基于网络药理学的阳和化岩汤治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的"化合物—靶点—通路"网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。     

基于网络药理学探讨加味桃核承气汤防治糖尿病肾病的作用机制

目的:运用计算机网络药理学技术预测加味桃核承气汤治疗糖尿病肾病的作用靶点和信号通路,进一步分析其防治糖尿病肾病的基础和作用机制。方法:运用中药系统药理学成分分析平台Bioinformatics Analysis Toolfor Molecular mech ANism of TCM(BATMAN-TCM)数据库获取加味桃核承气汤的有效成分及作用靶标基因,从Comparative Toxicogenomics Database(CTD)数据库收集糖尿病肾病的靶标基因,将两者取交集后得到疾病-药物蛋白靶基因,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并通过Cytoscape软件将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出作用的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用Cytoscape软件BiNGO插件和ClueGO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于KEGG通路富集分析的可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取关键基因于糖尿病肾病的疾病治疗作用。结果:加味桃核承气汤的621个化合物中有581个靶点与糖尿病肾病相互关联。其中NOS3,OAT,NT5C2,ACACB,AGXT,PDE3B等关键基因主要通过调控神经组织的传递、胆碱能突触通路、钙离子通道、代谢通路、嘌呤代谢通路、血管紧张素-神经突触通路、环磷酸腺苷信号通路以及环磷酸鸟苷/环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶(cGMP/PKG)信号通路等路径,在质膜、突触后膜、线粒体等分子反应中发挥作用。结论:网络药理学方法科学预测加味桃核承气汤防治糖尿病肾病的关键靶标及其参与的相关通路,提示该方剂对糖尿病肾病的防治作用为多靶点、多通路、多选择的复杂机制,并且多与抗炎、氧化磷酸化及介导嘌呤代谢等机制相关。     

基于网络药理学探讨六味二至加味方治疗狼疮性肾炎的作用靶点分析

目的通过网络药理学方法,探讨六味二至加味方治疗狼疮性肾炎的作用机理。方法运用中药系统药理学TCMSP和ETCM数据库筛选六味二至加味方所含有效化合物,分别运用Drugbanke、Swisstarget prediction和CTD数据库获取六味二至加味方的作用靶标基因和狼疮性肾炎疾病相对应的靶标基因,将两者取交集后得到疾病-药物蛋白靶基因,利用STRING软件将构建的靶基因相互作用网络进行网络可视化展示,经网络结构和节点间加权重联系的计算分析法筛选出重要的关键基因。结果六味二至加味方与狼疮性肾炎疾病靶标基因的交集基因有39个。结论六味二至加味方治疗狼疮性肾炎是多靶点的复杂机制过程,其机制多与抗炎、免疫调节相关。     

基于系统药理学探索莪术有效成分的药理作用机制

目的:通过一系列系统药理学方法初步探讨了莪术有效成分的药理作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取莪术中有效成分;从Pharm Mapper Server中获得莪术有效成分的靶蛋白;Uni Prot数据库中获取靶标的基因名称并于CTD数据库中获取基因相对应的疾病;运用网络可视化软件,构建莪术有效成分-靶点-疾病相互作用网络;借助DAVID工具进行莪术有效成分蛋白质群的基因本位论(GO)分析和靶蛋白作用通路的富集分析。结果:文本挖掘结果表明莪术主要相关疾病有肿瘤性疾病、神经系统疾病和代谢性疾病;GO分析结果表明莪术主要通过类固醇激素介导的信号通路、从RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始、凋亡过程的负调控、肽基络氨酸磷酸化、蛋白质自磷酸化、视黄酸受体信号通路、从RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录的正调节等作用发挥生物学功能;信号通路富集结果表明莪术主要作用蛋白与癌症途径,PPAR信号通路,癌症中的蛋白多糖,非小细胞癌,PI3K-Akt信号通路等信号通路有关。结论:莪术可能主要通过调控癌症途径,PPARP,PI3K-Akt信号通路等多途径发挥其药理作用。综合运用系统药理学的方法可以实现快速而全面地分析药物的药理作用。     

