基于COI 条形码序列的蛤蚧及其混伪品的DNA 分子鉴定

目的：利用COI 序列对蛤蚧药材及其常见混伪品进行DNA 条形码鉴定,为蛤蚧药材鉴定提供新的方法。方法：以COI 作为条形码序列,对蛤蚧实验样品进行DNA 提取,PCR 扩增和双向测序,用MEGA6.0 对所有11 个物种的103 份样品进行序列比对和邻接（NJ）树构建。结果：所有实验样品均可以获得COI 序列,蛤蚧COI 序列种内平均K2P 距离为0.005,种内最大K2P 距离为0.013,基于COI 序列构建的NJ 树中蛤蚧单独聚在一支,与其混伪品可以相互区分。结论：运用COI 条形码序列能够准确鉴定蛤蚧及其混伪品,为保障蛤蚧药材临床用药安全和市场监管提供新的方法。     

基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定

山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。     

中国动物药材DNA条形码数据库

课题组联合相关研究者开展动物药材DNA条形码分子鉴定研究,并结合分析GenBank序列,采用BLAST分析防错、系统树分析防错和Barcoding Gap检验防错等方法核验序列的可靠性,构建了中国动物药材DNA条形码数据库。该库由样品数据库、序列数据库和文献数据库组成,包含800余种动物药材和大量动物药材混伪品及密切相关物种。中国动物药材DNA条形码数据库可以通过中药材DNA条形码鉴定系统（www.tcmbarcode.cn）进行网络访问并实现未知动物样本的DNA条形码鉴定。该研究首次构建统一的中国动物药材DNA条形码数据库,对动物药材鉴定、资源可持续利用和濒危物种保护均有重要意义。     

大黄与易混伪品土大黄、虎杖原植物的ITS2序列鉴定

目的分析大黄与其易混伪品原植物的rDNA上的ITS2序列信息,探索鉴定大黄及其混伪品的新方法。方法提取DNA模板后对其ITS2区进行PCR扩增、测序;拼接序列;计算种内种间K2P距离,最后基于K2P距离建立NJ树。结果大黄与其混伪品的最小种间K2P距离(38.6%)大于最大种内K2P距离(8.0%),NJ树中大黄三个基原的不同来源样品聚为一支。结论因此ITS2序列可以作为鉴定大黄与易混伪品土大黄、虎杖的候选条形码序列,DNA条形码技术在中药鉴定中具有极大的前景。     

全蝎DNA条形码分子鉴定研究

目的:本研究通过COI序列对全蝎及其混伪品进行DNA条形码鉴别,为全蝎药材分子鉴定提供科学依据。方法:通过野外采集东亚钳蝎正品,对采集样品形态学鉴定、DNA提取、PCR扩增COI序列,测序建立东亚钳蝎的正品COI数据库,通过比对确定东亚钳蝎正品和伪品的DNA条形码。结果:实验共获取310份东亚钳蝎样本。通过序列分析,确定东亚钳蝎COI序列长度为658 bp。采用MEGA 6.0软件对东亚钳蝎样品及混伪品进行序列比对,构建邻接(NJ)树。结果表明东亚钳蝎COI序列扩增成功,与混伪品COI序列明显区分。结论:本研究运用COI条形码序列可准确鉴定全蝎的基原动物及其混伪品,为后续全蝎药材的分子鉴定提供了新的可行性方法。     

基于COI条形码序列的龟甲及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:用准确、简便的鉴定方法鉴别中药材龟甲及其混伪品,以保正药材的质量及其临床疗效.方法:对龟甲及其混伪品的原动物COI序列进行研究,利用MEGA 4.0等软件进行遗传距离等分析,并构建乌龟及其混伪品的NJ树.结果:乌龟种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离.由所构建的系统聚类树图可以看出,同一物种的不同样品能聚在一起,支持率较高,且与其混伪品能够很明显地区分开.结论:基于COI序列的DNA条形码技术可以很好的鉴定龟甲的正品来源及其混伪品,为该药材的准确鉴定提供了有效的分子遗传标记方法,具有一定的参考价值.     

