运用网络药理学方法探讨安胃二号方治疗胃癌前病变的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨安胃二号方(全国名老中医林寿宁教授的经验方)治疗胃癌前病变的作用机制。方法本研究起止时间为 2020年 2—3月。通过中药系统药理学数据库和分析平台收集安胃二号方的有效化合物及靶点,经 GEO数据库筛选胃癌前病变的差异表达基因;利用 Venny软件获得安胃二号方治疗胃癌前病变的作用靶点,通过 Sytoscape软件创建安胃二号方治疗胃癌前病变的作用网络,在 String数据库完成蛋白互作网络;运用 DAVID数据库及京都基因与基因组百科全书对安胃二号方治疗胃癌前病变的作用靶点进行 GO分析和 KEGG分析。结果筛选得到安胃二号方的有效化合物 57个、有效靶点 233个,其中有 23个化合物及 31个靶点作用于胃癌前病变;蛋白互作网络中有 14个蛋白的作用度值在平均节点度以上, GO分析得到 342个生物过程和 19个细胞成分, KEGG分析得到 4条与胃癌前病变相关的通路。结论安胃二号方治疗胃癌前病变可能通过影响前列腺素内过氧化物合酶 2(PTGS2)、白细胞介素( IL)-6、丝裂原活化蛋白激酶 3(MAPK3)、基质金属蛋白酶 3(MMP3)、炎性趋化因子 2(CXCL2)等基因的表达水平,参与对 IL-17信号通路、 HIF-1信号通路、 TNF信号途径、 VEGF信号通路的调控,通过改变细胞结构及相关生物过程,减轻胃黏膜炎症损伤,促进细胞形态及功能恢复,抑制细胞增殖侵袭,阻止甚至逆转胃黏膜慢性炎症向胃癌前病变发展,达到治疗胃癌前病变的目的。     

基于网络药理学分析荷丹片与他汀类药物的协同降脂作用

目的采用网络药理学的方法,筛选荷丹片组方的活性成分和与高脂血症疾病相关的作用靶点,通过生物过程与通路富集预测其作用机制,从而获得荷丹片与他汀类药物协同作用的依据。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP,https:∥tcmspw.com/tcmsp.php)等数据库及文献筛选荷丹片的活性成分及靶点,利用Geen Card数据库(https:∥www.genecards.org/)获取高脂血症疾病靶点,筛选出荷丹片降脂的主要靶点,通过Cytoscape软件和STRING数据库进行作用靶点的蛋白互作分析、生物功能分析和通路富集,预测荷丹片降脂作用的机制,并根据预测得到的降脂机制,探讨荷丹片与他汀类药物的协同作用。结果经过筛选,共获得荷丹片的活性成分163个,在荷丹片的成分靶点与高脂血症的疾病靶点两者间取得交集,获得荷丹片对高脂血症的潜在作用靶点52个,蛋白相互作用网络分析表明,AKT1、ALB、INS、GAPDH和IL6可能是荷丹片治疗高脂血症的关键靶点,KEGG通路富集表明在荷丹片涉及的通路中,与疾病的治疗相关性较大的通路有脂肪细胞因子信号通路、非酒精性脂肪肝信号通路、胰岛素抵抗和胰高血糖素信号通路、花生四烯酸代谢通路和脂肪酸生物合成等。这与他汀类药物降脂作用的机制相似,证明荷丹片与他汀类药物在降脂作用上具有一致的作用通路和靶点,为其协同作用提供了可能。结论研究预测了荷丹片的降脂机制,体现了中药多成分、多靶点的作用特点,荷丹片能够有效的调节机体内脂肪酸生物过程、糖代谢过程和脂质代谢过程,为荷丹片与他汀类药物协同作用增加降脂疗效提供了依据。     