基于网络药理学研究蟾毒灵治疗卵巢癌的作用机制

目的以网络药理学为基础,研究中药蟾毒灵治疗卵巢癌的作用机制。方法通过使用PubChem 获取 蟾毒灵（Bufalin）的3D 化学结构,联合PharmMapper 数据库获得蟾毒灵的药物靶点,同时使用CTD 及STITCH 数据库对靶点进行补充;从GeneCards 数据库收集卵巢癌靶基因,最后获得药物-疾病交集基因;利用STRING 数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape 将其可视化得到蟾毒灵-卵巢癌-靶点蛋白调控网络,计算节点度 值,筛选关键基因;借助R 软件及相关软件包进行靶基因GO 功能注释及KEGG 信号通路富集分析,绘制靶 点-通路图,并利用体外实验验证。结果筛选出蟾毒灵对应靶点352 个,卵巢癌疾病靶点7 946 个,交集靶 点107 个;GO 功能富集分析显示蟾毒灵可能与51 种生物学过程相关;KEGG 富集得到细胞凋亡、MAPK 信号 通路、乙型肝炎信号通路等141 条通路。体外实验结果显示,蟾毒灵对卵巢癌细胞的增殖具有抑制作用,并且 抑制MAPK 信号通路关键蛋白磷酸化。结论蟾毒灵对卵巢癌的治疗作用可能涉及多靶点、多过程;体外实 验证明蟾毒灵能够抑制卵巢癌细胞增殖,并且对MAPK 信号通路具有抑制作用。     

基于网络药理学探讨板蓝根治疗银屑病作用机理

目的:通过网络药理学探讨板蓝根治疗银屑病的物质基础及作用机制。方法:利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库筛选板蓝根活性化合物及其靶标基因;运用Dis Ge NET数据库获取银屑病相关靶向基因,将两者去交集后获得疾病-药物蛋白靶基因;使用String数据库疾病-药物蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;接着,通过Systems Dock网站,将核心基因进行"成分-靶标蛋白"的分子对接验证;最后,借助DAVID在线工具进行核心基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。结果:共收集到板蓝根26个活性化合物,2381个板蓝根靶标基因,691个银屑病靶标基因及124个药物-疾病交集靶基因;在此基础上挖掘出AKT1等20个核心基因,其富集在HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等15条核心通路上。结论:板蓝根通过多成分、多靶点、多通路治疗银屑病,其可能是通过HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等发挥对银屑病的治疗作用。     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P＜0.05且靶点基因富集度＞10％)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P＜0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.     

基于网络药理学和生物信息学探讨四神丸治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学与生物信息学方法挖掘四神丸治疗溃疡性结肠炎的作用靶点和相关信号通路,探究该方治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:通过检索中医药百科全书数据库(ETCM)获取四神丸有效的活性成分及预测靶基因,从基因表达集(GEO)芯片数据库及基因疾病关联数据库(Dis Ge NET),人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM),药物靶标数据库(Drug Bank),比较毒物基因组数据库(CTD),遗传药理学与药物基因组学数据库(Pharm GKB)疾病数据库收集溃疡性结肠炎的疾病靶基因,将两者取交集得到药物-疾病蛋白靶基因,并通过Cytoscape软件将结果进行网络化展示,通过网络拓扑算法筛选出作用的关键靶基因,运用基因本体富集分析软件工具包(GOEAST)与注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)在线工具对关键靶基因进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,结合相关文献分析四神丸防治溃疡性结肠炎的作用机制。结果:四神丸所含草药的活性成分182个,预测靶标611个;通过疾病数据库检索与溃疡性结肠炎发生发展相关的已知疾病靶标914个;四神丸主要作用于溃疡性结肠炎的类固醇激素介导信号通路、外源代谢过程,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、脂质代谢过程、细胞氧化剂解毒、信号转导等生物学功能,参与花生四烯酸、药物代谢-细胞色素P450,细胞色素P450对异种生物、化学致癌等关键信号通路。结论:四神丸治疗溃疡性结肠炎具有多靶点、多途径、多层次的特性,其所作用的多条信号通路均存在直接或间接关联性,参与脂质蛋白代谢、药物代谢及抗癌机制等方面,并通过对机体的消化系统、循环系统、免疫系统等多系统综合干预而发挥药效,因此与多因素所诱导的溃疡性结肠炎发病的综合效应机制相吻合。     

