基于网络药理学的鱼腥草滴眼液治疗干眼作用机制探讨

目的:探讨鱼腥草滴眼液治疗干眼的成分靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索收集鱼腥草滴眼液中化学成分并筛选活性成分,多个数据库联用检索查询成分和疾病对应的靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,对成分靶点与疾病靶点进行可视化分析;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并进行分析;运用Bioconductor数据库R语言软件包进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,进一步分析靶点功能及机制通路。结果:共筛选出鱼腥草有效活性成分30个,与干眼的交集靶点128个。根据“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,鱼腥草治疗干眼的主要有效成分有23个,包括癸醛、乙酸龙脑酯、山柰酚、槲皮素、芦丁等。根据PPI网络,鱼腥草治疗干眼的潜在作用靶点度值排名前10的有Jun、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子p65(RelA)、白细胞介素-8(CXCL8)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子受体(EGFR)、MAPK8和IL-1β。GO分析提示,鱼腥草治疗干眼的关键靶点富集在细胞因子受体结合、受体配体活动、细胞因子活性等功能上;KEGG通路富集分析则显示,鱼腥草治疗干眼涉及了包括糖尿病并发症中的晚期糖基化产物及其受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和IL-17信号通路等在内的多条作用通路。结论:鱼腥草滴眼液主要成分鱼腥草治疗干眼的作用机制可能与抗炎、抑制细胞凋亡等有关。     

基于网络药理学研究巴戟天抗抑郁的分子作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨巴戟天治疗抑郁症的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP数据库)筛选出巴戟天的活性成分和对应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM等数据库筛选出抑郁症的潜在靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-疾病-靶点的可视化网络;以STRING数据库对关建靶点构建蛋白互作网络分析;最后进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从巴戟天中筛选出有效成分20个,得到可作用于抑郁症的靶点22个。GO分析富集得到65个生物学功能,KEGG通路分析富集得到48条信号通路。结论巴戟天通过多靶点、多通路发挥对抑郁症的治疗作用,其作用机制可能与胆碱能突触、神经活性配体-受体相互作用、甲状腺激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等相关。     

基于网络药理学探讨五苓散治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：根据网络药理学方法对五苓散治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行研究探讨。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散中有效成分进行筛选及靶点预测，检索GeneCards、CTD数据库筛选DKD疾病靶点，利用韦恩图在线平台筛选五苓散治疗DKD交集靶点，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点，使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果：基于TCMSP得到五苓散的27个有效成分和62个潜在靶点，筛选获得与DKD疾病发生、发展相关的靶点21 153个，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点16个，GO功能富集分析得到条目99个，其中生物过程条目64个、分子功能条目24个、细胞组成条目11个，主要包括过脂质反应、G蛋白偶联受体信号途径、肾上腺素能受体活性、四吡咯结合、胞膜小凹等功能途径；KEGG通路富集分析得出条目61个，主要包括NF-κB信号通路、细胞凋亡、TNF信号通路、雌激素信号途径、IL-17信号通路等通路途径。结论：基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗DKD多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点，预测了五苓散治疗DKD的潜在作用机制，以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨。方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰饮治疗DKD交集靶点,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络,基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。结果:基于BATMAN-TCM、TCMSP得到肾衰饮的178个有效成分和280个潜在靶点,筛选获得与DKD疾病发生、发展相关的靶点2 699个,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选肾衰饮治疗DKD核心靶点31个,GO功能富集分析得到条目346个,其中生物过程条目278个、分子功能条目44个、细胞组成条目24个,主要包括氧化应激、脂质反应、生长因子受体结合、细胞因子受体结合、转录因子结合、血小板α颗粒等功能途径;KEGG信号通路富集分析得出条目101个,主要包括AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、MAPK信号通路等通路途径。结论:基于网络药理学初步探讨并验证了肾衰饮治疗DKD多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点,预测了肾衰饮治疗DKD的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的网络药理学分析及分子对接验证

