广州地区无偿献血人群HCV的基因分型研究

目的 探讨广州地区无偿献血人群中丙型肝炎病毒(HCV)基因型(亚型)的分布.方法 从无偿献血人群中收集HCV RNA阳性标本,通过RT-PCR扩增NS5B基因,阳性结果进行核苷酸序列测定,然后与GenBank中已知序列进行比较和分子进化分析,以确定HCV基因型(亚型).结果 对广州地区69例HCVRNA阳性血液标本进行NS5B基因扩增,扩增阳性67例,其中lb占37.31%(25/67),2a占 4.48%(3/67),3a占7.46%(5/67),3b占4.48%(3/67),6a占44.78%(30/67),6n占1.49%(1/67).结论 HCVlb和6a为广州地区无偿献血人群中流行的主要基因型(亚型).     

联合分析HCV种属信息区和高度保守区序列确定广东地区HCV基因型和亚型

目的扩增HCV种属信息区NS5B和高度保守区5-UTR基因序列,用系统进化树法深入分析HCV基因型和亚型,阐明广东地区丙型肝炎患者HCV基因型和基因亚型的特点。方法采集99例慢性丙型肝炎病例血清,应用RT-PCR技术分别扩增HCVNS5B区和5-UTR特定片段,测序后进行系统进化树分析,确定HCV基因型及亚型。结果99例患者标本均准确分型,其中NS5B区段分型74例,5-UTR区段分型99例。HCV基因型和亚型的分布:1a亚型1例、1b亚型59例、1型7例、2a亚型11例、3a亚型3例、3b亚型2例、3型3例、6a亚型13例;另有2例标本在两区段分型不同,5-UTR/NS5B区段分型分别为6a/1b和3a/1b。两区段共同分型74例,72例标本在两区段基因型一致,2例标本在两区段基因型不同,为HCV重组体。结论联合分析HCV不同区段基因序列,可提高HCV基因分型的准确度及灵敏性。广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为6a和2a;3型中的a、b亚型也占有一定比例。     

云南省曲靖市非高危人群丙型肝炎病毒基因型分析

目的对曲靖市感染丙型肝炎的非高危人群进行丙型肝炎病毒(HCV)基因分型研究,寻找本地区流行基因型,为丙型肝炎的科学防治提供依据。方法采集住院病人血液,提取RNA,采用HCV特异性引物进行巢式RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果共采集228例病人血清,排除具有高危因素影响的血清29例,非高危人群丙型肝炎病人血清199例。共检出4个基因型(1、2、3、6),5个基因亚型(1b、2a、3a、3b和6a),有37例不能鉴别的基因亚型。其中1b型78例(39. 2%)、2a型42例(21. 1%)、3a型15例(7. 5%)、3b型23例(11. 6%)、6a型4例(3. 0%)和未能分型37例(18. 6%)。根据文献检索提取云南省HCV基因分型流行情况,对于HIV/HCV共感染的静脉吸毒者(Intraductal Ultrasonography,IDUS)和静脉吸毒HCV感染者,前3位的基因亚型分别为3b、3a、1b;对于标本来源为医院病人,未进行感染途径分类,前3位的基因亚型分别为1b、3b、2a。结论曲靖市丙型肝炎非高危感染人群主要HCV基因亚型1b型和2a型与我国的主要基因亚型基本一致,与云南省主要的HCV基因亚型略有区别,但与同地区的HIV/HCV共感染的静脉吸毒者HCV基因型有着明显区别。     

广西柳州市丙型肝炎病毒的基因型和基因亲缘性分析

目的 分析近年来广西柳州市丙型肝炎病毒(HCV)的基因型和基因亲缘性。方法 用巢式RT-PCR法对HCV NS5B区进行扩增,通过测序和构建进化树进行基因分型并分析基因亲缘性。结果 对182株HCV基因分型:1a型占3.3%,1b型占50.5%,3a型占17.0%,3b型占4.9%,6a型占26.4%,6c/d型占2.7%,6型未分亚型(6un)占0.5%。6株1a型HCV与美国参照株属不同分支。2.2%(2/92)的1b型与日本参照株属同一分支;29.3%(27/92)的1b型与来源于上海的参照株属于同一分支,其余67.4%(62/92)的1b型则独立分支;另外1株独立于上述各分支外。95.2%(20/21)的3a型以及77.8%(7/9)的3b型与日本和澳大利亚参照株属同一分支或并列分支。4.8%(1/21)的3a型和22.2%(2/9)的3b型则独立分支。97.9%(47/48)的6a型与越南、香港和英国参照株属同一分支或并列分支;2.1%(1/48)的6a型独立于上述分支外。5株HCV与6c和6d参照株并列分支,1株6型病毒未能区分亚型。结论 近年来广西柳州市HCV流行的主导基因型是1b、6a和3a。1b型的大部分具有独立的本地亲缘性特征;而6a和3a型的绝大部分则无此特征。     