基于网络药理学探讨柴胡对4种分子分型乳腺癌的治疗机制

目的：基于网络药理学探究柴胡对4种分子分型乳腺癌的治疗机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）,获取柴胡的药物靶标,应用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获取4种分子分型乳腺癌的疾病靶标,将二者靶标进行网络分析,应用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Cytoscape软件统计靶标的关联频次。应用R语言软件对公共交集及非公共交集靶标进行基因本体（GO）富集分析。应用DAVID平台对公共交集及非公共交集靶标进行京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,通过Cytoscape软件将结果制成网络图。结果：交集的靶标共101个,其分子功能主要包括：RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素-蛋白质连接酶结合、激酶调节活性等。其参与通路主要包括：MAPK信号通路、P53信号通路、VEGF信号通路等。结论：柴胡治疗4种分子分型乳腺癌是多靶标、多信号通路共同作用的过程。对于4种分子分型乳腺癌,其机制多与调节肿瘤细胞的增殖、凋亡、转移相关。     

基于网络药理学研究赤芍治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的:运用网络药理学的研究方法筛选赤芍治疗动脉粥样硬化的相关信号通路。方法:以赤芍为关键词对中药系统药理学数据库与分析平台进行检索,根据口服生物利用度及类药性筛选出赤芍的主要有效成分及作用靶点,在Gene-Cards和OMIM数据库找到与动脉粥样硬化相关的靶基因。将赤芍作用靶点与疾病靶基因取交集,构建赤芍-有效成分-动脉粥样硬化-靶基因调控网络,通过STRING数据库构建赤芍抗动脉粥样硬化靶基因的蛋白互作网络,最后进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出29个有效活性成分和123个有效作用靶点;将动脉粥样硬化靶基因与赤芍作用靶点取交集后共得到72个靶基因。KEGG通路分析有乙型病毒性肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、Toll样受体信号通路等。结论:赤芍的有效成分可通过多个靶基因参与多通路治疗动脉粥样硬化。     

基于网络药理学探讨半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制

目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制。方法:运用TCMSP数据库获取半夏泻心汤有效成分及预测药物作用靶点,运用毒性与基因比较数据库(CTD数据库)获取消化不良疾病基因,运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络,使用Cytoscape软件进行蛋白网络可视化处理,使用DAVID工具进行GO及KEGG信号通路分析,运用cytoHubba、MCODE插件筛选关键基因。结果:半夏泻心汤靶点与消化不良疾病的交集基因共147个,功能涉及药物反应、一氧化氮合成、血管收缩、神经激素受体等方面,KEGG信号通路分析结果显示交集基因富集于与神经系统密切相关的神经活性配体-受体互作通路、胆碱能、5-羟色胺能、多巴胺能突触,及与胃肠动力密切相关的钙信号、cAMP信号、cGMP-PKG信号通路。筛选得DRD2、ADRA2C、ADRA2A、CXCL8、CHRM4、OPRM1、OPRD1、PTGER3、ADRA2B、DRD4、CHRM2共11个关键靶点基因,这些基因或蛋白与神经递质和受体、胃肠动力和感觉密切相关。结论:半夏泻心汤治疗消化不良是多靶点、多通路的复杂过程,其机制与调节神经递质、胃肠动力等相关通路有关。     