目的 采用网络药理学和分子对接探讨及验证“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的主要物质基础及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction在线网站收集柴胡、白芍的活性成分和治疗靶点;在Therapeutic Target Database、Drugbank、DisGeNET数据库中获取MAFLD的疾病靶点并构建韦恩图,筛选中药与疾病的交集靶点;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“中药-活性成分-疾病-交集靶点”网络并进行网络拓扑分析,筛选“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的核心成分;借助STRING数据库获取交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络参数,借助Cytoscape 3.9.0构建PPI网络并进行网络拓扑分析,筛选核心靶点。采用Metascape平台分析“中药-疾病”交集靶点参与的生物过程及信号通路,使用微生信平台将结果绘制成柱状图和气泡图进行可视化,绘制“中药-核心成分-核心靶点-生物功能-信号通路”网络,可视化“柴胡-白芍”药对治疗MAFLD的主要作用机制。采用分子对接技术验证核心成...     

基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎机制研究

目的:通过网络药理学方法探索穿心连治疗新型冠状病毒肺炎的作用靶点及分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选穿心莲的活性成分及相关的药物靶点,同时在GeneCards数据库筛选出新型冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,交集基因即为穿心莲治疗新冠肺炎的核心靶点。随后利用Cytoscape3.7.2软件和String数据库构建药物活性成分-靶点网络和蛋白质相互作用关系的网络图。最后通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并构建成分-靶点-通路图。结果:筛选出穿心莲的活性成分24个及作用靶点53个,新型冠状病毒肺炎的靶点259个,交集靶点14个。KEGG富集分析涉及通路17条,主要包括癌症、细胞凋亡、肌萎缩性侧索硬化症(ALS)、MAPK信号通路、神经营养蛋白信号通路等。结论:穿心莲中的多种活性成分可以通过介导多靶点、多通路发挥治疗新型冠状病毒肺炎的作用。     

基于网络药理学与实验验证探讨资木瓜治疗类风湿关节炎的作用机制

运用网络药理学方法探讨资木瓜治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的物质基础和作用机制,并通过分子对接和实验验证资木瓜抗RA的潜在靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台筛选资木瓜中的活性成分及靶点。利用GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库获取RA相关靶点,两者取交集,即资木瓜治疗RA的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件,构建“中药-活性成分-共同靶点-疾病”网络。利用STRING建立蛋白相互作用(PPI)网络,运用RStudio 4.1.0软件对核心基因进行可视化。运用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示。将筛选出来的活性成分作为配体,与筛选得到的RA核心靶点进行分子对接分析,最后通过动物实验进一步验证实验结果。资木瓜的主要活性成分4种、对应靶点137个,药物疾病共同靶点37个;GO富集分析得到239个条目(P<...     

小儿化毒散治疗上呼吸道感染的网络药理学及分子对接研究

目的：探讨小儿化毒散治疗上呼吸道感染的网络药理学机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选小儿化毒散中的主要化学成分并收集潜在作用靶点;从GeneCards数据库、OMIM数据库及TTD数据库筛选人的上呼吸道感染疾病靶点;利用在线程序绘制韦恩图并获得小儿化毒散与上呼吸道感染的共同靶点,应用Cytoscape软件构建“中药-重要活性成分-疾病靶点”作用网络图;运用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;使用DAVID平台进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析;应用分子对接将化合物-靶点可视化处理。结果：小儿化毒散共筛选出131个有效化合物和相应靶点107个,上呼吸道感染筛选出7 339个相关疾病靶点,并得到92个共同作用靶点,富集分析筛选后得到30个GO条目和46条KEGG信号通路,分子对接得到3个关键化合物和1个靶点。结论：小儿化毒散治疗上呼吸道感染可能通过其关键成分槲皮素、黄芩素和异鼠李素作用于IL6、HIF1A等13个关键靶点蛋白,调节炎症反应、控制缺氧机制进而发挥治疗上呼吸道感染的治疗效果。     