基于COI条形码序列的金钱白花蛇及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:利用COI序列对金钱白花蛇及其常见混伪品进行DNA条形码鉴别,考察其可行性.方法:对金钱白花蛇及其混伪品共4个种11份样品的COI条形码序列进行研究,分析药材正品来源的种内变异,与混伪品的种间变异,以及系统树中物种的聚类情况.结果:银环蛇COI序列种内变异较小,最大K-2P距离为0.0185,与混伪品的种间序列差异较大,种间最小K-2P距离为0.1561,种间最小K-2P距离远大于种内最大K-2P距离.由所构建的系统聚类树可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成相对独立的支,银环蛇COI序列可以明确地与混伪品区分开.结论:运用COI条形码序列能够准确鉴定金钱白花蛇的基源动物及其混伪品,为金钱白花蛇的鉴别提供了新的方法,在其他动物药基源物种鉴定中也具有较大的应用价值.     

基于COI条形码序列的珍珠母及其混伪品的DNA分子鉴定

目的：探讨应用COI条形码序列对珍珠母及其混伪品进行物种鉴定的可行性。方法：用MEGA4．0等软件计算珍珠母及其混伪品种内及种问变异,构建珍珠母及其混伪品的NJ树。结果：珍珠母种内COI序列变异小,种问存在较多的变异位点,种问的遗传距离显著大于种内的遗传距离。通过构建的系统聚类树图可以看出,珍珠母不同来源个体均聚在一起,能够与其混伪品区分开。结论：基于COI序列的DNA条形码技术可以很好的鉴定珍珠母的正品来源及其混伪品。     

党参及其易混伪品的ITS2分子鉴定

目的:对中药党参及其易混伪品进行ITS2条形码鉴定,探讨ITS2条形码序列对党参及其伪品鉴定的可行性.方法:对党参样品进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,用CodonCode Aligner3.7.1进行序列拼接,MEGA4.1计算党参基原植物及其易混伪品的种间、种内的K2P距离,并采用P距离法建立N-J树,利用Koetschan等建立的ITS2数据库预测ITS2二级结构.结果:党参基原植物种内平均K2P距离均值为0.0339,与易混伪品的种间平均K2P距离为0.2688,党参的3个基原聚在一起,与易混伪品明显区分.党参与其易混伪品的ITS2二级结构Helix Ⅰ和Ⅲ区存在明显差异.结论:ITS2条形码序列能够鉴定党参及其易混伪品,为党参及其混伪品的鉴定提供了新思路.     

基于COI条形码的麝香及其混伪品的DNA分子鉴定

目的：利用COI序列对麝香及其常见混伪品进行DNA条形码鉴别,研究鉴定麝香的新方法。方法：对麝香及其混伪品共7种12份样品的COI条形码序列进行研究,分析药材正品来源的种内变异,与混伪品的种间变异,以及NJ树的聚类情况。结果：麝香种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离。由所构建的系统聚类树可以看出,麝香的正品聚在一起,支持率较高,且各物种又形成相对独立的枝,与其混伪品能够很明显区分开。结论：运用COI条形码序列能够准确鉴定麝香的正品来源及其混伪品,本研究为麝香的鉴别提供了新方法,在其他动物药品种鉴定中也具有一定的参考价值。     

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??OBJECTIVE To establish an accurate identification method of genuine Hippocampus based on COI sequences as DNA barcodes and analyze the relationship between the genuine and adulterants of Hippocampus. METHODS Two hundred and eleven pieces of COI sequences were collected from 21 Hippocampus species in this study. After PCR amplification and sequencing of the DNAs, the DNA barcoding gap and phylogenetic cluster analysis were carried out. RESULTS The COI sequences of the five authentic species all had obvious DNA barcoding gap. For phylogenetic cluster analysis, all of the samples were monophyletic and every species could be discriminated clearly. CONCLUSION COI is an effective DNA barcode for the identification of the genuine Hippocampus and its adulterants, and have important significance for clinical medication safety.     