基于网络药理学探讨补肾强脊颗粒治疗强直性脊柱炎的机制

目的 采用网络药理学方法研究补肾强脊颗粒治疗强直性脊柱炎的机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集补肾强脊颗粒的主要化学成分及靶点,通过Genecards,Disgenet,TTD数据库获取强直性脊柱炎的主要靶点,并借助STRING平台构建蛋白互作网络;采用Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,明确补肾强脊颗粒治疗强直性脊柱炎的核心靶点及作用机制.结果 补肾强脊颗粒有58个活性成分,核心活性成分为槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、豆甾醇(stigmasterol),核心靶点有 IL-6、CXCL8、RELA、IL-1B、CCL2、IL-10、IL-4、IFENG、CXCL10、IL-2等,补肾强脊颗粒治疗强直性脊柱炎的生物学通路主要作用于IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路.结论 研究初步揭示了补肾强脊颗粒治疗强直性脊柱炎的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为进一步治疗强直性脊柱炎提供思路.     

基于网络药理学探讨葛根治疗缺血性脑卒中的效应机制

目的运用网络药理学方法探究葛根治疗缺血性脑卒中(Cerebral ischemic stroke,CIS)的潜在效应机制。方法利用网络药理学分析平台(BATMAN-TCM)数据库收集葛根化学成分及其靶标基因。通过Gene Cards、Drug Bank、HPO、OMIM、TTD等数据库获取CIS疾病靶标基因。将成分靶标与疾病靶标上传至String数据库,构建中药成分靶标-疾病靶标蛋白互作网络,并计算网络特征值,筛选出关键靶标。借助DAVID分析平台对关键靶标进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获取葛根成分18种,成分作用靶标467个,疾病靶标200个。葛根治疗CIS关键靶标180个,包括胰岛素、白细胞介素6、肿瘤坏死因子、Fos原癌基因、一氧化氮合酶3等基因,主要富集在神经活性配体-受体相互作用、胆碱能突触、谷氨酸能突触、钙信号通路、cAMP信号通路、RAP1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路、cGMP-PKG信号通路等多条信号通路。结论葛根治疗CIS的效应机制多与基因调控、抗炎、抗氧化应激和抗细胞凋亡相关。     

加味桃核承气汤防治糖尿病胃轻瘫作用机制及网络药理学分析

目的:运用网络药理学技术分析加味桃核承气汤治疗糖尿病胃轻瘫的作用靶点和相关信号通路,进一步分析其防治糖尿病胃轻瘫的理论基础和作用机制。方法:运用中药系统药理学成分分析平台(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of TCM,BATMAN-TCM)数据库获取加味桃核承气汤的化学成分及作用靶标基因,从comparative toxicogenomics database(CTD)数据库收集糖尿病胃轻瘫的靶标基因,将两者取交集后得到加味桃核承气汤--糖尿病胃轻瘫靶基因交集,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过Cytospace软件Clue GO,Clue Pedia插件进行加味桃核承气汤--糖尿病胃轻瘫靶基因交集的基因本体论(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将结果进行可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取交集基因于糖尿病胃轻瘫的疾病治疗作用。结果:加味桃核承气汤的621个靶点基因中有25个靶点与糖尿病胃轻瘫相互关联,该方可能通过影响MLNR,SST,PTGS1,HRH2,HTR3A,HTR4,HTR7,NOS3基因表达,改善胃肠激素水平,影响血清素与其受体结合,活化腺苷酸环化酶(adenylate cyclase,AC),诱导环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP),蛋白激酶A(protein kinase A,PKA)表达,从而激活AC/c AMP/PKA信号通路,并调节Ca2+/K+通道的开放,控制离子平衡,继而促进胃平滑肌适应,收缩胃平滑肌以调节胃容量,同时改善胃酸分泌,保护胃黏膜,不排除改善血管收缩功能、血流动力学的可能。结论:网络药理学方法科学分析加味桃核承气汤通过多方面防治糖尿病胃轻瘫的作用机制,阐释其中医药多靶点、多通路防治糖尿病胃轻瘫的治疗优势,为加味桃核承气汤后续的实验研究提供研究方向和理论参考。     