基于网络药理学探讨蒙药草果四味汤散治疗偏头痛的作用机制

目的:使用网络药理学的方法研究蒙药草果四味汤散治疗偏头痛的作用机制。方法:运用TCMSP、GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库,分别筛选蒙药草果4味汤散中四味组成药物的活性成分、靶点及疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集,得到蒙药草果四味汤散治疗偏头痛的潜在靶点,并构建药物(蒙药草果四味汤散)-活性成分-交集靶点-疾病(偏头痛)相互作用网络图及蛋白相互作用网络图(PPI),并通过网络拓扑分析筛选核心靶点,并对核心靶点在DAVID数据库进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。结果:筛选得到蒙药草果四味汤散治疗偏头痛的交集靶点117个,经网络拓扑分析,发现蒙药草果四味汤散治疗偏头痛的核心靶点为AKT1,VEGFA、PTGS2等;主要改变的信号通路为AKT信号通路、FoxO信号通路等。结论:蒙药草果四味汤散治疗偏头痛的作用主要通过多个活性成分,作用于多个靶点,影响多条相关通路,发挥消除炎症反应、抑制脑部组织细胞的凋亡、调控血管舒缩功能等作用,为深入探究蒙药草果四味汤散治疗偏头痛的作用机制提供了理论思路和引导方向。     

基于网络药理学和分子对接研究参松养心胶囊治疗心房颤动的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术研究参松养心胶囊治疗心房颤动（AF）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医药百科全书数据库（ETCM）检索参松养心胶囊的活性成分及作用靶点;利用人类基因数据库（GeneCards）、治疗性靶点数据库（TTD）、在线人类孟德尔遗传（OMIM）、遗传药理学和药物基因组学数据库（PhramGKB）、疾病相关基因数据库（DISGeNET）、综合性药物数据库（DrugBank）检索得到AF疾病靶点;使用R软件绘制药物活性成分-疾病靶点韦恩图得到参松养心胶囊治疗AF的潜在靶点;利用R语言对潜在靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;通过Cytoscape软件构建药物活性成分-疾病靶点网络图,通过筛选得到关键靶点及药物活性成分,运用AutoDock Vina软件进行分子对接;运用PyMOL软件对分子对接结果进行可视化。结果：得到参松养心胶囊的活性成分190个、其对应靶点262个,同时检索得到3 577个与AF疾病相关靶点,二者交集靶点171个,共涉及GO功能2 549个,KEGG信号通路183条;蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）最终筛选出关键靶蛋白MAPK1、MAPK8、MAPK14、JUN、STAT、FOS、TNF,将其与反向筛选的10个药物活性成分一一进行分子对接,其中有39对成分-靶点对接活性较高。其中隐丹参酮、木犀草素、山柰酚与MAPK1对接结果最佳。本研究表明参松养心胶囊是通过多成分、多靶点、多通路对AF起到治疗作用,同时笔者发现参松养心胶囊主要通过MAPK1影响心房电结构重构、调节代谢、抑制炎症反应、调节细胞凋亡等途径治疗AF。     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学分析当归补血汤治疗糖尿病肾脏病的内在机制

目的：基于网络药理学探究当归补血汤治疗糖尿病肾脏病的内在可能作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得当归补血汤（由黄芪、当归组成）主要活性成分和作用靶点信息;利用GeneCards数据库获取与糖尿病肾脏病相关的基因靶点,运用Cytoscape 371软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,并运用R软件进行基因富集分析。结果：共获得当归补血汤活性成分30个,其中黄芪具有活性成分19个,当归具有活性成分11个,经筛选得到主要活性成分共19个;收集到药物与疾病共有靶点基因71个。基因富集分析结果显示,当归补血汤主要通过涉及炎症反应、凋亡-自噬通路、低氧诱导通路等的21条通路改善糖尿病肾病病情。结论：该研究基于网络药理学方法,揭示了当归补血汤从炎症反应、自噬-凋亡通路、低氧诱导通路等途径多成分、多靶点、多通路改善糖尿病肾脏病的作用,为后续研究开展实验工作提供了更丰富的信息和依据。     