海南省163例汉族HCV慢性感染者中的基因型分布

目的了解丙型肝炎病毒(HCV)在海南省汉族HCV慢性感染者中的基因型分布特点。方法选择在海南省人民医院就诊的176份汉族本土HCV慢性感染者(HCV-Ab和HCV RNA均阳性)血清标本,通过提取HCV-RNA,然后使用RT-PCR、巢式PCR(Nested-PCR)方法来扩增Core-E1区并测定其核苷酸序列,最后与已知HCV基因型序列构建系统发育树分析、确定其基因亚型及分布。结果成功提取HCV-RNA和测序的海南省汉族HCV慢性感染者标本为163例,检出阳性率为92.6%,其基因型分布和比率如下:1a型占3.1%(5/163),1b型占33.1%(54/163),2a型占6.7%(11/163),3a型占8.6%(14/163),3b型占14.7%(24/163),6a型占33.7%(55/163)。结论海南省汉族HCV慢性感染者中基因型分布与全国的HCV基因型分布一样,基因型为1a、1b、2a、3a、3b和6a。海南省汉族同属我国汉族HCV传播圈,本研究发现6a是海南省汉族HCV慢性感染者中最主要的基因亚型,提示6a可能在海南省汉族人群中发生迅速传播。     

南宁市102例HIV/HCV共感染者HCV基因型特征分析

目的了解南宁市静脉注射吸毒人群(IDUs)中HIV/HCV共感染者HCV基因亚型流行情况。方法收集2012—2014年间南宁市静脉注射吸毒人员HIV/HCV共感染者血浆样本总共108份,设计特异性引物,通过巢式PCR对HCV NS5B区域长339 bp的片段进行扩增并测序,构建系统进化树对HCV进行基因分型。结果 108份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段102份,系统进化分析显示检出4种HCV基因型含6种基因亚型,各基因亚型所占样本比例为6a 34.31%(35/102)、3b 33.33%(34/102)、1a 20.59%(21/102)、1b 6.87%(7/102)、3a 3.92%(4/102)和2a 0.98%(1/102)。在不同人口学特征时102份样本HCV基因型组成差异无统计学意义(P0.05)。结论南宁市IDUs人群HIV/HCV共感染者中至少存在6种HCV基因亚型流行,6a、3b和1a为主要流行亚型。     

乌鲁木齐地区82例丙型肝炎患者基因型分布研究

目的 观察乌鲁木齐地区丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况,了解HCV基因型与民族、年龄的关系.方法 在82份抗HCV抗体和HCV RNA均阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过PCR-反向点杂交法进行基因分型检测.结果 82例血清标本检测示,基因分型率95.12%,其中1型占60.26%(47/78),2型占20.51%(16/78),3型占16.67%(13/78), 6型占2.56%(2/78).≤40岁和＞40岁基因型总体分布上存在差异(P＜0.05),维吾尔族、汉族间基因型分布无统计学差异.结论 乌鲁木齐地区流行的HCV基因型为1(1b)、2(2a)、3(3a、3b)、6(6a)4型,1型为流行的主要基因型, 2、3、6型均占相当比例,初步说明乌鲁木齐地区HCV流行的基因型呈现多样性.     