线粒体COI和CYTB基因在虫草属物种寄主昆虫鉴定中的适用性分析

目的：利用DNA条形码技术对冬虫夏草、凉山虫草、亚香棒虫草、戴氏虫草等物种的寄主昆虫分别通过COI序列和Cytb序列进行条形码分析,探索虫草属物种寄主昆虫鉴定序列的适用性。方法：通过DNA提取、PCR、电泳检测和序列测定,分别获得26份虫草寄主虫体的COI序列和Cytb序列,再用拼接和分析软件进行序列的比对和聚类分析。结果：COI序列和Cytb序列都能很好地区分鉴定虫草类各物种,但COI序列的扩增成功率大于Cytb基因,同时在COI基因片段中共检测到129个多态位点,变异率为19.51%;在Cytb基因片段中共检测到113个多态位点,变异率为26.10%。COI序列的简约信息点多于Cytb序列,且基因变异率低于后者。结论：本研究建议COI序列更适用于虫草寄主昆虫的DNA条形码研究。     

基于COI条形码的市售蝉蜕及其混淆品DNA分子鉴定研究

目的 利用COI序列对中药材蝉蜕Cicadae Periostracum及其混淆品进行DNA条形码鉴定研究,为蝉蜕药材的快速准确鉴定提供新的技术手段。方法 收集全国市售蝉蜕药材、基地自采蝉蜕及其混淆品总45份样本,同时采集江苏徐州黑蚱养殖基地不同树种中蝉卵样品5份作为对照。提取DNA,进行PCR扩增及双向测序,测序结果采用DNAMAN和SnapGene进行拼接校对,运用MEGA11.0进行比对分析,计算种内及种间Kimura 2-Parameter(K2P)遗传距离并构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统发育树。结果 黑蚱种内遗传距离远小于种间最小遗传距离,NJ树结果显示,黑蚱蝉蜕样品全部聚集为独立的一支,支持率为99%。混淆品样品分别聚集为单独的一支,支持率均大于90%,表明基于COI序列的DNA条形码技术可以有效鉴别蝉蜕药材真伪。结论 应用COI序列作为DNA条形码能够准确有效地鉴别蝉蜕及其混淆品。     

药用昆虫金环胡蜂及其混伪品DNA条形码鉴别研究

目的：以COI序列作为DNA条形码对药用昆虫金环胡蜂及其混伪品进行物种鉴别,探讨快速、准确鉴别金环胡蜂及其混伪品的方法。方法：以COI条形码序列为基础,对金环胡蜂及其近缘种混伪品黄纹大胡蜂进行总DNA提取、PCR扩增和双向测序,并比对GenBank中金环胡蜂及其混伪品的COI序列,继而用MEGA6.06软件对所有序列进行分析、计算种内及种间遗传距离,并用邻接（Neighbor-Joining,NJ）法构建出系统进化树。结果：金环胡蜂及黄纹大胡蜂COI序列扩增成功。金环胡蜂与其混伪品COI序列种间最小遗传距离为0.152±0.017,远大于金环胡蜂种内的最大遗传距离0.009±0.004。构建出的系统进化树图也明确显示,各物种都形成了独立的分支。结论：基于COI序列的DNA条形码技术可有效鉴别药用昆虫金环胡蜂及其混伪品,为其质量控制和市场监管提供了新的技术手段,保证金环胡蜂相关药材的安全性。     