麻黄-苦杏仁药对治疗小儿支气管肺炎网络药理学研究

[摘要]目的：基于网络药理学方法探讨麻黄-苦杏仁药对（Ephedra Herba and Amygdalus Communis Vas couplet medicines,EHACV）治疗支气管肺炎的作用机制。方法：基于中药系统药理学技术平台（TCMSP）获取麻黄-苦杏仁药对化学成分及其对应靶点,通过CTD、人类基因数据库（GeneCards）获取支气管肺炎相关靶点,将药物靶点与疾病靶点映射得到麻黄-苦杏仁药对作用于支气管肺炎的预测靶点。运用Cytoscape软件系统构建药对成分-疾病靶点网络和蛋白互作（PPI）网络,最后进行GO和KEGG富集分析。结果：从麻黄-苦杏仁药对中筛选出48个活性化合物,去重后得到145个药物靶点,与支气管肺炎疾病靶点取交集进行相映射,共得到108个共有作用靶点,如AKT1、MAPK3、JUN、VEGFA等,KEGG富集分析主要涉及白细胞介素（IL）-17信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路等。结论：运用网络药理学方法预测了麻黄-苦杏仁药对治疗支气管肺炎可能的疾病靶点和生物过程,为分子机制的验证提供思路和依据。     

基于网络药理学和分子对接分析薤白治疗心肌缺血再灌注损伤的作用机制

目的：基于网络药理学方法探讨薤白治疗心肌缺血再灌注损伤的作用机制。方法：在中药系统药理学分析平台（TCMSP）上检索和筛选薤白的活性成分、作用靶点;利用OMIM数据库和CTD数据库搜集疾病靶点;找出薤白作用靶点和疾病靶点共有交集靶点,分子对接软件SYBYL验证薤白活性成分与交集靶点结合活性。然后利用String数据库和Cytoscape软件绘制靶点蛋白互作网络,利用DAVID数据库对靶点进行信号通路富集分析,利用Cytoscape软件构建薤白活性成分-靶点-信号通路网络。结果：筛选获得薤白活性成分10个,治疗疾病作用靶点19个。蛋白互作分析结果显示,17个靶点蛋白存在相互作用关系,IL6、TNF、NOS3、CCL2、VEGFA、SOD1、CAT与10个及以上蛋白存在互作关系。信号通路富集结果显示,上述靶点主要与流体剪切应力与动脉粥样硬化、过氧化物酶体、HIF-1信号通路、松弛素信号通路、细胞因子-细胞因子-受体相互作用、IL-17信号通路以及肿瘤坏死因子信号通路等23条信号通路有关。结论：薤白通过多成分、多靶点、多途径治疗心肌缺血再灌注损伤,其作用机制主要通过调控流体剪切应力、氧化应激及炎性反应来发挥作用。     

白头翁汤治疗溃疡性结肠炎的分子网络调控机制

目的：基于网络药理学和生物信息学探讨白头翁汤（BTWT）治疗溃疡性结肠炎（UC）的分子网络调控机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP），筛选BTWT的入血活性成分和作用靶点；通过GEO数据库获取UC患者与健康人群的显著性差异表达基因；采用Cytoscape构建BTWT活性成分-靶点网络；采用Bisogenet构建BTWT作用靶点蛋白质-蛋白质交互作用（PPI）网络及UC特异性基因PPI网络并提取这两个网络的交集，获得BTWT治疗UC的PPI网络及特征性基因；采用DAVID数据库对BTWT治疗UC的特征性基因进行基因本体（GO）和KEGG信号通路分析；运用Cytohubba筛选BTWT治疗UC的关键靶点。结果：在TCMSP中共检索到与BTWT相关的化学成分247个，依据ADEM参数筛选得到活性成分53个，其中入血活性成分37个，通过检索配对分析，这些成分对应的靶点有643个；从GEO数据库获得UC表达谱数据芯片GSE87466，经过筛选分析得到UC患者特异性表达差异基因279个；进一步分析得到1705个特征性基因参与BTWT治疗UC的过程；GO分析和KEGG通路分析结果表明，BTWT治疗UC主要涉及细胞质、细胞核、细胞连接等分子组成，生物学过程主要包括细胞增殖、迁移和凋亡等，分子功能主要涉及蛋白特异性结合、蛋白酪氨酸激酶活性等；主要富集于MAPK信号通路、趋化因子信号通路、TNF信号通路等；从特征性基因网络中筛选出NTRK1、TP53、APP等10个关键靶点。结论：本研究从网络药理学和生物信息学角度揭示了中药治疗疾病多成分、多靶点和多途径的特点，探究得到BTWT治疗UC的关键靶点及可能分子机制，可为BTWT治疗UC的基础实验与临床研究提供理论依据。     