反向点杂交法检测广东地区丙型肝炎病毒基因型和基因亚型

目的 建立并应用HCV基因分型技术PCR-反向点杂交法(PCR-RDH),调查广东地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型和亚型的分布情况.方法 应用生物信息学软件针对HCV 5'端非编码区(5'UTR)和核心蛋白区(C区)设计特异性捕获探针及生物素标记引物,建立HCV基因分型的PCR-反向点杂交技术.应用本技术对115例慢性丙型肝炎患者血清标本进行HCV基因型和亚型检测,同时对其中38份标本中的HCV进行RT-PCR扩增、测序、系统进化树分析确定HCV基因型和亚型,以评价反向点杂交法的准确性及临床应用价值.结果 115份血清标本中,反向点杂交法HCV基因型及亚型检出率为96.5%(111/115),15份阴性对照全部为阴性.111例检出基因型的标本中1b型63例(56.8%)、2a型9例(8.1%)、3a型4例(3.6%)、3b型6例(5.4%)、6a型28例(25.2%)、1b/2a混合型1例(0.9%).经测序分型确定此法检测准确度为100%,特异度为100%.结论 HCV基因型反向点杂交法检测准确可靠、简便经济、高效,适用于临床检测.广东地区的HCV基因型分布以1b型为主,呈现出1b型比例下降,3a、6a型比例升高的趋势.     

青岛地区丙型肝炎基因分型的研究

目的 探讨青岛地区丙型肝炎基因型的分布状况,发现丙型肝炎病毒（HCV）流行优势株,分析丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、炎症活动度、病毒载量等的相关性。方法 应用RT-PCR方法,对46例青岛地区丙型肝炎病人的血清RNA提取物NS5B区和（或）CORE-E1区进行扩增,扩增片段进行基因测序,根据测序结果在PUBMED网站中获得基因分型结果,分析不同丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）水平的关系。结果 46例血清标本,HCV RNA均为阳性,44例可以分型,分型率为95.65%,其中基因1b型28例（63.64％）,2a型14例（31.81％）,3b型2例（4.55％）。丙型肝炎基因型的分布与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及ALT、AST水平均无关（P〉0.05）。结论 青岛地区HCV流行株为基因 1b型和2a型,基因1b型为优势株,同时发现3b基因型。基因型与丙型肝炎的疾病进展程度及炎症活动度无关。     

对比分析5'-UTR和NS5b区序列确定广东地区HCV基因亚型

［摘要］ 目的 对比丙型肝炎病毒（HCV）不同区段系统进化分析法基因分型的差异,探讨广东地区丙型肝炎患者的HCV基因亚型分布。方法 RT-PCR分别扩增HCV5'-UTR（71nt-311nt）共241bp和NS5b区（8249nt-8650nt）共402bp的片段。序列分析后进行系统进化分析以确定病毒基因型及亚型。结果 HCV NS5b区段分型74例,其中1b亚型51例,2a亚型10例,6a亚型8例,3a亚型2例,3b亚型2例,1a亚型1例;5'UTR区分型74例,其中1型45例,2型11例,6a亚型10例,3a亚型3例,3b亚型5例;两区段共同分型49例,47例基因型一致,2例不同。结论 对比分析HCV不同区段基因序列,可深化对HCV基因型和亚型的了解。初步表明广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为2a、6a,两者比例相当;3b、3a也占有一定比例。 ［关键词］丙型肝炎病毒;基因型;5'-非编码区;NS5b区;系统进化分析     

天津地区丙型肝炎病毒基因型与临床的相关性研究

目的：研究丙型肝炎病毒（HCV）基因型,了解天津地区丙型肝炎的分布情况。方法：收集252例丙型肝炎患者的血清标本,采用基因测序法进行HCV基因型的检测,并对基因型与其他临床指标进行分析。结果：252例丙型肝炎患者分别感染1b、1a、1c、2a、2i、3a、3b、4a和6a共9种基因亚型,其中1b型占59．9％,其次是3a型,占12．7％。对1型、2型、3型和4型4种基因型进行肝功能、HCVRNA病毒载量比较,经单因素方差分析有明显统计学差异（P〈0．05）;对HCV感染的不同肝病程度患者的基因型分布进行分析,无显著性差异（P〉0．05）。结论：天津地区丙型肝炎病毒感染以1b型为主,其次为3a型。HCV基因型与HCVRNA病毒载量、肝脏损伤指标有明显统计学差异。     

湖北省部分地区经血途径感染艾滋病人群中丙型肝炎病毒基因型分布

目的了解湖北省经血途径感染HIV-1人群中合并HCV感染情况及HCV基因型分布。方法2004年7月至2010年12月间在本院诊治或会诊的597例抗HIV阳性者进行HCV筛查,并行HCV病毒载量检测,对HCVRNA阳性者进行逆转录巢式聚合酶链反应扩增HCV核心基因区,并对扩增产物进行测序,采用Mega软件对所得序列进行基因树分析。结果既往有偿供血和受血的HIV感染者中HCV的感染率分别为76．5％（205／268）,57．4％（189／329）。97例HIV、HCV合并感染者行HCV基因分型检测,发现1b型90例（92．8％）和2a型7例（7．2％）,两型的HCV病毒载量（HCV—VL）差别无统计学意义[对数值分别为（6．0±1．0）拷贝／ml、（5．8±1．4）拷贝／ml,t=0．40,P=0．69]。结论血液途径为HIV、HCV合并感染的主要途径。受血感染者合并HCV感染率低于献血人群,感染者中HCV的基因型主要为1b型和2a型。     

