联度较高, 其余地区均局限于各乡镇所在范围, 且各进化分支均与同年流行的国内其他地区及东南亚相应国家较为接近。结论 2019年漳州市登革热本地疫情暴发存在多个输入来源, 可能是由国内其他地区或者东南亚国家的登革热输入病例引起的, 同时存在本地的跨县域传播可能。     

昆明市登革热输入性病例的调查及C/PreM基因序列分析

目的 调查云南省昆明市登革热输入性病例分布状况及病原分子特征.方法 收集登革热病例资料,采集本病急性期病人血清标本,用ELISA法检测登革病毒(DENV) IgM抗体,RT-PCR法检测DENV核酸,核酸阳性者进行DENV-C/PreM区的基因核苷酸序列测定和分析,采用MEGA5软件的邻接法构建进化树.结果 2010-2013年在昆明市第三人民医院住院病人中采集到登革热临床诊断病例血清标本13份,经检测DENV-IgM抗体均为阳性,DENV核酸阳性2份.根据流行病学史、临床表现和实验室检测结果,这13例病人均被诊断为登革热.获得了两株病毒(YNH8和YNH12)的C/PreM区基因核苷酸序列,进化分析表明YNH8和YNH12株均为登革Ⅰ型病毒.其中YNH8株与南亚地区印度流行株进化关系最为接近,而YNH12株与泰国、缅甸、柬埔寨和越南等东南亚国家流行株具有较近亲缘关系.结论 昆明市登革热患者均为输入性病例.流行病学史和分子流行病学研究证实,YNH8和YNH12病例与印度和缅甸流行株具有较近亲缘关系.     

深圳5例肠道病毒71型手足口病病毒株遗传衍化分析

目的调查来源于2008年深圳5例EV71（Enterovirus71,EV71）型手足口病患者的5株肠道病毒71型的分子流行病学特点及其分子进化关系。方法通过病毒分离培养得到5株肠道病毒71型分离株,并对其进行全基因组核苷酸序：列测定,通过生物信息学软件分析,与既往其他国家地区分离株进行全基因序列分析比较,以及进化树分析。结果通过对VP1和VP4基因序列分析,5株病毒株均属于C4基因亚型。5株EV71分离株在全长核苷酸和氨基酸水平上差异都较小,其核苷酸和氨基酸同源性分别高于93．0％和98．0％,进化树分析提示2008深圳分离株与2004深圳株同源性最为接近,与2008安徽阜阳流行株和1998深圳株亦相距很近,死亡病例株与2008安徽阜阳株距离同源性最近（同源性为99．1％和96％）。结论推测这起疫情是由同一个病毒传播链引起的,本次流行株可能系1998深圳株演变而来。     

2018年杭州市登革热流行病学及病原特征研究

目的:了解2018年杭州市登革热疫情的流行病学及病原特征。方法:应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,并对阳性标本进行病毒分离、 E基因扩增、序列测定及进化分析;描述病例的时间、人群和地区分布特征。 结果:2018年杭州市共检测登革热病例80例,其中输入性病例55例,本地病例2...     

用标记分析法检测我国海南省登革2型病毒抗原性变化

我们试用标记分析法,用3种单克隆抗体(黄病毒科特异性、登革病毒属特异性和登革病毒2型型特异性单克隆抗体)研究了我国海南省1985～1987年3年内流行的登革2型病毒8个流行株的抗原性变化,并与标准株新几内亚B株进行了比较。发现6株与标准株类似,2株显示出明显的差异。标记分析法为病毒抗原分析提供了一个简便、快速的方法,可用来监测一个地区病毒株群的变化及新株的传入。     

广州市2001-2010年登革热流行病学分析

目的分析广州市近年来登革热疫情特点及流行规律,为制定预防控制措施提供依据。方法收集广州市2001-2010年登革热疫情资料,用描述性流行病学方法分析其流行特征和流行因素。结果 2001-2010年广州市共报告登革热病例2458例,每年均有本地感染病例和输入病例的报告,其中本地感染病例2366例,输入性病例92例。年发病率在0/10万～20.14/10万之间。疫情涉及12个区县,主要集中在荔湾区（26.24%）、越秀区（25.65%）、天河区（14.41）、白云区（12.00%）和番禺区（8.77%）。4-12月均有病例报告,其中5月份前为输入性为主的散发病例,6-12月为流行期,8-10月病例数占总病例数的88.12%,为发病高峰期。男女性别比为1.06∶1。各年龄组均有发病,但发病率以中壮年和老年人群居高。职业分布以家务及待业、工人和学生为主。病例输入地主要以印尼、越南、泰国等东南亚地区为主。暴发的疫情主要由登革病毒Ⅰ型引起。结论广州市登革热仍为输入或输入引起本地传播的传染病,至今仍无证据表明已成为地方性疾病。