高良姜防治糖尿病肢端疼痛的潜在靶点及作用研究

目的 用网络药理学的方法探讨高良姜治疗糖尿病肢端疼痛的分子作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选高良姜的有效成分,用药物银行数据库、基因卡片数据库预测和筛选高良姜有效成分和糖尿病肢端疼痛相关靶点,用String数据库绘制靶点相互作用网络,借助生物学信息注释数据库对靶点进行基因本体和基于京都基因与基因组百...     

基于UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS技术和网络药理学探讨蒲公英改善高脂血症的活性成分及其作用机制

目的 基于超高效液相色谱-线性离子阱串联静电场轨道高分辨质谱（UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS）技术、网络药理学和分子对接探究蒲公英改善高脂血症的有效成分及其作用机制。方法 根据质谱信息结合对照品裂解规律并参考文献指认蒲公英中化学成分；利用STITCH、SwissTargetPredection、TCMSP数据库构建蒲公英的潜在药效成分靶点数据库，通过GeneCards、DrugBank、OMIM、TherapeuticTargetDatabase、PharmGKB获取血脂异常潜在靶点；使用STRING数据库构建关键靶点蛋白相互作用（PPI）网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析；借助Cytoscape软件构建"活性成分-靶点-通路"网络；采用分子对接技术进行虚拟验证。结果 从蒲公英中共鉴别出126个化合物，包括黄酮类58个，有机酸类29个，萜类23个，苯丙素8个，核苷类3个和其他类5个。网络药理学研究表明，蒲公英可能通过槲皮素、异鼠李素、香叶木素、白杨素、芹菜素等成分作用于碳酸酐酶2（CA2）、碳酸酐酶7（CA7）、醛糖还原酶（AKR1B1）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）、蛋白激酶1（Akt1）等核心靶点，来调节脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、流体剪切应力和动脉粥样硬化和晚期糖基化终末产物（AGE）/AGEs受体（RAGE）等信号通路，从而发挥调血脂作用；分子对接验证结果表明，蒲公英改善高脂血症有效成分与疾病靶点蛋白具有较强的结合活性。结论 蒲公英可能通过调控脂质代谢、炎症反应、内质网应激、氧化应激和免疫调节等多方面发挥改善高脂血症的作用。     

基于网络药理学方法研究枸杞子抗癌作用机制

目的:利用网络药理学的技术和方法探索中药枸杞子中发挥抗癌作用的活性成分及其作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索中药枸杞子中的化学成分和靶点,并用Cytoscape3. 7. 1软件建立"化合物-预测靶点"网络、抗癌靶点间的蛋白蛋白相互作用(PPI)网络、"活性成分-疾病靶点"网络和"活性成分-重要靶点-通路"网络,探究枸杞子的抗癌作用机制。结果:"化合物-预测靶点"网络包含30个化合物123个靶点。PPI网络中有77个靶点,度值排名前5的抗癌靶点有PIK3CA、ITGB1、EGFR、IL2和PIK3CD。"化合物-预测靶点"网络说明枸杞子中发挥抗癌作用的活性化合物有22个,可直接作用的抗癌靶点有6个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路共28条,涉及癌症通路、炎症通路和免疫通路等。结论:本研究初步验证了枸杞子的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

Pharmacokinetic study of Tangwang Mingmu granule for the management of diabetic retinopathy based on network pharmacology