慢性丙型肝炎患者对NS3／4A蛋白酶抑制剂预存耐药的研究

目的对我国南方184例无抗病毒治疗史的慢性丙型肝炎患者进行NS3／4A蛋白酶抑制剂相关耐药位点检测。方法NS3／4A蛋白酶抑制剂相关的耐药位点分析采用自行设计型别特异性引物行巢式PCR．PCR产物经纯化后采用直接测序法鉴定。结果184例样本中有162例扩增成功,其中125例（77．16％）患者共检出266个变异位点。HCVlb型A156S变异率为18．33％,V170I为16．67％;HCV2a型V36L、Q80G、V170I变异率为100％,A156S为64．29％;HCV6a型Q80K变异率为95．45％,V170I为98．86％。结论未使用抗病毒药的慢性丙型肝炎患者对NS3／4A蛋白酶抑制剂也存在预存耐药,变异率因HCV基因型而不同。1b型发生变异较少,HCV2a型及6a型普遍发生变异。     

Study of hepatitis C virus genotype in Guizhou area of southwestern China

OBJECTIVE: To determine the concordance in various hepatitis C (HCV) genotyping methods and to investigate the distribution of HCV genotypes in Guizhou area of Southwest China. METHODS: Serum samples from 206 patients (100 with chronic hepatitis and 106 with hemopathy) were detected for antibody of HCV by second generation enzyme-labelled immunosorbent assay (ELISA). Thirty-five anti-HCV positive samples were detected for HCV RNA by RT-polymerase chain reaction (PCR) and 30 HCV RNA positive samples were determined for their genotypes by three various genotyping methods [PCR with type-specific primers at the core region (primer-set), slot-blot hybridization with type-specific probes at NS5B region (blotting) and the restric fragment length polymorphism analysis of PCR products of 5' NC region (RFLP)]. Ten samples with the known genotype were analysed by the direct sequencing. RESULTS: Of 30 samples with positive HCV RNA, the types of 22 could be classified by three methods, and the genotypes determined by various methods had complete concordance. The types of 6 samples could be classified by two methods and 5 had agreement subtypes. The types of two samples could be classified only by RFLP. Overall, 27 (90.0%) had subtype 1b infection and 3 (10.0%) had subtype 2a infection. The nucleotide sequence of 8 samples with subtype 1b and one with subtype 2a were analysed by the direct sequencing. The subtypes determined by sequence analysis were in complete concordance with those decided by various genotyping methods. CONCLUSIONS: Subtype 1b is the predominent HCV genotype in Guizhou area, while subtype 2a is less common. There was a good concordance with the genotyping results obtained by various HCV genotyping methods.     

Selection and application of serotypical synthetic peptides derived from hepatitis C virus NS5A region

Background   Numerous studies have reported a relationship between hepatitis C virus (HCV) genotype and the response to interferon therapy. Despite high sensitivity and specificity, genotyping methods can be performed only on HCV RNA positive samples. Serotyping might be a rapid and cost effective method for determining HCV genotypes, especially in patients with previously undetectable HCV RNA. In this study, an enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) method for HCV serotyping with the genotype specific, synthetic peptides derived from HCV nonstructural 5a (NS5A) region was developed.
Methods  Based on 45 sequences, representing HCV genotypes 1-6 from Genebank, we synthesised 305 overlapping 30-mer peptides within NS5A region at positions 2182-2343 of HCV. All peptides for antigenic reactivity were tested by enzyme immunoassay with 69 human sera with antiHCV positive representing genotype 1-6. Forty hepatitis C patient sera were serotyped using serotype specific, synthetic peptides and genotyped by sequencing analysis.
Results  The correspondence of amino acids in HCV NS5A region with amino acids in positions 2182-2343 was very low among different genotype peptides. The highly conserved sequences were residues 2182-2211(R1), 2272-2301 (R7) and 2302-2331 (R9): the highly variable 2212-2241 (R3) and 2257-2286 (R6). Using 305 peptides, antigenic regions were located in R3, R7 and R9. Eighteen peptides from highly conserved region representing genotypes 1 to 6 showed broad immunoreactivity with sera containing antibody to all HCV genotypes. Immunoreactivity of the peptides from highly variable region was stronger with similar genotype sera.  Twelve unique peptides showed highly, genotype specific, reactivity with types 1 and 3 sera. Type 2 genotype specific peptides had cross reaction with type 3 serum. No type 4, 5 or 6 specific peptides were selected. The serotyping results showed high agreement with sequencing analysis.   
Conclusions  The major antigenic regions in HCV NS5A region were at 2212-2241(R3), 2272-2301(R7) and 2302-2331(R9).  Eighteen peptides from highly conserved region show genotype independent, immunoreactivity, useful for antiHCV antibody test. Twelve peptides from highly variable region show genotype 1 and 3 dependent immunoreactivity, useful for determining HCV serotype, especially for patients with previously undetectable HCV RNA.