基于COI条形码序列的《中国药典》动物药材鉴定研究

药用动物是我国中药资源的重要组成部分,线粒体COI 基因被公认为动物界中标准的DNA 条形码基因,但利用此技术系统研究药用动物或动物药材鉴定的报道不多。本研究选取药典中45 个动物药材,涉及基原物种51 种,分析样品COI 序列的种内种间变异情况,barcoding gap,鉴定效率等,考察COI 序列鉴定动物药材的有效性和准确性。结果表明,种间变异最小值远大于种内变异最大值,barcoding gap 图显示种间变异和种内变异重合较少,鉴定效率较高,除节肢动物门外,在物种水平和属水平上,鉴定效率均为100%,所构建的动物药材及其混伪品的NJ 树能很好地区分正品来源与其混伪品。因此COI 序列作为DNA 条形码适用于药典中动物药材的鉴定。本研究为COI 条形码准确鉴定药典中动物药材提供了分子依据,扩充了DNA 条形码数据库中药用动物序列,并建立了利用此技术鉴定动物药材的具体技术流程。     

鸡血藤及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究

目的采用分子生物学鉴定技术,筛选合适的DNA条形码序列,建立快速、准确鉴定鸡血藤的方法。方法采集72份鸡血藤及其混伪品的样本,分别提取样品DNA,对ITS2、matK、psbA-trnH、ITS和rbcL序列扩增、测序;计算各序列扩增成功率和测序成功率,利用MEGA7.0分析比对序列特征;基于Kimura-2-Parameter(K2P)双参数模型计算种内、种间的遗传距离评估Barcoding gap;利用Phylosuite软件构建ITS2、matK和psbA-trnH和多基因(I-M-P)联合系统发育树。结果 ITS2的扩增成功率和测序成功率最高,均为100%,matK和psbA-trnH的测序成功率亦有94.4%、91.7%,而rbcL和ITS仅为69.4%和61.1%;ITS2较其他条形码序列具有明显的Barcoding gap,且种内、种间重叠少;系统发育树显示,ITS2和psbA-trnH可将鸡血藤及其混伪品明显聚为不同分支,matK不能把滇鸡血藤和南五味子分开;I-M-P系统发育树同ITS2和psbA-trnH结果相同。结论以ITS2为主、psbA-trnH序列为辅的鉴定方法能够对鸡血藤及其混伪品进行快速、准确的鉴定,为鸡血藤临床用药的安全性和合理使用的准确性提供依据。     

鳖甲及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:探讨快速、准确鉴定鳖甲及其混伪品的方法.方法:本文对中华鳖及其混伪品的COI序列用MEGA 4.0等软件进行遗传距离等分析,并构建中华鳖及其混伪品的NJ树.结果:中华鳖种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离.由所构建的系统聚类树图可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成...     

基于COI条形码序列的金钱白花蛇及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:利用COI序列对金钱白花蛇及其常见混伪品进行DNA条形码鉴别,考察其可行性.方法:对金钱白花蛇及其混伪品共4个种11份样品的COI条形码序列进行研究,分析药材正品来源的种内变异,与混伪品的种间变异,以及系统树中物种的聚类情况.结果:银环蛇COI序列种内变异较小,最大K-2P距离为0.0185,与混伪品的种间序列差...     

钩藤属植物分子鉴定的DNA条形码筛选

目的 应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定钩藤属物种的最佳DNA条形码,建立快速、准确、便捷的钩藤属植物鉴定方法.方法 从广东、广西等地收集了8个钩藤属物种的叶片、茎枝作为材料,共计44份样品.提取样品总DNA,分别对条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trnF序列进行扩增、测序、拼接、...     

哈蟆油基原物种DNA分子鉴定研究

目的建立一种简单、可行的蛤蟆油基原物种DNA分子鉴定方法,并为其鉴定提供有效的手段。方法以COI作为条形码序列,对蛤蟆油基原物种中国林蛙和黑龙江林蛙进行DNA提取,PCR扩增和双向测序,用CodonCode Aligner V 4.2.7校对拼接,并用MEGA6.0对其样品进行种内分析。结果实验样品可以获得蛤蟆油基原物种的序列,中国林蛙有34个碱基变异位点,种内平均K2P距离为0.042,种内最大K2P距离为0.058。黑龙江林蛙有3个碱基变异位点,种内平均K2P距离为0.003,种内最大K2P距离为0.005。结论运用COI条形码序列能够准确鉴定蛤蟆油基原物种,为其鉴定提供新方法。