ContextTangwang Mingmu granule (TWMM), a traditional Chinese medicine, has been widely used in the treatment of diabetic retinopathy (DR), the most common microvascular complication in diabetes mellitus.ObjectiveTo establish a method to select target compounds from herbs for a pharmacokinetic study using network pharmacology, which could be applied in clinical settings.Materials and methodsFirst, UPLC/Q Exactive Q-Orbitrap and GCMS 2010 were used to determine the non-volatile and volatile ingredients of TWMM. Based on the identified compounds, network pharmacology was used to screen the key compounds and targets of TWMM in the treatment of DR. Based on the compound-target-pathway network and identification of components emigrant into blood, the potential compound markers in vivo were chosen. Then, Sprague-Dawley (SD) rats were administrated of TWMM at a 9.6 g/kg dose to investigating pharmacokinetic parameters using the UPLC-QQQ-MS.ResultsNinety and forty-five compounds were identified by UPLC-MS and GC-MS, respectively. Based on the network pharmacology, nine compounds with a degree value above 15 were screened and implied that these compounds are the most active in DR treatment. Moreover, criteria of degree value greater than 7 were applied, and PTGS2, NOS2, AKT1, ESR1, TNF, and MAPK14 were inferred as the core targets in treating DR. After identification of components absorbed into blood, luteolin and formononetin were selected and used to investigate the pharmacokinetic parameters of TWMM after its oral administration.ConclusionsThe reported strategy provides a method that combines ingredient profiling, network pharmacology, and pharmacokinetics to determine luteolin and formononetin as the pharmacokinetic markers of TWMM. This strategy provides a clinically relevant methodology that allows for the screening of pharmacokinetic markers in Chinese medicines.     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学的黄芪治疗心力衰竭作用机制研究

目的利用网络药理学方法探讨黄芪治疗心力衰竭的作用机制。方法利用TCMSP平台提取出黄芪的化学成分,并通过该数据库检索与活性成分相关的作用靶点;利用CTD在线分析平台查询与心力衰竭相关的靶点。从而构建出成分-靶点、靶点蛋白互作、成分-靶点-生物学通路网络图。结果通过筛选,得到87个候选化合物,相应靶点326个,其中与心力衰竭相关的靶点36个,这些靶点涉及信号通路27条。结论本研究对黄芪治疗心力衰竭药效作用机制进行初步探讨,为进一步深入研究提供参考。     

基于网络药理学的复方当归注射液治疗缺血性脑损伤作用机制分析

目的：采用网络药理学的方法探讨复方当归注射液治疗缺血性脑损伤的作用机制。方法：运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索复方当归注射液3味中药化学成分和相关作用靶点。利用Cytoscape 3.7.0构建化合物-靶点网络,采用STINGV10.5软件构建蛋白互作PPI网络,在此基础上进行基因本体GO和京都基因与基因组百科全书KEGG生物通路富集分析。结果：从复方当归注射液3味中药中筛选得到24个活性成分,其作用于99个靶点,涉及的关键靶点包括AKT1、JUN、ESR1、IL6、EGF、F2、TNF和PIK3CG等;调节信号通路包括神经活性受体-配体相互作用通路、神经激素信号通路、MAPK信号通路、cGMP-PKG信号通路、多巴胺能突触、VEGF信号通路、血小板激活和PPAR信号通路;参与含氧化合物的反应、有机环状化合物反应、内生刺激的反应、细胞内信号传导的正调节和活性氧物质代谢过程的调节等多种生物过程。结论：本研究初步阐明了复方当归注射液抗缺血性脑损伤的药理作用及其相关机制,为进一步深入研究奠定良好基础,为研制抗缺血性脑损伤新药提供参考依据。     

The multiple mechanisms of tripterygium wilfordii-induced acute kidney injury based on network pharmacology and molecular docking

Acute kidney injury (AKI) is a common and serious health issue with a growing incidence and mortality rate. Tripterygium wilfordii (TW) is a traditional Chinese medicine that has been reported to cause kidney damage. However, the associated mechanism of TW-induced AKI remains unclear. Therefore, we aimed to uncover the associated mechanisms of AKI induced by TW using network pharmacology and bioinformatics. The candidate compounds of TW and the potential targets were screened using TCMSP and CTD database, and the AKI-related targets were identified from the DisGeNET database. The disease targets were intersected with the drug targets, and the Wayne diagram was drawn by Venny2.1.0 software. We developed protein-protein interactions (PPI) network and the "disease-compound-target-pathway" network through the Cytoscape software. By using the DAVID database, GO and KEGG enrichment analysis was carried out to reveal the potential signaling pathways of the compound-TW-induced AKI. Meanwhile, the Auto dock vina 1.1.2 was used for molecular docking to verify the active compound and key targets’ binding ability. Critical compounds and key targets of TW-induced AKI were identified, including triptolide, kaempferol, β-sitosterol, nobiletin, stigmasterol, TNF, and so on. The GO analysis showed that potential genes’ biological function was mainly involved in apoptosis, oxidative stress, and inflammation. Moreover, eight signaling pathways were found, including the HIF-1 signaling pathway, VEGF signaling pathway, apoptosis, and so on. The molecular docking results proved that the core compound’s affinity with the corresponding protein of the gene targets was good. This study preliminarily predicted the core toxic compounds, targets, and related pathways of TW-induced AKI, providing a theoretical basis for the follow-up clinical rational drug use and related research work of TW.     