网络药理学指导下的疏肝健脾饮治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:运用网络药理学方法建立疏肝健脾饮活性成分-作用靶点网络,明确靶点相应的生物功能和作用通路,探讨其与乳腺癌之间相互作用途径,并通过实验验证其正确性。方法:运用TCMSP(中药系统药理学数据库和分析平台)、知网收集疏肝健脾饮组成药物柴胡、薏苡仁、莪术、青皮、茯苓的主要成分及药物潜在作用靶点,并用Cytoscape软件将疏肝健脾饮成分-作用靶点网络可视化,于药物数据库DRUGBANK、OMIO中获取乳腺癌相对应的靶标基因,将两者靶点进行匹配,得到疏肝健脾饮活性成分治疗乳腺癌潜在作用靶点。利用STRING数据库获取蛋白质间相互作用网络,信息导入Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。通过Western blot对HER-2指标进行检测以验证结果的准确性。结果:疏肝健脾饮中柴胡、薏苡仁、莪术、青皮、茯苓活性成分49个,潜在靶标553个,乳腺癌靶标157个,疏肝健脾饮靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有17个。GO分析结果显示,生物功能包括性生殖结构发展、调节细胞蛋白质代谢过程、运动的积极调节、对药物的反应、调节RNA代谢过程、DNA依赖性的转录调节、细胞内受体介导的信号通路、调节蛋白质氨基酸磷酸化、调节细胞增殖。信号通路富集结果显示,疏肝健脾饮与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及癌症的途径、粘着力、非小细胞肺癌、ErbB信号通路、结直肠癌、前列腺癌、膀胱癌。其中与乳腺癌相关的主要通路为ErbB信号通路。Western blot结果示疏肝健脾饮能抑制荷瘤祼鼠乳腺癌组织中HER-2蛋白表达,且作用与他莫昔芬相当。结论:疏肝健脾饮治疗乳腺癌是多成分、多靶点共同作用于ErbB信号通路,抑制HER-2表达,从而降低乳腺癌细胞增殖,干预乳腺癌发展。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀丸治疗动脉粥样硬化的作用机制研究

目的通过网络药理学分析探讨中医血府逐瘀丸治疗动脉粥样硬化可能作用机制。方法运用TCMSP在线数据库获取血府逐瘀丸活性成分和靶标并经Uniprot在线数据库转换为基因名称,通过GeneCard和OMIM在线数据库收集动脉粥样硬化靶标基因。经Venn工具获取药物-疾病交集基因,后于STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape 3.2.1软件获得可视化结果。运用DAVID在线数据库进行GO和KEGG通路富集分析。结果最终获得3812个疾病基因,药物活性成分151个、靶标基因94个及药物-疾病交集基因78个。GO富集分析认为血府逐瘀丸可能通过作用于泛素样蛋白连接酶结合、酰胺结合、类固醇结合、核激素受体结合、血红素结合、Hsp90蛋白结合、凋亡、雌激素受体结合等过程,影响DNA结合转录激活剂活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性、核受体活性、直接配体调节序列特异性、DNA结合的转录因子活性、类固醇激素受体活性从而发挥治疗动脉粥样硬化的作用。涉及的通路主要包括:凋亡信号通路、AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、内分泌抵抗信号通路、甲状腺激素信号通路。结论血府逐瘀丸治疗动脉粥样硬化具有多靶点、多通路的特点,可以通过多种途径实现对动脉粥样硬化发生发展过程的调控,为进一步开展血府逐瘀丸治疗动脉粥样硬化作用机制实验研究提供新的思路和可靠的依据。     

基于网络药理学方法探索葛根-丹参药对治疗冠心病心绞痛的作用机制

目的 基于网络药理学探索葛根-丹参药对治疗冠心病心绞痛的作用机制.方法 借助多个在线数据库筛选并预测葛根-丹参药对活性成分及治疗治冠心病心绞痛的作用靶标.借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;通过Uniprot数据库获取靶标蛋白的基因名称,利用DAVID在线工具进行潜在基因的GO分析及KEGG富集通路...     