网络药理学联合GEO数据挖掘与分子对接探究桔梗-鱼腥草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学联合 GEO 数据挖掘以及分子对接技术探究桔梗-鱼腥草药对治疗非小细胞 肺癌（NSCLC）的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库搜集桔梗-鱼腥草 活性成分及其作用靶点,在 Gencards、OMIM 和 GEO 数据库获取疾病相关靶点,将二者靶点取交集获取桔梗- 鱼腥草与 NSCLC 的共同靶点,并使用 Cytoscape3.9.0 软件进行药物-活性成分-靶点互作网络构建获取核心成 分。通过 String 网站对药物-疾病共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析得到核心靶点。使用 Metascape 平 台对共同靶点进行 GO 及 KEGG 富集分析。最后运用 AutoDock 和 PyMol 软件对核心成分和核心靶点进行分子 对接和可视化处理。结果：共获得药物活性成分 7 个,药物-疾病共同靶点 139 个。其中核心活性成分 3 个：槲皮素、木犀草素、山奈酚;核心靶点 5 个：TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR。GO 分析得到 2 281 个 相关条目。KEGG 分析得到 326 条信号通路。分子对接显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与 TP53、AKT1、 JUN、TNF、EGFR 之间均具有较强亲和力。结论：桔梗-鱼腥草药对可能通过 TP53、AKT1、JUN、TNF、 EGFR 等靶点和癌症通路、PI3K-AKT 信号通路等途径发挥抗 NSCLC 的作用。     

基于网络药理学探讨甘草活性成分对小儿肺炎的作用机制

目的基于网络药理学探讨甘草治疗小儿肺炎的潜在活性成分和可能作用机制。方法将中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选的甘草活性成分与药物数据库(Genecard数据库)检索的小儿肺炎靶点进行对比分析,归纳总结出甘草活性成分中对小儿肺炎治疗作用的主要潜在靶点。结果得到小儿肺炎疾病基因靶点1 110个,药物有效成分92个,通过uniprot数据库筛选出目前已知有意义的靶点105个,利用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-疾病基因靶点网络图,并对其进行分析,取得44个药物-疾病基因靶点,登陆string数据库,输出药物-疾病基因靶点分析得到疾病蛋白-基因互作PPI网络,筛选蛋白-疾病交集最多的30个基因,通过GO富集分析,筛选出与疾病最相关的20个富集过程。通过KEGG通路富集分析得到6条通路。结论甘草对小儿肺炎治疗作用的发挥是基于多成分、多通路和多靶点的整体药效效应,挖掘了甘草治疗小儿肺炎的潜在作用机制,为进一步实验研究提供了理论基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨川芎-当归-白芍治疗干燥综合征的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探究当归、川芎与白芍治疗干燥综合征的药理作用机制。方法 从中药系统药理分析平台(TCMSP)数据库提取3味中药的主要活性成分及靶点;从OMIM和GeneCards数据库搜索疾病靶点,数据筛选整理后,利用Venny工具获得药物与疾病的共同靶点基因;利用STRING网站进行蛋白互作分析,通过Cytoscape3.7.2软件获取核心靶点;选取大于平均节点值的关键靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点图,获取关键活性成分;利用BioGPS数据库获取交集靶点组织定位结果并通过Cytoscape3.7.2软件进行可视化处理;采用DAVID平台进行GO功能和KEGG通路富集分析;取前十名通路与药物-疾病-活性成分-靶点图建立网络与属性文件,构建药物-疾病-活性成分-靶点-通路图并可视化;在SailVina软件上对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果 共获得药物活性成分14个,关键成分为β-谷甾醇、山柰酚、芍药苷、杨梅酮和儿茶素,药物与疾病交集靶点41个;靶点组织器官定位在肝、脾、肾、肺、唾液腺等,且在T细胞、B细胞等中也有显示;核心靶点为...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨鱼腥草治疗前列腺癌分子作用机制

目的 探究鱼腥草抗前列腺癌的作用机制、关键靶点及关键活性成分。方法 采用网络药理学方法,通过中药系统药理学分析平台、UniProt数据平台、GeneCards数据库、OMIM数据库、Drug Bank数据库、微生信息数据处理平台、String数据库、Cytoscape3.9.1软件、DAVID数据库等,筛选出鱼腥草的活性成分、对应靶点及相关信号通路,并运用Autodock Vina软件、Pymol软件对关键活性成分及核心靶点进行分子对接。结果 鱼腥草治疗前列腺癌的共同靶点有98个,PPI网络分析显示EGFR、AKT1、ESR1、HRAS等为关键靶点,KEGG富集分析显示癌症通路、前列腺癌通路、PI3K-Akt信号通路是鱼腥草作用于前列腺癌的关键通路。分子对接结果显示,鱼腥草治疗前列腺癌的主要活性成分菠菜甾醇、山奈酚、鱼腥草素等与核心蛋白AKT1、ESR1等存在较好的结合性。结论 鱼腥草可能通过作用于PI3K-Akt信号通路,影响下游HRAS相关蛋白表达,影响前列腺癌生长的效果,为后续探究鱼腥草治疗前列腺癌提供研究思路。     