基于网络药理学的“苍术-玄参”药对抗2型糖尿病作用机制研究

目的采用网络药理学方法研究苍术-玄参药对抗2型糖尿病的作用机制。方法通过检索中药系统药理数据分析平台(TCMSP),获得苍术、玄参主要活性成分和相关作用靶点,并借助Cytoscape 3.6.1软件构建苍术-玄参药对活性成分-靶点网络图。通过TTD数据库中检索抗2型糖尿病靶点,在STRING数据库进行蛋白质间相互作用分析,构建抗2型糖尿病靶点PPI网络图,利用Cytoscape 3.6.1软件中的Merge功能与活性成分-靶点融合,获得苍术-玄参药对抗2型糖尿病作用靶点。运用DAVID数据库对苍术-玄参药对抗2型糖尿病作用靶点进行KEGG通路富集,进一步研究苍术-玄参药对抗2型糖尿病作用机制。结果获得具有类药性、口服吸收良好的成分27个,苍术-玄参药对抗2型糖尿病作用靶点10个,包括PTGS2、DPP4、PTGS1、NR3C2等。KEGG分析得到与苍术-玄参药对抗2型糖尿病作用有关的通路6条,关键通路包括脂肪细胞脂解调控通路、PPAR信号通路、胰岛素抵抗、AMPK信号通路等。结论苍术-玄参中的活性物质主要通过作用于PTGS2、DPP4、PTGS1、NR3C2等靶点协同治疗2型糖尿病,为深入剖析苍术-玄参药对复杂体系,阐释其治疗2型糖尿病的潜在复杂作用机制提供了新方向。     

基于网络药理学的肝力保胶囊保肝作用机制研究

目的 对肝力保胶囊进行网络药理学研究,探讨肝力保胶囊保肝的作用机制。方法 选取肝力保胶囊化学物质组成中的活性成分,采用反向药效团匹配的方法预测活性成分的作用靶点;在此基础上,采用Cytoscape软件和String数据库分别构建肝力保胶囊"活性成分-作用靶点"的分子调控网络及蛋白-蛋白相互作用网络,最后采用DAVID数据库对靶点进行基因功能和信号通路分析。结果 筛选得到活性化合物19个,涉及作用靶点88个。网络分析结果表明,肝力保胶囊主要通过代谢过程、调节细胞死亡和对脂质的应答等生物过程,以及调节肿瘤坏死因子（TNF）、FoxO、Ras、ErbB、低氧诱导因子-1（HIF-1）和Toll样受体（TLR）信号通路来发挥保肝作用。结论 肝力保胶囊保肝作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节细胞死亡、TNF、FoxO、Ras等相关通路发挥作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制。方法：通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制靶点间作用关系网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析;利用Autodock软件对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果：药物-化合物-靶点网络共有401个节点（15个药物节点,120个化合物节点,266个靶点节点）;GO条目1 422个（P<0.05）;KEGG通路富集筛选共得到61条通路（P<0.05）;分子对接结果显示脱水淫羊藿素、木犀草素、槲皮素等关键化合物具有与抗病毒化药相近或更好的亲和力。结论：清热药通过与ACE2结合调控多条通路、与病毒特定部位的结合阻断病毒入侵及抑制炎症因子风暴等方面达到治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和指纹图谱的安宫牛黄丸质量标志物预测与分析