     

保定市丙型肝炎病毒基因型分布特征及临床意义

目的 了解保定市丙型肝炎病毒（HCV）基因型分布特征及其与丙型肝炎病毒核糖核酸（HCV-RNA）载量、肝病程度的相关性,为其防治提供依据。方法 对2010年1月—2017年9月758例HCV-RNA阳性者进行HCV的基因型检测,分析其基因型与HCV-RNA含量和肝病程度的相关性。结果 758例HCV感染患者中1b型和2a型分别为50.79%（385/758）和36.68%（278/758）。HCV基因型的分布特征与性别、感染途径及种族差异均无统计学意义（P>0.05）。1b型患者ALT、AST、GGT及HCV-RNA水平均高于2a型和其他型患者,差异有统计学意义（P<0.05）。不同程度肝病患者的HCV基因型分布差异有统计学意义（P<0.05）,1b型丙肝肝硬化及肝癌比例高于其他基因型,差异有统计学意义（P<0.05）。1b型患者对长效干扰素加利巴韦林治疗的ETVR应答率（57.92％ vs 83.09％）和SVR应答率（24.68％ vs 60.79％）均明显低于2a型患者（P<0.05）。相关分析显示,1b型患者ALT与HCV-RNA呈正相关（r=0.685,P<0.01）。结论 保定市丙型肝炎病毒基因型流行株为1b型和2a型,其中1b型与丙肝肝硬化、肝癌的产生有一定的相关性。     

青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢

目的探讨青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢相关性。方法收集149例抗-HCV、HCV-RNA均阳性的慢性丙肝患者血清,采用HCV-RNA荧光定量PCR法和反向免疫杂交法检测HCV-RNA载量和基因型,分析青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢相关性。结果 149例检出1 b型61例、2 a型52例、3 b型18例、3 a型6例、6 a型0例、1 b/2 a型1例;性别以男性为主;年龄主要分布在30-60岁。1 b、2 a、3 b型丙肝患者CHOL存在统计学差异（P〈0.05）;1 b、3 b型丙肝患者GLU含量高,和2 a型患者比较存在统计学差异（P〈0.05）;其他指标无统计学差异。结论青海地区人群中HCV的基因亚型以1 b和2 a型为主,混有少量3 b和3 a型。1 b、2 a和3 b型糖、脂代谢存在差异性,HCV感染后易合并糖尿病和高脂血症。     

广西桂中地区艾滋病患者乙型和丙型肝炎病毒感染调查研究

目的 了解广西桂中地区人类免疫缺陷病毒（HIV）/艾滋病（AIDS）患者合并乙型肝炎病毒（HBV）、丙型肝炎病毒（HCV）感染的情况.方法 调查分析我院2007-01～2009-12确诊的2 342例AIDS患者临床资料.结果 HIV/HBV、HIV/HCV、HIV/HBV/HCV共感染率分别为16.8%、22.5%、2.5%,其中吸毒和性传播者HIV/HCV感染率分别为74.7%和8.0%、HIV/HBV感染率分别为15.6%和17.2%、HIV/HBV/HCV感染率分别为7.8%和1.0%.结论 广西桂中地区HIV/HBV共感染在性传播和吸毒传播者中差异无统计学意义,HIV/HCV、HIV/HBV/HCV共感染差异有统计学意义,应采取措施控制其传播.