基于网络药理学的双丹方治疗冠心病的作用机制研究

目的利用网络药理学的方法探索双丹方治疗冠心病(CHD)的活性成分和分子作用机制。方法采取类药五原则筛选双丹方活性成分;经TCMSP数据库获得双丹方活性成分的靶蛋白,并在OMIN数据库查找CHD的靶点蛋白;运用Cytoscape软件构建双丹方活性成分-潜在靶点、双丹方活性成分-CHD疾病靶点的相互作用网络,通过度等网络拓扑特征评价筛选出双丹方在CHD作用的核心靶点;通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析;采用斑马鱼模型研究双丹颗粒的促进血管生成作用。结果从TCMSP数据库得到双丹方中丹参酮、丹皮酚等39个活性成分和205个蛋白质靶点,筛选出与双丹方作用CHD的IL6、MAPK1、TP53、AKT1、VEGFA等核心靶点111个,GO分析共包含RNA调节、炎症反应、G蛋白偶联、类固醇激素受体活性、细胞分化、血管收缩等19条富集结果。利用DAVID数据库对相关通路富集,筛选出对冠心病具有作用的VEGF信号通路、FXO信号通路、ErBb信号通路等13条通路。结论通过网络药理学验证了双丹方多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了双丹方在CHD中的主要作用机制。     

基于网络药理学探讨藤梨根治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学的研究方法探讨中药藤梨根治疗结直肠癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及中医药整合药理学研究平台(TCMIP)获取藤梨根的主要活性成分和药物作用靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库获取结直肠癌的疾病靶点,再通过R语言及VennDiagram作图数据包映射筛选得出药物与疾病的交集靶点,即为藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件、String数据库分别构建藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点的“药物-成分-疾病-靶点”网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。最后通过David数据库对潜在治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将富集结果可视化。结果 筛选到藤梨根药物主要活性成分6个,药物作用靶点154个,结直肠癌相关疾病靶点10 622个,两者取交集得到藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点145个;藤梨根的6种活性成分芦荟大黄素(aloe-emodin)、ent-表儿茶素(ent-Epicatechin)、(+)-儿茶素[(+)-cat...     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络数据库（STRING）构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等相关靶点起到治疗寻常型银屑病的功效,本研究初步揭示了土茯苓治疗寻常银屑病的潜在活性化合物与可能作用机制。     

基于网络药理学方法探讨尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 运用计算机网络药理学方法虚拟筛选尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的可能的活性成分及作用靶点，探讨尿毒灵对治疗糖尿病肾病的潜在作用机制。方法 通过人类基因数据库（GeneCards），治疗靶点数据库（TTD），比较毒性遗传学数据库（CTD），基因疾病关联数据库（DisGeNET），DrugBank数据库等收集与疾病相关的作用靶点；并通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）获得尿毒灵中可能的活性成分及其对应的靶点。利用Bioinformatics & Evolutionary Genomics平台筛选出药物与疾病共有靶点，借助Cytoscape3.7.1软件构建“成分-作用靶点”网络。运用蛋白质相互作用网络数据库（String）构建蛋白质间相互作用网络（PPI）。最后通过功能注释生物信息学分析平台（DAVID 6.8）进行尿毒灵与糖尿病肾病相关靶基因的基因本体（gene ontology，GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，并将结果进行可视化展示。结果 通过筛选得到67个药物活性成分，共涉及152个作用靶点，与疾病靶点相关的化学成分有39个，得到尿毒灵-糖尿病肾病共同靶点46个，这些共同靶点主要富集于130个生物过程和78条信号通路上，表明尿毒灵的多个成分通过多条信号通路发挥防治糖尿病肾病的作用。结论 利用网络药理学方法分析中药复方的作用机制，可以体现中药多成分-多靶点-多途径的特点，为中药复方的作用机制和物质基础提供参考和依据。