基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选补肾骨蚀方的活性成分及相关靶点,通过Genecards、OMIM数据库获取KOA相关基因数据.使用R软件获取补肾骨蚀方与疾病的交集靶点,利用STRING数据库对交集靶点构建蛋白互作网络,利用R软件进行GO与KEGG富集分析,运行Autodock Vina对活性成分及关键蛋白进行对接.结果:补肾骨蚀方有效成分84种,相关靶点240个,KOA相关靶点2270个,交集靶点124个.GO富集显示包括生物过程相关条目2334条,细胞成分相关条目70条,分子功能相关条目169条.KEGG功能富集分析发现前列腺癌、肿瘤坏死因子信号通路、人巨细胞病毒感染、流体切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、卡波济肉瘤相关疱疹病毒感染等132条信号通路.分子对接初步验证了补肾骨蚀方主要活性成分能与关键靶点发生相互作用.结论:补肾骨蚀方可能通过抑制炎症因子表达,调节骨代谢及抗氧化治疗KOA,这对后续方药研究及临床应用具有指导意义.     

基于生物信息学与系统药理学的斑蝥药理分子机制研究

目的:通过生物信息学和系统药理学方法、数据库和工具初步探讨斑蝥有效成分的药理作用的分子机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取斑蝥中有效成分及其有效成分的潜在靶标,并进一步获取这些靶标对应的疾病;运用网络可视化软件,构建斑蝥有效成分-靶点-疾病相互作用网络;借助DAVID工具进行斑蝥靶标群作用的生物学功能(GO分析)和信号通路的富集分析(KEGG分析),并运用OmicShare网络工具进行可视化;制作并分析斑蝥靶标的蛋白质相互作用(PPI)网络,将其GO分析结果可视化。结果:斑蝥主要相关疾病有癌症/肿瘤、炎症与感染、神经系统类、心血管类和代谢类;GO分析结果表明斑蝥主要通过类固醇激素介导的信号通路、腺苷酸环化酶调节G蛋白偶联受体信号通路、细胞增殖等作用发挥生物学功能;信号通路富集结果表明斑蝥主要作用蛋白与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、PI3K-Akt信号通路等多途径发挥其药理作用;通过蛋白质相互作用,斑蝥靶标还可以影响来自RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始、细胞内受体信号通路等生物学过程。结论:本研究结果与已有的斑蝥药理机制和应用是一致的,且更丰富。这能为进一步揭示和完善斑蝥的分子药理作用机制、开发新药和发现可能的新用法等提供指导。     

生脉散防治心房纤颤的作用机制及网络药理学分析

目的:基于网络药理学方法探讨生脉散治疗心房纤颤的作用靶点和相关信号通路并探讨其作用机制。方法:运用中药系统药理学成分分析平台(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of TCM,BATMAN-TCM)数据库获取生脉散的化学成分及作用靶标基因,通过GeneCards,OMIM,DisGeNET数据库收集心房纤颤的靶标基因。将两者取交集后得到生脉散-心房纤颤靶基因交集,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示。将药物-疾病交集基因导入DAVID6.8数据库,进行基因本体(gene ontology,GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Geomes,KEGG)通路富集分析。结果:生脉散干预房颤的有效活性成分159个,药物靶点与疾病靶点交集后获得206个共有靶点,PPI蛋白互作网络分析发现AKT1,TP53,PRKACA,IL-1B,TNF,INS,PPAR,RXR,F2,CACAN1C,PKC等是生脉散治疗房颤的核心靶点。GO富集分析确定了175个条目(P0.05),其中生物过程主要心脏传导调节心率、动作电位时膜去极化等;分子功能主要包括电压门控钙通道、类固醇激素受体活性、肾上腺素结合等,在细胞组成方面,主要包括钠、钾、钙通道复合物等。KEGG通路富集分析确定了100条相关信号通路,主要有cGMP/PKG信号通路,cAMP信号通路,血清素能突触,肾素分泌,钙信号通路等。结论:生脉散治疗心房纤颤具有多途径、多靶点作用的特点。该研究初步探讨了其作用的关键靶点及涉及的生物学过程和信号通路,为生脉散治疗心房纤颤后续的实验研究提供一定的参考。