目的 通过网络药理学与指纹图谱预测安宫牛黄丸中的潜在质量标志物（Q-Marker）。方法 应用网络药理学筛选和分析安宫牛黄丸活性成分及临床适应证（卒中、高热昏迷、脑炎、脑出血及癫痫）的作用靶点和通路，并寻找关键活性成分；应用超高效液相色谱（UPLC）构建安宫牛黄丸的指纹图谱，结合网络药理学预测其潜在的Q-Marker，并使用AutoDock Vina软件对潜在的Q-Marker与关键靶点进行分子对接验证。结果 收集得到安宫牛黄丸活性成分128个，经过筛选得到10个核心靶点（STAT3、AKT1、MAPK1等）和7个关键活性成分（小檗碱、槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、熊果酸、黄芩苷及麝香酮），涉及炎症反应、细胞免疫、脂质代谢等相关机制。安宫牛黄丸的UPLC指纹图谱，标定22个共有峰，并指认出15个色谱峰，结合网络药理学筛选出的关键活性成分初步预测4个成分为其潜在的Q-Marker，分别是小檗碱、黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素，涉及的关键生物通路包括AGEs-RAGE通路、PI3K-Akt通路以及MAPK通路等。结论 借助网络药理学结合UPLC指纹图谱分析预测得到安宫牛黄丸潜在的Q-Marker分别为小檗碱、黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素，为其全面质量控制提供依据。     

基于中药网络药理学探讨白癜风胶囊治疗白癜风的作用机制

目的： 基于中药网络药理学探讨中药制剂白癜风胶囊治疗白癜风的物质基础和作用机制。方法： 通过数据库检索、药代动力学参数筛选、文献挖掘、靶点预测技术搜集白癜风胶囊治疗白癜风的活性化合物及作用靶标。Cytoscape软件构建"中药-化合物-靶标"网络图,并进行拓扑分析探索关键活性成分。STRING数据库探索潜在治疗靶标的蛋白质相互作用,分析核心靶标。DAVID在线富集分析平台对潜在治疗靶标进行基因本体（GO）和生物途径（KEGG）功能富集。结果： 白癜风胶囊中共收集133种活性化合物和693个潜在靶标,其中白癜风治疗靶标85个。网络分析结果显示槲皮素,木犀草素,β-谷固醇,叶酸,山奈酚,紫草素,黄芩素,亚叶酸,异鼠李素,异牡荆素是其重要的活性成分。DAVID平台共富集到99条KEGG通路,144条生物过程,19种细胞组分以及27种分子功能。结论： 白癜风胶囊通过炎症反应、T细胞增殖的正调控、凋亡过程的负调控、免疫反应等生物过程发挥疗效,并涉及ATP结合、氧化还原酶活性、非跨膜蛋白酪氨酸激酶活性等分子功能,且与PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、酪氨酸代谢、Jak-STAT信号通路、细胞凋亡、NOD样受体信号通路、黑色素生成、苯丙氨酸代谢、NF-κB等信号通路密切相关。     

基于网络药理学方法研究知母治疗2型糖尿病作用机制

目的 使用网络药理学技术探讨知母治疗2型糖尿病（T2DM）作用机制。方法 挖掘中药成分数据库中知母化学成分,获取化学成分的药代动力学参数用于构建药物的化学成分数据库;利用ADME模型筛选潜在活性分子;基于随机森林和支持向量机的方法预测活性分子作用靶点并构建知母化合物-靶点（C-T）网络;从多个人类疾病数据库检索T2DM相关靶点并构建疾病蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,构建知母活性-疾病靶点（C-D）网络;通过富集分析构建知母活性分子作用靶点-通路（CD-M）网络。结果 该研究得到的知母化学成分数据库一共有81个分子,通过ADME模型筛选得到15个活性分子,通过分析化合物作用靶点网络发现知母活性分子作用20个T2DM靶点蛋白,富集分析发现知母活性分子通过调控胰岛素通路、胰岛素抵抗通路、PI3K-Akt信号、NOS3通路、HIF-1通路、能量代谢等途径治疗T2DM。结论 知母可通过多成分、多靶点、多途径的协同作用治疗T2DM。